특수관계법인과의 거래에 대한 비상장주식의 평가

구체적인 세무조사 사전통지 생락사유 미기재는 적법하고, 시가보다 낮은 금액을 매매가액으로 하여 한 이 사건 비상장주식 거래는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 합리성을 갖추고 있다고 보이지 않음

사 건

2025누7726 증여세등부과처분취소

원 고

주식히사 김AAA 외 2명

피 고

○○세무서장 외 1명

변 론 종 결

2026. 5. 22.

판 결 선 고

2026. 6. 19.

주 문

1. 원고들의 피고들에 대한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고들이 원고들에게 한 별지 1 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 사안의 개요

1 원고 주식회사 □□□□(이하 ‘원고 법인’이라 한다)는 건축자재 판매업, 소방설비공사업 등을 목적으로 설립된 회사이고, 원고 AAA은 원고 법인의 대표이사이며, 원고 BBB은 원고 AAA의 자녀로 원고 법인의 주주이다.

2 CCCC프로젝트금융투자 주식회사(이하 ‘CCCC’라 한다)는, CCCC공사가 용산 역세권 국제업무지구 개발사업 추진을 위해 26개 법인들로 구성된 CCCC 컨소시엄과 20**. **. **. 사업협약을 체결하고 20**. **. **. 공동출자하여 설립한 프로젝트회사이다.

3 CCCC공사는 20**~20**년경 수차례에 걸쳐 CCCC에 위 개발사업의 부지 중 CCCC공사 소유 토지를 매도하는 내용의 토지매매계약을 체결하였다.

4 원고 법인은 20**. *. *. CCCC에 **억 원을 납입하고 CCCC로부터 권면액 **억 원, 만기 발행일로부터 1년 등인 무보증 사모사채를 인수하였다. 원고 법인은 20**. *. *. 종전에 인수하였던 사모사채 원금에 갈음하여 CCCC로부터 권면액 **억 원, 만기 20**. *. *. 등인 무보증 사모사채를 인수하였다. 원고 법인은 20**. *. *. 재차 종전에 인수하였던 사모사채 원금에 갈음하여 CCCC로부터 권면액 **억 원, 만기 20**. *. *. 등인 무보증 사모사채(이하 ‘이 사건 사채’라 한다)를 인수하였다.

5 CCCC공사는 20**. *. **. CCCC에 문단 3 기재 계약을 해제한다고 통지하였고, 20**. *. **. CCCC 및 그 주주들에게 문단 2 기재 협약을 해제한다고 통지하였다. 서울특별시는 20**. **. **. CCCC에 대한 문단 2 기재 사업의 시행자지정을 취소하고 해당 구역을 도시개발구역 지정에서 해제하였다.

6 원고 법인은 20**년 사업연도 결산 시 ‘종전 사모사채 원금에 갈음하여 이 사건 사채를 인수하기 전인 20**. *. **. CCCC의 다수 채무에 관하여 기한의 이익 상실 사유가 주장되었다’는 등의 이유로 이 사건 사채 가액 중 15억 원을 손상차손으로 회계처리하고, 법인세 신고 시 동 금액을 손금불산입(유보)으로 조정하였다.

7 CCCC공사는 20**. *. **. CCCC를 상대로 문단 3 기재 토지매매계약 해제로 인한 원상회복으로 위 개발사업의 부지 중 일부에 관한 소유권이전등기의 말소를 구하는 소송을 제기하였고, CCCC는 20**. **. **. CCCC공사를 상대로 원상회복 및 손해배상으로 *****억 원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 청구하는 반소를 제기하였다[◁◁◁◁◁방법원 20**가합*****(본소), 20**가합*****(반소), 이하 ‘관련 사건’이라 한다].

8 원고 법인은 20**년 사업연도 결산 시 이 사건 사채의 만기인 20**. *. *. CCCC로부터 이 사건 사채의 원리금을 변제받지 못하자 이 사건 사채 가액 중 15억 원을 추가로 손상차손으로 회계처리하였고, 법인세 신고 시 동 금액을 손금불산입(유보)으로 조정하면서 종전 사모사채가 이 사건 사채로 대체됨에 따라 20** 사업연도 법인세 신고 시 손금불산입하였던 유보 잔액 **억 원이 소멸되어야 한다고 판단하여 이를 손금산입하였다.

