토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우로 보아 기준시가에 따라 안분하여 부과한 이 사건 처분은 적법함

이 사건 부동산 공급의 경우, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우(오피스텔 부분) 및 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하여 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 기준으로 부가가치세를 산정한 이 사건 처분은 적법함

사 건

2025구합50816 부가가치세부과처분취소

원 고

신AA 외 2

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 30.

판 결 선 고

2026. 6. 25.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고들에 대하여 한 2024. 6. 20.자 2019년 제1기 부가가치세 281,360,518원(가산세 포함), 2024. 8. 2.자 2019년 제2기 부가가치세 370,558,100원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 2018. 5. 9. ‘DD’라는 상호로 사업자등록을 마치고 건설업을 영위하던 공동사업자이다.

나. 원고들은 인천 □□구 △△동 7xx-xx 대 1,574㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 지하 2층, 지상 13층 규모의 근린생활시설 및 오피스텔 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라고 하고, 이 사건 토지와 합하여서는 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 신축하여 공급하였고, 이 사건 부동산의 분양가액을 이 사건 토지 및 건물의 각 공사지출가액 비율(42:58)에 따라 안분하는 방식으로 건물의 공급가액 등을 산정한 후, 이 사건 건물분양분에 대한 2019년 제1기부터 2020년 제1기까지의 부가가치세 합계 646,713,950원을 신고․납부하였다 1) .

다. 피고는 2024. 3. 20.부터 2024. 4. 26.까지 원고들에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 이 사건 부동산은 토지와 건물의 분양가액 구분이 불분명하거나(오피스텔 부분) 원고들이 신고한 이 사건 토지 및 건물의 분양가액이 관련 법령에 따라 기준시가로 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 나는 경우(근린생활시설 부분)에 해당한다고 보아, 이 사건 토지와 건물의 가액을 구 부가가치세법(2021. 12. 8.법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서, 구 부가가치세법 시행령(2022. 1. 21. 대통령령 제32352호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 따라 기준시가 비율(18.7:81.3)로 안분 계산하여 과세표준을 재산정하였다. 이에 따라 피고는 원고들에게 2024. 6. 20. 2019년 제1기 부가가치세 281,360,518원 2) (가산세 포함), 2024. 8. 2. 2019년 제2기 부가가치세 370,558,100원(가산세 포함) 및 2020년 제1기 부가가치세 7,409,868원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다.

라. 원고들은 이에 불복하여 2024. 9. 4. 이의신청을 거쳐 2025. 1. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2025. 5. 22. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 8, 10 내지 15호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

피고가 원고들에 대하여 한 2024. 6. 20.자 2019년 제1기 부가가치세 281,360,518원(가산세 포함)의 부과 처분 및 2024. 8. 2.자 2019년 제2기 부가가치세 370,558,100원(가산세 포함)의 부과 처분(이하 이를 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다)은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

가. 이 사건 부동산의 분양 당시 이 사건 건물의 기준시가와 감정평가액이 두 존재하지 않았으므로, 위 건물의 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서가 규정하는 ‘장부가액’ 또는 ‘취득가액’에 따른 안분계산 방식으로 산정되어야 한다(이하 ‘주장 ①’이라고 한다).

나. 설령 이 사건 건물의 공급가액을 장부가액 등에 따라 산정할 수 없다고 보더라도, 피고가 취한 ‘기준시가’에 따른 안분계산 방식은 이 사건 부동산의 공급이 창출한 부가가치의 실질을 반영하지 못하여 실질과세의 원칙에 반하므로, 적어도 2019년을 기준으로 한 객관적인 감정평가액에 따라 위 건물의 공급가액을 재산정하여야 한다(이하 ‘주장 ②’라 한다).

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

앞서 든 증거들, 갑 제2, 3, 5 내지 7, 9호증, 을 제2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 원고들은 2019. 2월경부터 2019. 12월경까지 이 사건 건물의 용도를 제1종 근린생활시설(지상 1층의 9개 호실) 및 오피스텔(지상 2층 내지 13층의 96개 호실)로 구분하여 공급하였고, 2019. 5. 31. 위 건물에 관한 사용승인이 이루어졌다.

2) 한편, 원고들이 제출한 자료에 의하면 이 사건 토지에 대한 취득가액이7,826,199,569원, 건축비가 12,676,480,371원으로 기재되어 있고, 원고들은 이에 기초하여 이 사건 과세신고 당시 아래 표 기재와 같이 이 사건 토지와 건물의 가액을 구분하여 그 부가가치세를 산출하였다.

3) 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목에 따르면, 기준시가는 부동 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가에 기초하여 정해지는데, 이 사건 토지의 개별공시지가 내역은 아래 표 기재와 같다.

4) 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목에 따르면, 건물의 기준시가는 건물의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정․고시하는 가액으로 정해지는데, 그 위임에 따른 구 국세청 건물 기준시가 산정방법 고시(국세청 고시 제2018-50호, 2019. 1. 1. 시행)에 의하면, 건물 기준시가를 산정하기 위한기본 계산방식은 다음과 같다(제5조 제1항).

