피상속인의 근로소득 합계액이 연3,700만 원 이상임을 이유로, 영농상속공제를 부인한 것은 적법함

(1심요지와 같음)피상속인의 근로소득 합계액이 연 3,700만 원 이상임을 이유로 이 사건 상속에 영농상속공제를 부인한 이 사건 처분은 적법하고, 원고가 제출한 증거만으로는 피상속인이 이 사건 회사에 근무하지 않았다거나 이 사건 회사로부터 연 3,700만 원 이상의 급여를 지급받지 아니하였음을 인정하기에 부족

사 건

2025누10255 상속세부과처분취소

원 고

이AA

피 고

○○세무서장

제1심 판 결

대구지방법원 2025. 9. 25. 선고 2025구합20139 판결

변 론 종 결

2026. 2. 27.

판 결 선 고

2026. 3. 20.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. ○○. ○. 원고에게 부과한 상속세 0,000,000,000원 중 0,000,000,000원을 초과한 부분(영농상속공제와 관련한 세액 0,000,000,000원)을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결의 ‘3. 판단’ 부분을 아래 2항과 같이 고치는 외에는 제1심판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 인용한다.

2. 판단

가. 원고 주장의 요지

1) 피상속인의 근로소득신고 금액이 실질적으로 급여가 아니라는 주장(제1 주장)

피상속인은 상속개시일 2년 전부터 계속하여 축산업에 종사하며 영농에 전념하였을 뿐 이 사건 회사에 근로를 제공하지 않았다. 피상속인이 이 사건 회사로부터 지급받은 금원은 실제 피상속인의 이 사건 회사에 대한 가수금채권을 변제받은 것인데, 이 사건 회사의 직원인 BB(상속인의 딸)가 회계처리를 잘못하여 근로소득으로 신고한 것에 불과하다. 그럼에도 피고는 피상속인이 구 상증세법 시행령 제16조 제4항 단서에서 정하는 영농상속공제 부인 대상에 해당한다고 보고 영농상속공제와 관련한 세액을 포함하여 이 사건 처분을 하였다. 그렇다면 이 사건 처분 중 영농상속공제에 관하여 부과된 상속세 부분은 실질과세원칙에 위반되어 위법하다.

2) 피상속인의 급여는 구 상증세법 제16조 제4항 단서가 정한 ‘총급여액’에 해당하지 않는다는 주장(제2 주장)

설령 피상속인이 이 사건 회사의 대표이사로서 이 사건 회사로부터 급여를 지급받은 것으로 보더라도, 아래와 같은 이유로 이 사건 처분 중 영농상속공제에 관하여 부과된 상속세 부분은 위법하다.

가) 상법 제388조 는 ‘이사의 보수에 관하여 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 의결로 이를 정한다’고 규정하고 있는데, 이는 강행규정이다.

나) 이 사건 회사는 정관에서 이사의 보수에 관하여 ‘주주총회의 결의’로 정한다고 규정하였는데, 이 사건 회사의 주주총회에서 피상속인의 보수를 정하지 않았으므로, 피상속인의 보수에 관한 사항은 강행규정인 상법 제388조 를 위반하여 무효이다.

다) 구 상증세법 시행령 제16조 제4항 단서가 정한 ‘총급여액’은 적법·유효한 급여임을 전제로 하는데, 이 사건 회사의 피상속인에 대한 급여는 상법 제388조 를 위반하여 무효이므로 피상속인이 이 사건 회사로부터 받은 급여는 위 조항 단서가 정한 ‘총급여액’에 포함되지 않는다.

라) 그럼에도 피고는 피상속인이 위 조항 단서가 정한 영농상속공제 부인 대상에 해당한다고 보고 영농상속공제와 관련한 세액을 포함하여 이 사건 처분을 하였다.

나. 제1 주장에 대한 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비나 손금에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

한편 영농상속공제의 취지는 영농의 계속을 전제로 일반인보다 추가공제의 혜택을 부여함으로써 농민의 경제활동을 지원하는 한편 영농의 물적 기반이 되는 농지를 보존하고자 하려는 데에 있으므로(대법원 2002. 10. 11. 선고 2002두884 판결 참조), 구 상증세법령이 정한 영농상속공제 요건에 해당하는지는 납세의무자인 상속인에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자인 상속인의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란하다고 보이므로 위 요건에 관하여는 납세의무자인 상속인에게 그 증명책임이 있다고 봄이 타당하다.

2) 피상속인이 구 상증세법 시행령 제16조 제4항 단서에 해당하지 않는지와 관련하여, 피상속인이 이 사건 회사로부터 지급받은 금원이 실제 급여가 아니고, 피상속인의 이 사건 회사에 대한 가수금채권을 변제받은 것인지에 관하여 본다.

가) 갑 제7호증의 1 내지 3(이하 가지번호를 포함한다), 갑 제9, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피상속인이 2015. ○. ○○.부터 2016. ○. ○○.까지 이 사건 회사에 가수금으로 000,000,000원을 지급하였고, 이 사건 회사가 위 가수금으로 이 사건 회사의 건물을 증·개축한 사실은 인정된다.

