일시적 1세대 2주택 비과세 특례규정의 적용가능 여부

이 사건 주택양도 시 전입요건을 충족하지 못한 사정은 시행령에서 정한 예외사유에 해당하지 않으므로 일시적 1세대 2주택 비과세 특례적용을 배제한 이 사건 처분은 정당함

사 건

2026구단5034 양도소득세부과처분취소

원 고

나AA

피 고

〇〇세무서장

판 결 선 고

2026. 9. 11.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 202X. X. X. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 1XX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 201X. XX. X. ○○○시 ○○동 XXXX, ○○○○ XXXX동 XX호(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)을 취득하여 보유하던 중, 서울 ○○구 ○○동 XXX-X ○○○○아파트 XXX동 XXX호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)의 공유지분 2분의 1을 신BB으로부터 XX0,000,000원을 매매대금으로 정하여 매수한 후, 위 공유지분에 대하여 202X. 5. 7. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 202X. 5. 6. 이 사건 종전주택을 양도하였고 202X. X. XX. 이 사건 종전주택의 양도에 관하여 대체주택 취득을 위한 일시적 1세대 2주택으로서 1세대 1주택으로 보는 특례에 따라 양도소득세 비과세에 해당한다는 내용으로 양도소득세 신고를 하였다.

다. 원고의 이 사건 주택 취득 당시 이 사건 주택에는 신BB이 거주하고 있었는데,신BB은 202X X. X. 원고에게 ‘신CC 지분 XX0,000,000원 매매예정금액으로,

XX0,000,000원 이하 금액으로 매매계약 체결되었을 경우 차액은 신BB에게 지급한다.XX0,000,000원 이하로 매매계약 체결시 약 8개월 후 202X. X. XX.까지 거주할 수 있도록 한다. 매매계약이 안되었을 경우 매도인 신BB은 202X. X. XX.까지 명도하기로 한다’는 내용의 확인서를 작성하여 교부하였다.

원고는 이 사건 주택의 1/2 지분권자인 신CC으로부터 이 사건 주택 지분을 매수하려 하였으나 무산되었고, 신CC을 피고로 하여 서울중앙지방법원 202X가단XXXXXXX호로 공유물분할소송을 제기하여 202X. X. XX. ‘이 사건 주택을 경매에 부쳐 그 매각대금에서 경매대금을 공제한 나머지 금액을 원고와 피고에게 각 1/2로 분배한다’는 내용의 화해권고결정을 받아 위 화해권고결정이 202X. X. XX. 확정되었다. 신BB은 202X. X. XX. 이 사건 주택에서 퇴거하였고, 원고와 신CC은 202X. X. XX.이DD에게 이 사건 주택에 대하여 전세보증금 XX0,000,000원, 임대차기간 202X. XX.XX.부터 202X. XX. XX.까지로 하는 내용의 임대차계약을 체결하였으며, 원고는 이 사건 변론종결일 기준 이 사건 주택에 전입신고를 한 내역이 없다.

라. 피고는 202X. X. X. 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령(2022.5. 31. 대통령령 제32654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제11항, 제155조 제1항 제2호 가목의 일시적 1세대 2주택 비과세 특례상 신규 주택 전입요건이 충족되지 않았다는 이유로 원고에게 2022년 귀속 양도소득세(가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 조세심판원에 이 사건 부과처분의 취소를

구하는 심판청구를 하였으나 조세심판원은 202X. XX. X. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 8 내지 20호증(각 가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 이 사건 주택을 매수할 당시 이 사건 주택에 실거주하기 위하여 매도인

신BB에게 확인서를 받고, 1/2 지분권자인 신CC과도 협의한 후 이 사건 주택을 매

수하였다. 그런데 신CC이 계약 전 이야기한 바와 달리 원고에게 지분을 양도하는

것에 소극적이었고, 신BB도 지분을 매도한 후 원고의 연락을 받지 않는 등 원고에게 이 사건 주택을 인도하지 않아 원고는 취득일로부터 1년 내에 이 사건 주택에 전입신고를 마치지 못하였다. 신BB이 퇴거한 후에도 공유지분권자인 신CC이

원고가 이 사건 주택에 전입하는 것을 반대하여 이 사건 주택에 대하여 제3자와 임대차계약을 체결하게 되었다. 결국 원고는 부득이한 사정으로 인하여 신규주택으로의 이사 및 전입요건을 충족하지 못한 것으로서 1세대 1주택 비과세의 배제대상에 해당하지 않는다.

2) 원고의 이 사건 주택 취득은 투기 목적이 전혀 없었는데 이에 대하여 전입요건을 엄격하게 적용하는 것은 판례 및 기존 결정례에도 반한다.

3) 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 (가)목 조항(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 2022. 5. 10. 대통령령 제32654호로 개정되면서 삭제되었는데, 행정기본법 제14조 제3항 을 고려할 때 원고에게는 위 개정된 소득세법 시행령 규정이 소급 적용되어야 한다.

4) 이 사건 시행령 조항은 모법의 위임범위를 일탈하여 위법하며, 헌법 제75조에 위배되어 위헌이다.

나. 관계 법령 : 별지 기재와 같다.

