종합부동산세 임대주택 합산배제 여부

종합부동산세 과세기준일 당시 이사건 임대주택은 구 민간임대주택에 관한 특별법상 임대주택에 해당하지 아니하므로 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상이 아님

사 건

2025구합54946 종합부동산세부과처분취소

원 고

박AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 12.

판 결 선 고

2026. 7. 10.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 11. 11. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 2022년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 2023년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 10. 28. 서울 BB구 CC동 xxx-x 외 1필지 지상 건물을 건축하여 사용승인을 받았는데, 2002. 11. 27. 위 건물 중 9개 호실(301호, 302호, 303호, 401호, 402호, 403호, 501호, 502호, 503호, 이하 이를 통틀어 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)에 관하여 임대주택법에 따른 임대사업자 등록신청을 하였고, BB구청장이 2002. 11. 28. 위 신청을 받아들임으로써 원고는 같은 날 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자로 등록되었다.

나. 한편 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)이 시행됨에 따라 단기민간임대주택 제도가 폐지되었고, 종전의 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 또는 위 법률의 시행일에 임대사업자 등록이 말소되는데, 원고의 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자 등록은 2020. 8. 18. 자동으로 말소되었다.

다. 피고는 이 사건 임대주택이 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 구 종합부동산세법 시행령(2024. 11. 12. 대통령령 제34994호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산법 시행령’이라 한다) 제3조 제1항에 따른 합산배제 임대주택의 요건을 갖추지 못한 것으로 보아 2024. 11. 11. 원고에 대하여 2021년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 2022년 귀속 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원, 2023년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 x,xxx,xxx원을 각 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025.5. 1. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4 내지 10, 12호증, 을 제1, 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고가 이 사건 임대주택에 관하여 서울특별시세감면조례 제28조에 의해 취득세를 100% 감면받았고, 조세특례제한법 제97조 및 같은 법 시행령 제97조에 의하면 5호 이상의 임대주택을 임대하는 자가 민간임대주택법에 따른 건설임대주택을 5년 이상 임대한 경우 양도소득세가 면제되므로 위와 같은 규정에 의하면 원고는 건설임대주택의 임대사업자로서 장기임대주택사업자에 해당한다. 그럼에도 BB구청 담당공무원이 실수로 원고를 단기민간임대주택에 관한 임대사업자로 등록하였다.

2) 한편 구 민간임대주택법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제3항(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 것)에 의해 민간건설임대주택을 단기임대주택으로 간주하는 것은 2015. 8. 28. 개정된 민간임대주택법이 시행되기 전에 임대주택법에 따라 민간건설임대주택으로 등록한 후 임대기간이 10년이 되지 아니한 경우만을 그 적용대상으로 보아야 한다. 그런데 원고는 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법이 시행될 당시 이미 임대주택법상 임대의무기간인 5년을 초과하여 약 18년 동안 이 사건 임대주택을 임대해왔고, 원고가 임대사업자로 등록할 당시에는 법령상 장기임대주택으로 등록할 방법이 없었으며, 민간임대주택법의 개정 취지 등을 고려하여 보면, 이 사건 임대주택을 구 민간임대주택법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제3항(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 것)에 의해 단기임대주택으로 간주하는 것은 불합리하고 실질과세원칙에도 반하며, 원고가 민간임대주택법령의 개정과정에서 변경등록을 하지 않았다는 이유만으로 불이익을 가하는 것은 신의성실의 원칙 및 국세기본법 제18조 제1항 에도 반한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 처분은 종합부동산세법 및 민간임대주택법에 따른 적법한 것으로서 원고가 주장하는 바와 같은 위법사유가 존재한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1) 구 임대 주택법 제12조 제1항 (2002. 12. 26. 법률 제6833호로 개정되기 전의 것, 이하 같다), 구 임대 주택법 시행령(2003. 6. 25. 대통령령 제18020호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항 제3호는 민간건설임대주택의 임대의무기간을 5년으로 정하고 있었다.

