신고조정에 의한 고유목적사업준비금 손금산입 여부

1. 세무조사로 고유목적사업준비금의 손금산입한도액이 증가하였더라도 그 금액 상당을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수 없음

2.신고조정으로 계상한 고유목적사업준비금을 당해 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는날까지 지출하지 아니한 경우에는 익금산입대상임

부 산 지 방 법 원

제 1 - 3 행 정 부

판 결

사 건 2025구합20374 법인세부과처분취소

원 고 학교법인 A

피 고 S세무서장

변 론 종 결 2026. 4. 30.

판 결 선 고 2026. 5. 28.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2023. 9. 12. 한 2019 사업연도 법인세 512,388,070원(가산세 152,967,028원 포함) 및 2020 사업연도 법인세 202,752,000원(가산세 50,608,977원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 사립학교법상 학교법인으로, 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률(이하 ‘외부감사법’이라 한다) 제2조 제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이다.

나. B지방국세청장은 2023. 1. 26.부터 같은 해 5. 31.까지 원고에 대한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 후, ① 원고가 D대학교 의료원 건물 신축․리모델링 목적의 차입금 지급이자를 2018 내지 2022 각 사업연도에 손금으로 산입하였으나 해당 금액은 손금불산입 하여야 하고, ② 원고가 2014 및 2015 각 사업연도에 신고조정을 통해 손금으로 산입한 고유목적사업준비금은 각 사업연도의 종료일부터 5년 이내에 사용하지 않아 이를 익금으로 산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 원고에게, 2023. 6. 12. 위 ① 부분과 관련하여 2019 사업연도 법인세176,635,050원(가산세 55,132,844원 포함)을 경정․고지하였고, 2023. 9. 12. 위 ② 부분과 관련하여 2019 사업연도 법인세 621,483,320원(가산세 244,821,511원 포함) 및 2020사업연도 법인세 284,418,940원(가산세 73,183,901원 포함)을 경정․고지하였는데, 그 후 고용증대세액공제를 추가한 원고의 2018 내지 2020 각 사업연도 법인세에 대한 경정청구에 따라 2024. 1. 6. 원고에게 위 2019 사업연도 법인세로 285,730,300원이, 위 2020사업연도 법인세로 81,666,940원이 각 환급되었다(이하 위 ① 부분과 관련된 법인세 부과 부분을 ‘이 사건 제1처분’이라 하고, 위 ② 부분과 관련된 법인세 부과 부분을 ‘이 사건 제2처분’이라 하며, 위 각 환급으로 남아 있는 이 사건 제1처분 및 제2처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고는, 2023. 9. 8. 조세심판원에 이 사건 제1처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나 2024. 11. 18. 기각되었고, 2023. 11. 30. 조세심판원에 이 사건 제2처분에 불복하여 심판청구를 제기하였으나 2024. 12. 24. 기각되었다.

마. 이 사건 관계 법령은 별지 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고는 사립학교법상 학교법인이므로 이자소득과 배당소득뿐만 아니라 구 조세특례제한법 제74조 에 따라 그 밖의 수익사업에서 얻은 소득 전액을 손금에 산입할 수 있다. 이 사건 조사 결과 원고의 2019 사업연도 소득금액이 증가하였고, 이는 구 법인세법 제29조 제1항 제2호 에서 정한 ‘그 밖의 수익사업에서 발생한 소득’이 증가한 것이다. 이와 같이 원고의 2019 사업연도 소득금액이 증가함에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입한도액도 증가하였으므로, 증가된 소득금액 전액이 추가로 고유목적사업준비금으로 손금산입 되어야 한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 제1처분은 위법하다.

2) 원고가 2014 및 2015 각 사업연도에 신고조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금은 각 사업연도의 종료일부터 5년 이내에 모두 고유목적사업을 위하여 사용하였다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 제2처분은 위법하다.

나. 이 사건 제1처분에 대한 판단

1) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 조사 결과 원고가 2019사업연도에 건설자금이자 명목으로 손금산입한 719,045,628원이 손금불산입 되고 11,534,541원이 감가상각비로 추인됨으로써 원고의 2019 사업연도 소득금액이 707,511,087원(이하 ‘쟁점 금액’이라 한다) 증가한 사실이 인정되기는 한다.

2) 그러나 앞서 든 증거들과 갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고의 2019 사업연도 고유목적사업준비금의 손금산입한도액이 증가한 것으로 보더라도, 원고의 2019 사업연도에 추가로 쟁점금액이 고유목적사업준비금으로 손금산입 되어야 한다고 볼 수는 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

① 구 법인세법 제29조 제1항 은 ‘비영리내국법인이 소득이 발생하는 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 일정한 금액의 범위 내에서 손금에 산입한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 ‘비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하되 이 경우 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도의 고유목적사업 등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다’고 규정하고 있다. 위와 같은 관계 규정의 내용 및 취지 등을 종합하여 보면, 원고와 같은 비영리내국법인이 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 설정하여 이를 손금으로 계상하는 경우에는 일정한 범위 내의 금액을 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 미리 손금으로 인정하되, 이 때 고유목적사업에 대한 지출 그 자체를 손금으로 인정하는 것이 아니라 그 재원이 되는 고유목적사업준비금의 설정을 일정한 한도의 범위 내에서 손금으로 인정하는 것이므로, 이 사건 조사 결과 쟁점 금액 상당 고유목적사업준비금의 손금산입한도액이 증가하였더라도 그 금액 상당을 고유목적사업준비금으로 설정하지 않았다면 곧바로 손금에 산입할 수는 없다 할 것

인데, 이 사건에 있어 원고가 쟁점 금액 상당의 고유목적사업준비금을 원고의 2019 사업연도에 고유목적사업준비금으로 설정하였음을 인정할 증거가 없으므로, 쟁점 금액을 곧바로 원고의 2019 사업연도 손금으로 산입할 수는 없다.

