스크랩계좌로 입금한 매입세액의 환급여부 및 환급대상자

원고가 스크랩계좌에 입금한 매입세액 상당의 금액은 매출거래를 통하여 모두 정산되어 환급되었는 바, 국가가 부당이득한 부가가치세는 존재하지 않음

사 건

2025가합13843

원 고

AA

피 고

대한민국

변 론 종 결

2026. 7. 23.

판 결 선 고

2026. 9. 17.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 원고에게 7,123,547,353원 및 그 중 1,428,693,271원에 대하여는 2019. 7. 25.부터, 1,800,366,181원에 대하여는 2020. 1. 25.부터, 980,969,372원에 대하여는 2020. 7. 25.부터, 1,462,866,308원에 대하여는 2021. 1. 25.부터, 1,450,652,221원에 대하여는 2021. 7. 25.부터 각 이 사건 소장 부본 송달일까지는 연 5%의, 그 다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

이 유

1. 기초사실

가. 당사자들의 지위

원고는 2016. 12. 15. 설립되어 비철금속 도·소매업, 비철금속 무역업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고들의 부가가치세 신고 및 납부

원고는 2019년 1기부터 2021년 1기까지의 부가가치세 과세기간에 이 사건 매입처들로부터 합계 71,235,473,530원의 구리스크랩을 매입하였다는 내용의 매입세금계산서를 발급받고, 7,123,547,353원을 매입세액으로 하여 부가가치세를 신고 및 납부하였다.

다. 이 사건 매입처들에 대한 세무조사 실시

◎◎세무서장 등 과세관청은 이 사건 매입처들에 대하여 세무조사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 매입처들이 실제 거래 없이 가공매출을 일으키고 가공의 세금계산서를 발급하였다고 판단하였다.

라. 관련 법령 등

별지 ‘관련 법령 등’ 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 24, 30 내지 44호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

원고는 2019. 1. 1.부터 2021. 6. 30.까지 이 사건 매입처들로부터 구리스크랩을 매입하면서 조세특례제한법 제106조의9 제3항 에 따라 피고에게 부가가치세 합계 7,123,547,353원을 납부하였는데, 이후 과세관청은 이 사건 매입처들의 매출이 가공매출이라는 이유로 이 사건 매입처들의 매출세액을 전액 ‘0원’으로 감액하는 결의를 하였다. 이에 따라 원고가 납부한 위 부가가치세액은 과오납금이 되었는바, 피고는 조세특례제한법 제106조의9 제11항 (이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)에 따라 원고가 납부한 부가가치세액을 원고에게 환급하여야 한다. 이 사건 특례규정은 조세특례제한법 제106조의9 제3항 에 따른 의무를 이행한 원고와 같은 매입자를 보호하기 위하여 마련된 특별규정으로서, 이 사건 특례규정에 따른 환급청구권은 민사상 부당이득반환청구권과 구분되는 것인바, 원고의 과오납한 부가가치세액에 대한 환급청구는 이 사건 특례규정에 따른 요건을 모두 충족하였다. 따라서, 피고는 원고에게 과오납한 부가가치세액 7,123,547,353원 및 이에 대한 지연손해금을 지급하여야 한다.

3. 판단

가. 이 사건 특례규정에 따른 환급청구에 부당이득에 관한 일반 법리의 적용이 배제되는지 여부에 관한 판단

1) 원고는, 이 사건 특례규정은 국가의 탈세방지제도에 성실히 협력한 선의의 매입자를 보호하기 위하여 독자적인 환급청구권을 매입자에게 특별히 부여한 것으로서, 이 사건 특례규정에 따른 환급청구에는 민사상 부당이득에 관한 일반 법리의 적용이 배제된다고 주장한다.

2) 살피건대, 을 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 이 사건 특례규정에 관한 국회 기획재정위원회의 2017. 11. 검토보고서에는 이 사건 특례규정의 입법취지에 관하여 ‘스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례의 경우 매출자는 매입자에게 공급가액만 받고, 부가가치세는 매입자가전용계좌를 통해 국세청에 납부하는 구조이기 때문에 부가가치세 과오납금이 발생하는 경우 해당 세금을 납부한 매입자가 환급받는 것이 타당할 것인데, 기존 규정에 부가가치세 과오납금 환급대상에 대한 규정을 두고 있지 않아 매출자가 과오납금 환급을 구하는 사례가 빈번히 발생하였는바, 부가가치세 매입자 납부특례의 과오납금 환급대상자를 매입자로 규정하여 이해당사자의 권익을 보호하고 혼란을 방지하기 위한 것’이라는 취지로 기재되어 있을 뿐, 위 특례규정에 민사상 부당이득에 관한 일반 법리의 적용이 배제된다거나 위 특례규정이 민사상 부당이득반환청구권과 법적 성질을 달리하는 특별한 권리를 매입자에게 부여한 것이라는 등의 내용은 확인되지 아니하는 점, ② 위 검토보고서에 따르면, 이 사건 특례규정은 매입자 납부특례에 따라 구리스크랩 등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 공급받은 자에게 환급하도록 명확하게 규정한 것으로서, 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례에 따라 매입자가 납부한 과오납세액에 대한 환급청구권은 매입자에게 귀속됨을 명확히 한 ‘확인적’ 규정으로 봄이 타당한 점 등에 비추어 보면, 위 특례규정에 따른 환급청구에 민사상 부당이득에 관한 일반 법리의 적용이 배제된다고 보기 어렵고, 이에 반하는 원고의 주장은 독자적인 견해에 불과하여 받아들일 수 없다.

