취득가액 인정 여부

양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지거래가액이라 함은 거래 당시 자산을 취득 또는 양도하고 그 대가로 수수한 금액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다

사 건

2024구합20360 양도소득세부과처분취소

원 고

BBB

피 고

ZZ세무서장

판 결 선 고

2025. 12. 11.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 12. 12. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 170,659,300원(농어촌특별세, 가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부산 ○○구 ○○동 0-00 대 520㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 함. 이 사건 토지는 2019. 9. 25. 분할로 인하여 110㎡가 부산 ○○구 ○○동 0-00에 이기됨)에 관하여 1988. 7. 14.자 협의분할에 의한 재산상속을 원인으로 하여 1988. 8. 29. 자신의 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 1998. 11. 5. 이 사건 토지 위에 지상 2층, 지하 2층, 연면적 1,021.05㎡의 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 함께 ‘이 사건 부동산’이라 함)을 신축하여 사용하다가, 2021. 2. 8. 수용을 원인으로 하여 이 사건 부동산을 부산광역시 BB구청장에 1,549,532,110원에 양도하였다.

다. 원고는 이 사건 부동산에 관하여 다음과 같이 2021. 4. 30. 양도소득세 신고를 2021. 8. 27. 추가보상금 수령을 이유로 한 양도소득세 수정신고를 각 하였다.

라. 피고는 2022. 9. 22.부터 2022. 10. 11.까지의 기간 동안 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, ① 원고가 이 사건 건물의 취득가액으로 신고한 금액 2,086,942,612원 중 세금계산서 수취분 신축 공사비 812,354,181원, 기타 필요경비로 신고한 금액 중 취·등록세 11,318,830원을 필요경비로 인정하고, 그 외 공사비 1,247,618,431원, 기타필요경비 45,700,000원을 부인하여, 2022. 12. 12. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 176,073,048원(가산세 포함), 농어촌특별세 2,931,618원(가산세 포함), 합계 179,004,666원을 경정고지 하였다.

마. 원고는 위 다.항 기재 경정고지 처분에 불복하여 이의신청하였고, 그 결과 2023. 5. 10.경 추가경비(설계비) 27,000,000원이 받아들여져, 양도소득세는 167,892,838원(가산세 포함), 농어촌특별세는 2,766,466원(가산세 포함)으로 각 감액됨(이하 ‘이 사건 이의신청 결과’라 함)에 따라 최종 고지세액은 170,659,300원(원 단위 절삭)이 되었다(이하 위와 같이 이의신청 결과 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 함).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 7. 14. 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 11. 27. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증, 을제1호증, 을제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음의 필요경비를 인정하지 않아 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고가 이 사건 건물 공사과정에서 지출한 다음의 경비들은 그 지급사실이 원고가 제출한 증거들에 의해 확인되므로 필요경비로 인정되어야 한다(제1주장).

<표 생략>

(2) 이 사건 건물 공사비용은 이 사건 건물에 관한 적산자료에 따라 산정한 원고의 신고 취득가액 2,086,972,612원으로 보아야 하고, 그에 미치지 못하더라도 최소한 법원의 감정결과 인정된 공사비인 1,315,910,146원이 인정되어야 한다(제2주장).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 제1주장에 관한 판단

(1) 관련 법리

(가) 과세처분의 적법성에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담하는 것이지만 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐만 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명케 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다고 할 것이다(대법원 2013. 2. 15. 선고 2012두942 판결 참조).

(나) 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지거래가액이라 함은 거래 당시 자산을 취득 또는 양도하고 그 대가로 수수한 금액으로서 매매계약 기타 증빙 자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 참조).

