양도가액이 상증세법 제66조를 거쳐 산정된 경우라면 그 결과 값이 기준시가이든 채무액이든 취득가액을 기준시가로 산정하도록 정한 것으로 해석함이 타당함

양도가액이 상증세법 제66조를 거쳐 산정된 경우라면 그 결과 값이 기준시가이든 채무액이든 취득가액을 기준시가로 산정하도록 정한 것으로 해석함이 타당함

사 건

2025구합1530 양도소득세부과처분취소

원 고

이XX

피 고

마산세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 9.

판 결 선 고

2026. 5. 21.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 10. 7. 원고에 대하여 한 2023년 귀속 양도소득세 871,957,890원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 XX시 XX구 XX동 XXX 대 *,***㎡ 및 그 지상 건물, 같은 동 XXX-XX 답 **㎡(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 소유하며 위 건물에서 ‘QQ요양병원’을 운영하던 의사이다.

나. 의료법인 설립 추진 및 재산 출연 결의

원고는 2022. 8. 9. 주식회사 KK컨설팅과 의료재단 출연에 관한 경영지원 및 경영자문 계약을 체결하고 의료법인 설립을 준비하였다. 원고는 2022. 11. 14. 설립발기인 총회를 개최하여 명칭을 ‘의료법인 HH의료재단’으로 정하고, 이 사건 부동산 및 이에 설정된 근저당권 피담보채무액(이하 ‘이 사건 채무액’이라 한다)을 의료법인에 부담부증여 형태로 출연하기로 결의하였다. 원고는 같은날 경상남도지사에게 의료법인 설립허가 신청서를 제출하였다.

다. 주무관청의 보완 요구 및 허가 경과

의료법인 설립 인·허가 주무관청인 경상남도지사는 발기인의 자격 요건 및 정관기재사항 등을 지적하며 설립허가 신청서의 접수를 보류하였고, 2022. 12. 14. 및 2022. 12. 16. 원고에게 이메일을 통하여 관련 서류의 보완을 요구하였다. 원고는 2023. 1. 31. 이에 관한 소명 의견서를 제출한 후, 2023. 2. 10. 발기인을 재구성하여 제2차 설립발기인 회의를 개최하고 보완 서류를 제출하였다. 경상남도지사는 2023. 3. 22. 의료법인 설립을 허가하였고, 2023. 3. 27. 의료법인 HH의료재단의 설립등기가 마쳐짐으로써 위 의료법인이 성립되었으며, 2023. 4. 25. 이 사건 부동산에 관하여 원고로부터 의료법인 HH의료재단 명의로의 소유권이전등기가 마쳐졌다.

라. 이 사건 처분

한편, 의료법인 HH의료재단의 설립 절차가 진행 중이던 2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정된 소득세법 시행령(이하 ‘개정 소득세법 시행령’이라 한다)이 시행되었다. 개정 소득세법 시행령 제159조 제1항 제1호 는 부담부증여시 양도가액을 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제66조에 따라 산정한 경우 취득가액도 기준시가로 산정하도록 규정하였다. 원고는 2023. 11. 30. 양도가액은 상증세법 제66조에 따라 이 사건 채무액 10,135,000,000원으로, 취득가액은 실지거래가액인 8,779,231,682원으로 산정하여 양도소득세를 신고·납부하였다. 피고는 이 사건 부동산의 양도 시기가 개정 소득세법 시행령 시행 이후인 이 사건 부동산의 소유권이전등기일인 2023. 4. 25.이므로 개정 소득세법 시행령이 적용되어야 한다고 보았다. 이에 따라 피고는 양도가액이 이 사건 채무액으로 산정되었으므로 취득가액 역시 기준시가인 6,564,923,199원으로 산정하여야 한다고 보아, 2024. 10. 7. 원고에게 가산세를 포함한 양도소득세 871,957,890원을 증액경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 6, 9, 11, 13 내지 23호증, 을 제1, 2호증(가지번호있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