5) 피고가 위 개별공시지가 내역과 위 국세청 고시 제2018-50호에 따라 이 사건토지 및 건물의 각 기준시가를 산정한 뒤 그 가액을 안분계산한 금액 및 부가가치세를 산출한 내역은 다음과 같다.

나. 주장 ①에 관한 판단

1) 구 부가가치세법 제29조 제9항 본문은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물또는 구축물 등(이하 ’건물 등‘이라 한다)을 함께 공급하는 경우에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서도, 그 단서에서 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우(제1호)’, ‘사업자가 실지거래가액으로구분한 토지와 건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 있는 경우(제2호)’에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다.

그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제64조 는 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 있는 경우 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하되, 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하고(제1호), 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우에는 감정평가액이 있으면 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 하되, 감정평가가액이 없고 장부가액이 있으면 그 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 하며(제2호), 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액을 공급가액으로 한다(제3호)고 규정하고 있다.

따라서 구 부가가치세법 시행령 제64조 에 따른 안분계산의 순서는 아래와 같다.

① 공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간 종료일까지 감정평가업자가 평가한 감정평가액이 있는 경우: 감정평가가액에 비례하여 안분 계산한 금액

② 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액

③ 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 토지와 건물 등 중 하나만 있거나 모두 없고, 감정평가액이 있는 경우: 감정평가가액에 비례하여 안분 계산한 금액

④ 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 토지와 건물 등 중 하나만 있거나 모두 없고, 감정평가액이 없는 경우: 장부가액에 비례하여 안분 계산한 금액

⑤ 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 토지와 건물 등 중 하나만 있거나 모두 없고, 감정평가액, 장부가액이 없는 경우: 취득가액에 비례하여 안분 계산한 금액

2) 이 사건 부동산 공급의 경우, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우(오피스텔 부분) 및 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우(근린생활시설 부분) 3) 에 해당하여, 그 공급가액 계산에 있어 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 및 구 부가가치세법 시행령 제64조 가 적용된다는 점, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 에 따른 이 사건 토지 및 건물에 대한 감정평가가액이 모두 존재하지 아니하는 한편, 이 사건 토지에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(개별공시지가)가 존재한다는 사실에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없거나 증거에 의해 명백하다.

3) 원고들 주장의 취지는, 이 사건 건물은 오피스텔 및 상업용 건물에 해당하는데, 소득세법 제99조 제1항 제1호 (다)목과 그 위임에 따른 2019년 오피스텔 및 상업용 건물에 대한 기준시가 고시(국세청 고시 제2018-49호, 2019. 1. 1. 시행)에서 위 건물의기준시가를 고시하지 아니하였으므로, 이 사건 건물의 기준시가 자체가 존재하지 않고,이 사건 토지 및 건물에 관한 감정평가액도 존재하지 않으므로, 위 구 부가가치세법시행령 제64조 의 안분계산 순서 중 ‘④ 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 토지와 건물 등 중 하나만 있거나 모두 없고, 감정평가액이 없는 경우’에 해당하여 장부가액에 비례하여 안분 계산하여야 한다는 것이다.

4) 그러나 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고와 관련한 2019년 이 사건 건물 공급부분에 관하여 아래에서 살펴보는 바와 같이 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목에 따른 기준시가가 존재하는 경우라고 봄이 상당하므로, 2019년 이 사건 건물 공급부분과 관련하여 위 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목이 정하는 기준시가(국세청 고시 제2018-50호)에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액을 기준으로 부가가치세를 산정한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고들의 위 주장은 이유 없다.

① 소득세법 제99조 제1항 제1호 는 토지의 경우에는 (가)목에서, 건물의 경우에는 (나)목, (다)목, (라)목에서 기준시가를 정하면서, (나)목은 (다), (라)목에 해당하지 않는 건물에 관하여 규정하고 있는데, 위 (다)목의 오피스텔 및 상업용 건물에 관하여 소득세법 시행령 제164조 제10항 은 ‘국세청장이 해당 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 지정하는 지역에 소재하는 오피스텔(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 상업용 건물(이에 딸린 토지를 포함한다)을 말한다’고 규정하여, (다)목의 건물을 국세청장이 ‘지정하는 지역에 소재’하는 오피스텔과 상업용 건물을 가리키는 것으로 정하면서 그 바로 앞에서 ‘해당 건물의 용도·면적 및 구분소유하는 건물의 수 등을 고려’하도록 하여 실질적으로 그 범위를 제한하고 있는 등 소득세법의 규정 내용과 취지에 비추어 보면, 위 (다)목은 위 (나)목의 건물 중 특별한 요건을 갖춘 일부 건물에 관한 기준시가를 정하는 조항이고, 위 (나)목은 (다), (라)목에 해당하지 않는 건물에 관한 기준시가를 정하는 일반적인 조항으로 볼 수 있다.

② 위 (다)목에 해당하는 경우 건물의 종류, 규모, 거래상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정․고시하는 가액을 기준시가로 보도록 되어 있는데, 이에 따른 2019년 오피스텔 및 사업용 건물에 관한 국세청고시는 2019년 공급된 이 사건 부동산에 관해 고시하고 있지 아니하다 4) .