나) 그러나 앞서 본 사실과 갑 제4, 12, 16호증, 을 제2, 3, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 내지 사정 등에 비추어 보면, 피상속인이 이 사건 회사로부터 지급받은 금원은 급여라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이에 관한 주장은 이유 없다.

① 법인등기부상 대표이사로 등재된 사람은 실질적으로 회사를 운영하고 있는 것으로 추정되는데(대법원 2010. 12. 23. 선고 2010두18116 판결 등 참조), 피상속인은 이 사건 회사의 설립 당시부터 피상속인이 사망할 때까지 이 사건 회사의 유일한 대표이사로 등기되어 있으므로, 피상속인이 실질적으로 이 사건 회사를 운영하였던 것으로 추정된다. 나아가 이 사건 회사의 정관에 피상속인의 인장이 날인되어 있는 점, 피상속인이 이 사건 회사에 지급한 가수금이 이 사건 회사 건물의 증·개축에 사용되었으므로 피상속인이 위 건물의 증·개축에 관한 의사결정을 하였을 것으로 보이는 점, 이 사건 회사의 건물을 임대하는 내용의 임대차계약서에 이 사건 회사의 대표이사로 피상속인의 이름이 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 피상속인이 이 사건 회사의 경영과 의사결정에서 중요한 역할을 담당하고 있었다고 봄이 타당하다.

한편 원고는 피상속인이 이 사건 회사에서 실제 근무하지 않았다면서 이 사건 회사의 직원 BB의 사실확인서(갑 제17호증)와 이 사건 회사로부터 건물을 임차한 임차인들의 사실확인서(갑 제18 내지 23호증)를 제출하기도 하였으나, BB(피상속인의 딸, 원고의 동생)는 원고 내지 피상속인과 이해관계를 같이 하므로 그 진술 내용을 그대로 믿기 어려운 점, 임차인들의 사실확인서는 임대차계약 체결 과정 중에 피상속인을 만난 사실이 없다거나 임대차계약 기간 중 원고나 BB가 실제 업무를 담당하였다는 취지이나 부동산임대업의 특성상 대표이사인 피상속인이 이 사건 회사에 상주하면서 근로를 제공할 필요가 없었을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 사실확인서만으로는 피상속인이 실제 이 사건 회사에 근로를 제공하지 않았다고 보기 어렵다.

② 이 사건 회사는 피상속인 사망 전 5년 이상 피상속인에게 지급한 금원을 근로소득으로 신고하였고, 이 사건 회사의 계좌 거래내역과 계정별원장 기재내역에 의하더라도, 2018. 1. 22.부터 2022. 12. 20.까지 이 사건 회사가 피상속인에게 지급한 금원에 대하여 개별적으로 ‘급여’ 또는 ‘상여금’이라는 취지로 기재되어 있으며, 그 금원도 매월 1회 정기적으로 지급되었고 그 금액도 매월 거의 동일하며, 매년 2~3회 상여금을 지급받기도 하였는데(갑 제4호증 25쪽), 그 지급형태가 급여의 지급형태와 유사하다. 나아가 피상속인은 상속개시일 2년 전부터 상속개시일이 속하는 과세기간(2020년, 2021년, 2022년)의 종합소득세 신고 시 근로소득자만 받을 수 있는 의료비 세액공제 등을 적용하여 신고하기도 한 것으로 보이는바(갑 제4호증 31쪽), 피상속인이 이 사건 회사로부터 지급받은 금원이 원고의 주장대로 명목상의 급여로 보기 어렵다. 이러한 사실 및 사정에다가 이 사건 회사가 피상속인에게 급여를 지급한 기간, 피상속인과 직원의 관계, 세무신고를 대리한 자 및 세무신고의 방법이나 경위 등에 비추어 볼 때, 원고의 주장과 같이 이 사건 회사 직원의 착오로 인하여 피상속인에게 지급한 금원이 근로소득이 아님에도 근로소득으로 잘못 신고된 것으로 보이지 않는다.

③ 이 사건 회사는 2024. 1. 10. 2018년 내지 2022년 사업연도 법인세와 관련하여 ‘피상속인의 급여를 손금불산입하고 가수금을 감액’하는 내용으로 수정하여 신고하기는 하였다. 그러나 원고는 상속세신고 과정에서 이 사건 회사가 피상속인에게 지급한 금원이 가수금채권을 변제받은 것이라고 주장하지 않고 상증세법 시행령 제16조 제4항에 따른 소득금액 제외요건인 소득세법 제45조 제2항 에 따른 부동산임대업을 부동산임대법인에서 발생하는 급여로 잘못 해석하여 영농상속공제 신고를 한 점(을 제6호증 4쪽), 피상속인이 이 사건 회사로부터 가수금을 변제받았다고 볼 만한 객관적인 자료가 없고, 앞서 본 이 사건 회사의 계좌 거래내역과 계정별원장 기재내역의 내용에도 반하는 점, 위 수정 신고 시기가 피고의 이 사건 처분에 불복하여 대구지방국세청장에게 이의신청을 하기 전 날인 점 등에 비추어 보면, 위 수정 신고는 원고가 사후적으로 영농상속공제 요건에 해당함을 주장하기 위한 입장 변경으로 보인다.

