쟁점토지 등에 관한 보상액은 토지보상법 제70조 제5항에 따라 2009년 표준지공시지가를 기초로 산정되어야 함

쟁점토지 등에 관한 보상액은 토지보상법 제70조 제5항에 따라 2009년 표준지공시지가를 기초로 산정되어야 하므로, 소득세법령에 따른 환산 취득가액 산출시 ‘양도당시 기준시가’ 역시 2009년 개별공시지가가 적용되어야 함

양도소득;토지보상;협의;수용;감정가액;취득시기;취득가액;보상금산정;양도당시 기준시가

사 건

2025구합61711 양도소득세경정거부처분취소

원 고

이○○ 외 22명

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026.06.18.

판 결 선 고

2026.07.23.

주 문

1. 피고가 2024. 7. 24. 원고들에게 한 별지2 기재 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 ○○시 ○○동, ○○동, ○○동 일대에 소재한 아래 표 ‘양도대상’란 해당 부분 기재 토지 등(이하 ‘이 사건 토지 등’라 한다)을 소유하였던 사람들이다.

나. ○○시장은 2009. 2. 4. ○○개발행위허가 제한지역을 고시하였고(○○시 고시 제2009-23호), ○○도지사는 2010. 3. 15. ○○ ○○○시티 일반산업단지 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다) 개발계획을 승인·고시하였는데(○○도 고시 제2010-70호), 이 사건 토지 등은 이 사건 사업부지에 편입되었다.

다. ○○도지사는 2014. 4. 11. 이 사건 사업부지에 대한 일반산업단지 지정을 해제하고(○○도 고시 제2014-97호), 이 사건 사업 개발계획과 실시계획 승인 및 이 사건 사업시행자 지정을 각 취소하였다(○○도 고시 제2014-98호). 이 사건 사업시행자는 이에 불복하여 행정소송을 제기하였고(○○지방법원 2014구합****호), ○○도지사는 2016. 6. 27. 이 사건 사업 개발계획과 실시계획 승인 취소 등을 철회하였다(○○도 고시 제2016-5147호).

라. 원고들은 협의 끝에 2018년 내지 2019년 사이에 이 사건 사업 시행자에게 이 사건 토지 등에 관하여 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다). 이 사건 양도 당시 이 사건 토지 등에 관한 보상금은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’이라 한다)에 따라 이루어진 감정평가 결과를 토대로 결정되었는데(이하 ‘이 사건 감정’이라 한다), 이 사건 감정인은 2016년 표준지공시지가를 기초로 이 사건 토지 등의 가치를 평가하였다.

마. 원고들은 이 사건 양도에 관하여 양도소득세를 신고·납부할 때에 이 사건 토지 등의 취득가액을 소득세법 시행령 제176조의2 에 따라 환산가액으로 산정하면서, ‘양도당시의 기준시가’의 경우 이 사건 토지 등에 관한 2016년 개별공시지가를 적용하였는데, 이는 이 사건 감정시 보상액 산정이 2016년 표준지공시지가를 기초로 이루어졌음을 반영한 것이다. 원고들의 구체적인 양도소득세 신고·납부 내역은 아래 표 ‘당초 신고세액’란 해당 부분 기재와 같다.

바. 원고들은 2024. 5.경 피고에게, 토지보상법 제70조 제5항 에 따르면 2009년 표준지공시지가를 기초로 이 사건 토지 등에 관한 보상액이 산정되어야 하므로, 소득세법 시행령 제176조의2 에 따른 환산 취득가액 산출에 필요한 ‘양도 당시의 기준시가’ 역시 2009년 개별공시지가가 적용되어야 한다고 주장하면서, 아래 표 ‘경정청구’란 해당 부분 기재와 같이 경정청구를 하였다.

