사업자등록전 매입세액에 해당하는지 여부

원고가 면세사업자로 변경하는 내용의 사업자등록정정신청서를 제출했더라도 원고의 기존 과세사업자 사업자등록의 효력이 소멸한다고 볼 수 없으므로 이 사건 매입세액은 사업자등록전 매입세액에 해당하지 않음

사 건

2025누7404 부가가치세부과처분등취소

원 고

ㅇㅇ

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 24.

판 결 선 고

2026. 9. 18.

주 문

1. 제1심판결 중 피고에 대한 부분을 취소한다.

2. 원고의 피고에 대한 청구를 기각한다.

3. 원고와 피고 사이에 생긴 소송총비용 중 보조참가로 인한 부분은 원고 보조참가인이, 나머지는 원고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘정당세액(본세)’란 기재 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

[환송판결 후 이루어진 피고의 감액경정처분에 따라 원고는 환송 후 당심에서 피고에 대한 청구취지를 감축하였다(2026. 4. 23. 자 청구취지 및 청구원인 변경신청서)]

2. 항소취지

주문과 같다(원고의 청구취지 감축에 따라 피고의 항소취지도 감축된 것으로 볼 것이다).

이 유

1. 소송진행 경과와 이 법원의 심판 범위

가. 원고는 제1심에서 피고를 상대로 피고가 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에 대하여 한 별지1 목록 ‘부가가치세(본세)’란 기재 각 부과처분(이하 ‘당초 부과처분’이라고 한다)의 취소를 구하고, 제1심 공동피고 서울지방국세청장(이하 ‘서울지방국세청장’이라 한다)을 상대로 2018. 1. 10. 원고에 대하여 한 세무조사 결과통지의 취소를 구하였다. 제1심법원은 2020. 8. 21. 원고의 서울지방국세청장에 대한 소를 각하하고, 원고의 피고에 대한 청구를 모두 인용하는 제1심판결을 선고하였는데, 원고와 피고는 제1심판결 중 각 패소부분에 대하여 불복, 항소하였다.

나. 환송 전 당심법원은 2021. 12. 29. 제1심판결 중 피고에 관한 부분을 취소하고 원고의 피고에 대한 청구를 기각하며, 원고의 서울지방국세청장에 대한 항소를 기각하는 환송 전 판결을 선고하였는데, 원고가 환송 전 판결 전부에 대하여 불복, 상고하였다.

다. 대법원은 2025. 7. 3. 원고와 원고 보조참가인(이하 ‘참가인’이라 한다)1)의 상고 이유들 중 ‘원고가 면세사업자로 사업자등록정정신고를 한 이후의 매입세액을 공제하지 않은 채 이루어진 피고의 부과처분이 위법하다’는 상고이유를 받아들여 환송 전 판결 중 피고에 관한 부분을 파기, 환송하고, 원고의 서울지방국세청장에 대한 상고를 기각하는 환송판결을 선고하였다.

라. 피고는 환송 후 당심에서 위 다.항 기재 ‘매입세액 공제 관련 부분’을 고려한 정당세액[본세, 별지1 목록 ‘정당세액(본세)’란 기재 금액이 이에 해당한다]을 산출하여 제출하였고(2025. 11. 27. 자 준비서면), 이에 환송 후 당심은, 당초 부과처분을 별지1 목록 ‘정당세액(본세)’란 기재 해당 금액으로 직권경정하고, 원고는 피고에 대한 청구취지를 감축하고, 피고는 이에 동의한다는 취지의 조정권고를 하였다.

마. 원고와 피고는 환송 후 당심의 조정권고에 모두 동의하여 피고는 2026. 3. 3. 당초 부과처분을 별지1 목록 ‘정당세액(본세)’란 기재 금액으로 직권경정하고, 같은 해 3. 9. 원고 측에 이를 통지하고, 같은 해 3. 11. 환송 후 당심에 관련 서류를 제출하였다.

