이 사건 임원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 비교대상 임원에게 지급한 금액을 초과하여 보수로 지급하였으므로, 이를 손금불산입한 이 사건 처분은 적법함

이 사건 임원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 비교대상 임원에게 지급한 금액을 초과하여 보수로 지급하였으므로, 이를 손금불산입한 이 사건 처분은 적법함

사 건

2025구합20855 법인세부과처분취소

원 고

A 주식회사

피 고

B세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 18.

판 결 선 고

2026. 9. 3.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 [별지 1] 이 사건 법인세 부과처분 기재 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분 중 000,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. ○. ○○. 설립되어 자동차용 기타 부품 제조업을 영위하는 법인으로, 주로 원재료인 코일선재를 매입하여 금형을 통한 냉간단조품(샤프트, 볼핀, 볼스터드 등)을 생산하여 국내외 자동차 부품 제조사에 공급하고 있다.

나. 원고의 주주현황(2022. 8. 31. 기준)은 아래 ‘A 주식회사 주주현황’ 표와 같고, 원고의 지배주주인 C의 동생인 D(이하 ‘이 사건 임원’이라고 한다)은 2009. ○. ○.부터 2022. ○. ○.까지 감사로, 2022. ○. ○.부터 현재까지 사내이사로 각 근무하고 있다. 2022. ○.경부터 2023. ○○.경까지 원고의 임원별 직위는 아래 ‘A 주식회사 임원별 직위’ 표와 같다(이하 E을 ‘비교대상 임원’이라고 한다).

(표 생략)

다. 원고는 이 사건 임원에게 급여로 2022사업연도(9월~12월)에는 000,000,000원을, 2023사업연도에는 000,000,000원을 각 지급하고, 이를 손금산입하여 각 사업연도별 법인세를 신고·납부하였다.

라. F지방국세청장은 2024. ○. ○.부터 2024. ○. ○○.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 2022, 2023사업연도에 지배주주와 친족 관계인 이 사건 임원에게 지급된 급여가 유사 업무를 수행하는 대표이사인 비교대상 임원에게 지급된 급여에 비하여 과다하다는 이유로 아래 ‘손금불산입 내역’ 표와 같이 원고가 이 사건 임원에게 지급한 급여 중 합계 000,000,000원(이하 ‘이 사건 부인액’이라 한다)을 손금불산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였고, 피고는 2024. ○○. ○○. 원고에 대하여 법인세 합계 000,000,000원 1) (= 2022사업연도 귀속 법인세 000,000,000원 + 2023사업연도 귀속 법인세 000,000,000원)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2025. ○. ○○. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2025. ○. ○. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제1 내지 3, 9 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

[별지 2] 관계 법령의 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

가. 아래의 이유에서 이 사건 부인액 전부가 손금으로 산입되어야 한다.

1) 원고는 2022. ○. ○○. 이 사건 임원이 대표이사로 있던 G 주식회사(이하 ‘합병소멸법인’이라 한다)를 흡수합병하면서 사업목적으로 금형제조업을 추가할 수 있었고, 위 합병 이후 이 사건 임원이 원고의 금형제조업 관련 업무에 관한 최종 결정권을 가지고 있는 임원으로 핵심적인 역할을 담당한 것에 반하여 비교대상 임원은 2019. ○.경 원고가 자산 0,000억 원 이상이 됨에 따라 대주주인 C 대신 대표이사 직함을 형식적으로 사용하고 있던 것에 불과하므로, 이 사건 임원은 비교대상 임원과 법인세법 시행령 제43조 제3항 의 ‘동일직위에 있는 임원’에 해당하지 않는다.

2) 이 사건 임원의 회사 내에서의 역할과 직무내용은 대체 불가능한 것이고, 회사매출에 대한 기여도 비교대상 임원보다 훨씬 큰 것으로 볼 수 있으며, 원고와 합병소멸법인의 합병계약에 따라 이 사건 임원이 합병소멸법인으로부터 지급받았던 것과 동등한 수준의 급여를 지급한 것인바, 원고가 이 사건 임원에게 비교대상 임원보다 높은 보수를 지급한 것에 ‘정당한 사유’가 있다.