가. 원고는 2022. 11. 14. 의료법인에 이 사건 부동산을 출연할 당시, 부담부증여 시 양도가액이 상증세법 제66조에 따라 이 사건 채무액으로 결정되더라도 취득가액은 기준시가 연동 제한을 받지 않고 자산의 실지거래가액을 기준으로 산정할 수 있었던 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제159조 제1항 제1호의 적용을 받을 것을 신뢰하여 이 사건 부동산의 출연을 포함한 재산출연약정이라는 원인행위를 마쳤다. 그러나 주무관청은 ‘의료기관 직원은 발기인이 될 수 없다’는 등 법적 근거가 없는 사유를 들고, 나아가 보건복지부 발간 ‘2022년 의료기관 개설 및 의료법인 설립·운영 편람’의 지침에 부합하게 작성된 정관 규정(사업실적 보고 기한 등)에 대하여 수정을 요구하는 등 위법·부당하게 신청서 접수를 보류하고 허가를 지연시켰다. 만약 주무관청의 위와 같은 부당한 업무 지연이 없었다면 2023. 2. 28. 개정 소득세법 시행령이 시행되기 전에 의료법인설립이 완료되어 당연히 구 소득세법 시행령의 적용을 받았을 것이다. 또한, 소득세법 시행령 개정 직전 기획재정부가 배포한 보도자료의 문언에 의하더라도 그 개정 취지가 주택 등에 관한 부담부증여를 예정한 것으로 이해될 뿐이어서, 원고로서는 이 사건과 같이 의료법인 설립을 위해 병원 자산을 비영리적으로 출연하는 경우에까지 취득가액 산정 방식이 제한될 것이라고 예측하기 어려웠다. 따라서 구 소득세법 시행령이 그대로 적용될 것이라는 원고의 신뢰에는 정당한 이유가 인정되며, 주무관청의 불합리한 보완 요구와 서류 접수 보류 등 일방적인 행정 처리 지연으로 인하여 허가 절차가 늦어졌음에도, 개정 시행령을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 납세자의 정당한 신뢰를 침해한 것으로서 신뢰보호원칙에 위배되어 위법하다.

나. 이 사건에 개정 소득세법 시행령이 적용된다 하더라도, 개정 소득세법 시행령 제159조 제1항 제1호 는 ‘상증세법 제61조 제1항·제2항·제5항 및 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우’에 한하여 취득가액을 기준시가로 산정하도록 정하고 있다. 그러나 이 사건 부동산의 양도가액은 상증세법 제66조 단서 및 같은 법 시행령 제63조에 따라 기준시가보다 큰 금액인 ‘피담보채무액’으로 산정되었다. 따라서 이 사건 부동산의 경우는 양도가액을 ‘기준시가로 산정한 경우’에 해당하지 아니하므로, 취득가액을 실지거래가액이 아닌 기준시가로 산정하여야 하는 대상이 아니다. 그럼에도 피고가 양도가액을 기준시가로 산정된 경우와 동일하게 취급하여 취득가액을 기준시가로 조정한 것은 납세자에게 불리한 방향으로 조세법규를 유추·확장 해석한 것으로 위법하다.

다. 원고는 개정 소득세법 시행령이 시행되기 전인 2022. 11. 14. 기본재산 출연 결의를 마치고 즉시 의료법인 설립 허가를 신청하였으나, 주무관청의 정당한 이유 없는 행정 처리 지연으로 인하여 의료법인 설립이 개정 소득세법 시행령 시행 이후로 늦어지게 되었다. 더구나 의료법인 설립등기가 마쳐진 2023. 3. 27.은 소득세법 시행령이 개정된 지 채 1달도 되지 않은 시점이었고, 이 사건과 같은 경우에 개정 소득세법 시행령이 어떻게 적용되는지에 관하여 해석상 혼란이 많았다. 이에 원고가 세무대리인에게 양도소득세 신고를 의뢰하고 세무대리인이 이를 검토하였음에도 불구하고 취득가액을 실지거래가액으로 보는 것이 옳다고 판단하여 신고했던 것인바, 이러한 사정들을 종합하면 원고에게는 세법상 의무를 게을리하였다고 비난할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로 이 사건 처분 중 가산세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 부동산 양도 시기 및 신뢰보호원칙 위반 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