3) 따라서 이 사건 특례규정에 따른 환급청구권은 부당이득반환청구권의 성질을 갖는다고 봄이 타당하므로, 민사상 부당이득의 일반 법리에 비추어 원고에게 그 환급청구권이 인정되는지 여부를 살펴보아야 한다.

나. 이 사건 특례규정에 따른 환급청구권의 성립 여부에 관한 판단

살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정이나 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 특례규정에 따른 환급청구의 요건을 갖추었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 청구는 이유 없다.

1) 피고의 이득 또는 원고의 손해 발생 여부

가) 부가가치세는 생산 및 유통의 각 단계에서 생성되는 부가가치에 대하여 부과되는 조세로서 부가가치세법상 부가가치세의 납세의무를 부담하는 자는 재화나 용역을 공급하는 사업자이지만( 부가가치세법 제3조 제1호 , 제2조 제3호), 사업자는 재화나 용역을 공급받는 자로부터 부가가치세를 거래징수 하여야 하고( 부가가치세법 제31조 ), 이때 사업자가 납부하여야 할 납부세액은 매출세액에서 매입세액 등을 공제하여 계산함으로써( 부가가치세법 제37조 , 전단계세액공제법) 결과적으로 부가가치세의 부담은 최종소비자에게 전가된다. 그런데 구리스크랩과 같은 특수한 재화의 경우 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 이른바 ‘폭탄사업자’가 광범위하게 나타나자 2013. 5. 10. 법률 제11759호로 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액 포탈을 방지하기 위하여 구리스크랩 등 거래에 있어서는 매입자가 직접 부가가치세를 납부하는 내용의 스크랩 등에 대한 부가가치세 매입자 납부특례규정이 신설되었고, 위 규정은 2014. 1. 1.부터 시행되었다. 위 특례규정 제2, 3항 등에 따르면, 구리스크랩 등 사업자는 부가가치세법 제31조 에도 불구하고 공급받는 자로부터 부가가치세를 징수하지 아니하여 거래징수의무가 면제되고, 구리스크랩 등 사업자가 구리스크랩 등을 다른 구리스크랩 등 사업자로부터 공급받았을 때에는 구리스크랩 등 거래계좌를 사용하여 구리스크랩 등의 가액은 공급한 사업자에게 입금하고, 부가가치세액은 국세청장이 지정한 자(이하 ‘지정금융회사’라 한다)에게 입금하여야 한다.

나) 조세특례제한법 시행규칙 제48조의6 및 부가가치세 매입자 납부특례제도를 운영하는 금융회사의 지정 등에 관한 고시 제4조에 따르면, 구리스크랩 등 사업자 사이에 구리스크랩 등을 거래하는 경우 구리스크랩 등을 공급한 사업자는 해당 구리스크랩 등에 관하여 매입자가 지정금융회사에 입금한 부가가치세액(매출세액)의 범위에서 위 사업자가 입금한 부가가치세액(매입세액)을 지정금융회사로부터 환급받는다. 결국 부가가치세 매입자 납부특례제도가 적용되는 경우에는 구리스크랩 등을 최종적으로 공급받은 사업자만이 결과적으로 국가에 납부할 부가가치세액을 전액 부담하게 되고, 중간사업자들은 매출거래가 발생할 때마다 즉시 매출세액의 범위 내에서 기납부한 매입세액을 환급받게 된다.

다) 이 사건의 경우, 원고가 이 사건 매입처로부터 구리스크랩을 실물거래 없이 가공으로 매입하면서 지정금융회사에 부가가치세액(매입세액)을 납부하였다고 하더라도, 원고는 앞서 본 규정들에 따라 해당 구리스크랩에 관한 매출거래를 통하여 기납부한 매입세액을 전액 환급받은 것으로 보인다. 따라서 원고가 납부한 부가가치세액(매입세액)을 피고가 수령하여 이득을 얻었다거나, 이로 인하여 원고가 동액 상당의 손해를 입었다고 볼 수 없다.