(2) 구체적 판단

살피건대, 갑제4호증 내지 갑제27호증, 을제3호증 내지 을제5호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 피고가 세금계산서 등 객관적 증빙 자료에 의하여 인정되는 이 사건 건물의 취득에 든 실지거래가액을 인정하여 이 사건 처분을 한 것은 정당한 것으로 보아야 하고, 원고가 제시한 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비들을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(가) AA건축사사무소에 대한 설계비용

원고는 AA건축사사무소 김OO에게 이 사건 건물의 설계용역의 대가로서 ① 1997. 6. 3. 27,000,000원, ② 1997. 8. 11. 27,000,000원, ③ 1998. 6. 10. 6,000,000원, ④ 1998. 6. 17. 3,000,000원, ⑤ 1998. 6. 25. 3,300,000원, 합계 66,300,000원을 지급하였으므로, 이 사건 이의신청 결과 필요경비로 인정된 위 ②항 1997. 8. 11.자 설계비 27,000,000원을 제외한 나머지 39,300,000원(= ① + ③ + ④ + ⑤)의 설계비용도 이사건 건물의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다.

그러나, 원고가 위 ①항의 증거로 제출한 입금표(갑제4호증의1), 위 ③항의 증거로 제출한 설계비 잔액 합의서(갑제4호증의2), 위 ④항의 증거로 제출한 영수증(갑제4호증의3), 위 ⑤항의 증거로 제출한 설계비 잔액 합의서(갑제4호증의4)에 관하여 살피건대, 위 자료들은 모두 수기로 작성되어 대금의 지급 없이도 작성하는 것이 가능한 점, 원고가 김OO에게 위 돈을 지급하는 근거가 되거나 설계비 잔액을 확인할 수 있는 원고와 김OO 사이의 설계용역계약서 및 김OO이 수행한 설계용역의 결과물인 설계도와 변경 설계도 등이 존재하지 않는 점, 실제로 위 각 돈이 원고로부터 김OO에게 지급된 금융거래내역을 확인할 수 있는 자료도 존재하지 않는 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비를 인정하기 어렵다.

(나) 주식회사 DD기초(이하 ‘DD기초’라 함)에 대한 지질조사비용

원고는 이 사건 건물 신축공사 전 지하터파기 작업 시 인근 건물의 균열이 우려되어 DD기초에 지질조사를 의뢰하였고, 그 대가로 1997. 9. 5. DD기초에 지질조사비 14,000,000원을 지급하였으므로, 위 지질조사비는 이 사건 건물의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다.

그러나, 원고가 지질조사비의 지급 증거로 제출한 영수증(갑제6호증), 지질주상도 및 견적서(갑제7호증)에 관하여 살피건대, 위 영수증은 간이영수증으로서 현금거래에 대한 증빙으로 수기로 작성되는 특성상 대금의 지급 없이도 작성하는 것이 가능한 점, 14,000,000원이라는 대금을 법인인 DD기초가 현금으로 지급받아 간이영수증만을 발급하여 준 것도 일반적이지 않아 보이는 점, DD기초가 작성한 위 견적서에는 수신인이 AA건축사사무소로 되어 있는 반면 원고와 DD기초 사이의 지질조사용역 계약서는 존재하지 않는 점, 실제로 위 돈이 원고로부터 김OO에게 지급된 금융거래내역을 확인할 수 있는 자료도 존재하지 않는 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비를 인정하기 어렵다.

(다) 대한지적공사에 대한 측량비용

원고는 1998. 2. 및 1998. 10.경 대한지적공사에 건물 신축을 위한 토지 경계 및 현황측량을 의뢰하였고, 그 대가로 대한지적공사에 1998. 2. 17. 1,295,100원, 1998. 10. 29. 1,126,500원, 합계 2,421,600원을 지급하였으므로, 위 측량비용은 이 사건 건물의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다.

그러나, 원고가 측량비용의 지급 증거로 제출한 지적공사영수증(갑제9호증), 지적공사 측량성과도 및 설명도(갑제10호증)에 관하여 살피건대, 경계복원측량성과도의 기재에 의하면 위 측량성과도는 1997. 12. 9. 측량되어 같은 날 작성된 것으로 보이는 반면, 대한지적공사의 1998. 2. 17.자 영수증에는 측량가능일이 ‘1998. 2. 20.’로, 1998. 10. 29.자 영수증에는 측량가능일이 ‘1998. 11. 3.’로 각 기재되어 있어, 원고가 제출한 위 증거들만으로는 위 영수증에 기재된 용역이 원고가 주장하는 이 사건 건물 신축을 위한 토지측량에 제공된 것인지를 알 수 없고, 위 영수증의 기재 내용에 부합하는 계약서, 세금계산서, 금융거래내역 등도 찾아볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비를 인정하기 어렵다.