원고 또한 2026. 4. 20. 당초 부과처분 중 피고가 직권경정 및 환급하고 남은 부가가치세 부과처분에 한정하여 취소를 구하는 것으로 피고에 대한 청구를 변경하는 내용의 청구취지 및 청구이유 변경신청서를 제출하였다.

바. 사정이 이와 같다면, 원고의 서울지방국세청장에 대한 소는 이미 환송판결로 분리․확정되었고, 원고의 피고에 대한 청구는 환송 후 이루어진 원고의 청구취지 변경으로 일부 감축되었다고 할 것이어서, 결국 이 법원의 심판범위는 원고가 피고에 대하여 청구취지 기재 각 부과처분[환송 후 원고의 청구취지 감축에 따라 축소된 별지 1. 목록 ‘정당세액(본세)’란 기재 각 부가가치세 부과처분이다]의 취소를 구하는 것에 한정된다.

2. 처분의 경위

가. 원고의 설립

원고(변경 전 상호: ㅇㅇ)는 1988. 12. 21. 구 지방공기업법(1991. 5. 31. 법률 제4371호로 개정되기 전의 것) 제49조 및 구 ｢서울특별시 도시개발공사 설치 조례｣(1989. 12. 18. 서울특별시조례 제2534호로 개정되기 전의 것)에 따라 참가인이 전액 출자하여 설립된 지방공사로서, 1988. 12. 21. 내무부장관의 설립인가를 받아 1989. 1. 18. 설립되었다.

나. 집단에너지 공급사업의 위탁 및 수행

1) 참가인은 2002. 1. 1.부터 지방자치법 제104조 제3항 및 구 ‘서울특별시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례’(2015. 10. 8. 서울특별시 조례 제6016호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘위탁조례’라 한다)에 따라 원고와 ‘집단에너지 공급사업 업무 위․수탁 협약(이하 ’위탁협약‘이라 한다)’을 체결하여 원고에게 서울 강서구 및 노원구 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산․공급하는 집단에너지 공급사업 관련 업무를 위탁하였다.

2) 원고는 서울 양천구에 집단에너지사업단(이하 ‘사업단’이라 한다)을 설치하여 2002. 1. 1.부터 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)하면서 2006년부터 2012년까지 참가인으로부터 사업비(재료비, 인건비, 경비, 지역난방 건설비, 이하 ‘이 사건 사업비’라 한다)와 위탁수수료(인건비와 경비의 3%)를 수취하였다. 원고의 본점은 위탁수수료 부분만을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였고, 원고의 사업단은 위 사업을 부가가치세 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았다.

다. 원고 사업단의 사업자등록 및 정정신고

1) 원고는 2002. 1. 4. 피고에게 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제111조에 따라 면세사업자로 사업자등록신청을 하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다.

2) 원고는 2002. 4. 18. 피고에게 과세사업을 영위한다는 내용의 사업자등록정정신고서를 제출하여 같은 날 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았다.

3) 피고가 2003. 6. 9. 원고에게 2002년 제1, 2기의 부가가치세를 환급하였고, 원고는 2003. 6. 12. 피고에게 면세사업자로 변경하여 달라는 내용의 사업자등록정정신고서를 제출하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다.

라. 당초 부과처분 및 재조사 결정

1) 서울지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시한 다음, 원고가 이 사건 사업비를 부가가치세 과세표준에서 누락하였다고 보아 피고에게 관련 과세자료를 통보하였고, 이에 피고는 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에게 별지1 목록 부가가치세(본세)란 기재와 같이 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세(가산세 포함)를 부과․고지하는 당초 부과처분을 하였다.

2) 원고는 2013. 12. 6. 조세심판원에 당초 부과처분에 대한 심판청구를 하였고(조심 2014서xxx), 조세심판원은 2017. 12. 7. 다음과 같은 재조사결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다.

