이 사건 처분이 재조사 결정에 반하는지, 금융지주회사의 과세사업 영위 여부, 자회사 자금지원사업의 비과세사업 용역의 대가인지, 쟁점매입세액이 공통매입세액에 해당하는지 여부(입증책임)및 공통매입세액 안분방법의 적용 범위

·이 사건 재조사 결정의 취지에 따라 이루어 진 것으로 볼 수 있음

·원고는 브랜드관리 위탁업무에 관련된 용역을 제공하면서 그에 대한 대가로 이 사건 수수료를 지급받는 사업을 영위하였으므로 이 사건 수수료 관련 사업은 과세사업으로 볼 수 있음

·원고는 비과세사업인 자회사에 대한 자금지원사업을 영위하였다고 봄이 타당

·원고가 당초 신고한 부가가치세 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝혔다고 볼 수 있음

·이자수익과 배당수익이 ‘국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액’에 해당한다고 볼 수 없음

·비과세사업에 해당하는 용역 공급에 대한 대가가 존재하지 아니하여 구 부가가치세법시행령 제81조 제1항의 규정은 적용할 수 없음

사 건

2024누74979 부가가치세경정거부처분 취소 청구

원 고

AAA

피 고

BBB세무서장

변 론 종 결

2026. 1. 22.

판 결 선 고

2026. 7. 9.

주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 원고에게 한 별지 1 처분목록 중 귀속연도 20XX년 제X기부터 20XX년 제X기까지의 ‘불복세액’란 기재 금액의 각 부가가치세 경정거부처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 60%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한 별지 1 처분목록 ‘불복세액’란 기재 금액의 각 부가가치세 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 기초사실, 원고 주장의 요지, 관계 법령, 이 사건 처분 중 2014년 제1기~2016년 제2기 부분의 위법 여부에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 원고가 이 법원에서 주장을 추가함에 따라 아래와 같이 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제1항, 제2의 가항, 나항, 다항) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지 2를 포함하여 이를 인용한다.

【고치거나 추가하는 부분】

○ 4쪽 12줄의 “재조사 결정” 다음에 “(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)”를 추가하고, 10쪽 15줄 아래에 다음 내용을 추가한다.

『3) 이 사건 처분이 조세심판원 결정의 기속력에 반하는지 여부

가) 원고의 주장

이 사건 재조사 결정은 이 사건 매입세액을 공통매입세액에 해당한다고 보았으나, 피고는 이 사건 매입세액이 공통매입세액이 아님을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 이 사건 처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 저촉되어 위법하다.

나) 판단

(1) 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 제81조에서 ‘심판청구에 관하여는 심사청구에 관한 제65조를 준용한다.’고 규정하고, 제80조 제1항, 제2항에서 심판청구에 대한 결정의 효력에 관하여 ‘제81조에서 준용하는 제65조에 따른 결정은 관계 행정청을 기속하고, 심판청구에 대한 결정이 있으면 해당 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.’고 규정하고 있다. 그리고 구 국세기본법 제65조 제1항 제3호 는 “심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소․경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 다만 취소․경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 처분청으로 하여금 이를 재조사하거나 그 결과에 따라 취소․경정하거나 필요한 처분을 하도록 하는 재조사결정을 할 수 있다.”라고 규정하고 있다. 이와 같이 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있으므로, 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다(대법원 2024. 7. 25. 선고 2022두60745 판결 등 참조).

(2) 기초사실에서 본 바와 같이, 조세심판원은 ‘원고가 비과세사업과 과세사업을 겸영하면서 과세사업에 관련된 매입세액을 별도로 제시하지 아니하므로 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다’고 보아 ‘과세기간별로 총공급가액 및 비과세공급가액을 재조사하여 총공급가액 중 비과세공급가액이 차지하는 비율을 재산정한 후 그 결과에 따라 원고가 공제대상으로 경정청구한 매입세액에 그 비율을 곱하여 비과세사업에 관련된 매입세액을 산정하고, 공제대상으로 경정청구한 매입세액에서 비과세사업에 관련된 매입세액을 제외한 금액을 공제하는 매입세액으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하라’는 취지의 이 사건 재조사 결정을 하였다. 이에 따라 피고는 원고가 이 사건 수수료 수익(과세사업 수익)을 얻기 시작한 2017년 제1기부터 2019년 제1기까지 이 사건 수수료 수익에 대응하는 매입세액과 관련하여 별지 1 처분목록 ’환급세액‘란 기재 금액을 환급하였다. 이는 원고가 과세사업과 비과세사업을 겸영한 과세기간에 대하여 경정청구한 매입세액에서 총 수익 중 과세사업 수익이 차지하는 비율 상당액을 공제한 것으로, 이 사건 재조사 결정의 취지에 따라 이루어진 것으로 볼 수 있다.

