사업의 포괄양도로 보아 부가가치세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부

매매계약서상 부동산임대업을 양수인이 승계한다는 내용은 없고, 실제로 승계한 사실도 없으며, 근저당권 채무도 양수인에게 승계되지 않았으므로 사업의 양도에 해당한다고 볼 수 없음

사 건

2025구합10600 부가가치세부과처분취소

원 고

AAAAAA 주식회사

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 23.

판 결 선 고

2026. 8. 11.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. xx. x. 원고에 대하여 한 부가가치세 합계 xxx,xxx,xxx원(20xx년 제x기분, 가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 20xx. xx. xx.부터 비철금속 도·소매업, 부동산임대업 등을 목적으로 하는 주식회사로, 20xx. x. x. ○○○시 ○○읍 ○○리 xxx 답 x,xxx㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 대하여 20xx. xx. xx.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 그 지상에 일반철골구조 패널지붕 단층 제2종근린생활시설 및 창고시설 등 3동의 건물(이하 통틀어 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 건축한 후, 20xx. xx. xx. 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 원고는 20xx. xx. x. BBB와 사이에 다음과 같이 이 사건 부동산을 매도하기로 하는 매매계약서(이하 ‘이 사건 매매계약서’라 하고, 이로 인한 계약을 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)를 작성하였고, 20xx. x. xx. BBB에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

부동산매매계약서

○ 소재지: 경기도 ○○○시 ○○읍 ○○리 xxx

○ 매매대금: x,xxx,xxx,xxx원

- 계약금: xxx,xxx,xxx원은 계약시에 지불하고 영수함

- 잔금: x,xxx,xxx,xxx원은 20xx. x. xx.에 지불한다.

○ 특약사항

3. 매도인이 건물에 시설하여 사용하고 있는 시설물 일체는 매수인에게 귀속한다. 단 호이

스트 제외임.

4. 본 매매계약은 포괄 양도, 양수 조건으로 체결하여 건물분 부가세는 발생시키지 않는다.

다. 원고는 피고에게 이 사건 양도가 부가가치세법 제10조 제9항 제2호 , 구 부가가치세법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것) 제23조에서 정한 재화의 공급으로 보지 않는 사업양도임을 전제로 이 사건 부동산의 매매대금을 과세표준에서 제외하여 2013년 제1기분 부가가치세 확정신고를 하였다.

라. 피고는 이 사건 건물의 양도가 사업양도가 아닌 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당함을 전제로 20xx. xx. x. 원고에게 20xx년 제x기분 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 20xx. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20xx. x. xx. 이를 기각하였다.

2. 원고 주장의 요지

원고는 배관 자재 관련 사업은 제외하고 부동산임대업 사업부분만을 양도하기 위하여 BBB에게 이 사건 부동산을 양도한 점, 이 사건 매매계약서 특약사항 제4조에 ‘본 매매계약은 포괄 양, 양수 조건으로 체결하여 건물분 부가세는 발생시키지 않는다’라고 기재되어 있는 점, 이 사건 건물에 대한 기존 임대차계약 및 근저당권부 채무의 승계는 ‘사업의 양도’의 요건에 해당하지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 양도는 부가가치세법상 재화의 공급에 해당하지 않는 ‘사업의 양도’에 해당하므로, 이와 다른 전제에 있는 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 관련 법리

구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제6조 제6항 제2호 및 같은 법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 소정의 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적ㆍ물적 시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이어야 하고, 양도대상이 단순한 물적 시설이 아니라 이러한 유기적 결합체라는 사실은 부가가치세에 있어서 과세장해 사유로서 그에 대한 입증책임은 납세의무자가 진다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결, 대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결, 대법원 2007. 11. 29. 선고 2005두17294 판결 등 참조).

나. 인정사실

1) 원고는 20xx. x. xx. 주식회사 CC(이하 ‘CC’라 한다)와 사이에 이 사건 부동산을 임대차보증금 x,xxx만 원, 차임 월 xxx만 원, 임대차기간 20xx. x. xx.부터 20xx. x. xx.까지로 정하여 임대하는 임대차계약을 체결하였다.

2) BBB는 20xx년 x월경 DDDDD(주)와 사이에 이 사건 부동산을 임대차보증금 x,xxx만 원, 차임 월 x,xxx만 원에 임대하는 임대차계약을 체결하였다.

3) 이 사건 부동산에 관하여 20xx. x. xx. 채무자 원고, 근저당권자 □□□□은행, 채권최고액 x,xxx,xxx,xxx원으로 하는, 같은 날 채무자 CC, 근저당권자 □□□□은행, 채권최고액 xxx,xxx,xxx원으로 하는, 20xx. x. xx. 채무자 CC, 근저당권자 □□□□은행, 채권최고액 xxx,xxx,xxx원으로 하는 각 공동근저당권설정등기가 마쳐졌으나, 20xx. x. xx. 모두 말소되고, 같은 날 채무자 BBB, 근저당권자 △△은행, 채권최고액 x,xxx,xxx,xxx원으로 하는 공동근저당권설정등기가 경료되었다.

4) 원고는 20xx. x. xx. 사업장 소재지를 ○○도 ○○○시 ○○읍 ○○리 xxx-x로 이전한 후, 비철금속 제조 및 도·소매업 등을 계속 영위하였다.

다. 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하면, 앞서 인정한 사실에 원고가 제출한 증거들을 더하여 보더라도 이 사건 양도가 임대사업에 제공되던 부동산의 양도 내지 사업의 물적 시설의 양도를 넘어 사업자의 지위까지 포괄적으로 양도하는 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도에 해당한다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1) 원고는 이 사건 부동산을 양도하면서 이 사건 매매계약서만을 작성하였을 뿐, 사업양도가 이루어졌다고 볼 수 있을 만한 사업포괄양수도 계약서 등을 작성하지는 않았다. 또한 이 사건 매매계약서에는 매매목적물, 매매대금, 대금지급기일 등 부동산 거래에 있어 통상적으로 기재되는 내용만이 있고, 원고가 영위하였다고 주장하는 부동산임대업을 BBB가 포괄적으로 양수한다거나 그 사업과 관련된 물적·인적 시설 및 권리·의무 일체를 승계한다는 등의 내용은 전혀 기재되어 있지 않다.

2) 이 사건 매매계약서 특약사항 제4조에 ‘본 매매계약은 포괄 양도, 양수 조건으로 체결하여 건물분 부가세는 발생시키지 않는다’는 내용이 기재되어 있으나, 재화의 공급으로 보지 않는 ‘사업의 양도’에 해당하는지는 객관적 요건의 충족 여부에 따라 판단할 문제이지, 부가가치세 문제시 사업양도로 본다는 당사자의 약정으로 사업의 양도에 해당하게 되는 것이 아니다.

3) 원고는 BBB에게 임대차계약을 승계시킴이 없이 BBB 앞으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 이 사건 부동산에 설정된 공동근저당권의 피담보채무도 BBB에게 승계된 바 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.