피고가 2013. 6. 10. 원고에게 한 당초 부과처분은, 원고가 사업단과 관련하여 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정된 것) 제37조 제1호, 같은 법 시행규칙 제11조의5 제1항에서 규정하고 있는‘비영리법인’의 사업으로서 그 고유의 사업목적을 위하여‘실비’로 공급하는 재화·용역에 해당하는지 여부 및 원고의 사업자등록 경위와 재정경제부장관의 질의회신(재소비제세과-288, 2004. 3. 15.) 경위 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

3) 서울지방국세청장은 2018. 1. 5.부터 2018. 1. 9.까지 재조사를 마친 후 2018. 1. 10. 원고에게 ‘조세심판원 2014서307 결정에 따른 재조사 결과 당초 부과처분이 정당하다’는 세무조사 결과통지를 하였다.

4) 원고는 2018. 2. 9. 재차 피고 및 서울지방국세청장을 상대로 조세심판원에 심판청구를 제기하여 당초 부과처분의 취소를 구하였는데, 조세심판원은 2018. 12. 21. 당초 부과처분 중 가산세 부분을 취소한다는 취지의 일부 인용결정을 하였다.

마. 피고의 추가 경정․고지

피고는 2026. 3. 3. 대법원의 환송판결 취지에 따라 이 사건 용역 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 별지1 목록 기재 ‘정당세액(본세)’란 기재 각 부가가치세를 산출한 다음, 당초 부과처분 중 부가가치세(본세) 부분을 별지1 목록 기재 ‘정당세액(본세)’란 기재 각 금액으로 감액하는 경정결정을 하였다(이하 당초 부과처분 중 조세심판원의 일부 인용결정과 피고의 감액경정결정으로 취소되고 남은 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

바. 관계 규정

별지2 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9, 18, 19, 24, 25, 27, 28, 39, 40호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5, 18, 19, 21, 28, 32, 41, 42호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지2)

1) 이 사건 부과처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하는 것으로 위법하다.

2) 원고는 참가인으로부터 집단에너지 공급사업에 필요한 사무 처리를 위탁받아 수행하였는바, 이는 일종의 준위탁매매인의 지위에서 참가인으로부터 이 사건 사업비를 지급받아 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비를 위 공급사업의 비용으로 참가인의 지출을 대행한 것에 불과하고, 위 공급사업은 어디까지나 참가인의 계산으로 진행된 사업이므로, 이 사건 사업비는 경제적 관점에서 이 사건 용역의 공급과 대가관계에 있지 아니하여 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다.

3) 원고가 참가인으로부터 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업은 공익을 목적으로 하는 사업에 해당하고 참가인으로부터 실비를 변상받았을 뿐이므로, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호, 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당한다.

4) 원고가 참가인으로부터 위탁협약 제12조에 따라 지급받은 위탁수수료는 본점의 일반회계에 귀속되었고 원고의 본점이 당사자로서 위탁협약을 체결하였으므로 위탁수수료 부분은 원고가 당초 신고․납부한 바와 같이 본점 사업장의 과세표준에 포함되어야 한다. 따라서 이 사건 부과처분 중 위탁수수료에 관한 부분은 사업장별 과세원칙을 위반한 것으로 위법하다.

5) 이 사건 사업비를 이 사건 용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준에 포함된다고 보더라도, 원고는 참가인으로부터 사업비 총액을 실비로 지급받은 것이므로 피고로서는 그중 과세표준의 1/11을 부가가치세로 부과하여야 하고, 이 사건 부과처분과 같이 1/10을 부가가치세로 부과하여서는 아니 된다.

6) 비록 원고 사업단이 2006년부터 2012년까지의 과세기간 동안 부가가치세를 신고․납부하지 아니하였다고 하더라도, 원고의 본점에서 이 사건 용역과 관련하여 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료를 부가가치세 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고ㆍ납부하였는바, 이를 두고 원고 사업단이 법정신고기한 내에 부가가치세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 ‘무신고’로 볼 수 없다. 따라서 이 사건에는 5년의 일반 부과제척기간이 적용되어야 하므로, 이 사건 부과처분 중 제척기간(5년)을 도과하여 부과된 2006년 제1기부터 2007년 제2기까지의 부가가치세 본세 부분은 위법․무효이다.