④ 한편 피고가 피상속인 사망 후 2023년경 이 사건 회사의 대표이사로 취임한 CC(피상속인의 배우자)에 대한 이 사건 회사의 근로소득 수정신고를 받아들여 기납부세액 전액을 환급하였다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 피상속인의 경우 피상속인이 이 사건 회사에 근로를 제공하여 급여를 지급받았다고 인정되는 점, 피상속인이 이 사건 회사로부터 가수금을 변제를 받았다고 볼 만한 객관적인 자료가 없는 점등에 비추어 보면, 피상속인의 경우와 달리 볼 수 있다.

다. 제2 주장에 대한 판단

1) 상법 제388조 는 ‘이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다’고 규정하고 있다. 이는 이사가 자신의 보수와 관련하여 개인적 이익을 도모하는 폐해를 방지하여 회사와 주주 및 회사채권자의 이익을 보호하기 위한 강행규정이다(대법원 2019. 7. 4. 선고 2017다17436 판결 등 참조).

을 제3호증의 기재 및 변론전체의 취지에 의하면, 이 사건 회사는 정관에서 이사의 보수에 관하여 ‘이사의 보수는 주주총회의 결의로 정한다’고 규정하고 있는데(제38조 제1항 본문), 이 사건 회사는 대표이사인 피상속인의 보수에 관하여 주주총회의 결의를 얻지 않은 것으로 보인다.

2) 그러나 이 사건 회사가 주주총회 결의 없이 피상속인에게 급여를 지급하였더라도 그 급여는 구 상증세법 시행령 제16조 제4항 단서에 정한 ‘총급여액’에 해당한다고 봄이 타당하다. 그 이유는 다음과 같다.

가) 구 상증세법 제18조 제2항 제2호는 ‘영농상속의 경우 20억 원을 한도로 하여 영농상속 재산가액을 상속세 과세가액에서 공제한다’고 규정하고, 같은 조 제5항은 영농상속공제를 적용할 때 피상속인 및 상속인의 요건 등에 관하여 대통령령으로 위임하고 있다. 이에 따라 구 상증세법 시행령 제16조 제2항은 피상속인이 상속개시일 2년 전부터 계속하여 직접 영농에 종사할 것을 규정하는 한편, 같은 조 제4항 본문에서 ‘직접 영농에 종사하는 경우’를 규정하면서 같은 항 단서에서 피상속인의 소득세법 제20조 제2항 에 따른 총급여액이 연 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우에는 해당 과세기간에는 피상속인이 영농에 종사하지 아니한 것으로 본다‘고 규정하고 있다.

앞서 본 영농상속공제 제도 취지에 비추어 구 상증세법 시행령 제16조 제4항 단서의 취지는 피상속인 또는 상속인의 총급여액이 연 3,700만 원 이상인 경우에는 영농 외 소득활동으로 인하여 실질적으로 영농에 전념하지 않는 경우라고 보아 영농상속 공제를 부인하여 오로지 영농에 전념하는 농업인에게 그 혜택이 집중되도록 하기 위한 것으로 볼 수 있다. 따라서 영농과 관계없는 이 사건 회사로부터 상당한 규모의 급여를 받을 정도로 소득활동에 종사해온 피상속인에 대하여 영농상속공제를 인정하는 것은 영농상속공제 제도의 본래 취지에 반한다.

나) 국세기본법 제14조 (실질과세)의 취지에 비추어, 구 상증세법 시행령 제16조 제4항 단서에서 영농상속공제의 예외사유로 정하고 있는 ’피상속인의 근로소득‘은 그 실질이 근로소득일 것을 요할 뿐 반드시 절차적, 형식적 요건을 갖추어 법률적으로 유효성이 인정되는 근로소득에 한정된다고 볼 것은 아니다. 설령 급여결정 과정에 주주총회 결의를 거치지 않아 이 사건 회사가 피상속인에게 지급한 자금의 법률상 원인이 부정된다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 위 지급금이 피상속인에 대한 급여로서의 실질을 가지는 이상 위 예외사유에 정해진 ’피상속인의 근로소득‘에 해당한다고 보아야 한다.

다) 상법 제388조 의 취지가 회사와 주주 및 회사채권자의 이익을 보호하기 위한 것이므로, 위 상법 규정에 위반하여 지급받은 급여를 구 상증세법 시행령 제16조 제4항 단서가 정한 ’총급여액‘에 포함시키더라도 그 취지에 반한다고 볼 수 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.