민법 제48조 제1항 은 출연자와 재단법인과의 관계에 있어서 출연재산의 귀속시기에 관한 규정이므로 재단법인 설립을 위해 부동산에 관한 물권을 출연한 경우 출연자와 재단법인과의 관계에 있어서는 민법 제48조 제1항 에 의하여 재단법인이 성립되면 출연재산이 재단법인에 귀속되고 제3자에 대한 관계에 있어서는 출연행위가 법률행위이므로 재단법인 성립 외에 등기까지 마쳐져야야 출연재산이 재단법인에 귀속된다고 할 것이나, 다만 여기서 제3자라 함은 출연된 부동산에 관한 물권에 대하여 이해관계를 갖게 된 자만을 의미하므로 과세관청은 이에 해당하지 아니한다(대법원 1979. 12. 11. 선고 78다481, 482 전원합의체 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2009두7172 판결 등 참조).

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 앞서 본 법리에 따르면 이 사건 부동산의 양도 시기는 의료법인 HH의료재단의 설립등기일인 2023. 3. 27.으로 확정된다. 따라서 이 사건 부동산 양도 시기인 2023. 3. 27. 당시 이미 공포되어 시행 중이던 개정 소득세법 시행령 제159조 를 적용한 이 사건 처분은 납세의무 성립 당시에 유효한 법령을 따른 것으로서 적법하고, 이를 두고 소급과세금지원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 아울러 위 개정 소득세법 시행령 부칙에서 별도의 경과규정을 두지 아니한 이상, 소득세법 시행령 개정 이전에 있었던 원고의 의료법인 설립에 관한 인허가 신청 사실만으로 종전 규정이 적용될 것이라는 납세자의 기대가 법적으로 보호된다고 보기도 어렵다.

나) 조세법률관계에서 신뢰보호의 원칙이 적용되려면 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 한다. 원고가 신뢰의 근거로 들고 있는 ‘기획재정부의 2023. 1. 18.자 보도자료’는 ‘2022년 세제개편 후속 시행령 개정안’에 대한 향후의 정책 방향과 입법 계획을 일반 국민에게 안내한 것에 불과할 뿐, 과세관청인 피고가 원고에게 구체적이고 특정한 과세처분을 하지 않겠다는 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없다. 또한, 조세법령의 개정 과정이나 입법예고 단계에서 배포되는 요약 문서나 보도자료는 최종 확정된 법령이 아니므로, 그 과정에서 과세 대상의 범위나 세부적인 규제 방식은 얼마든지 변경될 수 있다. 위 보도자료에 주택 관련 예시가 일부 포함되어 있었다는 사정만으로, 이 사건과 같이 원고가 의료법인 설립을 위해 병원 자산을 부담부증여 형태로 출연하는 경우에까지 기준시가가 연동되는 취득가액 산정 방식이 제외될 것이라는 정당한 예측가능성이 인정된다거나 그렇게 신뢰한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

다) 원고는 주무관청의 부당한 보완 요구로 인하여 2022. 12. 14.경부터 여러 차례 신청서 접수가 반려되는 등 절차가 지연되었음을 강조한다. 그러나 다른 행정기관의 의료법인 설립허가 민원 처리 과정에서 발생한 사정을 들어 과세관청인 피고의 귀책사유가 인정된다고 보거나 조세법률관계에서의 신뢰 형성의 근거로 삼을 수는 없다. 설령 원고의 주장대로 위 주무관청의 지연이 없었더라면 소득세법 시행령 개정 전에 의료법인 설립이 완료되어 구 소득세법 시행령의 적용을 받을 수 있었다는 사정이 인정되더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.