(3) 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.』

2. 이 사건 처분 중 2017년 제1기~2019년 제1기 부분의 위법 여부에 관한 판단

가. 과세사업과 비과세사업의 겸영 여부

1) 과세사업

원고는 2017년 제1기부터 2019년 제1기까지 부가가치세 과세기간에 이 사건 상표의 상표권자인 CC은행으로부터 이 사건 수수료를 지급받았다. 원고가 이 사건 수수료 수익을 얻은 브랜드관리 위탁업무는 이 사건 상표의 가치를 제고하는 업무이거나 이를 위한 홍보업무로 보인다. 이는 금융지주회사법 제15조 , 금융지주회사법 시행령 제11조 제1항 제2호 (라)목, (마)목이 규정하고 있는 ‘전산, 법무, 회계 등 자회사 등의 업무를 지원하기 위하여 자회사 등으로부터 위탁받은 업무’ 내지 ‘그 밖에 법령에 의하여 인가․허가 또는 승인 등을 요하지 아니하는 업무’에 해당한다. 원고는 피고에게 위 브랜드관리 위탁업무에 관련된 용역을 제공하면서 그에 대한 대가로 이 사건 수수료를 지급받는 사업을 영위하였으므로, 이 사건 수수료 관련사업은 과세사업이라고 볼 수 있다(피고도 이 부분을 다투지는 않는다).

2) 비과세사업

앞서 본 바와 같이 원고는 비과세사업으로서 주식의 소유를 통하여 자회사를 지배하면서 자회사의 경영관리업무를 수행하였다(자회사로부터 상표권 등의 관리위탁을 받는 이 사건 수수료 관련 사업은 자회사의 경영관리업무를 수행하는 사업과 그 업무가 상이하고 위 사업에 통상적으로 수반되거나 거래의 관행상 부수되는 업무도 아니며 인적․물적으로 분리하여 운영하는 것이 특별히 어렵지도 않으므로 이를 별개의 사업으로 보아야 한다. 원고가 이 사건 수수료 관련 사업을 하였다고 하여 원고가 수행하는 자회사의 경영관리사업이 위 수수료 관련 사업과 함께 과세사업이 된다고 볼 수는 없다. 더욱이 이 사건 수수료는 20XX년 기준으로는 이자수익, 배당수익, 기타수익 합계액의 X.XXX%, 20XX년 기준으로는 X.XXX%, 20XX년 제1기 기준으로는 X.XXX%에 지나지 않는다). 또한 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따르면, 원고는 사업으로서 이전의 과세기간과 마찬가지로 2017년 제1기~2019년 제1기 부가가치세 과세기간에도 자회사에 자금을 대여하여 온 사실을 인정할 수 있다. 원고의 자회사에 대한 자금지원에 은행업자 등이 개입되었다거나 대여이자 수익에 수수료 명목의 금전이 포함되는 등으로 대여이자가 순수한 이자가 아니라고 볼 만한 자료가 없으므로, 원고는 비과세사업인 자회사에 대한 자금지원사업을 영위하였다고 봄이 타당하다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 등 참조).

3) 소결론

결국 원고는 2017년 제1기~2019년 제1기 각 부가가치세 과세기간 동안 과세사업으로 이 사건 수수료 관련 사업을, 비과세사업으로 자회사의 경영관리사업과 자회사에 대한 자금지원사업을 겸영한 것으로 볼 수 있다.

