환산가액으로 취득가액을 산정할 수 없음

납세자가 신고하였던 장부가액을 실지취득가액이라고 볼 수 있을 만한 상당한 사정이 인정된다고 할 것임

사 건

2025구단54352 양도소득세경정거부처분취소

원 고

안ㅇㅇ

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2026. 7. 10.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2024. .. ..원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 부과처분에 대한 2024. .. ...자 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 서울 0000 및 그 지상의 세맨벽돌조 스라브 건물 연면적 000을 취득하였고, 원고는 2002. 00 00 위 각 부동산의 임대사업을 위하여 000라는 상소의 사업장을 개업하였다.

나. 원고는 위 가.항 기재 지상건물을 멸실시킨 후 위 토지 지상에 연면적 0000 지하1층, 지상 6층의 집합건물을 신축하여 2022. 11. 소유권보존등기를 마쳤다(이하 위 토지를 ‘이 사건 토지’, 위 신축건물을 ‘이 사건 건물’이라 하며, 이 사건 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다).

다. 원고는 2022. 8.경 이 사건 건물 중 101호의 1/3 지분을 00,000에게, 301호의 소유권을 000에게, 302호의 소유권을 000에게, 303호의 소유권을 00에게 각 증여하고, 원고, 000 등은 2022. 9. 000주식회사에게 이 사건 부동산을 전체 매매대금 합계 000억 원에 양도하였다.

마. 원고는 2022. 11. 피고에게 이 사건 부동산 중 원고 소유 부분에 관하여, 양도가액 000억 원, 취득가액 00억 원, 필요경비 0억 원으로 하여 양도소득세를 신고 및 납부하였다.

바. 원고는 이 사건 부동산 중 원고 소유 부분의 취득가액으로 신고된 위 금액은 실지취득가액에 해당하지 않고 그 실지취득가액을 확인할 수 없으므로 환산취득가액인 00원을 이 사건 부동산 중 원고 소유 부분의 취득가액으로 인정해야 한다고 주장하면서 2024. 2. 8. 피고를 상대로 2022년 귀속 양도소득세 000원의 경정을 청구하였다.

사. 피고는 2024. 4. 30. 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 최초 양도소득세를 신고할 당시 산정한 취득가액은 취득세 신고 및 이후 장부상 기재의 편의를 위하여 기재한 금액에 불과할 분 이 사건 부동산의 실지취득가액에 해당하지 않는다. 특히 취득세 신고 당시에 시가표준액으로 신고하는 것이 당시의 관행이었음에도 원고는 시가표준액보다 143% 높은 가액에 취득세 신고가액으로 기재하고 신고 및 납부를 마쳤는바, 이는 위 장부가액이 부동산의 실제취득가액과 다르다는 점을 보여주는 강력한 반증이다. 과세요건의 입증책임은 과세관청에게 있음에도 피고는 위 가액이 실지취득가액이라는 점을 입증하지 못하고 있는바, 결국 이 사건 부동산의 실지취득가액을 알 수 없는 경우에 해당하므로 소득세법령에 규정된 환산가액으로 그 취득가액을 산정하여야 한다.

나. 관련 법령 및 법리

소득세법 제96조 , 제97조, 제114조 등에 따르면, 양도소득의 과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액과 취득가액은 실지취득가액에 따라 정하는 것이 원칙이되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지취득가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 소득세법 시행령 제176조의2 에서 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정되어 있다. 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 에서는 양도 또는 취득 당시의 실지취득가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등의 사유로 실지취득가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계조사하여 가액을 결정 또는 경정할 수 있도록 하고 있다. 소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

