VAT 과세표준에 포함된 Gross-up(법인원천세) 위법 여부

이 사건 분담금 중 발급사일일분담금 부분에 관하여까지 원천세율을 그로스업 하여 계산한 금액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였는바, 이는 과세표준이 과다하게 산정된 것으로서 이를 전제로 하여 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다.

사 건

2025누8147 부가가치세 경정거부처분 취소청구

원고, 상고인

주식회사 AAAA 외 1명

피고, 피상고인

BB세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 11.

판 결 선 고

2026. 7. 16.

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 원고들에게 한 별지 [표] 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 ‘청구 인용 부분(발급사일일분담금 세액)’란 기재 각 부가가치세 경정거부처분을 각 취소한다.

나. 원고들의 나머지 청구를 각 기각한다.

2. 소송 총비용 중 원고 주식회사 AAAA와 피고 사이에 생긴 부분의 95%는 원고 주식회사 AAAA가, 나머지는 피고가 각 부담하고, 원고 주식회사 BBBB은행과 피고 사이에 생긴 부분은 원고 주식회사 BBBB은행이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 원고들에게 한 별지 [표] 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 부가가치세 경정거부처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고들의 청구를 각 기각한다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

원고들은 제1심에서 피고가 원고들에게 한 별지 [표] 기재 각 부가가치세 경정거부 처분 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 부가가치세 경정거부처분의 취소를 구하였다.

제1심법원은 피고가 원고들에게 한 별지 [표] 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 ‘그로스업 관련 세액(A)’란 기재 각 부가가치세 경정거부처분을 각 취소하고, 원고들의 나머지 청구를 각 기각하였다. 이에 대하여 원고들은 항소하지 않았고, 피고만이 피고 패소 부분에 대해 불복하여 항소하였으므로, 이 법원의 심판범위는 피고가 원고들에게 한 별지 [표] 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 ‘그로스업 관련 세액(A)’란 기재 각 부가가치세 경정거부처분에 한정된다.

2. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결의 이유 중 “1. 처분의 경위” 부분(2쪽 13줄부터 3쪽 표 아래 15줄까지) 기재와 같으므로(약어 포함), 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 이 사건 거부처분의 적법성

가. 원고들 주장의 요지

1) 주위적 주장

원고들은 CCCCC사에 지급하는 분담금이 CCCCC사의 사용료소득에 해당한다는 전제에서 피고에게 법인세 및 지방소득세 법인세분을 원천징수하여 납부하고(이하 원천징수하여 납부하는 세액을 ‘원천세’라 한다), 부가가치세는 이 사건 분담금에 원천세율을 그로스업(Gross-up)하여 계산한 금액을 과세표준으로 하여 신고하였다.

그런데 원고들은 대외적으로만 원천세를 납부한 것일 뿐이고, 실질적으로는 CCCCC사가 원천세를 부담하고 있다. 그러므로 원천세 상당액은 CCCCC사가 원고들에게 공급한 용역의 대가로 지급되었다고 볼 수 없어서 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다. 결국 이 사건 거부처분은 과다하게 산정된 과세표준을 전제로 하여 이루어진 것으로 위법하다.

2) 예비적 주장

설령 원천세 상당액이 부가가치세 과세표준에 포함된다고 하더라도, 관련 대법원판결에 따르면 이 사건 분담금 중 발급사일일분담금은 사용료소득이 아니라 사업소득에 해당하여 원천징수 대상에 해당하지 않으므로, 적어도 발급사일일분담금에 대한 원천세 상당액은 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다.

나. 관련 법리

1) 부가가치세법 제29조 제1항 은 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다’고 정하고, 제3항은 ‘제1항의 공급가액은 다음 각호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다’고 정하면서 제1호에서 ‘금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가’를 들고 있다. 위 각 규정의 문언 내용과 체계에 의하면, 부가가치세의 과세표준이 되는 공급가액이란 금전으로 받는 경우 재화나 용역의 공급에 대가관계가 있는 가액, 곧 그 대가를 말하므로, 실질이 재화나 용역의 공급과 대가관계에 있지 않은 금전 또는 금전적 가치가 있는 것은 부가가치세의 과세표준이 되는 공급가액에 포함될 수 없다(대법원 1984. 3. 13. 선고 81누412 판결, 대법원 2019. 9. 10. 선고 2017두61119 판결 등 참조).

