부가가치세 환급 결정이 부가가치세 면제대상이라는 취지의 공적인 견해표명에 해당하는지

부가가치세 환급 결정은 부가가치세 면제대상이라는 취지의 공적인 견해표명이라고 보기 어려움

서 울 고 등 법 원

제 1 - 2 행 정 부

판 결

사 건 2020 누 62671 부가가치세경정거부처분취소

원고 , 피항소인 A

피고 , 항소인 양천세무서장

제 1 심 판 결 서울행정법원 2020. 10. 22. 선고 2019 구합 71356 판결

변 론 종 결 2026. 7. 24.

판 결 선 고 2026. 9. 18.

주 문

1. 제 1 심판결을 취소한다 .

2. 원고의 청구를 기각한다 .

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다 .

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2018. 9. 20. 원고에 대하여 한 2013 년 제 1 기분 부가가치세 4,024,357,062 원의 경정거부처분을 취소한다 ( 원고는 피고의 감액경정처분에 따라 당심에서 청구취지를 감축하였다 ).

2. 항소취지

제 1 심판결을 취소하고 , 원고의 청구를 기각한다 ( 원고의 청구취지 감축에 따라 피고의 항소취지도 감축한 것으로 본다 ).

이 유

1. 이 법원의 심판 범위

원고는 피고가 2026. 6. 8. 2013 년 제 1 기분 부가가치세 중 3,898,719,341 원을 직권취소하는 감액경정처분을 함에 따라 2026. 6. 19. 자 청구취지 및 청구원인 변경신청서를 통해 ‘ 청구취지 ’ 란 기재와 같이 청구취지를 감축하였으므로 , 그 감축된 부분은 처음부터 소송계속이 없어지게 되어 그에 관한 제 1 심판결 및 피고의 항소는 실효되고 항소심의 심판대상에서 제외된다 . 따라서 이 법원의 심판 범위는 위와 같이 감액되고 남은 부가가치세에 대한 경정거부처분의 취소를 구하는 부분에 한정된다 .

2. 처분의 경위

이 부분에 기재할 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제 1 심판결 이유의 ‘1. 처분의 경위 ’ 부분 ( 제 1 심판결 제 2 면 제 6 행부터 제 5 면 제 11 행까지 ) 기재와 같으므로 , 행정소송법 제 8 조 제 2 항 , 민사소송법 제 420 조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 인용한다 .

○ 제 1 심판결 제 5 면 제 10 행의 “22 호증의 ” 를 “22 호증 ( 가지번호 있는 것은 가지번호 포함 , 이하 같다 ) 의 ” 로 고쳐 쓴다 .

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가 . 원고의 주장 요지

피고가 2003. 6. 9. 원고에 대하여 한 부가가치세 환급 결정은 이 사건 용역이 부가가치세 면제대상이라는 취지의 공적인 견해표명에 해당하고 , 피고는 위 환급 결정 이후에도 약 10 년 동안 원고가 이 사건 용역을 부가가치세 면제대상으로 신고한 데 대하여 아무런 이의나 시정지시 없이 위 신고를 받아들였으므로 , 원고가 위와 같은 공적인 견해표명을 신뢰한 데에 귀책사유가 있다고 보기 어려우며 , 이 사건 용역에 대한 부가가치세 비과세 관행도 성립되었다고 보아야 한다 .

따라서 이 사건 용역이 부가가치세 부과대상에 해당한다는 이유로 원고의 부가가치세 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 신의성실 원칙 내지 비과세 관행을 위반하여 위법하다 .

나 . 관련 법리

1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실 원칙이 적용되기 위해서는 , 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 , 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 , 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 , 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다 .

2) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 비과세 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할뿐만 아니라 , 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하고 , 위와 같은 공적인 견해 또는 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요하는데 , 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당 기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다 ( 대법원 2003. 9. 5. 선고 2001 두 7855 판결 , 대법원 2009. 12. 24. 선고 2008 두 15350 판결 등 참조 ).

