차명계좌로 입금된 금액 중 확인서로 확인된 쟁점 금액의 처분 당부

납세자가 조사 과정에서 낸 확인서는 강제 작성이나 내용 미비가 아닌 한 쉽게 부인할 수 없다. 이 사건 확인서는 원고가 선임한 대리인이 원고 인감으로 작성했고 계좌별, 건별 명세가 붙어 잇어 그 예외에 해당하지 않는다.

설령 그 확인서가 허위 였다 해도, 이익을 다 취한뒤 자기 과세 단계에서 뒤집는 것은 모순된 언동이라 허용되지 않는다. 과세관청의 조사권은 2차적 보충적이라 납세자가 만든외관을 신뢰한 것은 보호 받는다.

사 건 2025구합50914 종합소득세등부과처분취소

원 고 AAA

피 고 BBB세무서장

변 론 종 결 2026. 9. 4.

판 결 선 고 2026. 10. 16.

주 문

1. 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 2024. 12. 2. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부과처분은 무효임을 확인한다. 예비적으로, 피고가 2024. 12. 2. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 CCC(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)는 20○○. ○○. ○○. 국제물류주선업 등을 목적으로 설립되어 2023. ○○. ○○. 폐업한 회사이고, 이 사건 법인 설립 당시 대표이사는 DDD, 감사는 원고였으나, 원고가 이 사건 법인을 실질적으로 운영하였다.

나. 인천지방국세청장은 2021. ○○. 28.부터 2021. ○○. 25.까지 이 사건 법인의 2016년도부터 2020년도까지의 과세기간(이하 ‘이 사건 과세기간’이라 한다)에 관한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 법인의 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 이 사건 법인의 대표이사 DDD 및 직원 명의 계좌(이하 ‘이 사건 차명계좌들’이라 한다)에 입금된 약 110억 원 중 약 ○○억 원은 DDD의 개인적 거래로, 약 ○○억 2,200만 원은 이 사건 법인의 매출 누락금액으로 각 판단하였고, 약 ○○억 3,800만 원은 원고 개인의 수입금액이라고 판단하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 2024. 2. 19.부터 2024. 8. 16.까지 원고의 이 사건 과세기간에 관한 개인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 자료통보된 36억 3,800만 원중 36억 6,607,481원(이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라 한다)을 원고의 미등록사업 관련 수입금액으로 판단하여 2024. 12. 2. 원고에 대하여 별지1 목록 기재와 같이 2016년 1기 부가가치세 18,204,490원, 2016년 제2기 부가가치세 93,649,280원, 2017년 제1기 부가

가치세 90,244,760원, 2017년 제2기 부가가치세 79,175,600원, 2018년 제1기 부가가치세 86,618,080원, 2018년 제2기 부가가치세 150,488,590원, 2019년 제1기 부가가치세 67,844,510원, 2019년 제2기 부가가치세 50,805,330원, 2020년 제1기 부가가치세 13,550,330원, 2020년 제2기 부가가치세 23,838,980원, 2016년 귀속 종합소득세 116,275,830원, 2017년 귀속 종합소득세 253,913,610원, 2018년 귀속 종합소득세430,131,330원, 2019년 귀속 종합소득세 169,039,170원, 2020년 귀속 종합소득세 37,657,030원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2025. 2. 5. 이의신청을 하였으나, 인천지방국세청장은 2025. 4. ○○. 위 이의신청을 기각하였고, 이에 원고가 2025. 5. ○○. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2025. 6. ○○. 위 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 13, 15, 17호증, 을 제1 내지 5, 7호증(가지 번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

원고는 주로 중국 보따리상(이하 ‘따이공’이라 한다)이 국내에서 매입한 화장품 등 재화를 포장·선적하는 국제물류주선업체인 이 사건 법인을 실질적으로 운영하면서 이 사건 법인의 금전거래[따이공들로부터 통관료 및 해당 금액의 약 10% ~ 20% 상당의 금액을 물품 보관, 입·출고, 포장, 통관대행 용역의 수행 대가로 받아 그중 통관료 상당액은 현금으로 인출하여 환전상을 통해 중국 통관업무 담당자(중국인 왕○○)에게 전달하고, 위 용역비 상당액은 이 사건 법인 운영경비로 사용하는 방식]에 대표이사 및 직원 명의의 이 사건 차명계좌들을 사용한 것일 뿐, 이 사건 법인이 영위하던 사업과 별도로 원고 개인이 사업상 독립적으로 어떠한 재화나 용역을 공급한 사실이 없고, 원고는 부가가치세 납세의무를 부담하는 ‘사업자’로서의 요건도 갖추지 못하였다. 그럼에도 피고는 이 사건 법인의 세무조사 과정에서 세무대리인이 임의로 작성한 이 사건 법인의 임직원 명의의 확인서에 대하여 작성명의자 본인에게 직접 진위 여부를 확인하는 등의 실지조사를 거치지 않은 채 위 확인서만을 근거로 원고가 이 사건 과세기간 동안 이 사건 법인과 별도로 도·소매업, 통관 대리 및 관련 서비스업을 영위하는 사업장을 운영하여 이 사건 쟁점금액 상당의 미등록사업 매출누락이 발생하였다고 단정하고 이 사건 처분을 하였으므로, 원고가 이 사건 법인과 독립된 ‘사업자’임을 전제로 한 이 사건 처분은 근거과세의 원칙을 위반하고, 부가가치세법상 ‘사업자’의 정의규정 등 관련 법령의 중요한 부분을 위반하여 위법하고 그 하자가 중대하고 명백하므로 무효이다.