사. 피고는 2024. 7. 24. 원고들에게 이 사건 토지 등의 보상금을 산정할 때에 2016년 표준지공시시가를 기초로 이 사건 감정이 이루어졌으므로, 양도소득세 산출시 2016년 개별공시시가를 기준으로 환산 취득가액이 산정되어야 한다는 이유로 원고들의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

아. 원고들은 이에 불복하여 2024. 10. 8. 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2025. 6. 9. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 11호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

나. 쟁점의 정리

구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나.목은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비 중 하나로 ‘취득가액’을 규정하고 있는데, 이 때 취득가액의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”을 필요경비로 공제하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제12항은 “대통령령으로 정하는 환산가액”을 같은 법 시행령 제176조의2 제2항 등 규정에 따른 가액으로 구체화하고 있는데, 같은 법 시행령 제176조의2 제2항 제2호는 ‘(양도당시의 실지거래가액) × (취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가)’의 계산식으로 환산 취득가액을 산출하도록 규정하고 있다.

위 계산식의 분모에 해당하는 ‘양도당시의 기준시가’는 토지의 경우 부동산 가격공시에 관한 법률(이하 ‘부동산공시법’이라 한다)에 따른 개별공시지가로 하는 것이 원칙이고(구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가.목), 토지보상법에 따른 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 그 보상액과 ‘보상액 산정의 기초가 되는 기준시가’ 중 적은 금액에 의하게 된다(구 소득세법 시행령 제164조 제9항 제1호 ).

이 사건의 경우 필요경비 공제를 위한 환산 취득가액 계산시 계산식의 분모에 해당하는 ‘양도당시의 기준시가’를 ‘보상액 산정의 기초가 되는 기준시가’에 의하게 되는데, 위 기준시가를 ① 이 사건 감정시 보상액 산정의 기준이 되는 표준지공시지가의 기준일인 2016. 1. 1. 공시된 이 사건 토지 등의 개별공시지가로 보아야 하는지(이 사건 처분사유), 아니면 ② 토지보상법 제70조 제4항 , 제5항에 따른 표준지공시지가의 기준일인 2009. 1. 1. 공시된 이 사건 토지 등의 개별공시지가로 보아야 하는지(원고들 주장) 문제된다.

다. 구체적 판단

관계 법령의 내용과 위에서 본 사실과 증거, 갑 제5 내지 9, 12, 16, 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정들을 종합하면, 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 나.목, 구 소득세법 시행령 제163조 제12항 , 제176조의2 제2항 제2호에 따라 환산 취득가액 계산시 ‘양도당시의 기준시가’로서 토지보상법에 따른 협의매수·수용의 경우에 적용되는 ‘보상액 산정의 기초가 되는 기준시가’란 토지보상법 제70조 에 따라 보상액 산정의 기초가 된 표준지공시지가의 기준일을 기준일로 하여 공시된 해당 토지의 개별공시지가를 의미한다고 봄이 타당하다. 이 사건 토지 등에 관한 보상액은 토지보상법 제70조 제5항 에 따라 2009년 표준지공시지가를 기초로 산정되어야 하므로, 소득세법령에 따른 환산 취득가액 산출시 ‘양도당시 기준시가’ 역시 2009년 개별공시지가가 적용되어야 한다. 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있고, 이 사건 처분은 위법하다.

① 토지보상법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득할 때에 손실보상에 관한 사항을 규정하는 것을 목적으로 하는데(제1조), 사업인정을 받은 사업시행자는 토지소유자 등과 보상에 관하여 협의를 하여야 하고(제26조 제1항, 제16조), 협의가 성립되지 아니하거나 협의를 할 수 없을 때에는 재결 절차를 통하여 사업부지 내 토지 등을 수용할 수 있으며(제28조, 제19조), 사업시행자는 협의 또는 수용에 의하여 취득할 토지등에 대한 보상액 산정을 위하여 감정평가를 거쳐야 한다(제68조 제1항). 토지보상법 제70조 는 협의나 수용재결에 의하여 취득하는 토지의 보상액 산정방식에 관하여 구체적으로 정하고 있는데, 부동산공시법에 따른 공시지가를 기준으로 보상하되 그 공시기준일부터 가격시점까지의 토지이용계획, 지가변동률, 생산자물가상승률, 그 밖에 그 토지의 위치·형상·환경·이용상황 등을 고려하여 보상액을 산정하여야 한다(제1항). 사업인정 후 취득의 경우 원칙적으로는 ‘사업인정고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가’로서 해당 토지에 관한 협의의 성립 또는 재결 당시 공시된 공시지가 중 그 사업인정고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가를 기초로(제4항), 예외적으로 공익사업의 계획이 공고·고시됨으로 인하여 취득하여야 할 토지의 가격이 변동되었다고 인정되는 경우에는 ‘해당 공고일 또는 고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가’로서 그 토지의 가격시점 당시 공시된 공시지가 중 그 공익사업의 공고일 또는 고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가를 기초로(제5항) 보상액을 산정하게 된다.

