부동산 처분이익이 창업중소기업에 대한 세액감면 대상 소득에 해당하는지 여부

‘해당 사업에서 발생한 소득’이란 창업중소기업이 경영하는 감면대상 업종의 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미하므로 부동산의 매각에 대한 대가로 취득한 소득은 창고업의 영업활동에서 직접 발생한 소득이라고 볼 수 없음

사 건

2025구합62022 법인세경정거부처분취소

원 고

주식회사 AAAAAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 6. 11.

판 결 선 고

2026. 7. 9.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. XX. XX. 원고에 대하여 한 2022 사업연도 법인세 X,XXX,XXX,XXX원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2019. XX. XX. 부동산 분양, 임대 및 관리업, 부동산 컨설팅업, 창고업 및 물류센터 운영업 등을 목적으로 설립된 주식회사이다.

나. 원고는 2019. XX. XX. 용인시 XXX XXX XX XXX 외 2필지 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 매수하고, 같은 달 XX일 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고는 2021. XX. XX. BBBBBB 주식회사(이하 ‘BBBBBB’이라고 한다)와 사이에, 원고가 BBBBBB에게 이 사건 토지 및 그 지상에 신축할 창고시설 건물(이하 위 건물을 ‘이 사건 건물’, 위 토지 및 건물을 통칭하여 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)을 매매대금 XXX억 원에 매도하고, 다시 BBBBBB으로부터 이 사건 부동산을 임차하는 내용의 계약을 체결하였다.

라. 원고는 이 사건 건물을 신축하여 2022. XX. XX. 위 건물에 대한 사용승인을 받고, 2022. XX. XX. BBBBBB에게 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

마. 원고는 2024. XX. XX. 피고에게, 이 사건 부동산을 BBBBBB에 매각함으로써 발생한 이익(이하 ‘이 사건 처분이익’이라고 한다)이 구 조세특례제한법(2024. 12. 31. 법률 제20617호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)이 정한 창업중소기업에 대한 세액감면 대상소득에 해당한다는 이유로 2022 사업연도 법인세 X,XXX,XXX,XXX원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2024. XX. XX. 이 사건 부동산에 관한 유형자산처분이익은 이 사건 조항의 세액감면 대상소득에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 대하여 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2025. XX. XX. 원고의 심판청구를 기각하였다.

2. 원고의 주장 요지

원고는 창고업을 영위하기 위한 목적으로 이 사건 건물을 신축하였고, 재무구조를 개선하기 위한 목적에서 부득이 이 사건 부동산을 매각하였으나, 이를 매각함과 동시에 다시 임차하여 창고업을 영위하였으며, 부동산 개발 및 분양 등을 사업목적으로 하는 부동산업을 영위한 적이 없다. 따라서 이 사건 처분이익은 창고업과 밀접하게 관련된 소득으로 이 사건 조항의 세액감면 대상소득인 ‘해당 사업(창고업)에서 발생한 소득’에 해당한다고 봄이 타당함에도, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 관련 법리

1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조).

2) 구 조세특례제한법(2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 “제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업, 정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.”라고 정하였는데, 위 ‘당해 사업에서 발생한 소득’이란 제조업 등의 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미하고 제조업 등의 영업활동에서 얻은 수입 등을 금융기관에 예치하여 얻은 이자수익 등은 여기에 포함되지 아니한다(대법원 2004. 12. 23. 선고 2004두4154 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

1) 이 사건 조항은 창업중소기업 등의 소득세 또는 법인세 감면요건에 관한 규정으로, 그 감면대상 소득의 범위는 법문에 따라 엄격하게 해석하여야 하고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 할 수 없다. 이 사건 조항의 문언, 체계, 취지 등을 위법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 조항은 구 조세특례제한법 제6조 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 창업중소기업에 대하여 ‘해당 사업에서 발생한 소득’에 대한 세액을 감면한다고 정하고 있는바, 위 ‘해당 사업에서 발생한 소득’이란 창업중소기업이 경영하는 감면대상 업종의 영업활동에서 직접 발생한 소득만을 의미한다고 해석함이 타당하다.

2) 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제3호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 처분이익은 이 사건 조항에서 정한 세액감면 대상소득인 ‘해당 사업에서 발생한 소득’에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고의 법인등기부 및 사업자등록증에 의하면, 원고의 목적 사업에 창업중소기업 등에 대한 세액감면 업종인 창고업이 포함되어 있음은 확인된다. 그런데 이 사건 처분이익은 원고가 이 사건 부동산의 매각에 대한 대가로 취득한 것이므로, 창고업의 영업활동에서 직접 발생한 소득이라고는 볼 수 없다.

② 원고는 이 사건 건물을 신축 중이던 2021. XX. XX. BBBBBB과 위 건물을 포함한 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결하였고, 2022. XX. XX. 위 건물에 대한 사용승인을 받은 직후인 2022. XX. XX. 위 건물에 관하여 BBBBBB에 소유권이전등기를 마쳐주었으므로, 이 사건 부동산을 매각할 당시 원고가 이 사건 건물에서 창고업을 영위하였다고 볼 수 없다. 또한 이 사건 부동산의 매각 당시까지 원고는 창고업과 관련된 매출이 전혀 발생하지 않은 상태였다. 이러한 사정에 비추어 보더라도, 이 사건 처분이익이 원고가 창고업을 영위함에 따라 발생한 소득으로 보기 어렵다.

③ 설령 원고의 주장과 같이, 원고가 창고업을 목적으로 이 사건 토지를 취득하여 그 지상에 이 사건 건물을 신축하고, 재무구조를 개선하여 창고업을 계속 영위하기 위한 방편으로 이 사건 부동산을 매각하였다고 하더라도, ㉠ 이는 이 사건 부동산의 취득 및 매각의 동기에 해당하는 사정에 불과한 점, ㉡ 세제지원을 통해 중소기업의 창업을 유도하고 활성화하기 위한 이 사건 조항의 입법취지에 비추어 보더라도 감면대상소득은 해당 업종의 영업을 통해 직접 발생한 소득에 한정하는 것이 타당한 점, ㉢ 소득의 발생 경위, 목적 등을 고려하여 감면대상을 확대하는 해석론은 조세법률주의 원칙이나 조세공평의 원칙에 기초한 조세법규의 엄격해석원칙상 원칙적으로 허용되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 달리 볼 수 없다. 원고가 주장하는 사정들만으로 이 사건 처분이익이 원고의 창고업에서 발생한 소득에 포함된다고 인정하기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.