종합부동산세를 추징할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없음

이 사건 토지 취득 후 5년의 유예기간 내에 사업계획의 승인을 받지 못한 데에 원고나 AAAAA에 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 수 없음

사 건

2025구합56449 종합부동산세등부과처분취소

원 고

주식회사 코AAAAAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 20.

판 결 선 고

2026. 7. 22.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 8. 8. 원고에 대하여 한 별지 1 기재 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 등의 관계

원고는 부동산의 신탁 및 이와 관련된 부동산개발업, 주택건설업 등을 영위하는 회사이고, 주식회사 AAAAA(이하 ‘AAAAA’라 한다)는 ** **구 **동 *** 일대 *****㎡ DDDD 도시개발

사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 목적으로 설립된 프로젝트금융투자회사(Project Financing Vehicle, PFV)이다.

나. 이 사건 각 선행처분 및 취소

1) AAAAA는 20**. *.경부터 이 사건 사업부지 중 ****㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 토지소유자들로부터 매수하면서, 이 사건 토지에 관하여, 위 매도인들을 위탁자로, 원고를 수탁자로, AAAAA를 우선수익자로 각 지정하는 신탁계약(이하 ‘이 사건 신탁계약’이라 한다)이 체결되어 원고 명의로 신탁등기가 이루어졌다.

2) 20**. *. **. 이 사건 토지에 관한 토지거래허가구역 지정이 해제되자 AAAAA는 20**. **. *. 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의19 제1항의 ‘주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’임을 전제로 종합부동산세 과세표준 합산배제대상으로 신고하였다.

3) MM세무서장은 20**. *. *. AAAAA가 이 사건 토지를 취득한 날로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획승인을 받지 못하여서 이 사건 토지가 과세특례 대상에 해당하지 않음을 이유로, 구 조세특례제한법 제104조의19 제3항 에 따라 이 사건 토지에 관하여 2015년 귀속 종합부동산세 *****원 및 농어촌특별세 *****원을 경정ㆍ고지하였고(이하 ‘이 사건 제1 선행처분’이라 한다), 20**. *. **. 및 20**. **. **. 다음 표 기재와 같이 2016년 귀속분부터 20**년 귀속분까지 각 종합부동산세 및 농어촌특별세를 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 제2 선행처분’ 이라 한다)하였다.

4) AAAAA는 MM세무서장을 상대로 ****법원 ***********호로 이 사건 제1 선행처분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 위 법원은 20**. *. *. ‘신탁법에 따라 수탁자 명의로 신탁등기가 마쳐진 신탁재산으로서 위탁자별로 구분된 재산에 관하여는 구 지방세법(2020. 12. 29. 법률 제17769호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1항 단서 제3호에 따라 그 수탁자가 재산세 또는 종합부동산세 납세의무자가 되는데, 원고는 이 사건 사업부지 내 토지소유자들과 체결한 이 사건 신탁계약에 따라 신탁법상 신탁을 원인으로 소유권이전등기를 마쳤으므로 종합부동산세 납세의무자인 수탁자는 원고이다’라는 이유로 AAAAA의 청구를 인용하는 판결을 선고(이하 ‘이 사건 선행 판결’이라 한다)하였으며, 위 판결이 그대로 확정되었다.

5) AAAAA는 MM세무서장을 상대로 이 사건 제2 선행처분의 취소를 구하는 조세심판을 청구

(이하 ‘이 사건 조세심판’이라 한다)하였고, 조세심판원 또한 20**. *. **. 이 사건 선행 판결을 인용하면서, ‘구 지방세법 제107조 제1항 단서 제3호에 따라 그 수탁자가 재산세 또는 종합부동산세의 납세의무자가 되므로, 이 사건 토지에 관하여 수탁자의 지위에 있는 원고가 종합부동산세의 납세의무자이다’는 취지로 판단하여 AAAAA의 심판청구를 인용하는 결정을 하였다.

다. 이 사건 처분 등

1) 이 사건 조세심판 결정에 따라 MM세무서장은 20**. *. **. 관할 세무서장인 피고에게 원고에 대한 종합부동산세 과세자료를 통보하였다.

