특수관계자에게 시가인 공동주택가격보다 낮은 금액으로 양도하여 부당행위계산부인 규정이 적용되는지 여부

공동주택가격에는 여러 가지 사항을 종합적으로 참작하여 산정되므로 재화나 용역의 거래에 부가된 가치를 과세대상으로 하는 부가가치세가 포함되어있다 할 수 없음

사 건

2025구합4609 기타소득세부과취소

원 고

주식회사 AA자산

피 고

〇〇세무서장

판 결 선 고

2026. 9. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2025. 2. X. 원고에 대하여 한 2024년 귀속 기타소득세 X,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산의 매매 및 임대 등을 목적으로 2019. 4. XX. 설립된 법인으로, 그 대표자인 사내이사 이BB이 지분 전부를 소유하고 있다.

나. 원고는 2022. 1. XX. 이BB의 배우자로서 원고와 특수관계에 있는 홍CC에게 ‘서울 ○○구 ○○로 ○○○, ○○○호’(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 XX0,000,000원(건물분 부가가치세 XX,XXX,000원 포함)에 매도하였다.

다. 원고는 공급가액을 XXX,XX0,000원으로, 부가가치세액을 XX,XXX,000원으로 하여 이 사건 주택의 건물분에 관한 세금계산서를 발행한 후 부가가치세를 신고ㆍ납부하였고, 2022사업연도 법인세 신고 시 이 사건 주택의 양도가액을 XXX,XXX,000원으로 하여 토지 등 양도소득에 관한 법인세를 신고하였다.

라. 피고는 원고가 특수관계인과의 거래에서 이 사건 주택을 시가인 공동주택가격 XX0,000,000원보다 낮은 금액으로 양도하였다고 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 시가와 양도가액의 차액 XX,XXX,000원을 익금산입하고 홍CC에게 기타소득으로 소득처분을 하여 2024. 10. X. 소득금액변동통지를 하였으나, 원고가 원천징수의무를 이행하지 아니하여 2025. 2. XX. 원고에 대하여 2024년 귀속 원천징수분 기타소득세 X,XXX,XXX원(가산세 포함)을 결정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

공동주택가격에는 부가가치세가 포함되어 있으므로 공동주택가격에서 부가가치세를 제외한 금액을 시가로 산정하거나 또는 부가가치세가 포함되어 있는 공동주택가격에 대응하여 거래가액도 부가가치세를 포함한 금액을 기준으로 하여야 한다. 이 경우 이 사건 주택 양도는 법인세법 시행령 제88조 제3항 이 정한 시가와 거래가액의 차액이 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 해당하지 않게 되어 부당행위계산부인 대상이 아니므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 법인세법 제52조 제1항 은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국 법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.”고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ‘시가’라 한다)을 기준으로 한다.”고 규정하고 있다.

법인세법 제52조 제3항 의 위임을 받은 법인세법 시행령은 제88조 제1항 제3호 본문에서 법인세법 제52조 제1항 의 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 ‘자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우’를 들고 있고, 같은 조 제3항에서 ‘제1항 제3호는 시가와 거래가액의 차액이 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다’고 규정하며, 제89조에서 법인이 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 자산의 ‘시가’는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(제1항 본문), 시가가 불분명한 경우에는 먼저 ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을, 그 다음으로 ｢상속세 및 증여세법｣(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액을 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다(제2항)고 규정하며, 상증세법 제61조 제1항 제4호는 ‘주택에 대한 평가는 ｢부동산 가격공시에 관한 법률｣(이하 ’부동산공시법‘이라 한다)에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격으로 한다’고 규정하고 있다.

그리고 부동산공시법 제18조 제1항 은 “국토교통부장관은 공동주택에 대하여 매년 공시기준일 현재의 적정가격(이하 ‘공동주택가격’이라 한다)을 조사ㆍ산정하여 제24조에 따른 중앙부동산가격공시위원회의 심의를 거쳐 공시하고, 이를 관계 행정기관 등에 제공하여야 한다.”고 규정하고, 같은 조 제2항은 “국토교통부장관이 제1항에 따라 공동주택가격을 조사ㆍ산정하는 경우에는 인근 유사 공동주택의 거래가격ㆍ임대료 및 해당 공동주택과 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 공동주택의 건설에 필요한 비용추정액, 인근지역 및 다른 지역과의 형평성ㆍ특수성, 공동주택가격 변동의 예측 가능성 등 제반사항을 종합적으로 참작하여야 한다.”고 규정하고 있다.