2) 신고납부방식의 조세에 대하여 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사⋅확인할 의무가 있다. 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이고, 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 따라 판단되는 것이므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2012두16121 판결 등 참조), 감액경정청구 거부처분 취소소송에서도 처분사유 등 거부처분의 적법성에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다. 다만 과세관청에 의하여 경정거부처분의 적법성에 대하여 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 증명이 있는 경우에는 증명의 곤란, 공평의 관념 등에 비추어, 그와 상반되는 예외적인 특별한 사정에 관한 증명의 필요는 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2026. 5. 29. 선고 2022두34425 판결 참조).

다. 주위적 주장에 관한 판단

원고들이 이 사건 분담금에 대한 부가가치세 대리납부 신고 당시 이 사건 분담금에 원천세율을 ‘그로스업’한 금액을 과세표준으로 하여 신고한 사실, 은행신용카드연합회는 1982. 9. 1. 원고들을 포함한 국내 회원 카드사들(이하 ‘국내회원사들’이라 한다)을 대표하여 CCCCC사와 사이에 CCCCC사의 마크 및 상표 사용에 관한 기본적인 사항 등을 담은 라이선스 계약(이하 ‘이 사건 라이선스 계약’이라 한다)을 체결한 사실, 이 사건 라이선스 계약 제15조는 국내회원사들이 CCCCC사의 라이선스를 이용하는 국가에서 부과할 수 있는 모든 세금을 납부하여야 하고, 해당 세금을 공제하지 않은 분담금을 CCCCC사에 납부하여야 한다고 규정하고 있는 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없는바, 위 인정 사실에 의하면 원고들과 CCCCC사 사이에서는 원고들이 이 사건 라이선스 계약에 따라 이 사건 분담금에 대한 원천세를 포함한 모든 세금을 부담하고, 이에 따라 원천세 상당액은 CCCCC사가 제공한 용역의 대가에 포함된다고 할 것이며, 원고들이 주장하는 것과 같이 실제로는 원고들이 아닌 CCCCC사가 원천세를 부담한다는 점은 이 사건 라이선스 계약의 문언 내용과 상반되는 특별한 사정으로, 그에 대한 증명책임은 위 법리에 따라 원고들에게 있다고 보아야 한다.

그런데 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들 및 갑 제12 내지 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 원고들이 제출한 증거만으로는 이 사건 분담금에 대한 원천세의 실질적 부담 주체가 CCCCC사라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 이와 다른 전제에 있는 원고들의 주위적 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 라이선스 계약은 제17조에서 ‘본 라이선스 계약의 개정은 서면으로 수행될 때만 효력을 갖는다’고 규정하고 있다. 이에 따라 원고들과 CCCCC사 사이에 이 사건 라이선스 계약 제15조의 내용과 달리 원고들이 아닌 CCCCC사가 이 사건 분담금에 대한 원천세를 부담한다고 정하기 위하여서는 위 제17조에 따라 서면에 의한 합의로써 계약을 개정하는 절차가 요구된다.

2) 그런데 이 사건에서는 원고들과 CCCCC사 사이에 대한민국에서 부과되는 세금 중 법인세 및 원천세에 관하여 부담 주체를 CCCCC사로 변경하기로 하는 계약이 새로 체결되었다거나 그러한 내용의 서면 합의가 성립한 사실을 인정할 만한 구체적인 자료를 찾을 수 없다. 원고들이 위 사실에 대한 근거로 들고 있는 CCCCC사의 2008년 1월 및 2008년 3월 공문(갑 제12 내지 14호증)은, 대한민국 과세관청이 2008년 1월경부터 ‘CCCCC사가 2002. 6. 28. 영리법인으로 조직이 변경된 이후에는 이 사건 분담금이 CCCCC사의 상표 사용의 대가로서 사용료소득에 해당하므로 법인세 원천징수 대상’이라는 견해를 밝힌 데 대하여 CCCCC사가 ‘2002년 7월부터 2007년 6월까지 및 그 이후 기간에 대하여 국내회원사들이 납부한 원천세 상당액을 배상(reimburse)할 예정’이라는 의사를 밝히며 그 배상절차를 안내하는 내용일 뿐이고, 이를 이 사건 분담금에 대한 원천세의 종국적인 부담 주체를 CCCCC사로 변경하고자 이 사건 라이선스 계약 제15조의 규정을 개정하는 취지의 서면 합의에 해당한다고 할 수 없다. 위 문건의 형식 또한 CCCCC사가 수령자들에게 일방적으로 발송하는 공문의 형태인 점을 고려하면, 위와 같은 문건의 존재만으로 CCCCC사와 원고들 사이에 그와 같은 내용으로 상호 합의 절차가 이루어졌다고 단정할 수도 없다.