③ 따라서 2019년 공급된 이 사건 건물 공급 부분의 경우 일반조항인 소득세법 제99조 제1항 제1호 (나)목에 따라 기준시가를 산정하여야 한다고 봄이 상당하므로, 피고가 위 (나)목 및 그 위임에 따른 구 국세청 건물 기준시가 산정방법 고시(국세청 고시 제2018-50호)에 의해 2019년 공급된 이 사건 건물 부분의 기준시가를 산정한 것이 위법하다고 볼 수 없고 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.

[설령 원고들의 주장과 같이 구 부가가치세법 시행령 제1호 의 소득세법 제99조 에 따른 기준시가가 없는 경우라고 보더라도, 원고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 토지와 건물 부분의 장부가액이나 취득가액을 객관적으로 확인하기도 어렵고 그 신빙성도 인정되기 어려운바, 결국 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 “제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우”에 해당한다고 봄이 상당할 것인데, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제3호 의 위임에 따른 국세청 고시(제2018-36호) 제2조에서는 ‘토지와 건물 등의 가액을 일괄 산정․고시하는 오피스텔, 상업용 건물 및 주택을 공급하는 경우 토지의 기준가액은 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목에 따른 토지의 기준시가로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항 제1호 (나)목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액으로 한다’라고 정하고 있어, 결국 이 사건 처분의 계산 방법과 같은 방법으로 산정되는 것이어서 결론에 있어 차이가 없다.]

다. 주장 ②에 관한 판단

앞서 본 사정에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 더하여 살펴보면, 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위반된다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 취지에서 하는 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2012. 7. 5. 선고2012두3972 판결, 대법원 2024. 5. 30. 선고 2021두58059 판결 등 참조). 앞서 본 바와 같이 사업자가 토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액을 계산하는 방법에 관하여는 구 부가가치세법 제29조 제9항 , 구 부가가치세법 시행령 제64조 각 호에 그 순서가 법정되어 있고, 피고는 위 법령에 따라 부가가치세의 과세표준이 되는 이 사건 건물의 공급가액을 계산하였다.

2) 원고들은, 이 사건 토지의 취득가액이 7,826,199,569원인데도 피고가 기준시가에 따라 안분 계산한 위 토지의 가액은 그에 훨씬 미치지 못하는 4,723,620,064원이므로 불합리하다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 위 법령의 문언상 피고로서는 그 가액을 달리 계산할 여지가 없고, 더욱이 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정된 것)에서 제29조 제9항 단서 제2호를 신설한 취지가 ‘자산별 가액의 임의적 구분을 통한 조세회피 방지’에 있음을 고려하면, 원고들이 주장하는 사정만으로는 이 사건 처분이 실질과세의 원칙에 위배되는 것으로 보이지 않는다.

3) 또한 원고들은 이 사건 부동산의 실질 가치를 반영하기 위해서는 이 사건 부동산 공급 시점인 2019년을 기준으로 이 사건 토지 및 건물에 관해 소급 감정평가를 하여 이를 기초로 과세표준을 재산정하여야 한다고 주장하나, 앞서 살펴 본 바와 같이 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 는 ‘공급시기가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지의 기간에 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조 제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가액이 있는 경우’에 그 감정평가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고 있고, 그와 같은 감정평가액이 존재하지 않는 이 사건에서 소급적으로 이 사건 토지 및 건물에 관해 감정평가를 하여 그 가액에 따라 안분 계산하여야 한다는 원고들의 이 부분 주장은 아무런 법령상 근거가 없는 것으로 받아들일 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우, 건물의 공급가액이 부가가치세 과세대상이고 그 토지의 공급가액은 비과세대상이다( 부가가치세법 제26조 제1항 제14호 , 제29조 제1항, 제9항).

2) 원고들의 아래 2024. 9. 4.자 이의신청에 따른 재조사에 의해 매입세액 116,240,799원이 추가 공제된 후의 세액이다.

3) 이 사건 변론이 종결된 후 원고들이 제출한 참고서면에 의하면 이 사건 건물 중 근린생활시설 부분의 경우 분양계약서상 토지와 건물의 가액이 장부가액에 따라 안분한 42:58의 비율로 구분되어 있는데, 이는 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 가 말하는 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한금액과 100분의 30이상 차이가 있는 경우에 해당하지 않는다고 주장하는 것으로 보인다. 그러나 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 에서 말하는 대통령령인 구 부가가치세법 시행령 제62조 제1호 , 소득세법 제99조 제1항 제1호 (가)목 및 (나)목에 따른 이 사건 토지와 이 사건 건물의 각 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액과 원고들이 분양계약서에구분하여 기재한 건물의 가액의 차이가 기준시가에 따라 안분계산한 건물 부분의 금액의 30% 이상 됨은 계산상 명백하다.

4) 위 기준시가 고시 제4조 제1항에 의하면, 위 고시는 2018년 8월 31일 이전까지 준공되었거나 사용승인을 받은 건물을 고시대상으로 한다. [국세청 홈택스(www.hometax.go.kr)「조회·발급→기타 조회→기준시가 조회→ 상업용 건물/오피스텔」에서 확인가능하다.]