세금계산서에 관한 용역을 실제로 공급하였다고 볼 수 있는지 여부

계약에 따라 완성된 결과물에 제공되었다고 볼 수 없고, 용역이 실제 공급되었다고 볼 수 없음

사 건

2025구합61724 부가가치세 부과처분취소

원 고

주식회사 ㅁㅁㅁㅁㅁㅁㅁ

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2026.6.25.

판 결 선 고

2024.9.10.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 10. 23. 원고에게 한 2021년 제2기 부가가치세 50,400,000원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 소프트웨어와 시스템의 개발 및 유지보수업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2021. 12. 30. 주식회사 AAAAA리조트(이하 ‘AAAAA’라 한다)에 아래와 같이 공급가액 합계 1,680,000,000원의 세금계산서 3매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급하였고, 위 공급가액을 과세표준에 포함하여 2021년 제2기 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는 원고에 대한 부가가치세 세무조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 후 이 사건 세금계산서가 용역을 공급하지 아니하고 발급된 것이라고 보아, 2024. 10. 23. 원고에게 이 사건 세금계산서상 공급가액을 2021년 제2기 부가가치세 과세표준에서 차감하고 관련 세액을 감액하는 한편, 구 부가가치세법(2025. 12. 23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제3항 제1호에 따라 이 사건 세금계산서 관련 가산세 50,400,000원을 부과하는 내용으로 경정ㆍ고지하였다(이하 위 가산세 부과 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).라. 원고는 이에 불복하여 2025. 1. 2. 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2025. 5. 27. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

이 사건 세금계산서는 실제 거래에 따른 것이므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 규정 및 법리구 부가가치세법 제60조 제3항 제1호 에 따르면 사업자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급한 경우 그 세금계산서에 적힌 공급가액의 3퍼센트를 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 납세의무자가 신고한 특정 재화나 용역의 거래에 관한 세금계산서가 재화 등의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우, 재화나 용역이 실제로 수수되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결 등 참조).

나. 인정사실

1) 원고와 AAAAA 사이에 2021. 8. 12. 메타버스 VR 모델하우스 및 솔루션 개발, 운영계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)이 체결되었는데, 그 주요 내용은 아래와 같다.

2) BBB세무서장은 이 사건 세금계산서의 수취인인 AAAAA에 대하여 부가가치세 세무조사(이하 ‘관련 조사’라 한다)를 실시한 후 이 사건 세금계산서를 비롯한 AAAAA가 발급ㆍ수취한 세금계산서가 용역을 공급하거나 공급받지 아니하고 발급ㆍ수취한 것으로 보아, 2022. 11. 1. AAAAA에게 2021년 제2기분 부가가치세 92,050,000원을 경정ㆍ고지하였다.

3) AAAAA는 BBB세무서장을 상대로 서울행정법원 2024구합54430호로 위 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 2025. 4. 30. 이 사건 세금계산서에 관한 용역이 실제로 제공되었다고 보기 어렵다는 등의 이유로 AAAAA의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. AAAAA는 서울고등법원 2025누7017호로 항소하였는데, 위 법원은 2026. 5. 22. 항소기각판결을 선고하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 을 제8호증의 기재, 이 법원에 현저한 사실, 변론 전체의 취지

다. 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제2 내지 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제2 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 AAAAA에게 이 사건 세금계산서에 관한 용역을 실제로 공급하였다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 계약은 그 문언상 AAAAA가 원고에 캐릭터 데이터, 맵 데이터, 모델하우스 구조 및 필드 등의 자료를 제공하고 원고는 이를 바탕으로 VR 모델하우스 및 어플리케이션 플랫폼 등을 개발하는 것이다. 원고 대표이사 CCC는 이 사건 조사 당시 ‘자료가 충분치 않아서 기본틀을 만들고 추후 업데이트하려 했다’는 취지로 진술하였고(을 제3호증 제12면), 달리 원고가 AAAAA로부터 이러한 데이터를 제공받았다고 볼 만한 자료가 없는 이상 원고가 이 사건 계약에 따른 개발을 이행할 수 있었다고 보기 어렵다.

2) 이 사건 계약에 따라 완성된 결과물이 AAAAA에게 공급되었다고 볼 만한 객관적 자료가 없고, 설령 원고 주장과 같이 원고가 개발ㆍ보유하던 기존 플랫폼을 AAAAA에 제공하였다고 하더라도 앞서 본 이 사건 계약의 내용상 이는 이 사건 계약에 따른 결과물을 제공한 것이라고 볼 수 없다. 이 사건 계약에 따르면 검수와 하자보수를 예정하고 있었고(제10조), 이 사건 계약 별첨1은 ‘프로젝트의 소스코드 일체, 프로젝트에 대한 보고서, 가이드의 경우 서면에 의함’이라고 규정하고 있으나, 이러한 절차를 거쳤다거나 서면이 작성되었다고 볼 만한 자료는 찾기 어렵다. CCC는 관련 조사 당시 ‘완성품 자료를 관리하던 PC가 없고, 완성품을 보관하고 있지 않으며, 이메일 등 용역 관련 증빙자료를 보관하고 있지 않다’는 취지로 진술하였는데(을 제3호증 제5, 6면), 그 주장과 같이 업데이트가 예정되어 있다면 아무런 자료를 보관하지 않는 것은 납득하기 어렵다.

