특허권 양도에 대해 부당행위계산 부인을 적용하여 법인세를 부과한 처분 및 소득금액변동통지의 위법 여부

특허권은 무수익 자산으로서 상각비를 부인하여 법인세를 부과한 처분은 적법하나, 특허권 양도소득은 2017년에 성숙·확정되었으므로 부과제척기간을 경과하여 이루어진 소득금액변동통지는 위법함

사 건

2025구합61695 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAAAAA

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 11.

판 결 선 고

2026. 7. 16.

주 문

1. 피고가 20xx. x. xx. 원고에게 한 소득금액변동통지(소득종류: 상여, 귀속연도: 20xx, 소득금액: xxx,xxx,xxx원, 소득자: 박BB)를 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 20xx. x. xx. 원고에게 한 20xx 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원 부과처분 및 20xx. x. x. 원고에게 한 20xx 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원, 20xx 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원, 20xx 사업연도 법인세 xx,xxx,xxx원 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 20xx. x. xx. 건축자재 도, 소매업 등을 목적으로 설립된 주식회사이고, 박BB은 원고의 대표이사이자 원고 발행 주식의 xx%를 보유하고 있는 주주이다.

나. 박BB은 19xx. x. xx.경부터 DDDD라는 상호로 PVC제품 유통업을 운영하던 중, 19xx. x. xx. 주식회사 FF FFF(이하 ‘소외 회사’라 한다)를 설립하였고, 소외 회사의 대표이사이자 대주주의 지위에서 반도체공장 폐수라인 시공, 수리에 필요한 플라스틱 제품을 위탁생산 및 공급하는 사업 등을 운영하여 왔다.

다. 박BB은 소외 회사의 대표이사로 재직하는 과정에서 알게 된 지식과 경험을 이용하여 20xx. 초경 반도체공장 폐수라인을 구성하는 파이프를 연결할 때에 필요한 부품인 ‘새들’과 ‘플랜지’를 일체형으로 구성하는 기술(기술명: ○○ ○○○)을 발명하였고(이하 ‘이 사건 발명’이라 한다), 출원일 20xx. xx. x., 등록일 20xx. xx. x., 등록번호 제xx-xxxxxxx호로 하여 이 사건 발명을 출원 및 등록하였다(이하 ‘이 사건 특허권’이라 한다).

라. 박BB은 20xx. x. xx. 원고에게 이 사건 특허권을 xxx,xxx,xxx원에 양도하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다). 원고는 20x 사업연도에 이 사건 특허권 xxx,xxx,xxx원을 무형자산으로 계상하는 한편, 원고의 박BB에 대한 가지급금에서 위 금액을 상계하는 방식으로 이 사건 특허권 양도대금을 지급한 것으로 회계처리를 하였다. 또한 원고는 20xx 내지 20xx 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 특허권에 대한 감가상각비로 합계 xxx,xxx,xxx원을 손금으로 산입하였다(사업연도별 손금 산입 내역은 아래 표 기재와 같다).

사업연도

20xx

감가상각비

xxx,xxx,xxx원

마. 피고는 원고가 특수관계인인 박BB으로부터 이 사건 특허권의 취득을 가장하여 감가상각비를 손금에 산입한 것이 부당행위계산에 해당한다고 보아 위 감가상각비 전액을 손금불산입하여 아래 표 기재와 같이 원고의 2018 내지 2021 사업연도 법인세를

증액경정 하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

처분일

법인세

20xx. x. xx.

xx,xxx,xxx원

20xx. x. x.

합계

바. 또한 피고는 20xx 사업연도에 이 사건 특허권 양도대금 지급 명목으로 박BB에 대한 가지급금 채권에서 xxx,xxx,xxx원을 상계하는 방법으로 위 금액을 대표이사인 박BB에게 사외유출하였다고 보아, 20xx. x. xx. 원고에게 ‘소득종류: 상여, 귀속연도: 2018, 소득금액: xxx,xxx,xxx원, 소득자: 박BB’으로 하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).