이러한 관련 법령에 따르면, 법인이 자산을 시가보다 낮은 가액으로 양도한 경우로서 시가와 거래가액의 차액이 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 해당하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 때 그 기준이 되는 시가는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고, 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 감정평가액에 의하며, 감정평가액도 없는 경우에는 상증세법에 따라 주택의 경우에는 부동산공시법에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격에 의하여야 한다.

2) 피고는 이 사건 주택의 매매대금 XX0,000,000원에서 건물 분 부가가치세XX,XXX,000원을 제외한 ‘XXX,XXX,000원’을 거래가액으로 보고 국토교통부장관이 2021.4. 29. 공시한 공동주택가격인 ‘XX0,000,00원’을 이 사건 주택의 시가로 본 후 그 차액이 100분의 5에 상당하는 금액 이상이라는 이유로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 이 사건 처분을 하였다.

이에 대하여 원고는 공동주택가격에는 부가가치세가 포함되어 있으므로 공동주택가격에서 건물분 부가가치세를 공제한 ‘XXX,XXX,000원’을 시가로 보거나, 또는 부가가치세가 포함되어 있는 공동주택가격에 대응하여 거래가액을 부가가치세를 포함한 매매대금 전체 ‘XX0,000,000원’으로 보아 부당행위계산부인 여부를 판단하여야 한다는 취지이다. 그러나 아래와 같은 이유로 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

① 공동주택가격은 국토교통부장관이 부동산공시법에 따라 해당 부동산의 적정가격(시장가치)을 공시하는 것으로, 인근 유사 공동주택의 거래가격ㆍ임대료 및 해당 공동주택과 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 공동주택의 건설에 필요한 비용추정액,인근지역 및 다른 지역과의 형평성ㆍ특수성, 공동주택가격 변동의 예측 가능성 등 제반사항을 종합적으로 참작하여 산정된다. 한편 부가가치세는 재화나 용역의 거래에서 부가된 가치를 과세대상으로 하는 것으로서 재화 자체의 가치에 포함되는 것이 아니며 달리 공동주택가격에 부가가치세 상당액이 일률적으로 포함되어 있다고 볼 만한 아무런 근거가 없다. 다만 원고 주장 취지는 공동주택가격 산정시 동일 또는 인근 유사 공동주택의 거래가격이 기초가 될 것이므로 매수인이 부담하는 부가가치세가 공동주택가격에 사실상 반영되어 있다는 의미로 이해할 수 있다. 그러나 공동주택 거래의 대부분은 부가가치세가 부과되지 않는 개인 간의 거래로 이루어지는데다가 공동주택가격은 거래가격뿐 아니라 여러 다양한 요소가 고려되어 산정되는 것이므로, 공동주택가격에서 건물분 부가가치세를 공제한 가격을 시가로 보아야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다.

② 부가가치세법이 채택하고 있는 전단계 세액공제 제도는 최종소비자에 이르기 전의 각 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급하는 사업자가 그 공급을 받는 사업자로부터 매출세액을 징수하여 국가에 납부하고, 그 세액을 징수당한 사업자는 이를 국가로부터 매입세액으로 공제ㆍ환급받는 과정을 통하여 그 세액의 부담을 다음 단계의 사업자에게 차례로 전가하여 궁극적으로 최종소비자에게 이를 부담시키는 것을 근간으로 한다. 사업자가 상대방으로부터 징수한 부가가치세는 해당 사업자에게 귀속되는 소득이 아니므로 피고가 건물분 부가가치세를 공제한 나머지를 이 사건 주택의 거래가격으로 산정하여 이 사건 처분을 한 것은 정당하고, 거래상대방인 홍CC가 개인으로서 부가가치세를 환급받지 못한다는 사정은 이 사건 처분의 위법성 판단에 영향이 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.