나. 가사 원고가 이 사건 임원에게 비교대상 임원보다 높은 급여를 지급한 것 중 일부에 대하여 손금불산입 대상으로 인정하더라도, 이 사건 부인액 전부가 정당한 사유 없이 지급된 것으로 볼 수는 없다.

4. 판단

가. 관련 규정 및 법리

1) 법인세법 제26조 제1호 는 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 ‘인건비’를 규정하고 있고, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제43조 제3항 은 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 같다)인 임원 또는 사용인에게 정당한 사유 없이 ‘동일직위에 있는’ 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다고 하여, 내국법인이 지출한 인건비 중 손금에 산입하지 않는 항목을 구체화하고 있다. 위 법령 조항들은 법인이 정관이나 내부규정에 따른 정당한 내부절차를 거쳤는지 따지지 않고, 지배주주등 임원에 대하여 동일직위에 있는 임원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급함으로써 법인의 조세부담을 부당하게 경감시키거나 회피하는 행위를 규제하려는 것이고, 위와 같은 문언과 입법 취지 등에 비추어 보면, 동일직위에 있는지 아닌지는 법인등기부상 직위에 관계없이 회사의 내부 조직체계상 실제 종사하는 사실상의 직무를 기준으로, 정당한 사유는 지배주주등인 임원의 경영실적, 담당업무의 성질.중요도.소요 시간, 책임의 경중, 법인의 재무현황, 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 경제적 합리성을 기준으로 각 판단하여야 한다.

2) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

나. 인정사실

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거, 갑 제3, 5호증, 을 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

1) 원고는 2022. ○. ○○. 합병소멸법인과 합병계약을 체결하면서 아래 ‘합병계약서의 주요 내용’과 같이 특약사항으로 이 사건 임원에 대한 급여를 합병소멸법인이 지급한 급여와 동일한 수준으로 지급하기로 합의하였다. 원고는 이 사건 임원이 보유하고 있던 합병소멸법인의 지분(00%)을 양수한 뒤 2022. ○. ○○. 합병소멸법인을 합병하였다.

(계약서 생략)

2) 합병소멸법인 및 원고가 이 사건 임원에 대하여 지급한 급여 내역은 아래 ‘이 사건 임원 급여 지급내역’ 표와 같다.

3) 합병소멸법인의 2018 내지 2022사업연도 매출 및 당기순손익 내역은 다음 ‘G 주식회사 합병 전 주요 재무지표’ 표와 같고, 합병소멸법인은 피합병연도(2022년)에 6억 원 상당의 당기 순손실을 기록하였다.

4) 원고의 2022사업연도 매출액은 000,000,000,000원, 영업이익은 0,000,000,000원이고, 2023사업연도 매출액은 000,000,000,000원, 영업이익은 0,000,000,000원이며, 원고는 2022, 2023사업연도에 각 10억 원을 주주 배당금으로 지급하였다.

5) 이 사건 임원이 2023. ○○. ○○.자 부사장 보직 인사발령을 받기 이전의 원고의 조직도는 [별지 3] 원고의 조직도(2023. ○. ○○. 기준)와 같고, 비교대상 임원은 F지방국세청장의 원고에 대한 법인통합조사 과정에서 아래 ‘비교대상 임원 2024. ○. ○.자 문답서’와 같은 내용의 진술을 하였다.