사. 원고는 20xx. x. xx. 이의신청을 거쳐 20xx. x. xx. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 20xx. x. xx. 기각 결정을 하였다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는, 박BB이 원고의 대표이사로 재직 중에 이루어진 이 사건 발명은 직무발명에 해당하여 원고가 이 사건 특허권의 실질적인 소유자일 뿐만 아니라 이 사건 특허권이 무수익 자산으로 경제적 가치가 없음에도 불구하고, 박BB이 원고에게 이 사건 특허권을 xxx,xxx,xxx원에 양도하는 내용의 이 사건 계약을 체결한 후 위 특허권의 감가상각비를 손금에 산입한 것은 부당행위계산에 해당한다고 보아 이 사건 부과처분을 하였다.

그러나 박BB은 원고가 설립되기 이전인 20xx. 말경 이 사건 발명을 발명하였으므로, 이 사건 특허권이 직무발명으로서 원고의 소유라고 볼 수 없다. 또한 이 사건 특허권의 양도대금은 전문가의 기술평가결과에 따라 객관적으로 산출되었고, 이 사건 특허권을 실시한 제품으로 다액의 매출이익을 실현하였으므로 이 사건 특허권이 경제적 가치가 없다고 할 수도 없다. 따라서 이 사건 부과처분은 위법하다.

나. 이 사건 발명이 원고의 직무발명에 해당하는지 여부

1) 관련 법리

특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조 제1호 는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을 말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는 바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 발명자에 해당하기 위해서는 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 하고[대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705(본소), 2011다67712(반소) 판결 참조], 발명자에 해당하는지 여부는 특허출원서의 발명자란의 기재 여부와 관계없이 실질적으로 정해지는 것이다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011도10525 판결 참조).

발명진흥법은 ‘직무발명’을 ‘종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 ’종업원등‘이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자·법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 ’사용자등‘이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명’으로 정의한다(제2조 제2호). 한편 직무발명에 대하여 종업원등이 특허등을 받은 경우 사용자등은 그 특허권등에 대하여 통상실시권을 가지고(제10조 제1항 본문), 종업원등의 직무발명에 대하여 사용자등에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키기로 하는 내용의 계약을 체결하거나 그와 같은 근무규정이 있는 경우 사용자등은 직무발명에 대한 특허등을 승계취득할 수 있다(제10조 제1항 단서 제1호, 대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320 판결 참조).

2) 이 사건의 경우

위에서 본 사실과 증거, 갑 제9호증의 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면 이 사건 발명의 발명자는 박BB으로 봄이 타당하고, 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 발명이 원고의 직무발명으로서 이 사건 특허권의 실질적 소유권이 원고에게 귀속된다고 보기 어렵다.

① 박BB은 19xx. x. xx.경부터 개인사업자, 소외 회사 대표이사의 지위에서 PVC제품 유통업을 영위하면서 반도체공장 폐수라인을 구성하는 파이프 연결, 피팅에 관한 지식과 경험을 쌓아 왔다. 박BB은 장기간 업무경험을 통해 파이프 연결시 새들과 플랜지를 각각 납품받아 시공할 경우 플랜지 설치에 많은 시간이 소비되고 새들과 플레이트 접촉면에 누수 발생우려가 있다는 문제의식을 갖게 되었고, 이를 해결하기 위한 많은 노력 끝에 늦어도 20xx. 초경 유체의 누출 우려가 없고 설치 공정을 단순화할 수 있도록 새들과 플랜지를 일체화한 이 사건 발명을 한 것으로 보인다.

② 이 사건 발명을 실시하여 제작된 시제품에 관한 사진이 20xx. x. xx. 촬영되었고, 박BB은 20xx. x. x. CCCC에게 이 사건 발명을 적용한 제품을 대량사출생산을 하기 위한 금형제작을 맡기고 금형비를 지급하기로 하는 계약을 체결하였다. 이러한 사실관계를 종합하면, 이 사건 발명이 완성된 시점은 원고가 설립된 20xx. x. 이전이라고 보는 것이 합리적이다(원고는 20xx. 하반기에 이 사건 발명을 완성하였다고 주장하고 있다). 이와 같은 사건의 선후관계에 비추어 보았을 때 이 사건 발명은 발명진흥법 제2조 제2호 에 따라 소외 회사의 직무발명에 해당할 수 있음은 별론으로 하고, 적어도 원고의 직무발명에 해당한다고 볼 수 없음은 분명하다.