2) 피고는 이 사건 토지 중 20**. *. *. 현재 원고가 수탁자로 등기되어 있는 토지에 관하여 20**년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하여, 20**. *. *. 원고에게 별지 1 표 기재와 같은 내용의 20**년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 20**. **. *. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20**. *. **. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

명시적인 예외규정이 없더라도 정당한 사유가 있는 경우 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다. 그런데 서울시 도시계획위원회의 입장변경에 따른 사업계획 전면수정이나 경제위기 등으로 인한 시공자 겸 대출약정 지급보증인인 BBBB 주식회사, 주식회사 CCCC의 법정관리 신청 등이 있었던 점, AAAAA는 이 사건 사업에 대한 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였고, 그 결과 20**. *. *. 사업계획승인을 받은 점 등을 고려하면, 이 사건 토지를 취득한 날로부터 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 데에는 AAAAA에 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 존재한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령: 별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고가 구 조세특례제한법 제104조의19 에 따른 과세특례를 받을 수 있는지 여부

피고는 주택을 건설하기 위하여 토지를 취득한 주택건설사업자로서 이 사건 토지에 대한 종합부동산세 과세표준 합산배제 신고를 한 경우에만 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 제1호 (이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)를 적용할 수 있는데, 원고는 이 사건 특례조항의 요건을 충족하지 못하였으므로 위 조항을 적용할 수 없다는 취지로 주장하므로, 우선 이에 관하여 본다.

이 사건 특례조항 및 구 조세특례제한법 제104조의19 제3항 (이하 ‘이 사건 추징조항’이라 한다)에 따르면, 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보되, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 주택건설을 위하여 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징한다.

그런데 앞서 든 증거, 을 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정

들을 종합하면, 이 사건 토지는 이 사건 특례조항이 정한 토지로서 원고도 이 사건 특례조항의 적용대상이 될 수 있다고 할 것이다. 이와 다른 전제에 선 피고 주장은 받아들이지 않는다.

○ 이 사건 특례조항과 이 사건 추징조항의 입법 취지는, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하려는 것이다(대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결).

○ 이 사건 특례조항은 ① 주택법상 주택건설사업자로 등록한 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 토지를 취득하여야 하고, ② 위 토지의 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획

승인을 받거나 받을 예정이어야 하며, ③ 이 사건 특례조항을 적용받으려는 자가 해당 연도 9. 16.부터 9. 30.까지 납세지 관할세무서장에게 토지의 보유현황을 신고할 것을 요구하고 있을 뿐, 그 토지의 종합부동산세 납세의무자가 주택건설사업자일 것을 요구하고 있지 않다.

○ 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정됨에 따라 신탁법에 따른 신탁재산의 경우 수탁자가 종합부동산세 납부의무를 부담하는데, 이 사건과 같이 종합부동산세 납세의무자

(원고)와 주택건설사업자(AAAAA)가 일치하지 않을 수 있다.

그런데 이 사건 신탁계약 제**조 제*항에 따르면, 신탁재산에 관한 제세공과금 등 신탁사무의 처리에 필요한 제비용은 AAAAA 등이 부담하는데, 주택건설사업자인 AAAAA가 주택을 건설하기 위하여 이 사건 토지를 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 사업계획승인을 받거나 받을 예정임에도 원고가 주택건설사업자가 아니라는 이유만으로 이 사건 특례조항의 적용을 배제

시키는 것은 종합부동산세를 감면을 통해 과세부담이 주택가격으로 전가되는 것을 막고자 하는 이 사건 특례조항의 입법 취지에 반한다.

2) 종합부동산세 등을 추징할 수 없는 정당한 사유가 있는지 여부

가) 관련 법리

이 사건 특례조항과 이 사건 추징조항과 관련하여 토지거래허가구역 지정이 해제된 토지를 취득한 날은 토지거래허가구역 지정 해제일이 아니라 토지의 매매대금 잔금 지급일로 보아야 한다(대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결).

이 사건 특례조항과 이 사건 추징조항의 입법 취지를 고려하면, 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 봄이 타당하다. 여기서 말하는 ‘정당한 사유’라 함은 법령에 의한 금지․제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유, 사업자가 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유, 감면 규정을 둔 입법 취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령․사실상의 장애사유 및 장애정도, 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단할 것이다.

나) 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제9, 10호증, 을 제5, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사실 내지 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 원고나 AAAAA가 이 사건 토지 취득 후 5년의 유예기간 내에 사업계획의 승인을 받지 못한 데에 원고나 AAAAA에 책임을 돌릴 수 없는 ‘정당한 사유’가 있다고 할 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 받아들이지 않는다.

○ 이 사건 특례조항은 부동산 개발의 조기 진행을 유도하여 투기 목적의 부동산 보유를 방지하고, 주택의 건설 과정에서 요구되는 서류의 작성 및 자료 구비, 관계 기관 협의, 각종 영향평가 등 여러 행정절차를 완료하는데 필요한 현실적인 시간을 고려하면서도 5년이라는 적절한 시간적 한계를 설정해두었다. 그런데 AAAAA는 이 사건 토지를 취득하기 시작한 20**. *.경부터 5년 이내인 20**. *.경까지 사업계획승인을 받아야 함에도 약 14년이 지난 20**. *. *.에 이르러서야 사업계획승인을 받았다.