설령 이 사건 처분의 하자가 중대하고 명백한 정도에 이르지 않더라도, 이 사건 처분은 위와 같이 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

1) 조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당하고, 그것이 신고에서 누락된 금액이라는 과세요건사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이다. 다만 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당한다는 것은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있고, 이는 납세의무자가 차명계좌를 이용한 경우에도 마찬가지이다. 이때 그와 같이 추정할 수 있는지 여부는 해당 금융기관 계좌가 과세대상 매출이나 수입에 관한 주된 입금·관리계좌로 사용되었는지, 입금 일자나 상대방 및 금액 등에 비추어 매출이나 수입에 해당하는 외형을 가지고 있는지, 그 계좌의 거래 중에서 매출이나 수입 관련 거래가 차지하는 비중, 반대로 매출이나 수입이 아닌 다른 용도의 자금이 혼입될 가능성 및 그 정도 등 해당 금융기관 계좌에 입금된 금액에 관한 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2017. 6. 29. 선고 2016두1035 판결 등 참조).

2) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명·날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 2008. 9. 25. 선고 2006두8068 판결 등 참조).

3) 부가가치세법 제2조 제3호 에 의하면 영리 목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 ‘사업자’라 하는데, 여기서 ‘사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’란 부가가치를 창출하여 낼 수 있을 정도의 사업형태를 갖추고 계속적이고 반복적인 의사로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 뜻한다(대법원 1999. 9. 17. 선고 98두16705 판결 참조).

나. 구체적 판단

1) 앞서 인정된 사실, 앞서 든 증거에 을 제6, 8 내지 14호증의 각 기재, 증인 임보라의 일부 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 법인과 독립적으로 도·소매업, 통관 대리 및 관련 서비스업을 영위한 사업자에 해당하고, 이 사건 과세기간 동안 위와 같은 사업장을 운영하여 이 사건 쟁점금액 상당의 미등록사업 매출누락이 발생하였다고 봄이 상당하고, 피고의 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에선 원고의 주장은 모두 이유 없다.

가) 이 사건 법인의 세무조사 및 불복과정에서 이 사건 쟁점금액과 관련하여 아래 표 기재와 같이 여러 차례에 거쳐 ‘원고는 미등록 무역업자로, 아래 표 각 확인금액란 기재 금액 상당의 이 사건 차명계좌들에의 입금내역은 원고가 받은 개인적 무역대금 등을 이 사건 차명계좌들에 입금한 것이고, 해당 입금액은 이 사건 법인의 회계와는 무관한 개인적 무역거래로 입금된 금액이며 법인 수입금액 신고를 하지 않았다’,

‘아래 표 연번 9 확인금액란 기재 금액 상당의 이 사건 차명계좌들에의 입금내역은 원고가 거래처에 대한 중국세관 통관용역을 제공하고 중국세관에 납부할 관세까지 포함하여 수령한 후 일부는 본인이 관리하던 이 사건 차명계좌들로 입금하고 잔액은 이○○에게 대여 후 입금 받은 사실이 있음을 확인한다’는 내용의 원고 명의의 확인서(이하 ‘이 사건 확인서’라 한다)가 작성되어 인천지방국세청에 제출되었다. 이 사건 확인서에는 원고의 인감도장이 날인되어 있었고, 각 입금내역의 은행, 계좌번호, 계좌명의자, 거래일시, 입금금액, 거래상대방 등이 기재된 세부내역이 첨부되어 있었다.