다. 구체적 판단

앞서 본 증거들, 을 제3,4,6 내지 9호증의 각 기재를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고가 신고하였던 장부가액을 실지취득가액이라고 볼 수 있을 만한 상당한 사정이 인정된다고 할 것이나, 장부가액을 부인하려는 원고는 장부의 기재가 실지취득가액과 다르다는 자료를 전혀 제출하지 못하고 있다고 볼 수 있으므로, 위 장부의 가액이 이 사건 각 부동산의 실지취득가액에 해당하지 않는다는 원고의 주장을 피고가 배척하고 이 사건 거부처분을 한 것은 정당하다고 판단된다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 원고는 이 사건 건물을 취득하였을 당시인 2002년도부터 00에 대하여 복식부기를 통하여 외부조정의 방법으로 종합소득세 및 부가가치세를 신고하여 왔는대, 이 사건 건물의 장부가액은 2002년도 000,000,000원, 2021년도 000,000,000원으로 기재되어 있었다. 원고가 위와 같은 금액이 기재된 표준대차대조표를 제출하였다고 하여 이로써 이 사건 토지와 건물의 실지취득가액이 해당 금액으로 확정된다거나 그 자체에 원고가 기속되는 효과가 있는 것은 아니지만, 원고는 소득세법 제160조 제1항 에 따른 복식부기의무자에 해당하고 복식부기는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록항 계산하는 부기형식의 장부를 의미하는바( 소득세법 시행령 제208조 제1항 ), 원고가 스스로 장부에 기재하였고 종합소득세 등 신고 과정에서 제출한 이 사건 토지와 건물의 가액에 대하여 단지 원고가 사후적으로 그 내용을 부인한다고 하여 쉽게 그 신뢰성을 배척하여서는 아니된다.

② 원고가 이 사건 건물을 신축한 시기는 2002년 11월경이었고 이 사건 양도는 그로부터 20년 후인 2022년에 이루어지기는 하였다. 그러나 원고는 이 사건 건물을 신축할 당시의 건축주였고, 공사계약 등에 따른 대금지급 등도 직접 처리하였을 것으로 보이는바, 이 사건 건물 신축과 관련한 공사계약의 내용, 대금 지급의 시기와 방식, 계약 외 추가 소요 비용 등을 잘 알고 있거나 알 수 있는 상황에 있었고, 이와 관련된 계약서나 서류, 장부, 금융거래자료 등도 직접 소지하거나 이를 확보할 수 있는 위치에 있다고 봄이 상당하다. 달리 원고에게 이와 관련된 정보를 알지 못하거나 이와 관련된 자료를 제출할 수 없는 특별할 사정이 인정되지도 않음에도, 원고는 이 사건 건물의 실제 취득가액이 얼마인지 제대로 주장하거나 증명하지 않았고 그 계약서나 대금지급 내역 등을 확인할 수 있는 자료도 제출하지 않았다.

③ 이 사건 건물 신축공사의 수급인인 00종합건설 주식회사는 이 사건 건물 신축공사와 관련하여 총 공사금액을 000,000,000원으로 하는 고용보험에 가입하였다. 위 금액은 원고가 2002년 종합소득세 등 신고 당시 재무제표에 기재한 이 사건 건물의 장부가액인 000,000,000원보다 조금 적은 금액에 해당한다. 이 사건 건물의 신축 당시에 시행되고 있던 구 고용보험법시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17853호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호의 정의규정에 따르면 고용보험과 관련한 총 공사금액은 발주자가 재료를 제공하는 경우에는 그 재료의 시가 환산액을 포함하는 금액으로서, 해당 금액이 원고의 주장과 같이 노무와 관련한 지출액에 한정된다거나, 자재비나 장비비 등을 포함하지 않은 금액이라고 보기 어렵다.

④ 원고 스스로가 종래 이 사건 양도소득세 신고 및 납부 과정에서 2002년 종합소득세 등 신고 당시에 첨부된 재무상태효 기재에서 감가상각누계액을 적용한 금액을 이 사건 건물의 취득가액으로 인정하여 신고하였고, 위 신고 당시에 착오나 오류가 있었다고 볼 사유도 확인되지 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.