미환류소득에 대한 법인세 산정시 이월결손금 재차 차감이 가능함

미환류소득에 대한 법인세와 관련한 기업소득 산정 시 매년 해당 사업연도의 과세표준에서 공제 가능한 이월결손금을 전액 차감할 수 있음

사 건

2024구합92906 법인세경정거부처분취소

원 고

피 고

00세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 29.

판 결 선 고

2026. 6. 24.

주 문

1. 피고가 0000. 00. 00. 원고에 대하여 한 별지 1 ‘경정청구 거부처분 목록’ 중 ‘과세기간’ 및 ‘경정청구 거부세액’란 기재 각 사업연도 귀속 법인세 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인이다.

나. 원고는 0000. 00. 00. 주식회사 D종합개발(이하 ‘제1피합병법인’이라 한다), A 엔지니어링 주식회사(이하 ‘제2피합병법인’이라 하고, 제1피합병법인과 통틀어 ‘피합병법인’이라고만 한다)를 적격합병하면서 제1피합병법인의 이월결손금 0원, 제2피합병법인의 이월결손금 0원, 합계 0원(이하 ‘이 사건 이월결손금’이라 한다)을 승계하였다.

다. 원고는 0000 내지 0000 사업연도 각 법인세 중 미환류소득에 대한 법인세를 신고·납부하면서 기업소득 산정 시 이 사건 이월결손금을 차감하지 않았다.

라. 원고는 0000. 00. 00. 이 사건 이월결손금을 기업소득 산정 시 차감하여 0000 내지0000 사업연도 법인세 중 미환류소득에 대한 법인세 합계 0원에 대한 경정청구를 하였다(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다).

마. 피고는 0000. 00. 00. ‘합병으로 승계한 이월결손금 공제액은 각 사업연도 과세표준 공제 여부와 무관하게 미환류소득 계산 시 차감할 수 있으나, 이후 사업연도에 중복하여 재차 차감은 허용되지 않는다’는 이유로 0000년 사업연도 법인세에 대하여는 그 경정청구를 전부 인용하여 0원을, 2018년 사업연도 법인세에 대하여는 그 경정청구를 일부 인용하여 0원을 각 환급하는 결정을 하였으나 이 사건 경정청구 중 나머지 부분에 대하여는 거부처분을 하였고, 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다(이하 위 각 거부처분 부분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

표 생략 -

바. 원고가 이에 불복하여 0000. 00. 00. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 0000. 00. 00. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 달리 특정하지 않는 한 같다), 을 제1, 4 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 미환류소득에 대한 법인세 과세제도

미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정된 법인세법 제56조 에 근거를 두고 2015. 1. 1.부터 일몰기한을 2017. 12. 31.까지로 하여 한시적으로 도입되었고, 2018. 1. 1.부터는 2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 조세특례제한법 제100조의32 에서 이를 ‘투자·상생협력 촉진을 위한 과세특례 제도’로 규율하면서 시행되었다.

이 사건에서 미환류소득에 대한 법인세 과세의 근거 법률인 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제56조 내지 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제100조의32 규정들은, 각 사업연도 소득 중 대통령령으로 정하는 소득(이하 ‘기업소득’이라 한다)에 일정 비율을 곱하여 산출한 금액에서 투자합계액, 임금증가금액 등을 차감하는 방식 등으로 미환류소득을 산정하도록 하고, 미환류소득에 세율을 곱하여 산출한 세액을 ‘미환류소득에 대한 법인세’로 납부하도록 규정하였다.

위와 같은 법률의 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제93조 제4항 내지 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제100조의32 제4항 규정들은 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 위 각 제4항 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액을 기업소득으로 산정하는 것을 원칙으로 하면서, 제2호 라목에서 그 차감항목 중 하나로 ‘ 법인세법 제13조 제1호 (2019. 1. 1. 이후로는 법인세법 제13조 제1항 제1호 , 이하 달리 구별할 필요가 없는 한 법인세법 제13조 제1호 로만 표시한다)에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’을 규정(이하 위 제4항 제2호 라목을 통틀어 ‘이 사건 결손금 차감규정’이라 한다)하고 있었다.