(라) 변호사 장OO에 대한 변호사비용

원고는 이 사건 건물 신축공사를 위한 지하굴토공사 중 발생한 민원을 해결하기 위하여 1998. 6. 5. 장OO 변호사에게 공사관계 법적대응 사건의 선임비 1,000,000원을 지급하였으므로, 위 변호사 비용은 이 사건 건물의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다.

그러나, 원고가 변호사 비용의 지급 증거로 제출한 영수증(갑제11호증), 민원발생 현장사진(갑제12호증)에 관하여 살피건대, 위 영수증은 수기로 작성되어 대금의 지급 없이도 작성하는 것이 가능해 보이는 점, 위 영수증의 기재 및 사진의 영상만으로는 변호사가 수행하였다는 용역의 내용을 알 수 없는 점, 원고가 변호사에게 위 돈을 지급하는 근거가 되는 변호사 수임계약서 등이 존재하지 않는 점, 실제로 위 돈이 원고로부터 변호사에게 지급된 금융거래내역을 확인할 수 있는 자료도 존재하지 않는 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비를 인정하기 어렵다.

(마) 주식회사 GG종합건설(이하 ’GG종합건설‘이라 함)에 대한 공사비용

원고는 이 사건 건물 신축공사를 위해 1997. 12. 8. GG종합건설과 건설공사도급계약을 체결하였고, 위 계약에 따라 GG종합건설에 500,000,000원의 선급금을 지급한 것 외에 GG종합건설 대표이사 김OO의 요청이 있을 때마다 수시로 원고 및 원고 배우자 명의의 은행계좌에서 현금을 출금하여 1997. 12. 8.부터 1998. 5. 20.까지의 기간 동안 18회에 걸쳐 GG종합건설에 기성금 합계 261,548,603원을 지급하였으므로, 그중 GG종합건설이 원고에게 작성하여 준 입금표에 의해 증명되는 200,000,000원은 이 사건 건물의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다.

그러나, 원고가 GG종합건설에 대한 공사비용의 지급 증거로 제출한 건설공사도급계약서(갑제13호증), 시간별 현장사진(갑제15호증), 입금표(갑제16호증), 원고 및 그 배우자 명의의 계좌출금내역(갑제17호증)에 관하여 살피건대, 위 입금표는 수기로 작성되어 대금의 지급 없이도 작성하는 것이 가능해 보이는 점, 위 입금표의 기재 및 시간별 현장사진의 영상만으로는 원고가 18회에 걸쳐 GG종합건설에 지급하였다고 주장하는 각 공사비용의 산정근거를 알 수 없는 점, 원고 및 그 배우자 명의의 계좌출금내역의 기재만으로는 그와 같이 출금된 돈이 GG종합건설에 실제로 지급이 되었다고 인정하기 어려운 점, 원고는 1998. 5.경 GG종합건설로부터 세금계산서를 발급받아 1998년 제1기 일반과세자 부가가치세 조기환급 신고를 하였는데, GG종합건설이 원고에게 위 200,000,000원에 대하여는 세금계산서가 아닌 입금표만을 작성하여 준 이유가 분명하지 않은 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비를 인정하기 어렵다.

(바) 강OO에 대한 공사비용

원고는 이 사건 건물 신축공사를 하던 GG종합건설이 부도가 났기 때문에 위 공사를 위해 공사내역을 구분하여 1998. 8. 3. HH공영 주식회사(이하 ’HH공영‘이라 함)와 건설공사도급계약을, 같은 날 강OO와 공사도급계약을 각 체결하였고, 위 강OO와의 공사도급계약에 따라 강OO에게 ① 1998. 9. 30. 100,000,000원, ② 1998. 11. 24. 30,000,000원, ③ 1998. 12. 30. 100,000,000원, 합계 230,000,00원을 지급하였으므로, 위 공사비용은 이 사건 건물의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다.