3) 원고들은 CCCCC사가 이 사건 분담금에 대한 원천세 과세가 시작된 2002년 7월분부터 현재까지 원고들에게 원천세 상당액 전액을 환급해왔으므로 실질적으로 CCCCC사가 원천세를 부담하기로 하는 합의가 존재하는 것이라고 주장한다(2022. 9. 30. 자 준비서면 3쪽 등). 그런데 만일 실제로 CCCCC사가 20년이 넘는 기간 동안 원고들에게 원천세 상당액 전액을 환급해왔다면 이를 확인할 만한 내부 전산 기록, 외화 송금내역, 회계처리전표 등 객관적인 증빙 자료가 존재할 것이라고 봄이 합리적임에도 이 사건에서 그러한 자료가 현출된 바 없다(원고들이 근거로 드는 갑 제6 내지 9, 17, 21, 22호증의 각 기재만으로는 원고들의 위 주장 사실을 인정하기에 부족하다).

라. 예비적 주장에 관한 판단

‘2. 처분의 경위’에서 인정한 사실 등에 의하면, 이 사건 분담금 중 발급사분담금은 상표권 사용의 대가에 해당하는 반면, 발급사일일분담금은 국내회원사들이 발급한 신용카드의 국외 사용과 관련하여 CCCCC사의 국제 결제 네트워크 시스템을 이용함에 따른 포괄적 역무의 대가로서 CCCCC사의 사업소득에 해당한다고 할 것이므로 국내원천소득에 해당한다고 단정할 수 없다(대법원 2022. 7. 28. 선고 2019두52706 판결, 대법원 2026. 3. 12. 선고 2024두33914 판결 등 참조). 그런데 이 사건에 적용되는 「대한민국 정부와 싱가포르공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지를 위한 협약」 제7조 제1항2)에 따르면,3) 사업소득은 국내에 고정사업장이 없는 한 법인세 과세대상에 해당하지 않고, 이에 따라 법인세 및 지방소득세 법인세분 원천징수대상에도 원칙적으로 해당하지 않는다. CCCCC사가 국내에 고정사업장을 두고 있지 않은 사실에 대하여는 당사자들 사이에 다툼이 없는바, 원고들이 CCCCC사에 지급한 이 사건 분담금 중 발급사일일분담금은 국내에 고정사업장을 두고 있지 않은 법인의 사업소득으로서 법인세 과세대상이 아니다. 그런데도 원고들은 앞서 본 것과 같이 이 사건 과세기간에 대하여 이 사건 분담금 중 발급사일일분담금 부분에 관하여까지 원천세율을 그로스업 하여 계산한 금액을 부가가치세 과세표준으로 신고하였는바, 이는 과세표준이 과다하게 산정된 것으로서 이를 전제로 하여 이루어진 이 사건 거부처분은 위법하다. 원고들의 예비적 주장은 이유 있다.

마. 소결론

이 사건 거부처분 중 별지 [표] ‘청구 인용 부분(발급사일일분담금 세액)’란 기재 각 금액에 해당하는 부분은 위법하여 각 취소되어야 한다.

4. 결론

원고들의 청구는 피고가 원고들에게 한 이 사건 거부처분 중 별지 [표] 기재 ‘청구 인용 부분(발급사일일분담금 세액)’란 기재 각 부가가치세 경정거부처분의 범위 내에서 이유 있어 각 인용하고, 각 나머지 청구는 이유 없어 각 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경한다.