미환류소득과 각 사업연도 소득의 법인세를 통산하여 가산세를 계상하는지 여부

2014. 12. 23. 개정된 국세기본법 제47조의3 제1항 과소신고가산세의 개정 취지는, 과소신고가산세의 계산 기준을 산출세액(과세표준에 세율을 곱하여 산출한 금액)에서 납세자가 추가로 납부해야 할 세액(산출세액에서 세액공제·세액감면과 기납부세액을 차감한 금액)으로 변경함으로써 과소신고가산세를 계산할 때에 공제·감면된 부분이 고려되지 않았던 불합리함을 개선하기 위한 취지에 따른 것임

이 사건 증액경정에도 불구하고 이 사건 환급세액을 고려하면 원고가 2018 내지 2020 사업연도의 법인세와 관련하여 추가로 납부하여야 할 세액이 없다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로 원고에 대하여 과소신고가산세를 부과할 수 없으므로, 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 함

주 문

1. 피고가 2024. 6. 11. 원고에 대하여 한 별지1 기재 각 법인세 과소신고가산세 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1.1. 처분의 경위

가. 원고는 신용카드의 발행 및 관리 등을 사업으로 영위하는 회사로, 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것)1) 제100조의32 제1항에 따른 미환류소득에 대한 법인세의 적용대상이다.

나. DD지방국세청장은 2023. 6. 29.부터 2023. 10. 6.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 관련 과세자료를 피고에게 통보하였고, 이에 피고는 2023. 11. 7. 원고에 대하여 아래 표 기재와 같이 2018 내지 2020 사업연도 법인세 합계 3,584,290,150원2)(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 증액경정’이라 한다).

다. 원고는 2024. 3. 29. 2018 내지 2020 사업연도 법인세 신고시 미환류소득에 대한 법인세를 과다신고·납부하였다는 이유로 경정청구를 제기하면서, 그에 따른 환급세액(이하 ‘이 사건 환급세액’이라 한다)이 위 세무조사로 인한 추징세액을 초과하므로 2018 내지 2020 사업연도 법인세와 관련하여 원고가 납부세액을 과소신고하거나 납부하지 않은 법인세는 존재하지 않는다고 주장하며, 이 사건 증액경정에 따른 미환류소득에 대한 법인세와 각 사업연도 소득에 대한 법인세 및 미환류소득에 대한 법인세에 관한 가산세의 환급을 구하는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

라. 피고는 2024. 6. 11. 이 사건 경정청구 중 미환류소득에 대한 법인세(가산세 포함) 부분을 받아들였으나, 각 사업연도 소득 법인세의 가산세에 관하여는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 서로 과세단위가 다르므로 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 과소신고·납부한 이상 과소신고가산세 및 납부지연가산세가 부과된다는 이유로 이를 거부하였다.

마. 원고는 위와 같은 경정거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2025. 4. 16. 위 경정거부처분 중 납부지연가산세 710,164,475원 부분만을 취소하고 원고의 나머지 심판청구를 기각하는 결정을 하였다(이하 위 경정거부처분 중조세심판원의 결정에 따라 감액되고 남은 과소신고가산세 합계 238,046,217원 부분만을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 을 제5 내지 7호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함, 이하 같다) 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

피고는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세의 과세단위가 다르므로 각 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준을 과소신고한 이상 과소신고가산가 부과될 수밖에 없다고 하는데, 이는 국세기본법 및 법인세법에 반하는 해석으로서 조세법률주의에 반한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

1) 당초 국세기본법 제47조의3 제1항 은 2006. 12. 30. 신설될 당시 ‘납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우에는 과소신고가산세를 부과한다.’고 규정하고 있었으나, 2011. 12. 31. ‘납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고가산세를 부과한다.’라고 개정되었다가, 2014. 12. 23. “납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 ‘납부할 세액’을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고가산세를 부과한다.”라고 개정되어 이 사건에 적용되는 국세기본법 제47조의3 제1항 에까지 이르고 있는데, 이는 과소신고가산세의 계산 기준을 산출세액(과세표준에 세율을 곱하여 산출한 금액)에서 납세자가 추가로 납부해야 할 세액(산출세액에서 세액공제·세액감면과 기납부세액을 차감한 금액)으로 변경함으로써 과소신고가산세를 계산할 때에 공제·감면된 부분이 고려되지 않았던 불합리함을 개선하기 위한 취지에 따른 것이다.

이러한 국세기본법 제47조의3 제1항 의 문언, 내용, 입법 취지, 개정 연혁 등을 고려하면, 법인세 납세의무자가 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 과소신고하였다고 하더라도 추가로 납부해야 할 ‘세액’이 없다면 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 봄이 타당하다.

2) 이에 대하여 피고는, 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 구별되는 것으로 미환류소득에 대한 법인세에 관하여 환급세액이 있다고 하더라도 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액이 달라지지 않는 이상 사업연도 소득에 대한 법인세의 가산세에 영향을 미칠 수 없다고 주장한다.

그러나 ① 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조 제1항은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 납부세액의 기초가 되는 산출세액을 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준에 세율을 곱한 금액에 토지등양도소득에 대한 법인세액과 미환류소득에 대한 법인세액을 합한 금액이라고 규정하고 있으므로 최초 법인세 신고 단계에서부터 각 세액의 통산을 예정하고 있음이 분명하고, 구 조세특례제한법 제100조의32 제2항 이 미환류소득에 대한 법인세 적용대상에 대하여 미환류소득의 신고의무를 부과하고 있다고 하여 그 결론이 달라진다고 보기 어려운 점, ② 구 법인세법 제60조 제1항 은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 세액 이외에도 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고 대상으로 규정하고 있고, 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 구 법인세법 제13조 본문에 따라 미환류소득에 대한 법인세와 무관하게 계산되는 것이므로 구 법인세법 시행규칙(2020.3. 13. 기획재정부령 제774호로 개정되기 전의 것) [별지 제1호 서식], [별지 제3호 서식], [별지 제9호 서식]에서 각 사업연도의 소득 계산과 미환류소득에 대한 법인세 계산을 구분하여 기재하도록 요구하고 있다고 하여 추가로 납부해야 할 법인세액을 계산할 때 통산이 허용되지 않는다고 단정할 수 없는 점, ③ 구 법인세법 제64조 제1항 역시 구 법인세법 제55조 제1항 에서 정한 바와 같이 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 의 과세표준에 세율을 곱한 금액에 미환류소득에 대한 법인세액 등을 합한 ‘산출세액’에서 감면세액 등을 공제한 금액을 납부하여야한다고 규정하는 등 ‘납부해야 할 세액’을 정함에 있어 미환류소득에 대한 법인세액을 통산하고 있는 점, ④ 각 사업연도의 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세가 그 입법목적 및 성격이 다르다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 법인세 신고 및 납부 단계에서 각 세액의 통산을 예정하고 있는 것을 감안하면, 위와 같은 입법목적 및 성격의 차이만으로 구 국세기본법 제47조의3 제1항 에 따른 과소신고납부세액까지 별도로 산정할 근거가 되기는 어려운 점등에 비추어 볼 때, 피고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.

3) 이 사건 증액경정에도 불구하고 이 사건 환급세액을 고려하면 원고가 2018 내지 2020 사업연도의 법인세와 관련하여 추가로 납부하여야 할 세액이 없다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로 원고에 대하여 과소신고가산세를 부과할 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.