과세전적부심사 생략의 절차적 하자 여부

피고는 2018. 12. 26.경 국세청으로부터 과세자료를 통보받았고, 그로부터 약 3년 5개월이 경과한 2022. 5. 6. 과세예고통지를 하였는데, 그 사이의 기간 동안 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하기 위해 추가적인 사실관계를 조사·확인하였다거나 그러한 필요성이 있었다고 볼만한 사정을 찾아볼 수 없고, 피고가 위와 같이 장기간 과세예고통지를 해태하다가 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 한 것을 정당화할 사유에 관하여 아무런 주장·증명이 없으므로 원고의 청구는 이유 있음

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2022. 5. 9. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 71,734,800원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는, 다음과 같이 일부 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 이유 제1항, 제3항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 2쪽 16행의 “구소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”을 ”구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”으로, 18행의 ”소득세법”을 “구 소득세법”으로, 20행의 ”구 소득세법 시행령”을 “구 소득세법”으로 각 고친다.

○ 제1심판결문 12쪽 24행부터 13쪽 마지막 행까지를 아래와 같이 고친다.

『■ 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)

제96조(양도가액)

① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

제99조(기준시가의 산정)

① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

가. 토지

「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.

나. 건물

건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』

2. 원고의 주장 요지

피고는 2018. 12. 26. 국세청으로부터 과세자료를 통보받았음에도 불구하고, 약 3년 6개월 동안 과세권을 행사하지 아니하다가 국세부과제척기간이 임박한 2022. 5. 6.에야 과세예고통지를 하였고, 이어서 원고가 이를 수령한 날인 2022. 5. 9. 이 사건 처분을 하였다. 위와 같이 피고는 이 사건 처분을 하면서 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않았고, 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니할 수 있는 예외적인 경우에 해당하지도 않으므로, 이 사건 처분은 절차상 하자가 있어 위법하다.

3.판단

가. 관련 규정 및 법리

1) 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않다거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 하고 있는 등의 특별한 사정이 없음에도 불구하고, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 않거나 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 함으로써 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 등 참조).

2) 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 하려면, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거들, 을 제4, 6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사실 내지 사정들을 위에서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 피고의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 증명되었다고 보기 어렵다. 그렇다면 이 사건 처분은 원고의 과세전적부심사의 기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하므로, 원고의 주장은 이유 있다.

① 원고는 2016. 11. 18. 정AA과 이 사건 부동산 등에 관하여 매매계약을 체결하였고, 위 매매계약서 특약사항에 이 사건 부동산, 이 사건 도로, 이 사건 농지의 매매가액을 구분하여 기장하였으며, 각 매매가액을 양도가액으로 하여 2017. 1. 26. 피고에게 2016년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다. 원고는 이 사건 부동산 등의 양도에 대하여 법정신고기한 내에 예정신고를 하였으므로, 위 양도소득세 부과제척기간 만료일은 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호, 구 소득세법 제105조 제1항 제1호 에 따라 위 양도소득세를 부과할 수 있는 날인 2017. 6. 1.부터 5년 뒤인 2022. 5. 31.이다. 그런데 피고가 원고에게 2022. 5. 6. 과세예고통지를 발송하였고, 같은 달 9. 이 사건 처분을 함에 따라 원고는 과세전적부심사를 청구할 수 없게 되었다.

② 피고는 2018. 12. 26.경 국세청으로부터 과세자료를 통보받았고, 그로부터 약 3년 5개월이 경과한 2022. 5. 6. 과세예고통지를 하였는데, 그 사이의 기간 동안 원고에 대한 양도소득세 부과 여부를 검토하기 위해 추가적인 사실관계를 조사·확인하였다거나 그러한 필요성이 있었다고 볼만한 사정을 찾아볼 수 없다.

③ 피고는 부과제척기간 만료일로부터 3개월이 남지 않은 시점에 과세예고통지를 하는 경우에는 국세기본법 제81조의15 제3항 에 따라 과세전적부심사 청구를 생략할 수 있고 과세예고통지를 한 이상 이 사건 처분이 적법하다는 취지로 주장할 뿐, 피고가 위와 같이 장기간 과세예고통지를 해태하다가 부과제척기간 만료일에 임박하여 과세예고통지를 한 것을 정당화할 사유에 관하여 아무런 주장·증명을 하고 있지 않다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리여

부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.