- 그림 생략-

나) 원고는 이 사건 확인서에 관하여 ‘이 사건 법인의 세무조사 절차에서 세무대리인이 원고를 비롯한 임원들 명의 도장을 받아 확인서 작성권한까지 위임받아 세무조사 결과에 따라 향후 부과될 법인세를 절감할 목적으로 작성명의자에게 그 진위 여부도 확인하지 않은 상태에서 원고를 비롯한 임직원들 명의로 세무공무원이 원하는 내용으로 확인서를 작성하여 세무공무원에게 제출한 것으로 이러한 사정을 당시 세무조사를 담당하던 세무공무원도 알고 있었으므로, 이 사건 확인서를 이 사건 처분의 근거자료로 삼을 수 없다’는 취지로 주장한다. 그러나 ① 그와 같은 사정을 담당 공무원이 알았다고 볼 만한 객관적인 자료가 없고, 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 법인의 세무조사 절차에서 세무대리인이 원고를 비롯한 임원들 명의 도장을 받아 확인서 작성권한까지 위임받아 이 사건 확인서를 작성하였다는 것인 점, ② 이 사건 법인의 세무조사 당시 이 사건 법인의 실질적 운영자인 원고가 지인으로부터 소개받은 세무대리인을 선임하였고, 원고가 위 세무대리인과 이 사건 법인의 세무조사 대응방법 등에 관하여 소통 내지 상의하였던 점, ③ 이 사건 확인서에는 ‘원고가 미등록 무역업자로, 이 사건 쟁점금액 상당의 이 사건 차명계좌들에의 입금내역은 이 사건 법인과 무관하게 원고가 개인적 무역거래, 통관용역 제공에 따라 받은 금액이다’라는 내용이 명확히 기재되어 있고, 그 금액 내역 또한 거래일시별로 구체적으로 기재되어 있는 점, ④ 원고는 이 사건 세무조사 당시 ‘이 사건 법인의 세무조사 당시 제출된 원고 명의의 이 사건 확인서는 모두 DDD가 작성한 것으로, DDD가 원고의 인감도장 등을 보관하면서 이를 작성하여 제출한 것이고, 원고는 이 사건 법인 외에 국내에서 다른 사업을 운영한 사실이 없다’는 내용의 DDD 명의의 2025. 4.경 작성된 확인서를 제출하였으나, DDD는 이 법원의 증인신문 당시 ‘자신은 원고 명의의 확인서를 작성하거나 원고의 인감도장을 보관한 사실이 없고, 원고 명의의 확인서를 자신이 작성하였다는 내용의 2025. 4.경 작성된 확인서를 본 적이 없다’는 내용으로 증언하였던 점, ⑤ 앞서 본 이 사건 법인의 세무조사 및 이 사건 세무조사 과정 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 확인서가 작성자의 의사에 반하여 작성된 것이라거나 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다고 볼 수 없다.

다) 원고는 이 사건 세무조사 과정 등에서 미등록 무역업 관련 사업을 영위한 사실은 없고 중국인에게 통관대행 용역을 제공하였다고 주장하며 아래와 같은 금융거래 내역 등을 제출하였다. 그러나 원고는 동일 계좌번호에서 입금되었으나 입금 적요란이 다르게 기재되는 입금액에 대한 해명자료를 제출하지 않았고, 이 사건 차명계좌들 중 DDD 명의의 계좌 외에 나머지 계좌의 입금액에 대한 출금내역은 제시하지 못하였다. DDD 명의의 계좌에서의 출금내역에 관하여도 이 사건 세무조사 과정 등에서 이 사건 법인 직원이나 제3자에게 주기적으로 일정 금액이 입금되거나 면세점, 화장품 관련업체, 상품권 관련업체 등에 출금된 내역이 확인되었고, 원고의 주장과 같이 이 사건 쟁점금액이 통관대행 용역이라면 해당 금액이 이 사건 차명계좌들에 입금된 후 동일 내지 유사한 금액이 출금되어야 할 것으로 보임에도 해당 자료에 대응하거나 연관성 있는 입출금 내역을 찾기 어려울 뿐만 아니라, 원고의 주장에 부합하는 장부 등 객관적인 증빙자료도 제출되지 않았다.

라) 원고의 진술에 의하더라도 ‘원고는 이 사건 법인 설립 전부터 국내에서 화장품 등을 매입하여 중국으로 보내는 일을 하여 왔는데, 중국에서 통관 업무 등을 담당하는 왕○○이 원고에게 화장품 제품 포워딩 및 물류 작업을 하기 위해 한국에서 법인 사업자를 만들어 달라고 하여 이 사건 법인을 설립하였다’는 것인바(원고의 2026. 4. 7.자 준비서면), 원고는 이 사건 법인 설립 전부터 중국 무역, 통관 관련 사업을 하였던 것으로 보이고, 신용불량 등의 사유로 이 사건 법인을 설립하여 이 사건 차명계좌들을 실질적으로 관리하면서 이를 원고 개인의 무역, 통관 관련 사업 용도로 사용하였던 것으로 보인다.