3) 과세관청이 사업자의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 행위만으로는 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을뿐 아니라 과세관청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 납세자가 자신이 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다고 하더라도 납세자가 그와 같이 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없었다고 할 수 없고 ( 대법원 1995. 9. 29. 선고 95 누 7376 판결 참조 ), 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 세무서장이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다 ( 대법원 2000. 2. 11. 선고 98 두 2119 판결 참조 ).

4) 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세 결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 결정할 수 있다 ( 대법원 1991. 10. 22. 선고 90 누 9360 전원합의체 판결 참조 ).

5) 한편 , 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다 ( 대법원 2009. 12. 24. 선고 2008 두 15350 판결 참조 ).

다 . 인정 사실

갑 제 18, 19, 21 내지 28 호증 , 을 제 5, 6, 7, 9, 10 호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 보면 , 다음과 같은 사실이 인정된다 .

1) 원고는 피고에게 , 2002. 1. 4. 구 법인세법 (2006. 12. 30. 법률 제 8141 호로 개정되기 전의 것 ) 제 111 조 1) 에 따라 면세사업자로 사업자등록신청을 하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다가 , 2002. 4. 18. 과세사업을 영위한다는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하여 같은 날 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았다 .

2) 원고는 원고의 사업단이 부가가치세가 면제되는 공익 목적 단체에 해당한다는 서울특별시의 지도․점검 결과에 따라 , 2003. 1. 14. 피고에게 2002 년 제 1, 2 기 부가가치세에 대한 경정청구를 하였으나 , 피고는 검토 결과 면세 요건에 해당하지 않는다는 이유로 2003. 1. 24. 위 경정청구를 거부하고 , 2003. 5. 9. 원고의 이의신청을 기각하였다 .

3) 원고는 2003. 5. 21. 위 경정청구 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하는 한편 , 2003. 5. 29. 피고에게 직권 취소를 요청하였는데 , 피고는 2003. 6. 9. 위 요청을 받아들여 2002 년 제 1, 2 기 부가가치세의 환급 결정을 하였다 . 원고는 위 환급 결정이 있기 전인 2003. 5. 30. 피고로부터 환급 결정에 대하여 유선상 통지를 받고 2003. 6. 5. 위 심판청구를 취하하였다 .

4) 원고는 2003. 6. 12. 과세사업자에서 면세사업자로 변경하여 달라는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하여 같은 날 ‘ 업종 변경 ’ 이 교부 사유로 기재된 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다 .

5) 국세청장은 2003. 5. 7. 재정경제부장관에게 1998 년도분과 1999 년도분 부가가치세 부과와 관련하여 ‘ 지방공사의 지방자치단체 대행사업 면세 여부 ’ 에 대해 질의하였는데 , 재정경제부장관은 2004. 3. 15. “ 원고는 부가가치세법 제 12 조 제 1 항 제 16 호 2) 및 구 부가가치세법 시행령 (2000. 12. 29. 대통령령 제 17041 호로 개정되기 전의 것 ) 제 37 조 제 1 호 3) 에서 규정하는 ‘ 주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체 ’ 에 해당하지 아니한다 .” 라고 회신한 바 있다 .

라 . 구체적 판단

위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면 , 이 사건 처분이 신의성실 원칙 내지 비과세 관행에 반하는 위법한 처분이라 할 수 없다 .

1) 원고는 택지의 개발과 공급 , 주택의 건설․개량․공급 및 관리 등을 목적으로 설립된 지방공사인데 , 원고가 서울특별시로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무는 위와 같은 설립 목적과는 관련 없는 것이었을 뿐 아니라 그 업무수행의 대가로 위탁수수료를 지급받았기에 공익 목적 사업이 아니라 수익사업에 해당한다고 할 것이므로 , 구 부가가치세법 시행령 (2013. 6. 28. 대통령령 제 24638 호로 전부개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 37 조 제 1 호 4) , 구 부가가치세법 시행규칙 (2001. 4. 3. 재정경제부령 제 193 호로 개정된 후 2013. 6. 28. 기획재정부령 제 355 호로 전부개정되기 전의 것 , 이하 같다 ) 제 11 조의 5 제 1 항 5) 이 부가가치세 면제대상으로 규정한 ‘ 비영리법인의 사업으로서 공익을 목적으로 하는 사업 ’ 에 해당한다고 보기 어려울 뿐 아니라 , ‘ 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급한 것 ’ 이라고 보기도 어렵다 . 그런데도 피고는 원고의 이 사건 용역이 ‘ 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역 ’ 에 해당한다고 보아 2003. 6. 9. 원고에 대하여 부가가치세를 환급하는 결정을 하였는바 ( 을 제 6 호증의 2), 위와 같은 피고의 환급 결정은 이 사건 용역이 ‘ 비영리법인으로서 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역 ’ 에 해당하여 부가가치세 면제대상이라고 잘못 판단한 데에서 기인한 것으로 보이고 , 이와 달리 피고가 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사로서 공적인 견해표명을 하였다고 보기는 어렵다 .