9 관련 사건의 제1심 법원은 20**. **. **. CCCC공사의 본소청구를 전부 인용하고, CCCC의 반소 중 예비적 반소 중 일부(약 ***억 원 청구 부분)를 각하하고 주위적 본소청구와 나머지 예비적 반소청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

10 원고 법인은 20**년 결산 시 이 사건 사채 가액 중 나머지 20억 원을 손상차손으로 회계처리하였고, 법인세 신고 시 20** 사업연도의 유보잔액 15억 원을 손금산입하였다.

11 원고 법인은 20**. *. **. 20** 사업연도에는 **억 원, 20** 사업연도에는 **억 원 합계 **억 원을 손금 불산입하는 것으로 수정신고를 하였다.

12 원고 법인은 20**. *. **. 원고 AAA으로부터 원고 법인 발행 주식 *****주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 평가기준일을 20**. *. **.로 하여 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다)이 정한 보충적 평가방법에 따라 산정한 가액인 1주당 *****원에 매수하였다(이하 ‘이 사건 거래’라 한다). 원고 법인은 위 1주당 가액을 산정할 당시 평가기준일 현재 원고 법인의 자산에 이 사건 사채를 포함시키지 않았고, 또한 20** 사업연도 소득금액에서 이 사건 사채의 손상차손 **억 원, 20** 사업연도 소득금액에서 이 사건 사채의 손상차손 **억 원을 각 차감하였다.

13 관련 사건의 제2심 법원은 20**. *. **. CCCC의 예비적 반소 중 일부(약 ***억 원 청구부분)를 각하하고 나머지 예비적 반소청구를 기각하는 것으로 제1심판결 중 예비적 반소에 관한 부분만 변경하고, 본소 및 주위적 반소에 대한 항소를 기각하였으며, 그 무렵 위 판결이 그대로 확정되었다(◁◁◁◁법원 20**나******).

14 □□지방국세청장(이하 소속 세무공무원과 구별하지 않고 ‘조사청’이라 한다)은 20**. * . **.부터 20**. **. **.까지 원고 법인에 대한 법인통합조사, 원고 AAA에 대한 양도소득세 조사, 원고 BBB에 대한 증여세 조사(위 조사들을 통틀어 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였다. 조사청은 문단 12 기재 원고 법인의 산정 방법과 관련하여 ‘이 사건 거래 당시 원고 법인의 20**, 20** 사업연도 소득금액에서 차감한 이 사건 사채의 손상차손(합계 **억 원)을 위 각 소득금액에서 차감하여 원고 법인의 순손익가치를 산정할 수 없다’는 등의 이유로, 이 사건 주식의 가액을 1주당 *****원으로 산정하고, 피고들에게 아래와 같은 내용의 과세자료 통보를 하였다(당시 이 사건 사채를 순자산가액에 포함하지 않은 것에 대해서는 별다른 이의를 제기하지 않았던 것으로 보인다).

15 ① 원고 법인은 특수관계인인 원고 AAA으로부터 이 사건 주식을 시가보다 낮은 가액에 매입하였으므로 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제2항을 적용하여 주당 *****원과 주당 *****원의 차액을 익금산입하고, 원고 법인에 대해 20** 사업연도 귀속 법인세를 부과하여야 함.

16 ② 원고 BBB은 원고 법인과 원고 AAA 사이의 이 사건 거래로 인해 구 상증세법 (2023. 12. 31. 법률 제19932호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의5 제1항 제2호의 여의제이익을 얻었으므로, 원고 BBB에 대하여 증여세를 부과하여야 함.

17 ③ 원고 AAA은 특수관계인인 원고 법인과의 이 사건 거래로 조세 부담을 부당하게 감소시켰으므로 소득세법 제101조 제1항 의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 2017년 귀속 양도소득세를 부과하고, 이에 따라 증권거래세도 부과하여야 함.