이 사건 결손금 차감규정은 이후 2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 ‘ 법인세법 제13조제1항제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조제1항·제2항과 제46조의4제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다’고 개정되었다(이하 ‘개정 규정’이라 한다).

나. 원고의 주장 요지

이 사건 결손금 차감규정에서 정한 결손금은 ‘각 사업연도의 개시일 전 일정 기간 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’인 이월결손금을 의미한다. 따라서 해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 실제로 공제한 이월결손금일 필요가 없고, 이전 사업연도의 기업소득 계산 시 차감하였더라도 해당 사업연도의 이월결손금으로 남아있는 이상 해당 사업연도의 기업소득 계산 시 이를 전액 차감할 수 있다. 이와 달리 이전 사업연도의 기업소득 계산 시 차감한 이월결손금을 ‘중복차감’할 수 없다는 전제 하에 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

다. 구체적 판단

1) 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결, 대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34823 판결 등 참조).

2) 관계 법령의 체계, 입법취지 및 개정 경과, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 결손금 차감규정에서 정한 ‘ 법인세법 제13조제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’은 ‘각 사업연도의 개시일 전 일정 기간 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 해석하여야 한다.

가) 이 사건 결손금 차감규정은 미환류소득에 대한 법인세 과세제도 도입 시부터 개정 규정으로 개정되기 전까지 그 문언이 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’으로 동일하다. 반면 법인세법상 이월결손금 규정은 다음과 같이 변경되었다. 즉, 미환류소득에 대한 법인세 과세제도 도입 당시 시행 중이던 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1호는 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있었고, 달리 제13조 본문에서 이월결손금에 대한 공제한도를 정하고 있지 아니하여 위 구 법인세법 제13조 제1호 에 따라 법인세 과세표준 산정 시 공제되는 이월결손금과 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 산정 시 공제되는 이월결손금[구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되어 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제93조 제4항 제2호 제라목]이 일치하였다. 이후 법인세법이 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되면서 제13조 단서에서 이월결손금의 공제한도 규정이 신설되어 법인세 과세표준 계산 시에는 제13조 제1호의 결손금 전액이 공제되지 아니하고 각 사업연도 소득의 일정 범위에서만 공제되게 되어 제13조 제1호의 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’과 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’이 달라지게 되었음에도, 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 산정 시 공제되는 결손금에 관한 이 사건 결손금 차감규정은 문언이 동일하게 유지되었다.

나) 미환류소득에 대한 법인세는 당초 기업의 소득이 투자, 임금 또는 배당 등을 통하여 가계의 소득으로 흘러들어가는 선순환 구조가 되도록 하기 위하여 도입된 과세제도로[구 법인세법(2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정된 것) 개정이유 주요내용 라항], 환류여력이 있음에도 이를 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 법인에 법인세를 추가로 과세하는 유도적, 제재적 성격의 조세이다. 그런데 이 사건 결손금 차감규정에서의 결손금을 문언 그대로 해당 사업연도 과세표준 계산 시 공제한 결손금으로 해석하는 경우, 해당 사업연도 개시일 전 일정 기간 이내 개시 사업연도에서 발생한 결손금 중 해당 사업연도 과세표준 계산 시 공제되지 아니하고 남아있는 이월결손금 잔액이 있어 환류여력이 충분하지 아니한 경우에도 이를 미환류소득에 대한 법인세 산정 시 기업소득에서 차감할 수 없게 되어 미환류소득에 대한 법인세 과세제도의 도입 취지에 반하고, 잔존 이월결손금이 있는 법인에 과다한 부담을 지우게 된다.

