대표자 인정상여 처분에 따른 종합소득세

이 사건 회사의 대표이사들이 각자 대표이사라는 사정만으로는 피고가 산정한 회사의 소득금의 귀속이 분명하다고 볼 수 없음

사 건

2025구합5484 종합소득세부과처분취소

원 고

조○○

피 고

□□세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 21.

판 결 선 고

2026. 7. 2.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 6. 17. 원고에게 한 2019년 귀속 종합소득세 1,973,420원 및 2020년 귀속 종합소득세 29,297,780원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. AA종합건설 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 토목공사업 등을 목적으로 2004. 2. 20. 설립된 회사로, 피고는 2022. 6. 24. 위 회사의 사업자등록을 직권말소하였다.

나. 원고는 2003년경부터 ‘BB전기공사’라는 상호로 건설업 및 전기공사업을 영위하는 사람으로, 2018. 7. 19.부터 2020. 5. 15.까지 이 사건 회사의 법인등기사항증명서에 각자 대표이사로 등재되어 있었고, 위 기간 동안 원고 외에도 박CC, 나DD, 안EE이 위 회사의 각자 대표이사로 함께 등재되어 있었다.

다. FF세무서장은 이 사건 회사가 2019년 2기 부가가치세 과세기간에 GG건설로부터 98,636,363원의 허위 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취한 사실을 확인하여 이를 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 위 통보에 따라 위 세금계산서의 공급가액을 손금불산입하고, 위 계산서 기재 가공매입금액의 귀속이 불분명하다고 보아 이를 원고를 포함한 이 사건 회사 대표이사들의 상여로 소득처분 하였다.

마. 피고는 이 사건 회사가 2020년도 법인세를 신고하지 않은 사실을 확인하여 추계조사·결정 방법으로 이 사건 회사의 소득금액 1,302,163,965원을 산정하고, 이 역시 그 귀속이 불분명하다고 보아 위 회사 대표이사들에 대한 상여로 소득처분 하였다.

바. 피고는 2023. 12. 1. 위 소득처분들에 따라 원고에게 2019년 귀속 종합소득세1,973,420원, 2020년 귀속 종합소득세 120,971,620원을 경정·고지하였다. 피고는 2024.6. 17. 원고가 2020. 5. 15. 이 사건 회사의 대표이사에서 사임한 사실을 확인하여 원고의 재직기간 일수에 비례하여 인정상여 처분금액을 감액한 후, 2019년 귀속 종합소득세 1,973,420원, 2020년 귀속 종합소득세 29,297,780원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2025. 2. 24. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제5~9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 회사의 명의상 대표이사에 불과하므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고가 이 사건 회사의 실질 대표이사로 각자 대표이사 중 1명이라고 하더라도 원고가 실제 관여한 영업이 없어 원고에게 귀속된 소득이 존재할 수 없다. 그러므로 2020년 귀속 종합소득세의 산정에 있어 법인세법 제54조 가 적용될 수 없으므로 원고의 퇴직일인 2020. 5. 15.이 속한 2020년도 1분기에 속하는 부가가치세에 대해서만 상여 소득처분이 이루어져야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1 주장에 관한 판단

회사의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있는 사람이라도 당해 회사를 실질적으로 운영한 사실이 없다면 그 회사의 귀속불명 소득을 그에게 귀속시켜 종합소득세를 부과할 수 없다. 한편 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정할 수 있으므로 법인등기부상의 대표이사가 실질적으로 회사를 운영하지 아니하였다는 사실은 이를 주장하는 측에서 입증하여야 한다(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두187 판결 등 참조).

앞서 든 증거들, 을 제1, 2호증의 각 기재, 이 법원에 현저한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정을 종합하면 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 회사의 명의상 대표이사에 불과하다는 사실을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없어, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 이 사건 회사는 원고 소유의 HH종합상가 에이동 201호에 소재하고 있고, 위 장소에 원고가 운영하고 있는 개인사업체도 함께 소재하고 있다 1) . 이 사건 회사는 2016. 12. 9.경 원고로부터 보증금 5,000,000원에 위 호실의 일부를 임차하였고, 원고와 별도의 차임 약정은 체결하지 않았다.

② 원고는 2018년 이 사건 회사의 대표이사로 취임하면서 이 사건 회사의 주식 12,500주를 취득하였고, 이는 이 사건 회사 주식의 총 25%에 달한다.

③ 원고는 나DD에게 이 사건 회사의 인수대금 50,000,000원을 대여하였고, 나DD 이 위 대여금을 변제하지 않을 경우 이 사건 회사의 건설업 면허를 처분하는 것을 용이하게 하기 위해서 이 사건 회사의 대표이사로 취임하였다고 주장한다. 그러나 원고가 나DD으로부터 위 대여금의 이자를 지급 받았다는 별다른 증거가 존재하지 않는 점, 원고가 차용증이 작성된 날로부터 상당한 시간이 경과한 후에서야 이 사건 회사의 대표이사로 취임한 점, 원고가 위 돈을 변제받지 못하였음에도 이 사건 회사의 건설업면허 처분에 나서지는 않은 점에 비추어 보면 원고의 위와 같은 주장은 믿기 어렵다.

④ 원고가 이 사건 회사로부터 급여를 받지 않은 것으로 보이기는 하나, 또 다른 대표이사인 박CC 역시 급여를 지급받지 않았고, 오히려 이 사건 회사의 주주에 불과한 이원교에게 급여가 지급된 사실에 비추어 보면, 급여의 지급 여부를 기준으로 원고가 대표이사인지를 판단하기는 어려운 것으로 보인다.

2) 제2 주장에 관한 판단

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법인세법’이라 한다) 제67조, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘ 법인세법 시행령’이라 한다) 제106조 제1항 제1호 단서는 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다’는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 소득세를 납부할 의무가 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다 49789 전원합의체 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 본 것처럼 원고가 명의상으로만 이 사건 회사의 대표이사라고 볼 수 없어 원고가 이 사건 회사의 영업에 관여하지 않았다고 보기는 어렵고, 이 사건 회사의 대표이사들이 각자 대표이사라는 사정만으로는 피고가 산정한 이 사건 회사의 2020년도 소득금액의 귀속이 분명하다고 볼 수도 없다. 그러므로 위 소득금액의 귀속이 분명하지 않음을 전제로 원고를 포함한 이 사건 회사의 대표이사에 대하여 한 상여 소득처분은 적법하고, 이에 따른 이 사건 처분도 적법하다고 볼 수 있어, 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각한다.