18 피고들은 위 통보 등에 따라 원고들에게 별지 2 목록 ‘당초 고지세액’란 기재 금액의 각 부과처분을 하였다[다만 별지 2 목록 순번 1 ‘당초 고지세액’란 기재 금액의 부과처분 중 이 사건 거래로 인한 부분은 *********원(가산세 포함) 부분이다].

19 조세심판원은 위 각 부과처분에 대한 원고들의 심판청구에 관하여 20**. *. **. 이 사건 사채의 손상차손이 대손금에 해당하여 20**, 20** 사업연도 소득금액에서 차감되어야 한다는 원고들의 주장을 배척하는 한편, 다른 주장을 받아들여 ‘이 사건 주식의 주당 가액을 재계산하고 그에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라. 원고 BBB에 대한 납부불성실가산세를 취소한다’는 재결을 하였다.

20 피고들은 위 재결에 따라 위 이 사건 주식의 가액을 주당 *****원으로 산정하는 등으로 위 각 부과처분의 세액을 감액하였고, 이에 따라 위 각 부과처분은 별지 2 목록 중 ‘잔존세액’란 기재 금액 부분만이 남아있다[이하 남아있는 부분(다만 별지 2 목록 순번 1의 부과처분은 이 사건 거래로 인한 **********원 부분 중 남아있는 부분인 ‘취소청구세액’란 기재 금액 부분)만을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다].

21 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12, 16호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 6, 10, 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

22 조사청은 이 사건 세무조사의 사전통지를 생략하면서 사전통지를 생략한 사유를 구체적으로 제시하지 아니하여 구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의7 제4항을 위반하였다. 이 사건 세무조사에는 위와 같은 절차상 하자가 존재하여 위법하므로, 이에 터 잡아 이루어진 이 사건 처분도 위법하다.

23 이 사건 사채의 손상차손 중 **억 원은 20** 사업연도에, **억 원은 20** 사업연도에 각 구 법인세법 제19조의2 제1항 , 구 법인세법 시행령(2017. 7. 26. 대통령령 제 28211호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조의2 제1항 제8호에 따른 대손금으로서 요건을 갖추었다. 따라서 이 사건 사채의 손상차손은 원고 법인의 20**, 20** 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 산입하여야 한다.

24 설령 이 사건 사채의 손상차손이 형식적으로 대손금 인정요건을 갖추지 못하여 손금에 산입될 수 없다고 하더라도, 이 사건 사채는 관련 사건 제1심판결 선고일 무렵 회수불능이 확정되었고, 조사청 및 피고들도 원고 법인의 순자산가액을 산정함에 있어 이 사건 사채 가액을 차감하였으므로, 마찬가지로 이 사건 사채도 순손익액에 차감 반영되어야 한다.

25 원고 AAA은 20**. *. **.경 가치가 *원인 이 사건 사채의 손상차손이 언젠가는 인식되어야 한다는 점 등을 고려하고, 원고 법인의 재산 유출을 최소화하며, 이사의 선관주의 의무 및 충실의무를 준수하여 업무상배임죄의 가능성을 차단하고자, 구 상증세법 및 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 5. 29. 대통령령 제28074호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다)이 정한 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 주식의 거래가액을 산정하면서, 이 사건 사채의 손상차손을 손금산입하여 이 사건 주식의 가액을 산정한 다음 이 사건 거래를 하였다. 이와 같이 이 사건 거래에는 경제적 합리성이 있으므로 원고 AAA에 대하여 소득세법 제101조 의 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 이 사건 처분 중 양도소득세 부과처분을 할 수는 없다.

26 원고 법인이 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 원고 AAA으로부터 이 사건 주식을 매수하지도 않았으므로, 원고 BBB에 대하여 구 상증세법 제45조의5 제1항 제2호를 적용하여 이 사건 처분 중 증여세 부과처분을 할 수 없다.

