토지 임대인에게 무상귀속되는 건축물 등이 임대료에 해당하는지 여부 및 부가가치세 공급가액 계산방법

토지를 임대하고 임차인 명의로 조성한 골프장 및 건축물을 임대종료시점에 임대인에게 무상귀속되는 것은 토지의 임대료에 해당하며, 골프장은 선불임대료로 골프장 조성비용을, 건축물 등은 후불임대료로 건축물 등 인도시점 가액을 과세기간 개월수로 안분하여 계산하는 것임

서 울 고 등 법 원

인 천 제 2 행 정 부

판 결

사 건 (인천)2025누10215 부가가치세등부과처분취소

원고, 피항소인 H

피고, 항소인 N세무서장

제 1 심 판 결 인천지방법원 2025. 7. 10. 선고 2024구합54922 판결

변 론 종 결 2026. 3. 18.

판 결 선 고 2026. 6. 17.

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2022. 11. 2. 원고에 대하여 한 별지1 ‘과세기간’란 기재 각 과세기간에 대한 ‘처분세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 별지2 세액계산표 ‘재계산 세액’란 각 기재 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 각자 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2022. 11. 2. 원고에 대하여 한 별지1 ‘과세기간’란 기재 각 과세기간에 대한 ‘처분세액’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결의 해당부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지와 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다(다만 제4항 결론 부분은 제외한다).

2. 고치거나 추가하는 부분

○ 제1심판결문 제5면 제4행의 “별지2”를 “별지3”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제8면 제4행의 “제원조달”을 “재원조달”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제11면 제8행의 “한다” 다음에 “(원고는 관련 민사사건 확정판결인 서울고등법원 2017. 4. 7. 선고 2016나2018966 판결이 이 사건 임대차계약상 차임이 골프장 용지로 사용될 것을 전제로 정한 것으로 보인다고 판시한 것에 대하여, 원고가 골프장 조성비용을 부담하였음을 전제로 판단한 것이라고 주장한다. 그러나 위 판결은 공모 당시 골프장용지의 임대공급가격을 원형지 상태임을 전제로 하여 ㎡당 3,400원으로 공고하였는데 입찰과정을 통해 원고가 이 사건 임대차계약상 차임을 ㎡당 5,060원으로 정하였기 때문에 이 사건 임대차계약상 차임이 골프장 용지로 사용될 것을 전제로 정한 것으로 보인다고 판시한 것이지 원고가 골프장 조성비용을 부담하였다고 판단하지는 않았는바, 이 부분 원고의 주장은 이유 없다)”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제14면 제12행의 “없고” 다음에 “[이 사건 사업협약서는 임대기간 종료 시 원고가 이 사건 건축물 등의 귀속을 원하지 않는 경우에는 B의 철거 의무를 규정하고 있어, 원고가 이 사건 건축물 등의 소유권을 취득할 가능성이 불확실하다(이 사건 사업협약 체결 당시 원고의 사업 목적이나 제반사정 등을 고려할 때, 임대기간 종료 후 이 사건 건축물 등의 철거 가능성이 매우 낮다거나 원고에게 소유권이 귀속될 것이 확정되었다고 볼 수도 없다)]”를 추가한다.

○ 제1심판결문 제14면 제15행의 “어려운 점”을 “어려우며(피고의 주장과 같이 BOT방식이 적용되기 위해서는 당해 제도의 취지를 고려할 때 이 사건 건축물 등의 준공과 동시에 원고가 그 사용이익을 바로 취득하는 점이 전제되어야 할 것인데, 이 사건 임대차계약상 원고는 B에게 이 사건 토지만을 임대하였을 뿐, 이 사건 건축물 등은 그 임대의 대상이라고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 이 사건 건축물 등은 오로지 B의 고유한 사용목적과 필요에 따라 건축되어 활용되다가 이 사건 임대차 계약의 종료 이후에 B의 선별에 기초하여 철거되지 아니한 나머지만 원고에게 이전되는 것으로서 마치 사회기반시설과 같이 원고가 준공 시점에 이 사건 건축물 등의 설치가액에 상당하는 경제적 가치를 실질적으로 취득하였다고 볼 수 없다), 이 사건 골프장 사업은 그 성질상 대등한 입장의 당사자 간 합의에 따라 체결된 사적 계약에 기초한 것인 점”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결문 제15면 제7행부터 제16행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『 과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 경우에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 1997. 3. 28. 선고 96누15022 판결, 대법원 2022. 5. 26. 선고 2022두33712 판결 등 참조).

을 제8호증의 1 내지 7, 피고가 이 법원에서 제출한 2026. 4. 1.자 참고서면을 바탕으로 이 사건 건축물 등의 귀속으로 인한 간주임대료를 이 사건 임대차계약 종료시점인 2027. 6. 29.을 기준으로 그 당시 감정평가액(27,668,104,600원)을 후불임대료로 받은 것으로 보아 각 과세기간별 부가가치세 과세표준을 재산정하면, 당초 과세표준에서 각 305,803,167원이 감소하므로, 이에 따라 정당한 과세표준 및 세액에 맞추어 산정한 원고의 2017년 2기부터 2022년 1기까지의 부가가치세 세액은 별지2 세액계산표 ‘재계산 세액’란 기재 금액과 같다.

그렇다면 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중 별지2 세액계산표 ‘재계산 세액’란 각 기재 금액을 초과하는 부분은 모두 위법하여 취소하여야 한다.』

○ 제1심판결문 제17쪽 다음 쪽에 이 판결의 별지2를 추가한다.

○ 제1심판결문 제18쪽 ”별지2“를 ”별지3“으로 고쳐 쓴다.

3. 결 론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.