실사업자 해당 및 장기부과제척기간 적용 여부

원고와 BBB는 부부 사이로서 이 사건 사업장의 거래가 원고에게 귀속되지 않는다고 볼 수 없고, BBBB와의 거래는 위장거래로서 공급자가 부가가치세를 무납부하였다는 이유만으로는 장기부과제척기간을 적용할 수 없음

사 건

2025구합61445 부가가치세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 11.

판 결 선 고

2026. 7. 23.

주 문

1. 피고가 20xx. xx. xx. 원고에게 한 부가가치세 20xx년 제x기 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. xx. xx. 원고에게 한 부가가치세 20xx년 제x기 xx,xxx,xxx원, 20xx년 제x기 xx,xxx,xxx원 및 20xx년 제x기 xx,xxx,xxx원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 20xx. xx. xx. 대표자 원고, 상호 제일건기, 개업일 20xx. xx. x. 업태 건설업, 종목 건설기계대여로 하는 사업자등록을 마쳤고(이하 위 사업자등록에 따른 사업장을 ‘이 사건 사업장’이라 한다), 20xx. x. x. 위 사업장을 폐업하였다.

나. ○○○세무서장 등은 원고가 CCCC를 포함한 4개 업체로부터 아래 표와 같이 사실과 다른 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다(이하 개별 세금계산서의 거래는 해당 연번에 따라 ‘연번○ 거래’라 특정한다).

연번

과세기간

공급자

공급가액(원)

매입세액(원)

20xx년 제x기

CCCC

xxx,xxx,xxx

xx,xxx,xxx

DDDD

주식회사 EEEEE

FFFFF

x,xxx,xxx

다. 피고는 위 과세자료에 따라 20xx. xx. xx. 이 사건 세금계산서상 매입세액을 공제하지 아니하여 원고에게 20xx년 제x기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 20xx년 제x기 부가가치세 xx,xxx,xxx원, 20xx년 제x기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 각 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 20xx. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 20xx. x. x. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 원고의 배우자인 BBB이 이 사건 사업장을 실제 운영하였고, 원고는 명의대여자에 불과하므로 이 사건 사업장의 거래가 원고에게 귀속된다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 각 처분은 실질과세원칙을 위반하였다(이하 ‘제1 주장’이라 한다).

나. 설령 원고에게 이 사건 사업장에 대한 납세의무가 있다고 하더라도, 아래와 같이 이 사건 세금계산서를 수취한 행위는 부과제척기간 10년이 적용되는 구 국세기본법 (2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정된 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 볼 수 없거나 원고에게 조세수입 감소가 초래될 것이라는 인식이 없었으므로 같은 항 제3호의 부과제척기간 5년이 적용되어야 하고, 이미 과세를 할 수 있는 날로부터 5년이 도과하였다(이하 ‘제2 주장’이라 한다).

1) 연번1, 3, 4 거래는 가공거래인데, BBB이나 원고는 해당 거래에 가담한 사실이 없다.