2) 한편 , 피고가 원고의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부하고 , 이 사건 용역이 부가가치세 면제대상임을 전제로 상당한 기간 동안 원고의 부가가치세 신고를 그대로 받아들였던 사실이 있기는 하나 , 앞서 본 법리에 따르면 그러한 사정들만으로는 피고가 원고에게 이 사건 용역이 부가가치세 면제대상임을 시사하는 언동이나 공적인 견해표명을 한 것이라고 할 수 없다 .

3) 설령 원고가 피고의 2003. 6. 9. 자 부가가치세 환급 결정으로 이 사건 용역이 부가가치세 면제대상에 해당한다고 믿었다고 하더라도 , 재정경제부장관이 피고의 2003. 6. 9. 자 부가가치세 환급 결정 이후인 2004. 3. 15. 에 이르러 1998 년도분과 1999 년도분 부가가치세 부과에 관한 2003. 5. 7. 자 국세청장의 질의와 관련하여 ‘ 원고는 재화나 용역의 공급에 관하여 면제대상을 규정하고 있는 구 부가가치세법 (2010. 1. 1. 법률 제 9915 호로 개정되기 전의 것 ) 제 12 조 제 1 항 제 16 호의 “ 주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체 ” 에 해당하지 아니한다 ’ 는 취지로 회신한 바 있고 ( 을 제 10 호증 ), 위 회신에 적용된 부가가치세 관련 조항은 부가가치세법이 2013. 6. 7. 법률 제 11873 호로 전부 개정되기 전까지 위치만 바뀌었을 뿐 그대로 유지되었으며 , 관련 시행령 및 시행규칙도 종래 시행령 제 37 조 제 1 호에서 부가가치세 면제대상이 되는 단체를 ‘ 주무관청에 등록된 종교 · 자선 · 학술 · 구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체 ’ 로 직접 규정하다가 2000. 12. 29. 대통령령 제 17041 호로 위 시행령이 개정되면서 ‘ 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제 12 조 각호의 1 에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체 ’ 로 규정함으로써 시행규칙에 대상 단체의 범위를 위임하고 , 그 위임에 의하여 2001. 4. 3. 재정경제부령 제 193 호로 신설된 구 부가가치세법 시행규칙 제 11 조의 5 제 1 항이 ‘ 재정경제부령이 정하는 사업 ’ 이란 ‘ 비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업 ’ 이라고 규정하여 그 내용에 있어 큰 변화가 없었으므로 , 그 이후에 공급된 이 사건 용역과 관련한 부가가치세 부과 여부에 대한 원고의 신뢰가 귀책사유 없는 정당한 신뢰라고 할 수도 없다 .

이에 대하여 원고는 , 2004. 3. 15. 자 재정경제부장관의 회신은 원고의 집단에너지공급사업에 관한 것이 아니라 택지개발사업과 관련된 것에 불과하므로 , 위 회신 내용이 집단에너지 공급사업과 관련된 이 사건 용역도 부가가치세 과세대상에 해당한다는 것을 의미하는 것은 아니라는 취지로 주장하는바 , 을 제 8, 9 호증의 각 기재에 의하면 , 국세청장의 재정경제부장관에 대한 질의는 원고가 2003. 3. 31. 택지개발 대행사업에 관하여 공급한 용역이 부가가치세 면제대상에 해당한다는 이유로 감사원에 제기한 부가가치세의 환급 조치 요청 민원이 국세청장에게 이송된 것을 계기로 이루어진 것이라는 사실을 알 수 있기는 하다 .

