특허권 양도계약이 부당행위계산 부인의 대상인지 여부

특허권 양도계약의 실질은 법인이 특수관계자들에게 이익을 분여하기 위한 것으로서, 법인의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하고 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 봄이 타당함

사 건

2024구합 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 ㅁㅁㅁㅁㅁㅁ

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2026.5.6.

판 결 선 고

2026.7.15.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 1. 16. 원고에 대하여 한, 2020 사업연도 법인세 19,522,064원 및 2021사업연도 법인세 46,513,411원의 각 부과처분, 소득자 AAA, 소득금액 285,738,660원으로 하는 소득금액변동통지 중 소득금액 20,738,660원을 초과하는 부분, 소득자 BBB, 소득금액 265,000,000원으로 하는 소득금액변동통지를 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 10. 26. 설립되어 건설폐기물 중간처리업을 영위하는 법인이다. AAA은 2013. 3. 12. 원고의 사내이사이자 대표이사로, BBB은 2013. 3. 12. 원고의 사내이사로, 2023. 12. 12. 원고의 대표이사로 각 취임한 것으로 법인등기부에 등재되어 있다.

나. 원고는 2020. 10. 26 위 AAA, BBB으로부터 그 공동 명의로 등록된 특허권(출원번호 10-2019-0000000, 특허번호 10-00000000000, 이하 ‘이 사건 특허권’이라 하고, 그 특허기술을 ‘이 사건 특허기술’이라 한다)을 530,000,000원(이하 ‘이 사건 특허권 양수대금’이라 한다)에 양수하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 특허권 양수계약’이라 한다)을 체결하였고, 2020. 10. 30. 이 사건 특허권의 등록권리자로 이전등록하였다.

다. 원고는 이 사건 특허권 양수대금을 위 AAA, BBB의 기타소득으로 보아 이들의 소득세 각 21,200,000원을 원천징수하여 납부하였고, 2020, 2021 사업연도 법인세 신고 시 결산서상 이 사건 특허권을 무형고정자산으로 계상하고, 감가상각비로 2020 사업연도 13,332,500원, 2021 사업연도 75,387,800원을 각 손금산입하여(합계 88,720,300원) 법인세 과세표준을 신고하였다.

라. CCCC국세청장은 2023. 10. 19.부터 2023. 11. 30.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시하였고, 실제 원고가 개발한 이 사건 특허권을 대표이사 AAA과 관리이사 BBB의 명의로 등록 후 양수하는 방법으로 법인자금을 부당하게 유출하였다는 내용 등의 법인통합조사 실시 결과를 피고에게 통보하였다. 마. 피고는 2024. 1. 16. 원고에게, 법인세법 제52조 제1항 등에 따라 이 사건 특허권을 무형자산으로 계상하는 행위를 부인한 후 이 사건 특허권에 대한 감가상각비 합계 88,720,300원을 손금불산입하는 등으로 2020 사업연도 법인세 19,522,064원, 2021 사업연도 법인세 46,513,411원을 경정·고지하였고, 이 사건 특허권 양수대금 중 265,000,000원은 AAA에 대한 상여로, 265,000,000원은 BBB에 대한 상여로 각 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 이 사건 특허권과 관련된 위 2020 사업연도 및 2021 사업연도 법인세 과세처분 및 위 각 소득금액변동통지를 모두 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2025. 7. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9, 15, 19, 20호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지이 사건 특허권의 대상이 된 발명의 발명자는 원고가 아니라 DDD이고, AAA, BBB이 정당한 대가를 치르고 DDD으로부터 특허를 받을 수 있는 권리를 양수받은 것이며, 원고는 사업상 필요에 따라 객관적인 감정평가액을 기준으로 위 특허권을 매입한 것이다. 따라서 이 사건 특허권의 실질적인 소유권이 원고에게 귀속됨을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 관련 법리

법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조).

발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금․설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원․위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시․부가․보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언․지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313, 77320 판결 등 참조). 그리고 발명자에 해당하는지 여부는 특허출원서의 발명자란의 기재 여부와 관계없이 실질적으로 정해지는 것이다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011도10525 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거들 및 갑 제10 내지 12, 18호증, 을 제1, 6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들에 비추어 볼 때, 이 사건 특허권 양도계약의 실질은 원고에게 유보된 이익을 AAA, BBB에게 분여하기 위한 것으로 원고의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하고 부당행위계산 부인의 대상이 된다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