(문답서 생략)

다. 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 2022년 및 2023년 이 사건 임원에 대하여 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 비교대상 임원에게 지급한 금액을 초과한 이 사건 부인액을 보수로 지급하였음이 인정되고, 나아가 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 부인액 중 이 사건 임원의 직무집행에 관한 대가가 일부 포함되어 있다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 비교대상 임원은 원고의 제품생산 및 영업 분야의 최고책임자(CEO)로 생산팀, 구매팀, 영업팀, 품질팀, 해외현지법인의 업무를 총괄하는 위치에 있고, 실제로 부사장의 직책을 수행하면서 지출결의서, 재고실사, 생산설비 교체, 성과지표 보고, 설비투자 검토, 원재료 사급협의, 단가협의 등 다수의 내부 작성문서의 최종결재권자 또는 사주인 C 이전 차순위 결재권자로 결재하였다. 이 사건 임원은 2023. ○○. ○○. 부사장 인사발령을 받기 전까지 감사팀장으로서 원고의 금형 관련 분야 및 내부감사에 관한 내부 작성문서의 최종결재권자로 결재하면서 원고 조직도상 대표이사이자 부사장인 비교대상 임원의 통할 하에 있는 직위에 있었고, 이 사건 임원이 부사장이 된 이후부터 경영지원팀, 재무감사팀의 업무를 총괄하게 되었고 직제상 비교대상 임원과 동등한 위치에 놓인 것을 감안하면, 원고가 이 사건 임원에게 부당하게 과다한 급여를 지급하였는지 판단함에 있어 비교대상 임원은 법인세법 시행령 제43조 제3항 소정의 ‘동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원’에 해당하는 것으로 넉넉히 인정된다.

2) 이 사건 임원이 원고로부터 받은 급여는 비교대상 임원의 급여와 비교할 때 2022년도(9월부터 12월까지)를 기준으로 약 2.84배, 2023년도를 기준으로 약 3.05배에 달하고, 2023년도 원고의 매출액 대비 0.42%, 영업이익 대비 4.95% 2) 를 급여로 받은 것인바, 앞서 본 이 사건 임원과 비교대상 임원이 조직체계상 실제로 담당한 역할 등에 비추어 볼 때 이 사건 임원이 ‘정당한 사유 없이’ 과다한 급여를 받은 것으로 볼 수 있다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

① 비교대상 임원은 1990년경 원고의 직원으로 입사하여 약 30년간 근무하면서 업무에 대한 능력과 전문성을 인정받아 2019년부터 제품생산 및 영업 분야의 최고책임자에 취임하였고, 원고의 등기 대표이사로 등재되어 원고가 수행하는 영업 분야 전반에 걸쳐 책임과 위험을 부담하고 있으며, 비교대상 임원이 총괄하고 있는 생산팀, 구매팀, 영업팀, 품질팀, 해외현지법인은 자동차 부품 제조업체인 원고의 매출과 직결되는 핵심부서인 점에 비추어 볼 때, 비교대상 임원이 담당하고 있는 업무의 중요도나 영업실적에 대한 기여가 이 사건 임원과 비교할 때 결코 낮은 것으로 볼 수 없다.

② 원고는 이 사건 임원이 대표이사로 있던 합병소멸법인을 흡수합병하면서 사업목적으로 금형제조업을 추가하였고, 원고의 2023사업연도 매출액은 전년도 대비 0,000,000,000원(= 000,000,000,000원 - 000,000,000,000원)이, 영업이익은 전년도 대비 000,000,000원(= 0,000,000,000원 - 0,000,000,000원)이 각 증가하였으며, 합병계약에 따라 원고의 사내이사로 취임한 이 사건 임원이 원고의 금형 관련 분야를 총괄하면서 위와 같은 매출 및 영업이익 증가에 일정 부분 기여한 것으로 볼 수 있으나, 앞서 본 원고의 조직체계상 위와 같은 매출액, 영업이익 증가가 전적으로 이 사건 임원의 기여에 따른 것이라거나 이에 대한 이 사건 임원의 기여가 비교대상 임원의 기여보다 월등한 것으로 보기는 어렵고, 합병소멸법인의 합병 전 최근 5개년 간 당기 순손익율 수준(0~2%)을 고려할 때 이 사건 임원이 보유한 금형제작 기술 및 노하우의 우수성이 원고의 매출액 및 영업이익 증가에 기여한 바는 제한적인 것으로 볼 수 있다.