7) 피고가 2003. 6. 9. 원고에 대하여 한 부가가치세 환급 결정은 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상이라는 취지의 공적인 견해표명에 해당하고, 피고는 위 환급 결정 이후에도 약 10년 동안 원고가 이 사건 용역을 부가가치세 면제 대상으로 신고한 데 대하여 아무런 이의나 시정지시 없이 위 신고를 받아들였으므로, 원고가 위와 같은 공적인 견해표명을 신뢰한 데에 귀책사유가 있다고 보기 어려우며, 이 사건 용역에 대한 부가가치세 비과세 관행도 성립되었다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 용역이 부가가치세 부과 대상에 해당한다는 이유로 원고의 부가가치세 경정청구를 거부한 이 사건 부과처분은 신의성실 원칙 내지 비과세 관행을 위반하여 위법하다.3)

나. 판단

1) 이 사건 부과처분이 조세심판원 결정의 기속력에 반하는지 여부, 사업비 지급과 이 사건 용역 공급의 대가관계 여부 및 이 사건 용역 공급에 대해 부가가치세가 면제되는지 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 다음과 같이 일부를 추가하거나 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유 부분(제1심판결문 제7면 제14행부터 제15면 제16행까지 부분)4)기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

〇 제1심판결문 제7면 제14행부터 제15면 제16행까지 사이의 각 ”서울특별시“를 모두 ”참가인“으로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결문 제10면 제15행의 ”위탁협약 제3조은“ 을 ”위탁협약 제3조는“으로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결문 제13면 제11행 다음에 아래의 내용을 추가한다.

『이에 대하여 원고는, 원고와 참가인 사이의 위탁협약은 일종의 준위탁매매계약으로서, 원고는 준위탁매매인의 지위에서 참가인으로부터 이 사건 사업비를 지급받아 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비를 참가인을 대신하여 그 지출을 대행한 것에 불과하고, 이 사건 사업은 참가인의 계산으로 진행되었다는 취지로 주장한다.

준위탁매매는 자기의 명의로 타인의 계산에 의하여 매매 아닌 행위를 영업으로 하고 보수를 받는 것으로서( 상법 제113조 ), 명의와 계산의 분리를 본질로 하는바, 준위탁매매에서 준위탁매매인이 준위탁매매로 인하여 취득한 물건, 유가증권 또는 채권은 위탁자와 준위탁매매인 사이의 관계에서는 이를 위탁자의 채권으로 보고( 상법 제103조 , 제113조), 어떠한 계약이 일반의 매매계약인지 준위탁매매계약인지는 계약의 명칭 또는 형식적인 문언을 떠나 그 실질을 중시하여 판단하여야 한다(대법원 2011. 7. 14. 선고 2011다31645 판결 참조).

그런데 앞서 본 위탁협약 규정의 문언 내용, 원고가 이 사건 용역을 실제 수행한 업무의 내용이나 형태, 참가인의 위탁업무에 대한 경영실적평가, 업무의 지도와 감독, 업무상 필요한 명령 등의 권한 및 원고가 참가인과 사이에 이 사건 용역 수행으로 취득하게 되는 채권의 귀속과 이에 관한 원고의 이행담보책임에 관하여 위탁협약에 아무런 규정을 두지 않았을 뿐만 아니라 그에 관하여 특별한 논의도 하지 않은 것으로 보이는 사정까지 감안하여 보면, 원고가 준위탁매매인의 지위에서 원고의 명의를 사용하여 참가인의 계산으로 이 사건 용역을 수행하면서 이 사건 사업비를 참가인을 대신하여 그 지출을 대행한 것에 불과하다고 보기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』

2) 위탁수수료가 원고 사업단의 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 다음과 같이 일부를 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 이유 부분(제1심판결문 제19면 제8행부터 제16행까지 부분)5) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

〇 제1심판결문 제9면 제15행의 ”피고 양천세무서장이라 할 것이다.“ 부분을 ”피고라 할 것이다.“로 고쳐 쓴다.