○ 용도지역의 변경이나 도시개발사업에 관한 계획과 같은 도시․군관리계획은 합리적인 토지 이용과 해당 지역의 체계적․계획적 관리라는 목적 하에 토지 이용, 교통, 환경, 경관 등 종합적인 요소를 고려하여 정하는 일종의 행정계획에 해당하므로, 행정주체는 원칙적으로 구체적인 행정계획을 입안․결정함에 있어 비교적 광범위한 형성의 자유를 가진다. 따라서 DDDD개발사업 추진위원회(이후 DDDD 도시개발구역 도시개발사업조합이 20**. **. **. 설립되어 위 추진위원회의 권리․의무를 승계하였으므로, 위 추진위원회와 구분하지 않고 ‘이 사건 조합’이라 한다)가 20**. *. **. **시 **구에 용도지역의 변경 및 2층 이하의 단독주택과 7층 이하의 공동주택 건축을 내용으로 하는 도시개발구역(개발계획 수립) 지정 제안을 하였더라도, **시장은 이를 반드시 수용해야 하는 것은 아니고 전문적․기술적 판단을 기초로 광범위한 형성과 재량의 자유를 가지고 위 제안에 대하여 수용 여부를 판단할 수 있다.

○ 이에 관하여 원고는, 이 사건 사업은 당초 *층 이하 공동주택을 전제로 수립되었고, AAAAA는 그와 같은 계획에 따라 이 사건 사업을 추진하였다는 취지로 주장한다. 그러나 ① 20**. *. **. 이루어진 제*차 **시 도시계획위원회 회의록의 기재 내용에 따르면, 이 사건 사업에 관하여 제2종전용주거지역으로서 건폐율 **% 이하, 용적률 **% 이하의 제한을 받아 * 층 정도의 건축이 가능한 지역으로 논의되었던 점, ② 이 사건 조합이 도시개발구역(개발계획 수립) 지정 제안을 한 이후 20**. *. **. 이루어진 제*차 **시 도시계획위원회 회의록의 기재 내용에 따르더라도, 위원들 사이에 건축물의 높이를 *층까지 허용할지 여부에 관하여 의견이 통일되지 않았고, 오히려 이에 관하여 부정적인 의견이 상당수 존재하였던 점, ③ 달리 이 사건 조합이 도시개발구역(개발계획 수립) 지정을 제안하기 전 **시장 등이 *층 이하의 공동주택 건축에 관한 공적인 견해를 밝혔다고 볼만한 자료가 없는 점 등을 고려하면, AAAAA는 분양 수익성 등을 고려하여 *층 이하의 공동주택 건축을 내용으로 하는 도시개발

구역(개발계획 수립) 지정 제안한 것으로 보일 뿐이고, 행정주체의 행정계획 등 어떠한 공적 견해를 토대로 위와 같은 제안을 한 것이라 할 수 없다.

○ 제**차 **시 도시계획위원회는 20**. *. **. 이 사건 사업과 관련하여 ‘공동주택 건립을 위한 집단환지는 불허하고, 20**년 용도지역 변경 당시 제출된 계획(개별 환지, *층 이하)의 범위 내에서 개발 계획을 수립할 것’이라는 내용의 수정가결을 하였으나, 이는 제*차 **시 도시계획위원회 당시 보류되었던 사항에 관하여 논의를 재개하여 결론에 이른 것일 뿐이고, 종전에 *층 이하의 공동주택 건축을 내용으로 하는 제안을 확정하였다가 이를 변경한 것이 아니다. 따라서 위 수정가결로 인하여 이 사건 사업의 사업성이 크게 훼손되었다거나 잠정적 중단 상태에 빠졌다고 하더라도, 이를 두고 AAAAA가 정해진 기간 내에 사업계획 승인을 받지 못하게 된 데에 행정청의 귀책사유가 개입된 것이라 평가할 수는 없다.

○ 더구나 ① 이 사건 토지에 AAAAA가 도시개발사업의 방식으로 원하는 주택단지를 건설하기 위해서는 도시개발구역 지정 제안, 도시개발구역의 입안, 주민공람공고, 시 도시계획위원회의 심의, 도시개발구역지정 및 개발계획 결정 등의 과정이 필요하고, 이는 통상적으로 상당한 기간이 소요되는 점, ② 앞서 본 바와 같이 행정주체는 도시개발구역의 지정 내지 도시개발계획 입안 제안을 수용할지 여부에 관하여 비교적 광범위한 재량권을 가지므로, 주택건설사업자로서는 이를 고려하여 자금조달계획을 수립하는 등 사업 타당성 및 수익성을 미리 검토․분석하여야 하는 점 등을 고려하면, AAAAA가 이 사건 사업 재개 이후 주택건설사업의 추진을 위하여 노력을 기울였다고 하더라도, 이러한 사정만으로 원고나 AAAAA에 책임을 돌릴 수 없는 사유로 인해 이 사건 토지의 취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 것이라고 할 수는 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각한다.