마) 원고 명의의 사무실, 작업공간 등 물적 시설이나 관련 면허, 원고 명의로 고용한 직원 등 인적 시설이 없었다고 하더라도 이 사건 확인서의 내용, 이 사건 쟁점금액의 규모, 입금 횟수와 빈도 등 위에서 본 여러 사정들을 종합하여 보면, 원고는 신용불량 등의 이유로 그 명의로는 통관 대행 및 관련 서비스업 등의 사업을 하지 못하자, 이 사건 법인을 설립하고 이 사건 차명계좌들을 실질적으로 관리하면서 상당한 기간동안 계속적·반복적으로 이 사건 법인 내지 그 임직원 명의의 시설 등을 사용하여 이 사건 법인과는 독립적으로 따이공에게 통관 대행 및 관련 서비스업의 용역을 제공하였다고 봄이 상당하다.

바) 이 사건 확인서에 기재된 금액은 이 사건 차명계좌들에 입금된 금액 등에 근거하여 계산된 금액인 점, 피고는 원고에게 이 사건 쟁점금액에 대하여 상당 기간 소명기회를 부여하였던 것으로 보이는 점에 앞서 본 여러 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 확인서에 기재된 금액에 기초하여 이루어진 이 사건 처분이 위법하다고 보기는 어렵다.

2) 나아가 조세소송에서의 신의성실의 원칙의 적용은 극히 제한적으로 인정하여야 하고 이를 확대해석하여서는 안 된다고 할 것이나, 국세기본법 제15조 가 사법의 기본 원리인 신의칙 등이 공법인 조세법에서도 적용됨을 명문으로 규정하고 있는 이상 조세법 관계에 있어서도 여전히 신의성실의 원칙은 적용가능하다고 할 것인바, 조세법률주의에 의하여 합법성의 원칙이 강하게 작용하는 조세실체법에서도 객관적으로 모순되는 행태가 존재하고, 그 행태가 납세의무자의 심한 배신행위에 기인하였으며, 그에 기하여 야기된 과세관청의 신뢰가 보호받을 가치가 있는 경우에는 합법성을 희생해서라도 구체적 신뢰를 보호할 필요성이 있다고 인정되는 때에 한하여 납세의무자에게도 신의성실의 원칙을 적용할 수 있다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006두14865 판결 등 참조).

살피건대, 설령 원고의 주장과 같이 이 사건 확인서가 이 사건 법인의 세무조사 과정에서 이 사건 법인에게 부과될 세금을 줄이는 등의 목적으로 사실과 다르게 작성된 것이라고 하더라도, 앞서 인정된 사실과 앞서 든 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 법인의 실질적인 운영자로서 이 사건 법인의 세무조사에 대응하기 위하여 세무대리인을 선임하여 직접 소통하였고, 위 세무대리인에게 자신의 인감도장을 주고 확인서 작성권한까지 위임하는 등 이 사건 법인의 세무조사와 이 사건 확인서 작성 및 제출 등에 실질적으로 관여하였던 점, ② 이 사건 확인서는 실제로 과세관청에 제출되었고, 인천지방국세청장은 이를 근거로 이 사건 차명계좌들에 입금된 약 ○○억 원 중 약 ○○억 원은 DDD의 개인적 거래로, ○○억 2,200만 원은 이 사건 법인의 매출누락금액으로 각 판단하여 이 사건 법인 등에 대

하여 과세처분을 하였는데, 이 사건 확인서에 근거하여 원고에 대하여 이 사건 처분이 내려지자 뒤늦게 이 사건 확인서가 허위로 작성된 것으로서 원고가 개인적으로 사업을 운영한 사실이 없다고 주장하고 있는바, 이와 같은 원고의 모순된 언동을 허용할 경우 국가 유지의 근간이 되는 조세행정에 심각한 지장을 초래할 것이 분명한 점, ③ 부가가치세와 같이 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 신고납세방식의 조세에 있어서 과세관청인 피고의 조사권은 2차적·보충적인 권한에 불과하여, 피고로서는 그러한 외관을 신뢰할 수밖에 없었던 것으로 보이고, 이러한 피고의 신뢰는 보호받아야 함이 타당한 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 확인서에 기재된 내용이 사실과 다르다고 주장하여 이 사건 처분의 적법성을 다투는 것은 신의성실의 원칙에 위배되어 허용되지 않는다고 할 것이다.

5. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구는 모두 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.