3) 이 사건 사업비 전부를 부가가치세의 과세표준에 포함한 후 그 1/10을 부가가치세로 부과한 이 사건 부과처분이 적법한지 여부

가) 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1호 는 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받은 경우 그 대가의 합계액(공급가액)으로 하되, 여기에 부가가치세는 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 제14조는 부가가치세의 세율은 과세표준의 100분의 10(1/10)으로 한다고 규정하고 있다.

나) 앞선 증거들과 을 제17호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, ① 참가인은 원고에게 위탁수수료와 별도로 부가가치세를 지급하기로 약정한 사실(위탁협약 제12조), ② 참가인은 집단에너지 공급사업과 관련하여 원고에게 부과된 부가가치세와 관련하여, 원고가 우선 위 부가가치세를 납부하고 추후 불복 등의 절차를 거쳐 확정된 내용에 따라 참가인이 이를 부담하겠다는 내용의 공문을 원고에게 보낸 사실, ③ 원고가 참가인으로부터 지급받은 이 사건 사업비에는 부가가치세가 포함되어 있지 않은 사실을 인정할 수 있다.

다) 위 인정사실을 앞선 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 사업비는 그 전부가 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1호 소정의 부가가치세의 과세표준인 공급가액에 해당한다고 볼 것이므로, 그 과세표준의 1/10을 부가가치세로 부과한 이 사건 부과처분은 적법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

4) 이 사건 부과처분 중 2006년 1기부터 2007년 2기까지의 부가가치세 부분의 부과제척기간이 경과되었는지 여부

가) 관련 규정 및 법리

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고(제3호), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 10년(제1호), 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(제2호)이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다(대법원 2019. 8. 30. 선고 2016두62726 판결 등 참조).

한편, 부가가치세법 제8조 제1항 에 의하면, 사업을 개시하는 경우는 사업장마다 사업자등록을 하여 그 등록증을 교부받도록 되어 있고, 부가가치세법 제6조 제1항 에 의하면, 부가가치세는 사업장마다 납부하도록 되어 있으며, 부가가치세법 제48조 및 제49조, 부가가치세법 시행령 제90조 , 제91조에 의하면, 부가가치세 예정 및 확정신고는 사업자의 인적사항, 납부세액 및 계산근거 등을 기재하여 사업장 관할 세무서장에게 제출하도록 되어 있다. 이러한 규정들에 의하면, 부가가치세는 사업장마다 부과하고 납부하도록 되어 있어 그 신고도 사업장마다 그 매출액을 구분하여 하여야 하는 것임을 알 수 있고, 따라서 지점의 매출액을 본점의 매출액으로 예정, 확정신고한 경우 그것은 본점의 매출액을 과다신고한 것으로는 볼 수 있을지언정, 지점의 매출액에 대한 신고로서는 볼 수 없는 것이므로, 그에 대한 신고는 없는 것으로 되는 것이다(대법원 1984. 7. 24. 선고 84누272 판결, 대법원 1985. 6. 11. 선고 84누502 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

부가가치세법이 사업장마다 사업자등록을 하고 부가가치세를 신고ㆍ납부하도록 규정한 취지는 부가가치세가 사업장마다 창출되는 부가가치를 과세대상으로 하기 때문에 사업장별로 그 과세표준과 세액을 산출하여 신고ㆍ납부하게 함으로써 세원의 누락을 방지하고 조세행정의 원활을 기하려는 데 있다.

그런데 앞서 본 바와 같이 원고 사업단은 원고의 본점과는 구별되는 독립된 부가가치세 납세지(사업장)에 해당한다. 따라서 원고는 원고 사업단을 관할하는 세무서장인 피고에게 이 사건 용역에 관한 부가가치세를 신고ㆍ납부하였어야 함에도, 본점 관할 세무서장에게 위탁수수료 부분만을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하였다.