그러나, 원고가 강OO에 대한 공사비용의 지급 증거로 제출한 공사도급계약서(갑제18호증), 영수증(갑제20호증), ○○○○감정원 감정서(갑제21호증), 강OO 확인서(갑제23호증)에 관하여 살피건대, 원고가 HH공영과 이 사건 건물 신축 공사를 위한 건설공사도급계약을 체결함과 동시에 HH공영의 현장소장이었던 것으로 보이는 강OO와 별도의 공사도급계약을 체결하여 진행하였다는 것은 일반적이지 않아 보이는 점, 원고는 HH공영으로부터 세금계산서를 발급받아 1998. 9. 및 1998. 10.경 1998년 제2기 일반과세자 부가가치세 조기환급 신고 및 예정 신고를 하였는데, 강OO로부터는 세금계산서를 발급받지 않고 현금 및 수표로 공사비용을 지급한 이유가 분명하지 않은 점, 강OO가 작성한 영수증들은 수기로 작성되어 대금의 지급 없이도 작성하는 것이 가능해 보이는 점, 실제로 위 각 돈이 원고로부터 강OO에게 지급된 금융거래내역을 확인 할 수 있는 자료도 존재하지 않는 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비를 인정하기 어렵다.

(사) JJ건설 신O(이하 ’JJ건설‘이라 함)에 대한 증축공사비용

원고는 이 사건 건물 증축공사를 위해 1999. 2. 10. JJ건설과 건축물도급계약을 체결하였고, 위 계약에 따라 수시로 원고의 은행계좌에서 현금을 출금하여 1999. 2. 5. 부터 1999. 4. 15.까지의 기간 동안 10회에 걸쳐 JJ건설에 공사비용으로 합계 38,650,000원을 지급하였으므로, 그중 위 건축물도급계약에서 정한 계약금액 33,000,000원은 이 사건 건물의 취득가액으로 인정되어야 한다고 주장한다.

그러나, 원고가 JJ건설에 대한 공사비용의 지급 증거로 제출한 건축물도급계약서(갑제24호증), 증축 건축물대장(갑제25호증), 증축공사비 출금내역(갑제27호증)에 관하여 살피건대, 위 건축물도급계약서 및 건축물대장의 기재만으로는 JJ건설이 이 사건 건물의 증축 공사로서 어떠한 용역을 수행한 것인지 구체적인 내용을 알 수 없는 점, 원고 명의의 위 출금내역의 기재만으로는 그와 같이 출금된 돈이 JJ건설에 실제로 지급이 되었다고 인정하기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고가 주장하는 필요경비를 인정하기 어렵다.

라. 제2주장에 관한 판단

양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 ‘실지거래가액’이란 실제 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하므로 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 ‘시가’와 항상 그 의미가 동일하지는 않다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조). 이와 같은 양도소득세 산정에 있어서의 실지거래가액을 확인할 수 없어 소득세법 제97조 제1항 제1호 나.목, 소득세법 시행령 제163조 제12항 이 적용되는 경우, 평가기간 이후 취득 당시로 소급하여 한 감정에 의하여 평가한 가액은 소득세법 제97조 제1항 제1호 나.목에서 ‘취득 당시의 실지거래가액’을 대체할 수 있도록 정한 감정가액에 해당하지 않는다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 등 참조).

살피건대, 앞서 본 바와 같이 피고가 세금계산서 등 객관적 증빙 자료에 의하여 인정되는 이 사건 건물의 취득에 든 실지거래가액을 인정하여 이 사건 처분을 한 것은 정당하므로, 이 사건 건물의 취득에 든 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우가 아닌 이 사건에 있어서, 원고의 이 사건 건물 취득일로부터 20년 이상 경과한 시점에 과거의 적산자료에 기초하여 소급하여 이 사건 공사비용을 추정한 공사비용 추정액(갑제28호증) 또는 이 법원의 감정인 최OO에 대한 감정촉탁결과를 이 사건 처분에서 인정한 실지거래가액을 대체하는 이 사건 건물의 취득가액으로 인정할 수 없다.

마. 소결론

결국 이 사건 처분은 정당하고, 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.