27 피고들이 순자산가액을 산정함에 있어 이 사건 사채를 0원으로 평가하였기 때문에 원고 법인이 위 사채를 순손익액에서 차감하여 이 사건 주식의 거래가액을 산정한 것이고, 이는 단순한 법률의 부지나 오해를 넘어 세법해석상 견해대립이 충분히 발생할 수 있는 쟁점에 해당한다. 따라서 적어도 원고들에게는 국세기본법상 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 인정되는바, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

3. 판단

가. 문단 22 기재 주장에 대하여

28 구 국세기본법 제81조의7 제1항 은 본문에서 “세무공무원은 세무조사를 하는 경우 조사대상자 에게 조사 시작 15일 전까지 조사대상 세목, 과세기간, 조사사유 등을 통지하여야 한다”고 규정하고 있고, 단서에서 “사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있다”고 규정하고 있으며, 같은 조 제4항은 “세무공무원은 제1항 단서에 따라 사전통지를 생략한 경우 세무조사를 개시할 때 사전통지 사항(제1호), 사전통지를 하지 아니한 사유(제2호) 등을 기재한 세무조사통지서를 조사대상자에게 교부하여야 한다”고 규정하고 있다.

29 이 사건에서 조사청이 증거인멸 등 우려가 있다는 이유로 이 사건 세무조사의 사전통지를 생략한 사실, 조사청이 20**. *. **. 이 사건 세무조사를 개시하면서 원고들에게 세무조사통지서를 교부하였는데 그 통지서에 사전통지를 하지 아니한 사유로서 “세무조사를 하기에 앞서 사전통지를 하고 있으나 귀하(귀사)에 대해서는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였습니다”라고만 기재되어 있는 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나 갑 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있다.

30 살피건대, 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제17호증, 을 제7 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음 사실 내지 사정에 비추어, 이 사건 세무조사 절차상 원고들이 주장하는 바와 같은 하자가 있다고 보기 어렵고, 설령 그러한 절차상 하자가 있다고 하더라도 이 사건 처분을 취소하여야 할 정도에 이른다고 보기 어렵다. 따라서 원고들의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

31 ① 세무조사의 사전통지는 납세자로 하여금 세무조사 전에 시간적 여유를 가지고 세무조사에 대비할 수 있도록 함으로써 납세자의 방어권 행사를 실질적으로 보장하기 위한 것에 주된 목적이 있다. 그런데 세무조사의 사전통지 생략 자체가 위법하지 않다면, 세무조사통지서에 ‘사전통지를 하지 아니한 사유’를 구체적으로 기재하지 않았다는 사정만으로 납세자가 세무조사에 대비할 시간적 여유를 가지지 못하여 그 방어권 행사에 실질적인 어려움이 발생한다고 보기는 어렵다.

32 ② 구 국세기본법 제81조의7 제4항 은 ‘사전통지를 하지 아니한 사유’를 어느 정도로 구체적

으로 밝혀야 하는지를 정하고 있지 않고, 이는 조사사무처리규정(국세청 훈령 제2021-2435호, 이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)도 마찬가지다.

33 ③ 이 사건 세무조사에 관한 세무조사통지서의 문구[세무조사를 하기에 앞서 사전통지를 하고 있으나 귀하(귀사)에 대해서는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였다]에 의하여 원고들은 세무조사의 사전통지가 원칙이나, 예외적 사유가 있어 세무조사의 사전통지를 생략하였다는 것을 충분히 알 수 있고, 국세기본법 제81조의7 제1항 단서의 내용을 확인하여 증거인멸 우려 등의 이유로 이 사건 세무조사의 사전통지를 생략하였 다는 것을 쉽게 알 수 있다.

34 ④ 이 사건 규정 제21조 제2항은 “조사관청이 사전통지를 생략하고 세무조사를 시작한 경우(같은 조 제1항 단서)에는 세무조사 시작 시 사전통지를 하지 않은 사유 등이 기재된 세무조사 통지(별지 제2호 서식)를 교부하여야 한다”고 규정한다. 위 서식에는 사전통지 미실시 사유를 구체적으로 기재하도록 되어 있지 않고, 단지 “세무조사를 하기에 앞서 사전통지를 하고 있으나 귀하(귀사)에 대해서는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였습니다”라고 부동문자로 기재되어 있을 뿐이다. 조사청이 원고들에게 위 서식에 기하여 세무조사 통지를 작성·교부하였다고 하여 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵다.