② 구 법인세법 제29조 제2항 은 ‘외부감사법에 따라 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조 제2항 제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다’고 규정한다. 이때 ‘고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상한다’는 것은 결산조정이

아닌 신고조정을 의미하는 것이고, 결산조정에 의한 손금산입 항목과 달리 신고조정에 의한 손금산입 항목은 신고만으로 손금산입 여부가 결정되므로, 원고는 이 사건 조사에 따른 쟁점 금액을 원고의 2019 사업연도 고유목적사업준비금으로 신고조정할 수 있다고 보인다. 그러나 이러한 경우에도 ‘해당 사업연도의 이익처분에 의해 해당 고유목적사업준비금의 적립금을 적립하도록 하는 의무 내지 조건’이 성취되지 않은 경우에는 쟁점 금액을 원고의 2019 사업연도의 손비로 계상할 수 없는데, 원고의 2013 내지 2022 각 사업연도에 원고는 처분가능이익이 없어 이익처분에 의해 고유목적사업준비금의 적립금을 적립할 수 없었다.

③ 원고는 처분가능이익을 한도로 고유목적사업준비금의 적립금을 적립함에 있어 법인세법령이 아무런 기한 제한을 두고 있지 않다고 주장한다. 그러나 고유목적사업준비금은 당해 사업연도에 실제로 발생한 비용이 아니기 때문에 기업회계상으로는 비용처리가 불가능하나, 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 한 것이다. 이와같이 고유목적사업준비금의 손금산입은 실제로 발생하지도 않은 손금을 인정하는 것으로서 법인에 대한 일종의 과세특례이기는 하지만, 실제로 과세특례가 인정되는 것은 영구적인 것이 아니라 일시적인 것으로서 과세이연에 불과한 점, 법인세법 제29조 제5항 제4호 에 의하면 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액은 모두 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 익금에 산입하도록 규정되어 있는 점 등을 고려하면, 고유목적사업준비금을 적립금으로 적립해야 할 당해 사업연도에 처분가능이익이 없거나 부족하여 그 부족액을 당해 사업연도 이후에 추가로 적립하는 것이 허용된다고 하더라도, 이와 같이 추가로 적립할 수 있는 기한은 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내로 제한된다고 봄이 상당하다. 앞서 본 바와 같이 원고는 2013 내지 2022 각 사업연도에 처분가능이익이 없어 이익처분에 의해 고유목적사업준비금의 적립금을 적립할 수 없었고, 그 이후 각 사업연도에도 이익처분에 의해 고유목적사업준비금의 적립금을 적립하였다고 볼 만한 증거가 없다.

다. 이 사건 제2처분에 대한 판단

1) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 2014 사업연도에 결산조정으로 고유목적사업준비금 20,304,554,514원을 손비로 계상하고, 신고조정으로 고유목적사업준비금 1,431,247,089원을 세무조정계산서에 계상한 사실, 원고가 2015 사업연도에 결산조정으로 고유목적사업준비금 26,336,007,150원을 손비로 계상하고, 신고조정으로 고유목적사업준비금 790,920,254원을 세무조정계산서에 계상한 사실, 원고의 ‘고유

목적사업준비금 조정세서(갑)’에 원고가 2014 사업연도에 손금산입한 고유목적사업준비금을 2015 및 2016 각 사업연도에 모두 지출하고, 2015 사업연도에 손금산입한 고유목적사업준비금을 2016 및 2017 각 사업연도에 모두 지출한 것으로 기재되어 있는 사실이 인정되기는 한다.

2) 그러나 앞서 든 증거들과 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 위와 같은 사정만으로는 원고가 2014 및 2015 각 사업연도에 신고조정으로 세무조정계산서에 계상한 고유목적사업준비금을 당해 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 지출하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장 역시 받아들일수 없다.

① 법인세법 시행규칙 별지 제27호 서식인 ‘고유목적사업준비금 조정명세서(갑)’에는 결산조정이나 신고조정에 의한 고유목적사업준비금의 구분 없이 최근 5개 사업연도의 ‘손금산입액’, ‘직전 사업연도까지 고유목적사업 지출액’, ‘해당 사업연도 고유목적사업 지출액’, ‘잔액’ 등의 총액이 표기되나, 이러한 기재만으로는 ‘해당 사업연도의 고유목적사업 지출액’ 항목에 신고조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금의 지출이 포함되었는지 여부를 명확하게 확인할 수 없다.

② 원고의 2014 내지 2020 각 사업연도 법인세 신고 자료에 의하면, 원고는 2014 내지 2020 각 사업연도에 결산조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금만을 고유목적사업에 지출하였을 뿐 신고조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 지출한 것이 확인되지 않는다. 즉 원고는 2014 내지 2020 각 사업연도를 통틀어 결산조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금은 ‘결산조정(부채)’으로 계상하였고, 이와 같이 부채로 계상된 고유목적사업준비금에서는 매년 지출이 발생하고 있는 반면, 신고조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금은 ‘적립대상(잉여금)’으로 분류하였고, 이와 같이 잉여금으로 계상된 고유목적사업준비금에서 지출된 내역은 없는 것으로 확인된다.

③ 원고는 2013 내지 2022 각 사업연도에 처분가능이익이 없어 이익처분 없이 신고조정으로 고유목적사업준비금을 각 손금으로 산입하였으나 그 적립대상 잔액만 증가하였을 뿐이고, 이익잉여금 적립액이 없어 신고조정으로 손금산입한 고유목적사업준비금을 지출할 수 없는 상황이었다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.