라) 한편, 원고는 이 사건 환급청구가 기각된다면 추후 과세관청이 원고에 대하여 매입세액 불공제의 경정처분을 함으로써 피고가 부가가치세액 상당액을 이중으로 보유하게 되고, 원고가 다시 환급청구를 하려 하여도 확정판결의 기판력이나 소멸시효 기간의 도과로 인하여 권리를 구제받을 수 없게 되어 불합리한 결과가 발생한다는 취지로 주장하나, 전소 확정판결 후 이루어진 경정처분은 사실심 변론종결 후에 발생한 새로운 사정으로서 전소 확정판결의 기판력이 미치지 아니하고, 원고가 매입세액 공제․환급으로 받은 이익을 그대로 유지하고 있는 이상 과오납금 환급청구권은 발생하지 않아 소멸시효가 완성될 여지는 없는 것이므로, 원고가 주장하는 것과 같은 불이익을 상정하기 어려운바, 원고의 위 주장은 이 사건 청구의 판단에 있어 고려할 만한 사정으로 볼 수 없다.

2) 법률상 원인의 결여 여부

가) 부가가치세와 같은 신고납세 방식의 조세에서는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 조세채무가 구체적으로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이며, 국가나 지방자치단체는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하는 것이므로, 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 않는 한 그것이 바로 부당이득이 된다고 할 수 없는 것인데(대법원 2006. 1. 13.선고 2004다64340 판결 등 참조), 원고와 이 사건 매입처들 사이의 거래가 가공거래인지 여부는 세무조사 등을 통하여 사실관계를 정확히 조사한 후에야 비로소 밝혀질 수 있는 사항이어서, 원고의 부가가치세 신고․납부행위의 하자가 그 자체로 중대․명백하다고 보기 어렵다.

나) 또한 원고가 제출한 이 사건 매입처들에 대한 부가가치세 경정결의서(갑 제30 내지 44호증)3)에 따르면, 과세관청이 해당 업체의 스크랩 가공매출이 밝혀짐에 따라 추가로 납부해야 할 가산세를 고지한다는 내용이 확인될 뿐, 기납부한 세액을 환급한다거나 기납부한 세액에서 고지한 가산세를 공제하여 환급한다는 내용은 확인되지 아니한다. 즉, 과세관청은 이 사건 매입처들에 대한 세무조사 결과 이 사건 매입처들이 실제 거래 없이 가공매출을 일으키고 가공의 세금계산서를 발급하였다고 판단한 후, 위 경정결의서를 통하여 부가가치세법 제57조 , 제60조 제3항 등에 따라 가산세를 고지한 것이고, 위 경정결의서상 과세표준과 매출세액을 ‘0’으로 경정한 것은 위 가산세를 부과․고지하는 과정에서 해당 업체가 발급한 세금계산서가 실제 거래 없이 발급된 가공의 세금계산서라는 사실을 표시한 것에 불과하다. 따라서 위 경정결의서 기재 내용만으로 과세관청이 부가가치세액을 환급하는 결정을 한 것으로 볼 수 없고, 원고가 이를 환급받기 위해서는 수정신고 내지 경정청구와 같은 별도의 절차를 거쳐야 할 것인데, 피고가 이러한 절차를 거쳤다는 사실도 확인되지 아니한다.

다) 위와 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 환급을 구하는 부가가치세액에 관하여 피고가 이를 계속 보유할 법률상 원인이 없다고 보기 어렵다.

3) 이 사건 청구의 공평의 원칙 또는 신의성실 원칙 위반 여부

한편, 원고는 이 사건 매입처들과 사이에 구리스크랩의 실제 거래 없이 가공의 세금계산서만 수수한 가공거래의 당사자로서, 가공거래의 규모, 가공거래가 이루어진 기간 등에 비추어, 이 사건 매입처들과의 거래가 가공거래에 해당한다는 것을 잘 알고 있거나 충분히 알 수 있었을 것으로 보인다. 나아가 원고는 이 사건 매입처들과의 가공거래를 숨기기 위하여 부가가치세액을 피고에게 직접 납부하기까지 한 것으로 보임에도, 매입세액의 공제․환급에 따른 이익은 그대로 보유하면서 위 매입세액 공제․환급의 재원이 된 금액의 반환을 구하고 있는바, 원고의 이 사건 청구는 부당이득제도의 이념인 공평의 원칙이나 신의성실의 원칙에도 반하는 것이다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.