그렇다면 원고가 비록 본점 관할 세무서장에 부가가치세 신고서를 제출하고 세액을 납부하였다 하더라도, 이는 피고 관할인 이 사건 용역사업의 사업장인 원고 사업단에 대한 유효한 과세표준 신고로 볼 수 없다(원고와 참가인이 인용하고 있는 서울행정법원 2018. 6. 15. 선고 2017구합68998 판결은, 원고가 별도로 사업자등록을 하지 않은 각 지부의 매출액을 본부에 포함하여 신고하여 관할세무서가 원고의 신고 내역을 쉽게 파악할 수 있었던 사안으로, 본건과 사실관계를 달리 한다). 결국 원고는 이 사건 용역에 관하여 법정신고기한 내에 적법한 신고를 하지 않은 경우(무신고)에 해당하므로, 이 사건 부과처분 중 2006년 제1기부터 2007년 제2기까지 부가가치세 부분은 이 사건 부과처분시인 2013. 6. 10.6) 및 2013. 10. 21.7)을 기준으로 7년의 제척기간이 도과하지 않아 적법하다. 원고와 참가인의 이 부분 주장은 이유 없다.

5) 이 사건 부과처분이 신의성실 원칙 내지 비과세 관행을 위반하였는지 여부

가) 관련 법리

(1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다.

(2) 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 비과세 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하고, 위와 같은 공적인 견해 또는 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것을 요하는데, 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당 기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결, 대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 등 참조).

(3) 과세관청이 사업자의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부한 행위만으로는 부가가치세의 과세에 관하여 어떤 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없을 뿐 아니라 과세관청으로부터 부가가치세 면세사업자용 사업자등록증을 교부받은 납세자가 자신이 부가가치세 면세사업자라고 신뢰하였다고 하더라도 납세자가 그와 같이 신뢰한 데에 납세자에게 귀책사유가 없었다고 할 수 없고(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 참조), 면세사업자로서 한 부가가치세 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 세무서장이 납세의무자에게 그가 영위하는 사업에 관하여 부가가치세를 과세하지 아니함을 시사하는 언동이나 공적인 견해를 표명한 것이라 할 수 없다(대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결 참조).

(4) 과세관청이 비과세대상에 해당하는 것으로 잘못 알고 일단 비과세 결정을 하였으나 그 후 과세표준과 세액의 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 때에는 이를 조사하여 결정할 수 있다(대법원 1991. 10. 22. 선고 90누9360 전원합의체 판결 참조).

(5) 한편, 과세관청이 과거의 언동을 시정하여 장래에 향하여 처분하는 것은 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙에 위반되지 않는다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 참조).

나) 인정 사실

갑 제18 내지 19, 21 내지 28, 39 내지 40호증, 을 제8, 9, 13, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고는 피고에게, 2002. 1. 4. 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제111조8)에 따라 면세사업자로 사업자등록신청을 하여 같은 날 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다가, 2002. 4. 18. 과세사업을 영위한다는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하여 같은 날 과세사업자용 사업자등록증을 발급받았다.

(2) 원고는 원고 사업단이 부가가치세가 면제되는 공익 목적 단체에 해당한다는 참가인의 지도․점검 결과에 따라 2003. 1. 14. 피고에게 2002년 제1, 2기 부가가치세에 대해 경정청구를 하였으나, 피고는 검토 결과 면세 요건에 해당하지 않는다는 이유로 2003. 1. 24. 위 경정청구를 거부하고, 2003. 5. 9. 원고의 이의신청을 기각하였다.

(3) 원고는 2003. 5. 21. 위 경정청구 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 제기하는 한편, 2003. 5. 29. 피고에게 직권 취소를 요청하였는데, 피고는 2003. 6. 9. 위 요청을 받아들여 2002년 제1, 2기 부가가치세의 환급 결정을 하였다. 원고는 위 환급 결정이 있기 전인 2003. 5. 30. 피고로부터 환급 결정에 대하여 유선 통지를 받고 2003. 6. 5. 위 심판청구를 취하하였다.

