주식양도대금의 합병대가 의제 가능 여부

이 사건 주식양도는 합병과 별개의 행위이므로, 그 양도대금을 합병대가로 의제할 수 없음

이 사건 주식 양도는 이 사건 합병과 독립적인 별개의 행위로 평가할 수 있고, 이 사건 합병 당시 원고는 이미 피합병법인의 주주지위를 상실하였으므로, 이 사건 주식의 양도대금을 합병대가로 볼 수 없음

사 건

2025구합30592 법인세경정거부처분취소

원 고

주식회사 ○○코퍼레이션

피 고

△△세무서장

변론종결

2026. 4. 30.

판결선고

2026. 6. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2023. 12. 18. 원고에 대하여 한 2022 사업연도 법인세 4,232,092,428원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011. 9. 14. 석유제품 등의 제조 등을 목적으로 설립된 법인이다. 원고는 2022. 1. 3. 석유화학부분을 물적 분할하여 분할신설법인인 주식회사 A(이하 ‘A’)를 설립하고, A의 발행주식 600,000주(지분율 100%, 이하 ‘이 사건 주식’)를 취득하였다.

나. 원고는 2022. 4. 20. 주식회사 B(이하 ‘B’)에게 이 사건 주식 및 A의 경영권을 매매대금 350억 원(이하 ‘이 사건 매매대금’)에 양도하는 내용의 주식 및 경영권 양수도 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 계약’). 원고는 2022. 4. 28. A에게 이 사건 주식의 주권이 발행되지 않은 상태에서 주식양도통지 방법으로 이 사건 주식을 양도하였고, 그 무렵 주주명부 상 B앞으로 명의개서도 이루어졌다.

다. 원고는 2022. 4. 20.부터 같은 해 8. 29.까지 B로부터 4차례에 걸쳐 이 사건 매매대금을 모두 수령하였다.

라. 한편, B는 2022. 8. 4. 합병대가를 교부하지 않는 무증자합병의 방식으로 A를 흡수합병(이하 ‘이 사건 합병’)하였다.

마. 원고는 2023. 3. 31. 이 사건 주식의 양도차익 28,456,078,747원(이하 ‘이 사건 양도차익’)을 익금에 산입하여 2022 사업연도 법인세를 신고·납부한 뒤, 같은 해 9. 1. ‘이 사건 주식의 양도거래는 이 사건 합병을 위하여 선행된 것으로서 이 사건 주식의 양도차익은 실질적으로 배당금으로 의제되는 합병대가에 해당하므로 법인세법 제18조의2 에 따라 이를 2022 사업연도 소득금액을 계산할 때 익금에 산입되어서는 안 된다’는 취지의 위 사업연도 법인세 경정청구를 하였다.

바. 이에 대하여 피고는 2023. 12. 18. ‘이 사건 주식의 양도거래와 합병은 각각 독립된 거래로 이 사건 양도차익은 합병대가가 아니라 주식거래의 이익으로 보는 것이 타당하다’는 이유로 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’)을 하였다.

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 2. 22. 이의신청을 거쳐 2024. 8. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 5. 13. 원고의 청구를 기각하였고, 위 결정은 2025. 5. 15. 원고에게 도달하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 9내지 11, 13호증, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 주식의 양도는 B가 A를 상법 제572조의3 에 따라 소규모합병의 방식으로 합병할 목적에서 한 선행 거래로서, 이 사건 주식의 양도와 이 사건 합병은 실질적으로 하나의 합병거래에 해당한다. 따라서 이 사건 양도차익은 A 주주인 원고에게는 법인세법 제16조 제1항 제5호 의 ‘피합병법인의 주주인 내국법인이 취득한 합병대가가 그 피합병법인의 주식을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액’에 해당하여 법인세법 제18조의2 제1항 에 따라 익금에 산입되어서는 안 된다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련법리

납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조), 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다(대법원 2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제6 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음의 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 주식의 양도와 이 사건 합병이 실질적으로 하나의 합병거래에 해당한다거나 이 사건 매매대금이 이 사건 합병의 대가에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 양도차익이 법인세법 제16조 제1항 제5호 , 제18조의2 제1항에 따라 익금에 산입되지 않은 의제배당에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 같은 취지인 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 원고의 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 주식의 양도 무렵 B의 재정상황, 투자계획 등에 비추어 보면, B가 계속된 적자로 상장폐지될 위기에 처하자 흑자인 A를 합병하여 재무구조를 개선하는 방법으로 대처하기 위하여 원고로부터 이 사건 주식을 양수한 것은 맞다.

2) B는 위와 같은 목적에서 먼저 원고로부터 이 사건 주식을 양수하고 명의개서를 받아 A의 지분 전부를 소유한 주주가 된 뒤, 그 주주의 지위에서 A를 흡수합병하는 두 단계의 법률행위를 하였다. 두 행위 모두 법률행위의 형식에 맞는 실질이 존재한다.

3) 원고와 A는 원고가 피합병회사의 주주로서 합병에 참여하여 A로부터 A와 B의 합병의 대가를 지급받는 방법이 있었음에도 합병에 앞서 A의 지분 전부를 B에게 양도하는 방법을 선택하여 이 사건 계약을 체결하였다. 이에 따라 B는 상법 제527조의2 (간이합병) 및 제572조의3(소규모합병)의 요건을 갖추어 주주총회를 거치지 아니한 채 이사회결의만을 거쳐 A를 합병할 수 있었고, 원고는 이 사건 합병의 이해관계자(피합병법인의 주주)에서 제외되었다. 이와 같이 A의 주식 전부의 양수도 거래와 이후 흡수합병은 별개로 독립하여 이루어질 실질적 이유가 있었다.

4) 원고는 이 사건 합병에서 피합병법인의 주주가 아니므로, 원고가 B로부터 지급받은 이 사건 매매대금을 이사건 합병의 대가로 볼 수 없다. 원고도 이 사건 주식양도의 실질을 주식의 양수도로 보아 B로부터 매매대금을 지급받고, 이 사건 양도차익을 익금에 산입하여 2022 사업연도 법인세를 신고하기도 하였다.

5) 이 사건 계약 체결 이후 2022. 5. 11., 같은 해 6. 28., 같은 해 7. 28. 및 같은 해 8. 29. 4차례에 걸쳐 이 사건 매매대금 중 잔금의 지급시기 및 지급방법이 변경되었고, 변경의 이유가 이 사건 합병 일정의 변경 때문인 것으로 보인다. 그러나 이는 B가 A의 주주가 되고 난 이후의 상황으로, 이 사건 주식의 양도대금 채권자인 원고가 채무자인 B의 편의를 봐준 것에 불과한 것으로 봄이 타당하고, 그런 사정으로 이 사건 주식의 양도나 합병의 성격을 달리 볼 것은 아니다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.