③ 설령 피고의 주장과 같이 이 사건 발명을 원고의 직무발명에 해당한다고 보더라도, 원고는 주식회사이므로 직접 기술적 사상의 창작행위인 발명을 할 수 없고, 특허법 제33조 제1항 에 따라 발명을 한 자의 승계인으로서 특허를 받거나, 특허권을 양수할 수 있을 뿐이다. 그런데 원고와 박BB이 직무발명에 대하여 원고에게 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 승계시키기로 하는 내용의 계약을 체결하였다거나 원고의 근무규정에 위와 같은 내용이 존재한다는 점을 뒷받침하는 증거가 없으므로, 원고가 이 사건 계약 체결 이전에 이 사건 발명에 관하여 특허를 받을 수 있는 권리 등을 보유하고 있었다고 단정할 수 없다.

다. 이 사건 특허권이 무수익 자산에 해당하는지 여부

법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 참조).

법인세법 시행령 제88조 제1항 제2호 는 ‘무수익 자산을 매입하는 경우’를 부당행위계산의 유형 중 하나로 정하고 있는데, 이 때 ‘무수익 자산’이란 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2003두13267 판결 참조).

위에서 본 사실과 증거에 갑 제10 내지 14호증, 을 제6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하면, 이 사건 계약이 체결된 20xx. x. xx. 기준으로 볼 때 이 사건 특허권은 무수익 자산에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 박BB으로부터 이 사건 특허권을 매입하고 감가상각비를 손금에 산입한 것을 조세부담을 경감시키기 위한 불합리한 행위계산으로 보아 이루어진 이 사건 부과처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고는 20xx. x.경 이 사건 특허권에 관한 기술가치평가를 의뢰하였고, 특허법률사무소는 20xx. x. xx. 수익접근법에 따라 이 사건 특허권으로부터 발생하는 미래현금흐름의 현재가치 합계에 기술기여도를 곱하는 방식을 적용하여 이 사건 특허권의 기술가치를 xxx,xxx,xxx원으로 산정하였으며, 원고와 박BB은 이 사건 특허권 양도대금을 위 기술가치평가 결과에 따라 산정한 것으로 보이기는 한다.

그러나 위 기술가치평가서의 유효기간은 20xx. x. xx.로 단기간으로 설정되어 있는 점, 원고는 20xx.경부터 20xx.경까지 박BB으로부터 무상으로 이 사건 특허권의 사용권을 얻어, 위 특허권을 실시한 제품을 판매하여 x년간 매출이익 약 xx억 x,xxx만 원을 실현하였다고 주장하면서도, 이 사건 계약이 체결된 이후에도 이 사건 특허권과 관련하여 매출이익을 얻었다는 점에 관한 증거를 전혀 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 기술가치평가 결과를 그대로 믿기 어렵다.

② 원고는 거래처가 반도체 공장을 증설할 경우 이 사건 특허권을 실시한 제품 매출로 이익을 얻을 가능성이 높기 때문에 이 사건 계약을 체결하게 되었다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 20xx.경부터 20xx.경까지 박BB으로부터 이 사건 특허권을 사용할 권리를 무상으로 제공받아 이 사건 특허권 실시 제품을 위탁생산해 온 것으로 보이는바 원고로서는 20xx.경 유상으로 이 사건 특허권을 양수할 경제적 동기가 없었을 것으로 보이는 점, 박BB도 이 사건 부과처분에 앞서 실시된 세무조사 당시 보험 컨설팅업체로부터 자신이 보유하고 있는 특허권을 원고에게 양도하고, 그 양도대금을 대표이사 가지급금과 상계 처리하라는 권유를 받아 1년간 고민 끝에 이 사건 계약을 체결하게 되었다고 밝힌 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장을 그대로 믿기 어렵다.