(4) 원고는 2003. 6. 12. 과세사업자에서 면세사업자로 변경하여 달라는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하여 같은 날 ‘업종 변경’이 교부 사유로 기재된 면세사업자용 사업자등록증을 발급받았다.

(5) 국세청장은 2003. 5. 7. 재정경제부장관에게 1998년도분과 1999년도분 부가가치세 부과와 관련하여 ‘지방공사의 지방자치단체 대행사업 면세 여부’에 대해 질의하였는데, 재정경제부장관은 2004. 3. 15. “원고는 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 9) 및 구 부가가치세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제37조 제1호10)에서 규정하는 ‘주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하지 아니한다.”라고 회신한 바도 있다.

다) 구체적 판단

위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 부과처분이 신의성실 원칙 내지 비과세 관행에 반하는 위법한 처분이라 할 수 없다.

(1) 원고는 택지의 개발과 공급, 주택의 건설․개량․공급 및 관리 등을 목적으로 설립된 지방공사인데, 원고가 참가인으로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무는 위와 같은 설립 목적과는 관련이 없는 것이었을 뿐 아니라 그 업무수행의 대가로 위탁수수료를 지급받아 수익사업에 해당한다고 할 것이므로, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제37조 제1호11), 구 부가가치세법 시행규칙(2001. 4. 3. 재정경제부령 제193호로 개정된 후 2013. 6. 28. 기획재정부령 제355호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조의5 제1항12)이 부가가치세 면제 대상으로 규정한 ‘비영리법인의 사업으로서 공익을 목적으로 하는 사업’에 해당한다고 보기 어려울 뿐 아니라 ‘그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급한 것’이라고 보기도 어렵다. 그런데도 피고는 원고의 이 사건 용역이 ‘공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역’에 해당한다고 보아 2003. 6. 9. 원고에 대하여 부가가치세를 환급하는 결정을 하였는바(갑 제24호증), 위와 같은 피고의 환급 결정은 이 사건 용역이 ‘비영리법인으로서 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 목적사업을 위하여 실비로 공급하는 용역’에 해당하여 부가가치세 면제 대상이라고 잘못 판단한 데에서 기인한 것으로 보이고, 이와 달리 피고가 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사로서 공적인 견해표명을 하였다고 보기는 어렵다.

(2) 한편, 피고가 원고의 신청에 따라 면세사업자용 사업자등록증을 교부하고, 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상임을 전제로 상당한 기간 동안 원고의 부가가치세 신고를 그대로 받아들였던 사실이 있기는 하나, 앞서 본 법리에 따르면 그러한 사정들만으로는 피고가 원고에게 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상임을 시사하는 언동이나 공적인 견해표명을 한 것이라고 할 수 없다.

(3) 설령 원고가 피고의 2003. 6. 9. 자 부가가치세 환급 결정으로 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 믿었다고 하더라도, 재정경제부장관이 피고의 2003. 6. 9. 자 부가가치세 환급 결정 이후인 2004. 3. 15.에 이르러 1998년도분과 1999년도분 부가가치세 부과에 관한 2003. 5. 7. 자 국세청장의 질의와 관련하여 ‘원고는 재화나 용역의 공급에 관하여 면제 대상을 규정하고 있는 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제12조 제1항 제16호의 “주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체”에 해당하지 아니한다.’는 취지로 회신한 바 있고(을 제14호증), 위 회신에 적용된 부가가치세 관련 조항은 부가가치세법이 2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전까지 위치만 바뀌었을 뿐 그대로 유지되었으며, 관련 시행령 및 시행규칙도 종래 시행령 제37조 제1호에서 부가가치세 면제 대상이 되는 단체를 ‘주무관청에 등록된 종교․자선․학술․구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체’로 직접 규정하다가 2000. 12. 29. 대통령령 제17041호로 위 시행령이 개정되면서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 1에 규정하는 사업 또는 재정경제부령이 정하는 사업을 하는 단체’로 규정함으로써 시행규칙에 대상 단체의 범위를 위임하고, 그 위임에 의하여 2001. 4. 3. 재정경제부령 제193호로 신설된 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 이 ‘재정경제부령이 정하는 사업’이란 ‘비영리법인의 사업으로서 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호ㆍ사회복지ㆍ교육ㆍ문화ㆍ예술 등 공익을 목적으로 하는 사업’이라고 규정하여 그 내용에 있어 큰 변화가 없었으므로, 그 이후에 공급된 이 사건 용역과 관련한 부가가치세 부과 여부에 대한 원고의 신뢰가 귀책사유 없는 정당한 신뢰라고 할 수도 없다.