임대주택법이 2015. 8. 28. 법률 제13499호로 민간임대주택법으로 전부 개정되면서 민간임대주택은 8년 이상 임대할 목적인 경우 준공공임대주택으로(제2조 제5호), 4년 이상 임대할 목적인 경우 단기임대주택(제2조 제6호)로 구분하되, 부칙 제3조 제2항에 종전의 임대주택법에 따라 등록한 임대주택은 종전의 임대주택법을 적용하도록 경과규정을 두었으나, 위 부칙 제3조 제2항은 2020. 6. 9. 법률 제17452호로 개정된 민간임대주택법에서 삭제되었고, 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법에서 부칙 제3조 제3항이 신설되었다. 위와 같이 신설된 부칙 제3조 제3항 제3호의 내용은 종전의 임대 주택법 제16조 제1항 제4호 에 따른 민간건설임대주택은 이 법 제2조 제6호에 따른 단기임대주택으로 본다는 것이다. 한편 2018. 1. 16. 법률 제15356호로 개정된 민간임대주택법 제2조 제6호 는 기존의 단기임대주택의 명칭을 단기민간임대주택으로 변경하여 규정하였고, 위 법률 부칙 제5조 제5항(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 것)에 따라 종전 규정에 따라 등록한 단기임대주택은 이 법에 따른 단기민간임대주택으로 간주되었으며, 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법은 기존에 민간임대주택 유형에 속한 ‘단기민간임대주택’을 삭제하고(제2조 제6호), 종전에 민간임대주택법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다고 규정하였으며(제6조 제5항), 부칙 제7조로 ‘제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.’라는 내용의 경과규정을 두었다.

2) 위와 같은 법령의 내용에 의하면, 이 사건 임대주택은 2002. 11. 28. 구 임대주택법령에 따라 준공공임대주택과 단기임대주택의 구분이 없는 건설임대주택으로서 임대사업자 등록이 되었으나, 구 민간임대주택법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제3항(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 것)에 따라 민간임대주택법상 단기임대주택으로 간주되므로 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 및 부칙 제7조에 따라 개정법 시행일인 2020. 8. 18. 임대사업자등록이 자동으로 말소된 것으로 간주되었다. 즉, 원고의 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자 등록은 원고의 주장과 같은 관계 공무원의 실수가 아닌 달리 위와 같은 법령에 의해 말소된 것일 뿐이다.

3) 종합부동산세법 제8조 제1항 은 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액을 기준으로 정하도록 정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택 등으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택’을 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에서 제외하고 있다. 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 은 ‘ 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택’을 합산배제 임대주택으로 정하면서, 제1호에서 ‘ 민간임대주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택(다만, 2018. 3. 31. 이전에 임대사업자 등록 등을 한 주택으로 한정)으로서 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택’을 규정하고 있다. 따라서, 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 의 ‘합산배제 임대주택’이 되기 위한 임대사업자 요건은 민간임대주택법에 따른 ‘임대사업자 등록’을 할 것뿐만 아니라 ‘임대사업자등록을 유효하게 유지’하고 있을 것을 포함하는 것으로 봄이 타당하며, 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 ‘임대사업자 등록’이 말소되게 되면, 합산배제 임대주택의 범위에서 제외되고 비과세 범위가 축소되므로 민간임대주택법 제6조 제5항 은 종합부동산세법령과 결합하여 종합부동산세의 비과세요건을 구성한다고 볼 수 있다.

4) 이 사건 처분은 각 과세기준일 당시 법령에 따른 사실관계에 의하여 그 적법 여부를 판단하여야 하는데, 구 민간임대주택법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제2항(2020. 6. 9. 법률 제17452호로 개정되기 전의 것)은 삭제되었고, 이 사건 임대주택은 구 민간임대주택법 부칙(2015. 8. 28.) 제3조 제3항(2020. 6. 9. 법률 제17542호로 개정된 것)에 따라 2020. 6. 9. 개정된 구 민간임대주택법 제2조 제6호 가 규정하는 ‘단기임대주택’으로 간주되었으며, 구 민간임대주택법 부칙(2018. 1. 16.) 제5조 제5항(2020. 8. 18. 법률 제17842호로 개정된 것)에 따라 2020. 8. 18. 개정된 구 민간임대주택법 제2조 제6호 가 규정하는 ‘단기민간임대주택’으로 순차 간주되었으므로 위 법률 제6조 제5항이 규정하는 ‘단기민간임대주택’에 해당되어 등록말소의 대상이 된다. 따라서 이 사건 처분의 각 과세기준일(2021. 6. 1., 2022. 6. 1., 2023. 6. 1.) 당시 원고의 임대사업자 등록은 말소되어 유효하지 아니하였다.