③ 원고가 이 사건 부과처분의 대상이 되는 20xx 내지 20xx 사업연도에 이 사건 특허권 실시에 따라 매출이 발생하였음을 뒷받침하는 증거를 제출하지 못하고 있는 이상, 이 사건 특허권은 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산에 해당한다고 봄이 타당하다.

④ 한편 원고는, 이 사건 특허권 이전행위는 20xx 사업연도에 종료되었으므로, 이 사건 부과처분은 20xx 사업연도 법인세의 부과제척기간을 도과하여 위법하다고 주장한다. 그러나 피고는 원고가 20xx 내지 20xx 사업연도에 무수익 자산인 이 사건 특허권에 관한 감가상각비를 손금에 산입한 행위를 부당행위계산으로 보아 이를 부인하고 위 각 사업연도 법인세를 부과한 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다.

4. 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

이 사건 특허권 양도대금 상당액 소득은 이 사건 계약이 체결된 20xx. 박BB에게 귀속되었다고 보아야 하는데, 이 사건 소득금액변동통지는 박BB에 대한 종합소득세의 부과제척기간을 도과한 이후에 이루어진 것으로서 위법하다.

나. 관련 법리

법인세법의 규정에 따라 법인의 대표자에 대한 인정상여로 소득처분되는 금액은 당해 법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보게 되나 이는 그 소득금액을 현실적으로 대표자에게 지급하는 것을 의미하는 것이 아니라 법으로 의제하는 것에 불과하므로, 위와 같은 소득금액변동통지서를 받은 법인의 원천징수의무가 성립하려면 그 성립시기인 위 소득금액변동통지서를 받은 때에 소득금액을 지급받은 것으로 보아야 할 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 성립되어 있어야 하며, 원천납세의무자의 소득세 납세의무가 그 소득세에 대한 부과제척기간의 도과 등으로 이미 소멸하였다면 법인의 원천징수의무도 성립할 수 없으므로, 그 후에 이루어진 소득금액변동통지는 위법하다고 할 것이다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 참조).

신고납세방식인 국세의 부과제척기간 기산일은 과세표준 신고기한 다음날이고( 국세기본법 제26조의2 제9항 , 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호), 종합소득세는 해당 과세기간의 다음 연도 5. 31.까지 신고하여야 하므로( 소득세법 제70조 제1항 ), 종합소득세 부과제척기간의 기산일은 종합소득세 신고기한 만료일의 다음 날인 ‘종합소득세 과세기간의 다음 연도 6. 1.’이 된다. 그리고 국세는 원칙적으로 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과하면 부과할 수 없다( 국세기본법 제26조의2 제1항 ). 소득세의 과세대상이 되는 소득이 발생하였다고 하기 위해서는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되어야 하고 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 소득이 발생할 권리가 성숙·확정되었는지 여부는 개개의 구체적인 권리의 성질이나 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 1997. 4. 8. 선고 96누2200 판결 참조).

다. 이 사건의 경우

위 법리에 비추어 보건대, 원고가 20xx. x. xx. 박BB으로부터 이 사건 특허권을 xxx,xxx,xxx원으로 양수하는 내용의 이 사건 계약을 체결한 사실은 위에서 인정한 바와 같은데, 박BB은 이 사건 계약이 체결됨에 따라 이 사건 특허권의 양도대금 상당액의 소득이 발생할 권리가 성숙·확정되었다고 봄이 타당하고, 원고가 20xx 회계연도에 이 사건 특허권을 무형자산으로 회계장부에 계상하였다는 사정만으로 위 소득이 20xx.에 박BB에게 귀속되었다고 볼 것은 아니다.

따라서 박BB에게 20xx년 귀속 종합소득세를 부과할 수 있는 날인 20xx. x. x.부터 5년의 부과제척기간이 경과하여 종합소득세 납세의무가 소멸된 후인 20xx. x. xx. 이루어진 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

5. 결론

원고의 청구 중 이 사건 소득금액변동통지 부분은 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.