1) 원고는 이 사건 특허기술의 발명자가 DDD이며 AAA, BBB이 DDD으로부터 특허권을 양도받은 것이라고 주장한다. 그러나 원고가 제출한 DDD의 연구스케치는 DDD이 직접 한 것인지 확인할 수 없을 뿐만 아니라, 연구의 동기나 구체적인 연구 과정을 알 수 있는 내용이 포함되어 있지 않고, 달리 DDD이 이 사건 특허권과 관련한 설비, 연구, 개발 등에 지출한 비용을 개인적으로 부담하였다거나 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 볼 만한 자료를 찾을 수 없다. 만약 DDD이 발명자라면 AAA, BBB이 이 사건 특허권의 감정가액인 530,000,000원 상당을 DDD에게 양도 대가로 지급하여야 할 것이나, 원고는 AAA, BBB이 DDD과 관련 있는 보험회사의 보험 상품에 가입하고 주변 지인들에게 DDD과 보험회사를 적극적으로 소개하여 주는 등의 무형의 경제적 이익을 제공하였다는 취지의 신빙하기 어려운 주장을 하고 있을 뿐 이에 관한 아무런 증명을 하지 못하고 있다. 만약 DDD이 발명자라면 원고가 이 사건 특허권을 DDD으로부터 바로 매수하는 것이 거래의 시간과 비용을 절감하는 경제적이고 합리적인 방법이 된다고 할 것이나, 원고는 이 사건 특허권을 DDD으로부터 바로 매수하지 않고 AAA, 이진숙을 개입시켰고, 이에 관한 납득할 만한 이유를 제시하지도 못하고 있다. 이러한 사정들과 함께 DDD이 BBB에게 보낸 이메일(을 제6호증)과 이에 첨부된 세금내역 정리 브리핑 자료(을 제7호증)를 살펴볼 때, 이 사건 특허권이 출원⋅등록되고 AAA, BBB에게 양도된 일련의 과정은 이 사건 특허권의 양수를 통해 AAA, BBB의 가지급금을 없애고 원고의 특허권의 감가상각비를 손금으로 처리함으로써 법인세를 줄이는 데에 주된 목적 있었다고 보이고, DDD은 원고의 비용으로 위와 같은 컨설팅 용역을 수행한 것으로 보일 뿐 이 사건 특허기술의 발명자라고 볼 수 없다.

2) 원고는 건설폐기물 중간처리업 등을 영위하는 법인으로, 건설폐기물을 인계받아 파쇄·분쇄 과정을 거쳐 순환골재로 재탄생시켜 건설 현장에서 재활용할 수 있도록 하는 것을 주된 사업으로 하는데, 이 사건 특허권은 건설폐기물 처리 과정에서의 골재생산을 위한 이물질 제거에 관한 것으로서 원고가 영위하는 위와 같은 사업 내용과 밀접한 관련이 있으므로 이 사건 특허권에 대한 발명은 원고의 업무 범위에 포함된다. 이 사건 특허권은 단순한 구상만으로는 개발이 어려워 보이고, 기술의 실현 가능성 및 효율성 등을 확인하기 위한 다양한 실험과 검증이 필요하였을 것으로 보인다. 원고는 발명한 기술을 검증하는 데 필요한 장비, 시설을 보유하고 있고, AAA도 ‘본인 소유의 연구소, 실험실 등은 따로 없어, 본인이 생각한 아이디어를 원고의 사업장 내 절삭⋅조립 등을 위한 기계장치⋅원자재⋅부자재⋅직원들의 도움을 통해서 사이클론 분리기를 제작하게 되었다’고 진술하였다. AAA이나 BBB 개인이 원고의 인적, 물적 자원 없이 이를 발명하였을 것으로 보이지 않는다. 원고는 엠투이컨설팅(대표자 DDD)과의 컨설팅 용역계약(15,000,000원), 특허법률사무소 특허등록 의뢰(1,500,000원), 특허법인의 출원⋅심사신청(2,300,000원) 관련한 세금계산서를 발급 받았고, 비용을 모두 부담하였다. 반면 AAA, BBB이 이 사건 특허권과 관련한 설비, 연구, 개발 등을 위하여 개인적으로 비용을 지출하였다고 볼 만한 객관적인 자료는 찾을 수 없다.

3) AAA이 원고의 대표이사로서 건설폐기물 처리 작업을 할 때 골재생산을 하기 위해서 필요한 이물질 제거 과정을 개선하기 위한 구체적인 착상을 제시하고 사이클론 분리기 개발 과정을 총괄하였다는 점에서 발명자에 해당한다고 볼 수는 있으나, 앞서 본 사정들을 고려할 때 이는 AAA의 개인발명이 아닌 발명진흥법 제2조 제2호 에서 정한 직무발명에 해당한다. 발명진흥법은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(같은 조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 ‘직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익’과 ‘그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도’를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(같은 조 제6항). 그런데 원고가 발명진흥법에 따라 직무발명자에 대한 정당한 보상금 지급절차 등을 준수하여 이 사건 특허권 양수대금을 지급하였다고 볼 만한 자료가 없고, 위 양도대금 산정 과정에서 직무발명에 의하여 원고가 얻을 이익과 그 발명의 완성에 AAA이 개별적으로 공헌한 정도를 고려하였다고 볼 만한 자료를 찾을 수 없으며, 이 사건 특허권에 대한 감정평가금액이 그대로 위 특허권의 양도대가로 정해진 것을 볼 때, 이 사건 특허권 양수대금을 발명진흥법에서 정한 ‘정당한 보상금’에 해당한다고 볼 수 없다. 특히 사용자는 직무발명을 승계하지 않더라도 그 특허권에 대하여 무상의 통상실시권을 가지므로, 사용자가 직무발명을 직접 실시하여 그로 인한 이익을 얻은 경우에는 통상실시권에 기한 이익을 넘는 독점적․배타적 이익을 얻었거나 얻을 수 있었다는 점이 증명되어야 비로소 그 초과이익을 정당한 직무발명보상금의 결정의 고려 요소로 삼을 수 있는데, 원고가 이 사건 특허권을 취득함으로써 통상실시권에 기한 이익을 넘는 독점적․배타적 이익을 얻었거나 얻을 수 있었다는 점을 확인할 수 있는 자료도 없다.

다. 소결론

따라서 이 사건 특허권의 자산 계상을 부인하여 그 감가상각비를 손금불산입하고, AAA, BBB에게 지급된 양도대금을 법인 자금의 부당 유출로 보아 이들에 대한 각 상여로 소득처분한 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.