나. 개정 소득세법 시행령 해석에 관한 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유없이 확장 해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

가) 개정 소득세법 시행령 제159조 제1항 제1호 는 ‘제2호에 따른 양도가액을 상증세법 제61조 제1항·제2항·제5항 및 제66조에 따라 기준시가로 산정한 경우’라고 규정하여 상증세법 제66조를 그 적용 대상으로 포섭하고 있다. 당해 자산의 기준시가가 채무액보다 커서 결과적으로 기준시가로 평가되는 경우는 상증세법 제61조 등이 적용된 결과일 뿐이고, 상증세법 제66조가 고유하게 적용되어 가액이 채무액으로 산정되는 경우는 오직 ‘채무액이 기준시가보다 커서 채무액으로 결정되는 경우’뿐이다. 그러므로 만약 원고의 주장대로 상증세법 제66조에 따라 양도가액을 ‘채무액’으로 산정된 경우를 위 규정의 적용 대상에서 배제한다면, 개정 소득세법 시행령이 ‘제66조’를 추가하여 명시한 부분이 사실상 적용될 여지가 없게 되는 모순이 발생한다. 따라서 개정 소득세법시행령 제159조 제1항 제1호 에 ‘제66조’가 명시적으로 포함된 이상, 위 규정은 상증세법 제66조에 따라 양도가액이 ‘채무액’으로 평가된 경우라 하더라도 이를 ‘기준시가’로산정한 경우와 동일하게 취급하여 취득가액 역시 기준시가로 일치시키는 취지로 해석함이 조세법률주의의 엄격해석 원칙 및 법체계적 해석상 타당하다.

나) 상증세법 제66조는 저당권 등이 설정된 재산의 가액을 기준시가와 채무액 중 큰 금액으로 평가하도록 정한 보충적 평가방법이므로, 개정 소득세법 시행령 제159조 제1항 제1호 에 ’제66조‘가 규정된 이상 그 적용 결과가 채무액으로 산정된 경우라 하더라도 이를 위 규정의 적용 대상에서 제외할 아무런 근거가 없다. 오히려 문언의 체계상, 양도가액이 상증세법 제66조를 거쳐 산정된 경우라면 그 결과 값이 기준시가이든 채무액이든 취득가액을 기준시가로 산정하도록 정한 것으로 해석함이 타당하다. 따라서 피고의 처분이 명문의 규정에 반하여 조세법률주의의 엄격해석 원칙을 위반하였다는 원고의 주장은 이유 없다.

다. 가산세 면제의 정당한 사유 여부에 관한 판단

1) 관련 법령

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 등 참조).

주무관청의 보완 요구 등으로 인하여 의료법인 설립허가 절차가 지연된 사정은 인정된다. 그러나 이러한 사유는 원고가 의료법인을 설립하는 과정에서 발생한 우연한사정에 불과할 뿐, 개정 소득세법 시행령이 이미 공포되어 시행 중인 상황에서 납세의무자인 원고가 개정 소득세법 시행령에 따라 양도소득세를 신고·납부하는 것 자체가 객관적으로 불가능하게 되었다거나 불가항력적 장애 사유가 발생하였다고 볼 수 없다. 원고는 이 사건 부동산의 양도 시기가 개정 소득세법 시행령 시행 이후 한 달이 채 지나지 않은 시점이었고 해석상 혼란이 많았다는 점을 들어 정당한 사유가 있다는 취지로도 주장한다. 그러나 원고가 주장하는 사정은 단순한 법률의 부지나 착오에 불과하여, 이를 들어 원고에게 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다. 나아가 원고가 전문 세무대리인에게 신고를 의뢰하여 그 검토와 판단을 거쳤다 하더라도, 세무대리인의 잘못된 법령 해석이나 착오는 납세자 본인의 의무 위반을 정당화하는 사유가 될 수 없으므로, 이 역시 원고에게 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.