다. 이 사건 시행령 조항의 위헌성 여부에 관한 판단

1) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 1세대 1주택에 대하여 양도소득세 비과세

를 규정한 취지는 국민의 주거생활 안정 및 거주이전의 자유를 보장하기 위한 것이고, 주택 투기는 경제사정, 국민심리, 부동산정책 등 여러 사정에 영향을 받으므로 투기적 목적이 없는 1세대 1주택의 범위를 법률로 모두 규율하기 어려우며, 대통령령으로 정하여질 사항은 주택의 보유기간이나 일시적 다주택소유 등 투기적 목적의 인정 여부와 관련된 사항이 될 것임을 예측할 수 있어, 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가 포괄적 위임에 해당하여 조세법률주의에 반한다고 할 수 없다(헌법재판소 1997. 2. 20. 95헌바27 결정 참조).

2) 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택의 범위와 판단기준 등을 대통령령에 위임하였다. 조정대상지역 내 종전주택을 양도하기 전에 조정대상지역 내 신규주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 소득세법 시행령 제155조 제1항 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 1세대 1주택으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항 1세대 1주택 비과세 규정이 적용된다.

이 사건 시행령 조항은 ’신규주택 취득일로부터 1년 이내에 그 주택으로 세대전원

이 이사하고 전입신고‘까지 마칠 것을 요구하여, 조정대상지역 내 일시적 2주택자 비과세 요건을 강화하였다. 위 시행령 규정은 주택시장을 거주목적의 실수요 중심으로 개편하기 위해 실거주하지 않는 주택의 양도차익에 대한 과세를 강화해 나가기 위한 목적으로 추가되었다.

3) 전입신고는 실제 거주 이전 사실을 확인하기 위한 것이다. 비과세 요건으로 ’거주‘를 요구하는 것은 거주목적의 실수요 중심으로 비과세 요건을 강화하고자 하는 것이어서, 이는 투기적 목적이 없는 1세대 1주택의 범위를 구체화한 것으로 볼 수 있다. 이에 더하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정의 입법취지, 실제 주택 수요를 확인하기 위해 거주 여부를 확인하는 것은 정책 목적을 달성하기 위한 합리적인 수단인 점 등을 고려하면, 이 사건 시행령 조항은 주택 투기 방지를 위한 법령 목적 범위 내에 충분히 포함되고 법률의 위임 범위를 벗어나 명확성의 원칙이나 조세법률주의에 위배되었다고 볼 수 없다.

라. 이 사건 부과처분의 적법 여부 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 참조).

2) 앞서 본 처분의 경위, 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는

아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 원고의 이 사건 종전주택 양도에 이 사건 시행령 조항에 따른 일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례를 적용할 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

가) 소득세법은 원칙적으로 모든 양도소득에 대하여 과세하면서(제4조 제1항 제3

호), 예외적으로 정한 일부 양도소득에 한하여 비과세로 정하고 있고(제89조), 원고가 주장하는 일시적 2주택자에 대한 1세대 1주택 비과세 특례에 관한 이 사건 시행령 조항은 명백한 특혜규정이므로 앞서 본 엄격해석의 원칙에 따라 조세공평의 원칙에 부합하도록 그 요건을 엄격하게 해석하여야 한다.

나) 이 사건 시행령 조항에 의하면, 신규 주택의 취득일로부터 1년 이내에 세대 전

원이 이사하고 전입신고를 마쳐야 하는데, 원고는 현재까지도 이 사건 주택으로 이사 및 전입신고를 하지 아니하였고, 이 사건 시행령 조항은 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖의 부득이한 사유로 세대 구성원 중 일부가 이사를 하지 못하는 경우만을 예외사유로 규정하고 있을 뿐, 다른 어떠한 예외사유도 규정하고 있지 않다.

다) 원고는 투기목적 없이 이 사건 주택에 실제 거주하기 위하여 신BB으로부터이 사건 주택의 1/2 지분을 매수하였고, 매매계약 과정에서 다른 지분권자인 신CC과

협의하거나 기존 점유자인 매도인 신BB으로부터 인도와 관련하여 확인서를 받기도 하였으나 신CC이 원고에게 지분 매도금액을 지나치게 높게 요구하여 지분을 매수하지 못하였고, 신BB도 점유권원이 없는 상황임에도 이 사건 주택에서 퇴거하지 않았기 때문에 전입신고를 마치지 못하였다고 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 바와 같은 사정은 앞서 본 시행령에서 정한 예외사유 중 어느 것에도 해당하지 않을뿐더러, 소득세법 제89조 나 그 위임을 받은 이 사건 시행령 조항에서 신규주택을 취득한 목적을 고려하도록 정하고 있지도 않다.

라) 또한 원고는, 이 사건 시행령 조항에 정한 ‘세대전원의 이사 및 전입신고 요건’

은 납세자 편의 도모 및 주택임대차보호법과의 상충 등의 이유로 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정된 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 제2호 등에 의하여 삭제되었으므로, 이 사건 시행령 조항의 적용 여부 판단에 있어 위와 같은 개정 취지가 고려되어야 한다고 주장한다.

그러나 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 개정된 구 소득세법 시행령 부칙 제3조에 따르면 같은 시행령 제155조 제1항 제2호는 2022. 5. 10. 이후 종전의 주택을 양도하는 경우부터 적용되므로, 이 사건 신규주택 취득 및 이 사건 종전주택 양도에 관한 양도소득세 비과세 요건 해당 여부에 대해서는 이 사건 시행령 조항이 적용되는 점, 위 이사 및 전입요건이 삭제된 것은 정책 변경의 결과로 봄이 타당한 점, 원고의 가족 중 어느 누구도 위 시행령 조항이 정한 신규 주택으로의 이사 및 전입신고 요건을 갖추지 못한 점 등을 고려하면, 원고가 주장하는 개정 취지를 감안하더라도 원고에 대하여 위 시행령 조항의 적용이 배제된다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장 역시 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.