이에 대하여 원고 및 참가인은, 2004. 3. 15. 자 재정경제부장관의 회신은 원고의 집단에너지 공급사업에 관한 것이 아니라 택지개발사업과 관련된 것에 불과하므로, 위 회신 내용이 집단에너지 공급사업과 관련된 이 사건 용역도 부가가치세 과세대상에 해당한다는 것을 의미하는 것은 아니라는 취지로 주장하는바, 을 제12, 13호증의 각 기재에 의하면, 국세청장의 재정경제부장관에 대한 질의는 원고가 2003. 3. 31. 택지개발 대행사업에 관하여 공급한 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당한다는 이유로 감사원에 제기한 부가가치세의 환급 조치 요청 민원이 국세청장에게 이송된 것을 계기로 이루어진 것이라는 사실을 알 수 있기는 하다.

그러나 국세청장이 재정경제부장관에 대하여 한 질의 내용은 ‘원고와 같은 지방공사가 지방자치단체의 사업을 위탁받아 수행하면서 사업수행 시 얻은 수입금은 전액 지방자치단체에 귀속시키고, 예산 전도자금으로 일정 금액을 지급받아 운영경비로 충당하고 남은 금액을 반환하는 경우, 지방공사가 당시 시행중이던 부가가치세 관련 법령상 “공익을 목적으로 하는 단체”에 해당하는지 여부’로서, 택지개발 대행사업에 한정되지 않고 일반적인 지방자치단체 대행사업에서의 해당 지방공사의 성격에 관한 것이었으며(을 제13호증), 이에 대하여 재정경제부장관은 원고의 경우에는 당시 시행중이던 부가가치세법 관련 법령이 정한 ‘공익을 목적으로 하는 단체’에 해당하지 않는다는 취지로 회신하였는바, 위와 같은 회신을 두고 원고가 택지개발사업을 수행하는 경우에 한정된 것이었다거나 원고가 이 사건 용역에서와 같이 용역 공급의 대가로 위탁수수료를 지급받는 등 수익사업을 수행하는 경우에는 적용되지 않는 것이었다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제 하의 원고 주장은 받아들이기 어렵다[오히려 원고가 택지개발 대행사업이 아니라 이 사건 용역과 같은 수익사업을 하는 경우에는 더더욱 비영리법인이 사업을 수행하는 경우라고 할 수 없으므로, 이 사건 부과처분의 대상이 된 용역의 경우 구 부가가치세법 시행령 제37조 제1호 , 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항 에 따른 부가가치세 면제 대상으로서의 ‘비영리법인의 사업’에 해당한다고 볼 수 없다].

(4) 그 밖에 원고 및 참가인이 주장하는 사정들만으로는 피고가 이 사건 용역에 대하여 부가가치세를 부과할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없고, 이 사건 용역에 대한 비과세 관행이 성립되었다고 보기도 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 용역에 대하여 비과세 결정을 하였다가 이후 이 사건 용역이 부가가치세 과세대상임을 알게 되어 다시 부가가치세를 부과하고, 이에 대한 원고의 경정청구를 거부하였다고 하더라도, 이를 신의성실 원칙 내치 비과세 관행에 위반되는 처분이라 할 수 없다.

4. 결 론

그렇다면 원고의 피고에 대한 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결 중 피고에 관한 부분(제1심판결 중 환송 후 원고가 청구취지를 감축한 부분은 원고의 청구취지 감축으로 이미 실효되었다)은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.