다) 한편 이와 관련하여 기획재정부는 2016. 3. 30. 기업소득 환류세제 관련 국세청의 질의에 대한 회신에서 기업소득 산정 시 사업연도 소득에서 공제되는 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’은 ‘각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라는 취지로 유권해석을 한 뒤[기획재정부 법인세제과-312(2016. 3. 30.)] 이를 보도자료로 배포하였고, 국세청 역시 조세특례제한법 집행기준(2018년) 100의32-100의 32-3 제4항에서 미환류소득 계산 시 각 사업연도 소득에서 차감하는 이 사건 결손금 차감규정의 “해당 사업연도에 공제한 결손금”은, 법인세법 제13조 제1호 의 “각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”이라고 규정하였다.3) 기획재정부는 더 나아가 2021. 8. 19. 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금이 ① 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금인지 ② 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액인지를 묻는 질의에 대하여 ②와 같은 해석이 타당하다고 회신하였다[기획재정부 법인세제과-374(2021. 8. 19.)].4) 즉 기획재정부나 국세청은 최신 유권해석에 이르기 전까지, 법인세법상 이월결손금 규정의 개정 이후 미환류소득에 대한 법인세 산정 시 공제되는 결손금의 의미에 관하여 미환류소득에 대한 법인세의 입법 목적과 취지에 부합하는 방향으로 일관된 해석을 공표해 왔다.

라) 이후 이 사건 결손금 차감규정은 2022. 2. 15. 개정 규정으로 개정되어 그 문언이 법인세법 제13조제1항제1호 에 따라 해당 사업연도에 “공제할 수 있는” 결손금으로 변경되었는바, 위 다)항 기재 유권해석 및 집행기준에서 채택한 이 사건 결손금 차감 규정의 해석 등에 비추어 보면, 개정 규정은 위와 같은 이 사건 결손금 차감규정의 유권해석 등을 확인하는 취지에서 개정되었다고 봄이 상당하다.

마) 피고는 이 사건 소송에 이르러 이 사건 결손금 차감규정은 그 문언과 동일하게 해당 사업연도에 ‘공제한 결손금’으로 해석되어야 한다는 취지로 주장하나, 피고가 원고의 이 사건 경정청구에 대하여 2023. 3. 6. ‘합병으로 승계한 이월결손금 공제액은 각 사업연도 과세표준 공제 여부와 무관하게 미환류소득 계산 시 차감할 수 있다’고 밝혀 2017년 사업연도 미환류소득에 대한 법인세에 대하여는 그 경정청구를 전부 인용한 사실은 앞서 인정한 바와 같은바, 피고의 이 사건 각 처분 역시 이 사건 결손금 차감규정에서의 결손금이 ‘각 사업연도의 개시일 전 일정 기간 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’으로 해석됨을 전제로 이루어졌으므로, 이에 반하는 피고의 이 사건 소송에서의 주장은 받아들이기 어렵다.

3) 위와 같은 이 사건 결손금 차감규정의 해석에 따랐을 때, 이 사건 이월결손금 중 종전의 각 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 공제되지 아니한 금액은 종전의 각 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 차감되었는지 여부를 불문하고 원고의 0000 내지 0000 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 해당 사업연도 소득에서 차감되어야 한다고 봄이 타당하고, 그 구체적인 이유는 아래와 같다.

가) 이 사건 결손금 차감규정에 따라 기업소득 계산 시 차감되는 결손금은 ‘각 사업연도의 개시일 전 일정 기간 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’으로 해석되어야 함은 앞서 살핀 바와 같고, 이후 위와 같은 해석을 반영하여 개정된 개정 규정 역시 법인세법 제13조 제1호 에 따라 ‘공제할 수 있는 결손금’을 차감할 수 있다고 규정하고 있는 바, 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 산정 시 차감되는 이월결손금은 당해 사업연도 법인세 과세표준 계산 시점에 존재하는 이월결손금 잔액 전액이라고 보아야 한다. 이 사건 결손금 차감규정이나 개정 규정에 달리 해당 결손금을 이후의 사업연도 “미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득” 계산 시 차감되지 아니한 금액으로 한정하는 취지의 문언은 존재하지 아니한다. 각 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금의 중복 공제가 허용되지 아니하는 것은 법인세법 제13조 제1항 제1호 의 문언에서 명시적으로 “그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액”으로 공제 가능한 결손금의 범위를 한정하고 있기 때문이다.