2) 연번2 거래는 실제 사업자가 아닌 자가 공급자로 된 명의위장거래이다. 위 거래 관련하여 이 사건 사업장의 매입세금계산서 수취 등 업무는 지입회사의 대표 GGG이 위임받아 처리하여 BBB이나 원고는 이를 알지 못하였다. 따라서 원고는 조세수입 감소가 초래될 것이라는 인식이 없었으므로 10년의 부과제척기간이 적용될 수 없을 뿐만 아니라, 이 부분 세금계산서에 따른 매입세액은 공제되어야 한다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 제1 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 해당 과세대상을 지배․관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 한다. 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리․처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 과세요건사실의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하는바, 이는 거래 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다고 다투어지는 경우에도 증명책임을 전환하는 별도의 법률 규정이 있는 등의 특별한 사정이 없는 한 마찬가지이다. 다만 과세관청이 사업명의자를 실사업자로 보아 과세를 한 이상 거래 등의 귀속 명의와 실질이 다르다는 점은 그 과세처분을 받은 사업명의자가 주장․증명할 필요가 있다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두9935 판결 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 갑 제6 내지 19호증, 을 제3, 4, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 제출된 증거들만으로는 이 사건 사업장의 거래가 원고에게 귀속되지 않는다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 원고는 20xx년 x월경 BBB과 혼인한 뒤 20xx년 xx월경 원고 명의로 사업자등록을 하였다. 원고는 원고 명의 계좌를 개설하여 BBB으로 하여금 사용하게 하였을 뿐만 아니라 원고 명의로 이 사건 사업장의 건설기계를 취득한 것으로 보이고(원고 명의로 건설기계 구입을 위한 대출을 받았다), 20xx년 x월경 이 사건 사업장의 폐업 시까지도 단독으로 사업자등록을 유지하였다. 원고는 20xx년부터 20xx년까지 이 사건 사업장에서 발생한 소득과 근로소득을 합산하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하였고, 20xx년 x월경 이 사건 사업장의 매출누락으로 20xx년 제x기 부가가치세 x,xxx,xxx원이 경정ㆍ부과되자 이의를 제기하지 아니하고 이를 납부하였다. 위와 같은 행위는 이 사건 사업장의 영위에 있어서 주요한 관여행위로 볼 수 있다.

나) 원고 주장에 의하더라도 20xx년말경 별거하기 전까지는 BBB과 동거를 하며 공동생활을 했던 것으로 보인다. 부부는 쌍방 협력으로 이룩한 재산이라도 일방의 명의로 취득하는 경우가 많으며 일방에 귀속된 재산이라도 공동생활에 필요한 비용을 거기에서 지출하는 등 부부 모두가 편익을 누릴 수 있으므로, 원고 부부 중 이 사건 사업장 운영을 주도한 사람과 수익의 귀속자가 반드시 일치해야 하는 것은 아니다. 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 사업장에서 발생한 소득을 자신의 소득으로 신고하였고, 원고 주장에 의하더라도 일부 계좌(갑 제xx호증의x)는 일정 기간 원고와 BBB이 함께 사용했다는 것이므로 이 사건 사업장에서 발생한 소득 중 일부가 원고에게 귀속될 가능성을 배제하기 어렵다(원고는 갑 제xx호증의 6개 계좌가 모두 BBB이 사업용 내지 개인용으로 사용한 계좌로 해당 계좌에 입금된 돈은 모두 BBB이 사용하였다는 취지로 주장하나, 제출된 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하다).

다) 원고는, BBB이 이 사건 사업장을 실질적으로 지배ㆍ관리하였고, 원고는 이 사건 세금거래서상 각 거래 당시 다른 직장에서 전업으로 일하고 있었으며, BBB과 경제적으로 분리되어 이 사건 사업장으로 인한 수익을 취득하지 않았다고 주장한다.

BBB이 건설기계 조종사 면허를 보유하고 굴삭기 기사 구인광고를 하거나 공사업자들과 연락을 주고받았던 사실, BBB이 이 사건과 관련하여 피고 측 조사관으로부터 연락을 받았던 사실이 인정되기는 한다.

그러나 이 사건 사업장은 건설기계대여업을 영위하는 곳으로, 원고가 이 사건 사업장에 고정적으로 근무하여야 한다는 등 사정도 확인되지 않는바, 다른 직장의 근무와 양립불가능하다고 보기 어려운 점, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 사업장 영위를 위한 주요한 관여행위를 하였고, 원고와 BBB이 부부로서 경제적 이익을 함께 향수하는 관계에 있는 점 등을 고려하면, 위 주장은 받아들이기 어렵다.

나. 제2 주장에 관한 판단

1) 관련 규정 및 법리

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따르면 국세 부과의 제척기간은 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간이지만, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따르면 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 부과할 수 있고, 위 조항의 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24366호로 개정된 것, 이하 같다) 제12조의2 제1항, 조세범 처벌법 제3조 제6항 제2호 에 따르면 위와 같은 사기나 부정한 행위에 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’가 포함된다.

납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 ‘사기나 기타 부정한 행위로서 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2022. 5. 26. 선고 2022두32825 판결 등 참조).

