사업자등록 거부처분이 항고소송이 대상이 되는 행정처분에 해당하는지 여부

부가가치세법의 내용, 사업자등록제도의 취지, 사업자등록의 법적 성질 등을 종합하면, 부가가치세법에 따른 사업자등록, 사업자등록말소, 사업자등록정정 등은 사업자로서의 지위에 영향을 주는 등 실체상 권리관계를 변동시키는 효력이 없으므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없음

사 건

2025구합55657 사업자등록거부처분취소

원 고

AAA

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 15.

판 결 선 고

2026. 7. 3.

주 문

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. x. xx. 원고에 대하여 한 사업자등록거부처분을 취소한다.

이 유

1. 사건의 경위

가. 20xx. x. x. 서울 ○○○구 ○○○XX길 X, 1층 점포 53.25㎡(○○동)(이하 ‘이 사건 점포’라고 한다)에 관하여 임대인은 CCC, 임차인은 DDD(EEE의 어머니임)으로 하여 임대차계약이 체결되었다(임대차계약기간: 202X. X. XX.부터 202X. X. XX.까지). 그 후 원고는 위 점포의 절반(면적 26.625㎡)인 101호에서 ‘FFF’이라는 상호로 사업을 영위하고 있고, DDD은 나머지 절반인 102호에서 ‘GGG’라는 상호로 사업을 영위하고 있다. DDD은 20XX. X. XX. 이 사건 점포를 사업장소재지로 하여 ‘GGG’라는 상호로 사업자등록을 하였다.

나. 원고는 20XX. X. XX. 임대인인 CCC을 대리한 HHH과의 사이에 이 사건 점포에 대한 상가임대차계약서를 작성하였는데(임대차계약기간: 20XX. X. XX.부터 20XX. X. XX.), 위 계약서의 ‘임차인’란에는 DDD을, ‘공동임차인’란에는 원고를 기재하였다(‘임차인’인 DDD은 위 임대차계약서에 서명․날인하지 않았다).

다. 원고는 20XX. XX. XX. 이 사건 점포를 사업장소재지로 하여 ‘FFF’ 상호로 사업자등록을 신청하였다가 그 접수를 취하하였다. 원고는 20XX. XX. XX. 임대인인 CCC을 상대로 ‘원고가 이 사건 점포 중 절반 부분의 임차인 지위에 있음을 확인 청구’하고 DDD을 상대로는 ‘관할 세무서에 GGG의 사업장 면적을 축소 신고하고, 매입세액공제를 받은 1,XXX만 원을 원고에게 부당이득으로 반환할 것을 청구’하는 내용의 소를 제기하였는바, 제1심 법원은 20XX. X. XX. 임대인이 원고가 이 사건 점포 중 절반 부분의 임차인 지위에 있음을 다투지 않는 이상 이를 확인할 소의 이익이 없다고 보고 임대인에 대한 소는 부적법하여 각하하고, DDD에 대한 사업장 면적 축소신고 청구를 기각하고 부당이득반환청구를 인용하는 내용의 판결을 선고하였다(서울○○지방법원 202X가합XXXXXX호). 위 판결은 그 무렵 확정되었다.

라. 원고는 위 판결 선고 이후인 20XX. X. XX. 피고에게 이 사건 점포를 사업장소재지로 하여 사업자등록 신청을 하였다. 피고는 20XX. X. XX. ‘원고의 사업장 개설 확인 불가(임차인이라고 보기 부족함)’라는 사유를 들어 사업자등록을 거부한다는 통지를 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 9호증, 을 제 1 내지 5호증의 각 기재

2. 본안전 항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

1) 피고의 사업자등록증 교부는 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하고 그로 인하여 원고의 사업자로서의 지위에 변동을 가져오는 것이 아니다. 이 사건 피고의 사업자등록 거부행위는 처분성이 없어 항고소송으로 다툴 수 없으므로, 이 사건 소는 부적법하다.

2) 원고는 국세기본법이 정한 전심절차를 거치지 아니한 채 이 사건 소를 제기하였으므로, 이러한 점에서도 이 사건 소는 부적법하다.

나. 판단

1) 부가가치세법 제8조 제1항 , 제7항에 의하면, 사업자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 하고, 위 신청을 받은 관할 세무서장은 사업자등록을 하고 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 사업자등록증을 발급하여야 한다. 이러한 부가가치세법상의 사업자등록은 과세관청으로 하여금 부가가치세의 납세의무자를 파악하고 그 과세자료를 확보케 하려는 데 입법취지가 있는 것으로서, 이는 단순한 사업사실의 신고로서 사업자가 소관 세무서장에게 소정의 사업자등록신청서를 제출함으로써 성립되는 것이고, 사업자등록증의 교부는 이와 같은 등록사실을 증명하는 증서의 교부행위에 불과하다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2008두2200판결 등 참조).

2) 이와 같은 부가가치세법의 내용, 사업자등록제도의 취지, 사업자등록의 법적 성질 등을 종합하면, 부가가치세법에 따른 사업자등록, 사업자등록말소, 사업자등록정정 등은 사업자로서의 지위에 영향을 주는 등 실체상 권리관계를 변동시키는 효력이 없으므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소는 부적법하다.

3) 설령 피고의 20XX. X. XX.자 사업자등록 거부행위가 국민의 권리행사를 제한하거나 권리행사에 중대한 지장을 초래하여 예외적으로 처분성이 긍정된다고 하더라도, 원고는 국세기본법이 정한 전심절차를 거치지 아니한 채 이 사건 소를 제기한 이상 그러한 점에서도 이 사건 소는 부적법하다. 즉 국세기본법 제55조 는 “이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 법 제56조 제2항은 “제55조에 규정된 위법한 처분에 대한 행정소송은 이 법에 따른 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다”고 규정하고 있는바, 원고가 그러한 불복절차를 거치지 아니하였고, 달리 이 사안에서 원고가 국세청장과 조세심판원으로부터 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 이미 판단을 받았다거나 굳이 전심절차를 또 거치게 하는 것이 가혹하다고 볼 수 있는 사정이 인정되지도 않는다.

4) 피고의 본안전 항변은 이유 있다.

3. 결론

이 사건 소는 부적법하여 각하한다.