나) 앞서 살핀 바와 같이 2015. 12. 15. 법인세법 개정으로 법인세 과세표준 계산 시 이월결손금 공제 한도가 신설되면서 법인세 과세표준 계산 단계에서는 각 사업연도 소득이 잔존 이월결손금을 초과하더라도 그 잔존 이월결손금이 전액 공제되지 못하고 각 사업연도 소득의 일정 범위 내에서만 공제되어 나머지는 다음 사업연도로 이월되는 한편, 미환류소득에 대한 법인세 산정 단계에서는 기업소득 산정 시 잔존 이월결손금이 각 사업연도 소득 범위 내에서 전액 차감되어 양 단계에서 공제 내지 차감되는 이월결손금이 서로 달라지는 상황이 발생하게 되었다. 법인세법이 위와 같이 법인세 과세표준 계산 시 공제되는 이월결손금의 범위에 한도를 설정하는 방향으로 개정된 것은 자본충실의 원칙에 부합하지 않는 측면이 있음에도 흑자법인으로 하여금 매년 최소한의 법인세를 부담하도록 하려는 데 있다. 그러나 미환류소득에 대한 법인세는 각 사업연도 소득 자체가 아닌, 기업이 그 소득을 투자, 임금 또는 배당 등으로 환류하지 아니한 경우 그 미환류소득에 대하여 추가적으로 과세하는 것인바, 당해 사업연도에도 여전히 누적 이월결손금이 존재하는 경우 이는 해당 법인이 과거 결손을 아직 세법상 회복하지 못하여 그만큼 당해 사업연도의 환류여력이 부존재 또는 감소한 상태라고 봄이 상당하므로 기업소득 계산 시 그와 같은 결손 상태가 반영되는 것이 미환류소득에 대한 법인세 제도의 취지에 부합한다.

다) 만일 피고의 주장과 같이 종전 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 차감된 이월결손금은 당해 사업연도 미환류소득 계산 시 재차 차감할 수 없다고 본다면 법인세 과세표준 산정 시 공제되는 이월결손금과는 별도로 미환류소득 법인세 산정 시 차감되는 이월결손금이 관리되어야 한다. 그러나 이 사건에서 문제되는 원고의 0000 내지 0000 사업연도 법인세 신고·납부기한 내지 이 사건 경정청구 당시 시행 중이던 구 조세특례제한법 시행규칙 제45조의10 제1항 , 별지 제114호 서식에는 종전 사업연도 미환류소득 관련 기업소득 계산 시 차감된 이월결손금을 별도로 계산·관리할 수 있는 부분이 존재하지 아니하고, 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 제48호 , 별지 제50호 서식 “자본금과 적립금조정명세서(갑)” 중 “II. 이월결손금 계산서” 항목에서 각 사업연도별 당기 법인세 과세표준 계산 시 공제한 이월결손금의 액수만을 계산·관리하도록 정하고 있을 뿐이다.

라) 기획재정부가 2022. 8. 24. ’합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금으로서 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제되지 않은 금액을 매년 미환류소득 계산 시 계속하여 차감할 수 있는지 여부‘에 관하여 ’매년 이월결손금 공제는 불가능하다‘는 취지의 유권해석(기획재정부 법인세제과-333)을 하였다 하더라도, 이와 같은 유권해석은 앞서 본 이 사건 결손금 차감규정의 해석, 제도의 목적, 관련 규정에 반하여 받아들이기 어렵다.

4) 따라서 이와 다른 전제 하에서, 이 사건 이월결손금 중 0000 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 차감된 부분은 원고의 0000 내지 0000 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 산정을 위한 기업소득 계산 시 재차 차감될 수 없다고 보아 이루어진 피고의 이 사건 각 처분은 위법하여 모두 취소되어야 한다.

원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.