③ 원고는 이 법원에 A, G 합병 전후 제조원가 분석표(갑 제11호증)를 제출하면서, 위 분석표에 의하면 합병소멸법인의 2021사업연도 대비 연간 약 0억 0,000만 원의 제조원가 절감 효과가 발생하였고, 이는 이 사건 임원이 원고의 사내이사로 취임한 뒤 금형반을 총괄하여 원가 관리와 기술 혁신을 달성한 성과라고 주장하나, 합병과정에서 발생한 계정항목 이동 및 자료의 혼화로 인하여 원고가 제출한 위 분석표만으로는 합병 전후의 제조원가 절감 효과를 분석하는데 한계가 있고, 원고가 주장하는 제조원가 절감 효과가 발생하였다고 가정하더라도 그것이 전적으로 이 사건 임원의 기여에 따른 것이라거나 이 사건 임원이 보유한 특별한 금형 관련 기술에 의한 것이라 볼 만한 사정도 발견되지 않으며(이 사건 임원은 원고에 대한 법인통합조사 과정에서 금형제작을 위한 핵심기술이나 특허를 보유한 것이 없다고 진술하기도 하였다), 원고가 이 사건 임원에게 지급한 급여 수준은 위와 같은 경영실적과 관계없이 합병소멸법인과 체결한 합병계약 특약사항에 따라 결정한 것으로 보인다.

3) 한편, 원고는 합병소멸법인과 체결한 합병계약의 이행으로 이 사건 임원에게 종전과 동일한 수준의 급여를 지급한 것이므로 이 사건 부인액을 이 사건 임원의 급여로 지급한 것에 정당한 사유가 있다고 주장하나, 이 사건 임원과 특수관계에 있는 원고의 지배주주 C은 실질적으로 원고의 의사결정 권한을 가지고 있어 임원 보수금의 결정을 사실상 자유롭게 결정할 수 있는 지위에 있었고, 합병소멸법인은 피합병연도(2022년) 당시 0억 원의 당기순손실을 기록하였을 뿐만 아니라 2018 내지 2021사업연도에 당기 순손익율이 0~2%대에 불과하고 금형제작을 위한 핵심기술이나 특허를 보유하고 있지 않아 그 실질가치가 낮은 것으로 평가할 수 있으며, 합병소멸법인이 이 사건 임원에게 지급한 급여 수준(0억 0,000만 원)은 합병소멸법인의 매출액이나 영업이익에 비하여 지나치게 과다한 것이었음에도 불구하고 원고가 합병소멸법인을 합병하는 대가로 이 사건 임원에게 종전과 동일한 고액 급여를 보장한 것은 건전한 사회통념이나 상관행 등에 비추어 합리성을 갖춘 것으로 보기 어렵다. 이 사건 임원도 원고에 대한 법인통합조사 과정에서 ‘합병소멸법인이 월 0억 정도의 매출을 하다가 코로나 이후 월 0억 원으로 매출이 급감하고, 자동차 업계가 전기차로 패러다임이 변화하면서 금형업체를 운영함에 어려움이 많아 원고에 합병을 요청하였다’고 진술하였고, 달리 합병소멸법인의 위와 같은 재무상태가 일시적 요인에 의한 것이었다거나, 그와 같은 불리한 사정을 상쇄할 만한 합병에 따른 이익이 존재한다는 사정도 발견되지 않는바, 위 합병계약에서 이 사건 임원에 대한 고액 급여를 보장한 것은 정상적인 합병대가를 지급한 것이 아니라 보수의 형태를 빌려 법인의 자금을 분출한 것으로 봄이 상당하므로 위와 같은 사정을 이 사건 임원에 대한 초과 보수지급의 정당한 사유로 볼 수 없다.

4) 원고가 제출한 증거들만으로는 원고의 매출액 및 영업이익의 증가에 이 사건 임원의 경영참여가 어느 정도 기여하였는지 확정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거도 없는바, 결국 이 사건 부인액 전액을 손금불산입함이 타당하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 가산세를 포함한다.

2) 원고의 월별 매출액, 영업이익을 알 수 없으므로 2022년도 원고의 매출액, 영업이익 대비 급여 비율은 산정하지 않는다.