나. 이 사건 매입세액 중 2017년 제1기~2019년 제1기 부분(이하 ‘쟁점 매입세액’이라 한다)의 귀속과 입증책임

1) 관련 법리

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는, 과세표준신고서에 기재한 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 조사․확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송과 마찬가지로, 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시, 그 거부처분의 실체적․절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서, 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재한 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조). 신고납세방식의 조세에서, 납세의무자가 이미 신고한 과세표준과 세액이 잘못되었다며 이를 감액 경정하여 달라고 과세관청에 청구하는 경우, 경정청구 과정에서 당초 과세표준과 세액의 신고를 잘못한 것임을 뒷받침할 자료를 제출해야 하는 책임은 납세의무자에게 있지만, 납세의무자가 당초 신고한 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝힌 경우에는 과세관청이 경정청구 사유가 없다는 점을 입증하여야 한다고 봄이 타당하다(대법원이 심리불속행 상고기각 판결로 확정한 서울고등법원 2020. 10. 23. 선고 2019누67519 판결 참조).

2) 과세사업 귀속 주장에 관한 판단

원고는, ‘배당수익이나 이자수익은 용역의 공급대가가 아니어서 그에 대한 매입세액이 존재하지 아니하므로, 쟁점 매입세액 전부가 과세사업과 관련된 것으로서 과세사업에 귀속된다’고 주장한다.

그러나 배당수익이나 이자수익이 용역의 공급대가가 아니라는 사정은 매출세액 산정의 기초가 되는 과세표준을 산정할 수 없도록 하는 사정에 불과할 뿐(애초에 배당수익이나 이자수익 발생과 관련한 거래는 비과세대상이다), 매입세액과는 별다른 관련이 없다. 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 가 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함)’을 명시하여 두고 있는 점까지 고려하여 보면, 재화 또는 용역의 공급을 전제로 재화 또는 용역을 공급받았을 때만 매입세액이 발생한다고 보이지는 않는다. 달리 쟁점 매입세액 전부가 과세사업인 이 사건 수수료 사업에 실지귀속 된다고 볼 만한 자료도 없다[과세사업에 귀속되는 일부 매입세액은 아래 3)항에서 함께 살펴본다].

나아가 원고의 위 주장은 원고가 수행하는 자회사의 경영관리업무까지 과세사업에 포함됨을 전제로 하는 것으로 보이는데, 앞서 본 바와 같이 위 사업을 과세사업으로 볼 수는 없으므로, 이 점에서도 원고의 위 주장은 이유 없다.

3) 공통매입세액 주장에 관한 판단

가) 원고는 이 법원에 이르러 쟁점 매입세액과 관련하여 공급받은 재화 또는 용역의 내용이나 공급의 목적 파악을 위한 자료로 갑 제20, 22호증을 제출하였다. 위 각 증거들의 기재에 따르면, 아래 표와 같이 쟁점 매입세액 중 ‘○○선수 ○○○ 후원계약’(갑 제22호증의 1), ‘2017 서울○○○○○ 협찬계약’(갑 제22호증의 3) 관련 비용은 브랜드관리 위탁업무와 관련된 것으로 과세사업 관련되고, 나머지 부분 중 일부는 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액으로 볼 수 있는 부분이 존재한다.

나) 이에 따르면 원고가 당초 신고한 부가가치세 과세표준 및 세액에 오류가 있다는 사정을 일응 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 밝혔다고 볼 수 있다. 매입세액의 귀속에 대한 입증책임을 전환하여 쟁점 매입세액 전체가 비과세사업에 실지귀속된 것으로 보아야 한다는 피고의 주장은 받아들일 수 없고, 쟁점 매입세액이 공통매입세액이라는 원고의 주장은 일부 이유 있다.

