8년 자경농지에 해당하는지 여부

원고의 주민등록상 주소, 토지 보유기간 동안 사업자 또는 근로자로 등록된 사실, 전기·수도요금 납부 및 카드사용 내역, 경작확인서 및 인우보증서 등만으로 원고가 이 사건 토지 소재지에 거주하면서 8년 이상 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하였다거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 인정하기 어려움

사 건

2025구단53962 양도소득세경정거부처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 29..

판 결 선 고

2026. 7. 10.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 29. 원고에게 한 2023년 귀속 양도소득세 1xx,xxx,xxx원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1999. 7. 5. 경기 □□시 △△읍 ▽▽리 244-6 임야 1569㎡를 취득하였고, 이는 2011. 12. 13. 같은 리 244-12 임야 903㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 나머지 토지로 분할되었다.

나. 원고는 2023. 5. 23. 주식회사 BBBBB에 이 사건 토지를 양도대금 6xx,xxx,xxx원으로 정하여 양도하고, 2023. 7. 14. 양도소득세 1xx,xxx,xxx원을 신고·납부하였다.

다. 원고는 2024. 5. 27. 피고에게 ‘이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 소정의 자경농지에 대한 양도소득세 감면대상에 해당한다’고 주장하면서 1xx,xxx,xxx원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2024. 7. 29. 이를 거부하는 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 경정거부처분에 불복하여 이의신청 및 조세심판을 거쳐 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 25, 26, 28호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 1994년경부터 이 사건 토지 인근에 위치한 □□시 △△읍 ▽▽리 244-6 소재 주택(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)에 거주하면서 1928년생, 1929년생인 원고의 부모님을 부양하였고, 이 사건 토지에서 고구마, 파, 무, 배추, 고추, 상추, 감자 등의 작물을 직접 경작하였다. 농지원부는 토지가 1000㎡ 미만이기 때문에 발급받지 못하였고 농작물은 다른 사람들과 나누는 형식으로 소규모로만 농사를 지었기는 하나 이 사건 토지 주변 거주자들이 원고의 자경사실을 인지하고 있었음에도 피고는 피상적인 조사에만 기초하여 이 사건 경정거부처분을 하였다. 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하다.

나. 적용법령

■ 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

■ 조세특례제한법 시행령 (2024. 3. 26. 대통령령 제34356호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2

제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 「지방자치법」 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍·면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍·면 지역은 제외한다}에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역 안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우다. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역·상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2. 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

다. 구체적 판단

1) 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다( 조세특례제한법 제69조 제1항 ). 조세특례제한법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것(1호)’ 또는 ‘거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기̇의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것(2호)’ 중 어느 하나에 해당하는 것을 말한다( 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 ).

과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조). 또한 양도한 토지가 8년 이상 농지로서 이용된 사실이 인정된다 하여 이로써 양도자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니며, 양도자가 그 토지를 8년 이상 자경한 사실은 이를 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조).

2) 앞서 본 각 법령 및 법리, 앞서 본 인정사실 및 갑 제7 내지 24, 27호증, 을 제3 내지 11호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들을 종합하여 보면 원고가 제출한 증거만으로는 ‘원고가 이 사건 토지 소재지에 거주하면서 8년 이상 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하였다거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

① 원고는 이 사건 토지 소유권 취득 당시부터 양도 시점까지 대부분의 경우 서울 영◎◎◎구에 위치한 아파트에 주민등록을 마친 상태였고, 이 사건 주택에 주민등록을 한 기간은 2009. 9. 17.부터 2009. 11. 29.까지 73일, 2011. 4. 28.부터 2011. 5. 11.까지 13일, 2011. 8. 26.부터 2012. 4. 25.까지 243일로 이를 모두 합하더라도 1년 정도에 불과하다.

원고는 서울 ◎◎◎구에 주민등록을 두게 된 이유에 관하여 화가로서 대외활동 편의를 위한 부수적인 사유에 불과하다는 취지로 주장하나, 원고가 주장하는 바와 같은 사정은 추상적인 사유에 불과하여 그것만으로는 실제 거주지와 주민등록을 다르게 신고할 이유가 된다고 보기 어렵다.

② 원고는 이 사건 주택에 거주하고 있던 부모님을 부양하기 위하여 실질적으로 이 사건 주택에 거주하였다고도 주장한다. 그러나 원고는 이 사건 주택에 거주하던 시기를 구체적으로 특정하지 아니하고 있다. 또한 원고의 아버지가 2018. 9. 4. 사망한 후 원고의 어머니는 2021. 11. 18.까지 이 사건 주택에 거주하다가 2021. 11. 18.경 주소지를 옮겼는바, 원고는 이 사건 주택에서 언제까지 거주하였는지도 명확히 밝히지 않고 있다.

③ 원고가 이 사건 주택의 전기요금, 수도요금을 납부한 사정은 인정된다. 그러나 원고는 이 사건 주택의 소유자이기도 하고 원고의 주장에 의하더라도 해당 주택에서는 원고의 연로하신 부모님이 거주하고 있었는바, 원고가 이 사건 주택의 전기요금, 수도요금을 납부하였다는 사정을 원고가 이 사건 주택에서 실제 거주하였다는 의미로 보기엔 부족하다. 또한 원고가 □□ 지역에서 신용카드를 사용한 내역이 발견되는 것 역시 서울 지역에서의 신용카드 사용내역과 비교하면 빈도가 낮을뿐더러, 연로하신 부모님과 삼촌, 여동생 등 친인척이 □□ 지역에서 거주한 점에 비추어 볼 때 해당 카드사용 내역만으로는 원고가 이 사건 주택에 거주하였다고 인정하기에 부족하다.

④ 원고는 이 사건 주택에 거주하면서 이 사건 토지를 자경하였다는 주장을 뒷받침하기 위하여 CCC의 경작확인서와 DDD의 인우보증서를 제출하기도 하였다. 그러나 DDD의 경우 피고가 제출한 증거에 의하면 원고의 여동생의 남편인 것으로 보여 위 진술을 바로 신빙하기 어렵고, 해당 진술에 의하더라도 인근 공장에서 근무하였던 것에 불과한 사람이 원고가 이 사건 주택에서 노부모를 모시고 이 사건 토지를 경작하였다는 사정을 알고 있었다는 서술을 바로 믿기 어렵다. 또한 이장 CCC가 작성한 경작사실확인서에서 원고의 주장과 동일하게 기재되어 있는 부분은 원고 본인의 개인정보가 기재된 부분과 동일한 글씨체이고, CCC 본인이 작성한 것으로 보이는 부분은 문서 아랫부분의 확인자의 성명, 생년월일, 전화번호, 서명 정도로, 해당 확인서의 기재 내용을 전적으로 신빙하기 어렵다.

⑤ 원고는 이 사건 토지를 보유한 기간동안 여러 사업체의 사업자 또는 근로자로 등록되었고, 원고 본인의 주장에 의하면 화가로서 작품활동을 하기도 하였으며, 연로하신 부모님을 모시기도 하였다. 그리고 이 사건 토지에서의 경작활동과 관련하여서도 농사를 지어 주변 사람들에게 나눠주는 수준의 소규모 영농활동만을 하였다고 주장하나, 이 사건 토지의 면적은 903㎡ 정도로서 원고가 위와 같은 활동을 하면서 토지 전체를 경작함에 있어 1/2 이상을 원고 자신의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 보기 어렵고, 경작 또는 재배된 농작물의 품목도 제출된 증거만으로 명확히 특정하기 어려우며, 농작물을 어떻게 처분하였는지 여부에 관한 주장도 바로 신빙하기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.