5) 이 사건 처분은 앞서 본 바와 같이 2021년 내지 2023년 귀속 각 종합부동산세에 관하여 이 사건 임대주택이 2020. 8. 18. 합산배제 임대주택에 해당하지 않게 되었음을 전제로 하여 이루어졌고, 이에 의하면 민간임대주택법 제6조 제5항 은 비과세요건이 이미 충족된 과거의 사실 또는 법률관계에 소급 적용된 것이 아니라, 그 시행일 이후로서 2021년 내지 2023년 귀속 각 종합부동산세 과세기준일을 기준으로 당시 진행 중인 비과세요건의 충족 여부와 관련된 사실 또는 법률관계에 적용된 것이므로 이 사건 처분이 진정소급입법에 의한 과세라고 할 수도 없다.

6) 한편 원고는 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법에 따라 단기민간임대주택으로 간주되는 것은 임대주택법에 따른 민간건설임대주택으로서 임대기간이 10년이 되지 아니한 것으로 한정해서 해석하여야 한다고 주장하나, 앞서 본 임대 주택법 및 민간임대주택법의 문언 및 개정과정 등에 비추어 이를 원고의 주장처럼 한정하여 해석할 아무런 근거가 없다. 또한 앞서 본 바와 같이 원고의 임대사업자 등록 이후 법령이 개정되어 민간임대주택이 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택으로 나뉘게 되었음에도 원고가 변경등록을 하지 않은 점, 양자 간에는 임대의무기간이 상이한 점 등을 고려하여 보면, 원고가 이 사건 임대주택에 관하여 임대사업자 등록을 할 당시 장·단기의 임대주택으로 구분되어 있지 않았다거나, 원고가 계속하여 이 사건 임대주택으로 임대사업을 영위해왔고, 취득세 및 양도소득세에 관하여 세금 감면 혜택이 존재한다는 사정만으로 이 사건 임대주택이 단기민간임대주택으로 간주되지 않는다고 볼 수 없다.

7) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). 그런데 이 사건 임대주택은 앞서 본 바와 같이 ‘단기민간임대주택’에 해당하고, 원고의 임대사업자 등록은 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 2020. 8. 18. 말소되었다. 따라서 원고가 2021년 내지 2023년 귀속 각 종합부동산세 과세기준일에 이 사건 임대주택에 관한 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있지 않았음이 명백하므로 이 사건 임대주택을 합산배제 임대주택으로 보지 않은 채 종합부동산세법 제8조 제1항 을 적용하는 것이 실질과세의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다.

8) 또한 민간임대주택법 제6조 제5항 에 따라 등록이 말소된 임대주택의 소유자에게 종합부동산세에 관하여도 일정기간 조세감면 혜택을 부여할지 여부는 입법 당시 여러 경제상황이나 조세기술적 측면 등을 고려하여 합목적적으로 결정하여야 할 입법정책의 문제이고, 입법자가 등록이 말소된 임대주택의 소유자에게 종합부동산세에 관하여도 조세감면 혜택을 부여하여야 할 의무를 부담한다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정을 모두 고려해보더라도 입법자가 등록이 말소된 임대주택의 소유자에게 종합부동산세에 관한 조세감면 혜택을 부여하지 않은 것이 비합리적이고 자의적인 조치라거나 재량의 범위를 벗어난 것이라고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 반한다거나 국세기본법 제18조 제1항 에 규정된 조세평등원칙 또는 납세자 재산권보장 원칙에 반한다고 볼 수도 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.