이처럼 토지보상법은 공익사업을 위한 토지의 취득 및 보상에 관하여 협의취득과 수용재결을 구별하지 않고 그 보상액 산정 기준을 일률적으로 정하고 있다.

② 구 소득세법 시행령 제164조 제9항 제1호 는 ‘토지보상법에 따른 협의매수·수용 등’의 경우에는 ‘보상액 산정의 기초가 되는 기준시가’를 환산 취득가액 계산시의 ‘양도 당시의 기준시가’로 하도록 정하고 있음은 위에서 본 바와 같은데, 위 규정의 문언에 의하더라도 토지등 소유자가 토지보상법에 따라 사업시행자에게 사업부지 내 토지 등을 양도할 경우, 그 방식이 협의절차를 거친 것인지, 수용재결을 통한 것인지를 구분하지 않고 환산 취득가액 계산 방법을 일률적으로 정하고 있다. 그렇다면 구 소득세법 시행령 제164조 제9항 제1호 가 정한 ‘보상액 산정의 기초가 되는 기준시가’는 토지보상법 제70조 에 따라 보상액 산정의 기초가 된 표준지공시지가의 공시기준일에 대응하는 개별공시지가로 해석하는 것이 타당하다.

③ 이 사건 감정인은 2016년 표준지공시지가를 기초로 이 사건 토지 등의 보상액을 평가하였음은 위에서 본 바와 같다. 그러나 이 사건 사업으로 수용된 토지에 관한 손실보상금 증액소송에서 법원은 2009. 2. 4. ○○개발행위허가 제한지역이 고시됨에 따라 이 사건 사업부지 내 토지의 가격이 변동되었음이 인정되므로 토지보상법 제70조 제5항 에 따라 위 고시일과 가장 가까운 시점인 2009. 1. 1. 표준지공시지가를 적용하여 보상액을 산정하여야 한다고 판단하였다(○○고등법원 2023. 1. 20. 선고 2022누11206 판결 참고). 위와 같은 법원 판단이 이루어진 이상 이 사건 감정이 2016년 표준지공시지가를 적용하여 이 사건 토지 등의 보상액을 산정한 것은 토지보상법 제70조 에 위배됨이 분명하므로, 이 사건 양도에 관한 양도소득세 산정시에도 이 사건 감정인이 채택한 기준시가가 아닌, 토지보상법 제70조 에 따라 규범적으로 적용되었어야 할 기준시가를 기준으로 환산 취득가액이 산출되어야 한다.

④ 이 사건 감정인은 2016년 표준지공시지가가 아닌 2009년 표준지공시지가를 기준으로 보상액을 산정하더라도 공시기준일로부터 가격시점까지의 지가변동률 보정 등이 이루어지면 대부분의 필지에서 보상액에서 차이가 나지 않는다는 의견을 밝혔다. 그럼에도 협의절차에서 이루어진 감정에서 실제 채택한 보상액 산정의 기초가 된 기준시가가 토지보상법 제70조 에 따라 적법하게 이루어졌는지를 불문하고 환산 취득가액 계산의 기준이 된다고 보면, 감정인의 공시지가 기준일에 관한 판단에 의해 양도소득세의 필요경비로 공제되어야 하는 환산 취득가액이 변동될 수 있게 되므로, 조세공평의 원칙에 위배된다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 있어 모두 인용한다.