위와 같이 부가가치세의 부과제척기간은 원칙적으로 5년이고, 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 이를 포탈하거나 환급․공제받은 경우에는 10년이 되는데, 이 때 납세자가 사기 기타 부정한 행위로 국세를 포탈하는 등의 행위를 함으로써 제척기간이 10년이 된다는 점은 납세자의 부과제척기간 완성의 항변에 대한 재항변에 해당하므로, 그 증명책임은 과세관청이 부담한다.

2) 인정사실

이 사건 세금계산서 중 연번1, 3, 4 거래에 관한 세금계산서가 가공 세금계산서이고, 연번2 거래에 관한 세금계산서가 명의위장 세금계산서(그 기재상 공급한 자와 달리 실제 사업자가 김○○으로 밝혀졌다)인 사실, 원고가 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고한 사실, 위 각 거래의 공급한 자(연번2 거래의 경우 실제 공급자)가 해당 세금계산서상 매출세액을 납부하지 않은 사실은 당사자사이에 다툼이 없거나 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

3) 연번 1, 3, 4 거래

위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 각 거래에 대한 부가가치세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따라 10년이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 사업장의 세금계산서 수취는 원고가 아니라 BBB이 했던 것으로 보더라도(원고는, 이 사건 사업장의 매입세금계산서 수취 등 업무는 지입회사의 대표 GGG이 위임받아 처리했다고 주장하나 이를 인정할 만한 자료가 없다), 납세의무자가 스스로 관련 업무의 처리를 위탁함으로써 행위영역 확장의 이익을 얻게 되는 납세의무자의 대리인이나 이행보조자 등의 부정한 행위도 다른 특별한 사정이 없는 한 이에 포함되므로(대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 참조), BBB을 기준으로 원고가 이 부분 거래처들이 해당 거래에 관한 부가가치세를 면탈하였고, 이로 인하여 원고가 매입세액을 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이 라는 점을 인식하였는지 여부를 판단함이 타당하다.

나) 이 부분 각 거래는 가공거래로서 해당 매출세액이 납부되지 않은 사실은 앞서 본 바와 같은바, 원고가 가공 세금계산서인 이 부분 각 거래에 관한 세금계산서에 따른 매입세액을 공제하여 신고한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 , 구 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항 , 조세범처벌법 제3조 제6항 제2호 의 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’에 해당하고, BBB이 재화나 용역의 제공을 받지 않고 그 세금계산서를 수취한 이상 이를 충분히 인지하고 있었다고 보이므로, 위와 같이 원고가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 판단된다.

4) 연번2 거래

위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 이 부분 거래에 대한 부가가치세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따라 10년이라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(원고의 위 주장을 받아들이는 이상 매입공제 주장은 나아가 판단하지 아니한다).

가) 재화나 용역을 공급받는 자에게는 거래상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 거래상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 거래상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한 데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결 등 참조).

나) 이 부분 거래는 공급한 자인 BBBB의 실사업주가 김○○으로 확인되어 세금계산서에 기재된 공급자와 실제 재화나 용역을 공급한 자가 일치하지 않을 뿐 재화나 용역의 제공 자체가 없었다고 보기 어렵고, 원고나 BBB에게 거래상대방이 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있었다고 볼 만한 자료가 없다. 그렇다면 BBBB이 이 부분 세금계산서상 매출세액을 납부하지 않았다는 사정만으로 원고가 BBBB이 해당 거래에 관한 부가가치세를 면탈하였고, 이로 인하여 원고가 매입세액을 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였다고 보기 어렵다.

다. 소결론

1) 이 사건 각 처분 중 20xx년 제x기 부가가치세 부과처분에 관하여, 연번2 거래에 대한 부가가치세는 이를 부과할 수 있는 날(법정 확정신고기한의 다음날 20xx. x. xx.)로부터 부과제척기간 5년이 지났으므로 이 부분은 위법하다. 그런데 변론종결 시 까지 제출된 자료만으로는 정당한 세액을 계산할 수 없으므로 20xx년 제x기 부가가치세 부과처분은 전부 취소되어야 한다.

2) 나머지 각 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.