다. 공통매입세액 안분방법

과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다. 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급과 관련하여 거래상대방 등으로부터 돈을 받았더라도 이를 비과세사업에 해당하는 용역 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 의 규정을 유추 적용할 수 없다. 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2015두60662 판결 참조). 한편, 2013. 2. 13. 개정 전 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액에 관하여 ‘면세사업에 관련된 매입세액’을 ‘공통매입세액 × 면세공급가액 ÷ 총공급가액’의 산식에 의하여 계산하도록 하면서, 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 사업자의 공통매입세액의 안분기준을 명시하고 있지 않았으나, 위 조항이 2013. 2. 13. 대통령령 제24359호로 개정되면서 위 산식상 면세사업에 비과세사업을, 면세공급가액에 비과세공급가액을 포함하게 되었다. 부가가치세법 제61조 의 내용은 제81조로 이전되었는데3), 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 은 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 위 산식상 면세공급가액에 ‘면세사업 등과 관련하여 받았으나 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액’을 포함하도록 개정되었다.

2) 구체적 판단

가) 원고가 자회사들에게 은행업자 등의 개입 없이 개별적으로 자회사들에게 자금을 대여하고 별도의 수수료 명목의 금전이 포함되어 있지 않은 대여이자를 받은 점은 앞서 본 바와 같으므로, 위 대여이자는 자금대여사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없다. 원고의 배당수익도 원고가 자회사들에 대하여 경영관리 용역을 제공하는지와 관계없이 주식을 보유함에 따라 당연히 발생하는 것이므로, 경영관리사업에 해당하는 용역의 공급과 관련하여 받은 대가에 해당하지 아니한다. 따라서 비과세사업에 해당하는 용역 공급에 대한 대가가 존재하지 아니하여 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 의 규정은 적용할 수 없고, 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다.

나) 이에 대하여 피고는, 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정된 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 이 적용되는 2018년 제1기 내지 2019년 제1기에는 원고의 대여이자수익과 배당수익을 ‘국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액’으로서 면세공급가액으로 볼 수 있으므로, 구 부가가치세법 시행령 제81조 제1항 을 적용하여 과세사업과 비과세사업의 공급가액 비율로 공통매입세액을 안분하여 불공제하여야 한다고 주장한다.

그러나 ① 위 조항에서 ‘이와 유사한 금액’의 예시로 주어진 ‘국고보조금과 공공보조금’은 이자수익 및 배당수익과 지급주체, 목적, 성격에 있어 상당한 차이가 있는 점, ② 보조금은 그 자체로 수익성이 없는 공익사업의 재원이 되고 다른 용도에 사용하는 것이 금지되어 있는 경우도 있으므로 보조금의 액수와 비과세사업인 공익사업의 매출세액은 비례할 것으로 예상할 수 있는 점, ③ 이와 달리 이자수익과 배당수익은 자금대여사업과 경영관리사업에 그대로 사용될 것이 예정되어 있지 아니하여 위와 같은 비례관계가 있다고 보기 어려운 점 등을 고려하면, 위 이자수익과 배당수익이 ‘국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액’에 해당한다고 볼 수 없다(대법원이 심리불속행 상고기각 판결로 확정한 서울고등법원 2024누52962 판결 참조). 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

라. 취소의 범위

1) 당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 납세의무자에게 귀속될 세액을 찾아내어 부과될 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두72935 판결 등 참조).

2) 구 부가가치세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30397호로 개정되기 전의 것) 제81조 제4항 제1호는 비과세사업의 공급가액이 없는 경우 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율에 따라 안분계산을 하도록 규정하고 있다. 앞서 제2의 나.항에서 본 바와 같이 쟁점 매입세액에는 과세사업과 비과세사업에 각 실지귀속되는 부분이 존재하고, 피고로서는 원고로부터 제출받은 매입세액 지출내역 등을 종합하여 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 비과세사업에 관련된 매입가액의 비율을 산정할 수 있을 것으로 보인다.

그런데 피고는 단순히 공통매입세액을 매입가액의 비율로 안분해야 한다고만 주장할 뿐 구체적인 매입가액의 비율과 이를 적용했을 때 공제되지 아니할 비과세사업에 관련된 매입세액의 범위를 밝히고 있지 아니하고, 달리 2017년 제1기부터 2019년 제1기까지 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 만한 자료가 없다. 따라서 2017년 제1기부터 2019년 제1기까지의 부가가치세 경정거부처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위 인정범위에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 별지 1 처분목록 중 귀속연도 2017년 제1기부터 2019년 제1기까지의 ‘불복세액’란 기재 금액의 각 부가가치세 경정거부처분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각한다.