3) 원고는, 이 사건 계약 제5조 제2항을 들어 위 계약은 기존 플랫폼의 제공과 그 적용ㆍ커스터마이징을 내용으로 하는데 원고가 기존에 개발ㆍ보유하고 있는 위 시스템을 AAAAA에 전달하고 시연도 하였으며 대금도 모두 지급받았는바, 실제 용역 제공이 있었다고 보아야 한다고 주장한다. 그러나 위 주장은 아래와 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

가) 이 사건 계약 제5조 제2항이 “을이 보유하고 있는 메타버스 시스템을 구매하고 추가로 VR 메타버스 모델하우스의 커스터마이징, 운영비용을 지불한다. (별도 견적서 첨부)”라고 규정하고 있음은 앞서 본 바와 같다. 그러나 ① 이 사건 계약은 ‘VR 온라인 기반 모델하우스(홍보관) 개발과 운영계약을 체결한다’고 명시하고 있고, 위 계약 제2조는 그 목적물인 '프로젝트'를 VR 온라인 기반 메타버스 모델하우스로, '용역'을 그 결과물의 제공으로 각 정의하고 있는 점, ② 이 사건 계약 제5조 본문은 계약금액 전액을 '을의 일체의 용역에 대한 대가'로 규정하고 있고, 제5조 제2항에서 첨부하도록 한 견적서도 별첨1)의 용역을 그 내용으로 하고 있는 점, ③ 이 사건 계약 별첨1은 결과물의 형식을 '프로젝트의 소스코드 일체' 등으로 단일하게 정하고 있을 뿐 원고가 이전한다는 기존 플랫폼 자체의 인도 형식에 관하여는 아무런 정함이 없고, 제10조 역시 '용역결과물'의 하자보수만을 규정하고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 계약 제5조 제2항은 원고가 보유하던 기존 플랫폼을 개발의 기초로 투입한다는 사정을 반영한 것에 불과하고, 이로써 이 사건 계약이 기존 플랫폼의 매매를 내용으로 하는 것이라고 볼 수 없다. 한편 CCC가 이 사건 관련하여 형사사건(서울남부지방법원 2024고합726)에 증인으로 출석하여 ‘원고는 프로그램 개발을 주된 업무로 하는 회사여서 이 사건 계약상 원고가 공급하는 프로그램을 판매가 아니라 개발 내지 용역으로 표현한 것’이라는 취지로 진술하였는데(갑 제15호증 제20면), 이는 이 사건 계약의 문언에 반하고 그와 같이 해석할 만한 사정에 관한 객관적 자료도 없으므로 그대로 믿기 어렵다.

나) CCC는 관련 조사 당시 ‘데모 시연이 있었는지 여부’에 관하여 ‘저희는 이미 만들어진 것을 판 것이라 단계 별로 시연한 것은 아니다. 리버타운을 상상하여 3D 영상 제작한 범용적인 실내와 캐릭터는 있지만 리버타운 정보를 다 받지 않아서 리버타운하고는 맞지 않았다’고 진술하였는바(을 제3호증 제12면), 위 진술에 의하더라도 이를 이 사건 계약에 따른 완성된 결과물의 시연이라고 볼 수도 없고, 제출된 증거들만으로는 그러한 시연이 있었다고 인정하기 부족하다.

다) AAAAA가 이 사건 계약상 용역대금을 모두 지급한 것으로 보이기는 하다. 그러나 ① DDD는 관련 조사 당시 ‘100% 개발이 완료된 것은 아니지만 유치권 분쟁이 없었다면 그 무렵에 완성되었을 것이다. 유치권으로 AAAAA 쪽 귀책사유가 있어 구현하지 못한 것이어서 약속한 대금을 지급하였다’고 진술하였는바(을 제4호증 제9면), 위 진술에 의하더라도 AAAAA는 이 사건 계약에 따른 결과물을 공급받고 대금을 지급한 것이 아닌 점, ② 원고가 보유하던 기존 플랫폼은 이 사건 계약이 체결된 2021년으로부터 3년 전인 2018년 개발된 것임에도(을 제3호증 제8면), AAAAA가 그에 관한 검증을 거쳤다고 보이지 않고, 즉시 사용할 수 없는 상태에서 16억 원이 넘는 거액에 이를 선뜻 구입하고 전액을 지급하는 것은 이례적으로 보이는 점 등을 고려하면, AAAAA가 이 사건 계약상 용역대금을 지급하였다는 사정을 들어 이 사건 계약에 따라 완성된 결과물이 제공되었다고 볼 수 없다.

라. 소결론

이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각한다.