그러나 국세청장이 재정경제부장관에 대하여 한 질의 내용은 ‘ 원고와 같은 지방공사가 지방자치단체의 사업을 위탁받아 수행하면서 사업수행 시 얻은 수입금은 전액 지방자치단체에 귀속시키고 , 예산 전도자금으로 일정 금액을 지급받아 운영경비로 충당하고 남은 금액을 반환하는 경우 , 지방공사가 당시 시행중이던 부가가치세 관련 법령상 “ 공익을 목적으로 하는 단체 ” 에 해당하는지 여부 ’ 로서 , 택지개발 대행사업에 한정되지 않고 일반적인 지방자치단체 대행사업에서의 해당 지방공사의 성격에 관한 것이었으며 ( 을 제 9 호증 ), 이에 대하여 재정경제부장관은 원고의 경우에는 당시 시행중이던 부가가치세 관련 법령이 정한 ‘ 공익을 목적으로 하는 단체 ’ 에 해당하지 않는다는 취지로 회신하였는바 , 위와 같은 회신을 두고 원고가 택지개발사업을 수행하는 경우에 한정된 것이었다거나 원고가 이 사건 용역에서와 같이 용역 공급의 대가로 위탁수수료를 지급받는 등 수익사업을 수행하는 경우에는 적용되지 않는 것이었다고 볼 수 없다 . 따라서 이와 다른 전제 하의 원고 주장은 받아들이기 어렵다 ( 오히려 원고가 택지개발 대행사업이 아니라 이 사건 용역과 같은 수익사업을 하는 경우에는 더더욱 비영리법인이 사업을 수행하는 경우라고 할 수 없으므로 , 이 사건 처분의 대상이 된 용역의 경우 구 부가가치세법 시행령 제 37 조 제 1 호 , 구 부가가치세법 시행규칙 제 11 조의 5 제 1 항에 따른 부가가치세 면제 대상으로서의 ‘ 비영리법인의 사업 ’ 에 해당한다고 볼 수 없다 ).

4) 그 밖에 원고가 주장하는 사정들만으로는 피고가 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없고 , 이 사건 용역에 대한 비과세 관행이 성립되었다고 보기도 어렵다 . 따라서 피고가 이 사건 용역에 대하여 비과세 결정을 하였다가 이후 이 사건 용역이 부가가치세 과세대상임을 알게 되어 다시 부가가치세를 부과하고 , 이에 대한 원고의 경정청구를 거부하였다고 하더라도 , 이를 신의성실 원칙 내치 비과세 관행에 위반되는 처분이라 할 수 없다 .

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다 . 제 1 심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 , 피고의 항소를 받아들여 제 1 심판결을 취소하고 주문과 같이 판결한다 .

1) 구 법인세법 (2006. 12. 30. 법률 제 8141 호로 개정되기 전의 것 ) 제 111 조 ( 사업자등록 )

① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다 .

② 부가가치세법에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제 1 항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다 .

③ 부가가치세법 제 5 조의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다 .

④ 제 109 조의 규정에 의한 법인설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다 .

2) 당시 시행중이던 구 부가가치세법 (2010. 1. 1. 법률 제 9915 호로 개정되기 전의 것 ) 제 12 조 제 1 항 제 16 호의 “ 종교 · 자선 · 학술 · 구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 ” 을 의미한다 . 위 규정은 2010. 1. 1. 법률 제 9915 호 개정을 통하여 제 12 조 제 1 항 제 17 호로 그 위치를 옮겼다가 . 2013. 6. 7. 법률 제 11873 호로 부가가치세법이 전부 개정되면서 제 26 조 제 1 항 제 18 호로 그 위치를 옮겼다 .

3) 구 부가가치세법 시행령 (2000. 12. 29. 대통령령 제 17041 호로 개정되기 전의 것 ) 제 37 조 ( 종교 · 자선 · 학술 · 구호단체등이 공급하는 재화등의 범위 ) 법 제 12 조 제 1 항 제 16 호에서 " 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 " 이라 함은 다음 각호의 것을 말한다 .

1. 주무관청에 등록된 종교 · 자선 · 학술 · 구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역과 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역