35 ⑤ 원고들은, 구 국세기본법 시행규칙(2025. 3. 21. 기획재정부령 제1122호로 개정되기 전의 것) [서식 54조의2] ‘세무조사 개시 통지’에서 ‘사전통지 미실시 사유 또는 연기된 조사를 긴급히 개시해야 하는 사유’를 구체적으로 기재하도록 되어 있음을 감안할 때, 이 사건 세무조사의 경우에도 사전통지 생략 사유를 구체적으로 고지하였어야 한다는 취지로 주장하나, 사후에 관련 규정이 개정되면서 사전통지 생략 사유를 종전보다 구체적으로 기재하도록 그 서식이 변경되었다고 하더라도 이러한 사정만으로 종전에 이루어진 세무조사가 소급하여 위법하게 된다고 볼 수는 없다.

36 ⑥ 이 사건 세무조사 개시 과정에서 원고들은 납세자권리헌장 등 수령 및 낭독확인서(을 제8호증)에 서명·날인하여 조사청에 교부하였는데, 위 확인서에는 ‘조사사유, 조사기간, 제81조의18 제1항에 따른 납세자 보호위원회에 대한 심의 요청사항·절차 및 권리구제 등 납세자 권익보호 절차에 대해 설명받았음을 확인합니다’라고 기재되어 있다. 원고들은 이 사건 세무조사 당시 조사청으로부터 조사사유나 권리구제 절차 등에 관하여 충분한 설명을 받은 것으로 보이고, 조사청이 원고들에게 “세무조사를 하기에 앞서 사전통지를 하고 있으나 귀하(귀사)에 대해서는 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 세무조사 사전통지를 하지 아니하였다”고 통보하였음은 앞서 인정한 바와 같은바, 오로지 사전통지를 하지 아니한 구체적 사유를 고지 받지 못하였다는 사정만으로 원고들의 방어권에 중대한 침해가 있다고 보기 어렵다.

나. 문단 23 기재 주장에 대하여

37 관련 법령 및 판례의 법리와 앞서 든 증거들, 을 제11호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음 사실 및 사정들에 비추어, 이 사건 사채는 구 법인세법이 정한 대손금의 요건을 충족하지 못한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

38 ① 구 법인세법 제19조의2 제1항 , 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제8호 는 채무자의 파산, 강제집행, 형의 집행, 사업의 폐지, 사망, 실종 또는 행방불명으로 회수할 수 없는 채권을 대손금의 하나로 정하고 있으며, 대손금은 해당 사유가 발생하여 손금으로 계상한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 한다고 규정하고 있다(같은 조 제3항 제2호). 법인세법상 대손금의 형태는 그에 대응한 청구권이 법적으로 소멸된 경우와 법적으로는 소멸되지 아니하였 으나 채무자의 자산상황, 지급능력 등에 비추어 자산성의 유무에 대하여 회수불능 이라는 회계적 인식을 한 경우로 구분할 수 있는데, 전자는 당연히 회수할 수 없게 된 것이므로 법인이 이를 대손으로 회계상의 처리를 하건 안 하건 간에 그 소멸된 날이 속하는 사업연도의 손금으로 산입되는 것이나, 후자는 채권 자체는 그대로 존재하고 있으므로 법인이 회수불능이 명백하게 되어 대손이 발생하였다고 회계상의 처리를 하였을 때에 한하여 당해 사업연도의 손금에 산입할 수 있다는 것이 판례의 법리이다(대법원 2002. 9. 24. 선고 2001두489 판결 등 참조).

39 ② ‘채무자의 사업의 폐지로 인하여 회수할 수 없는 채권’이라 함은 손금에 산입하는 사업연도에 채무자의 사업폐지로 인하여 그 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정된 채권을 의미하는바(대법원 2008. 7. 10. 선고 2006두1098 판결 등 참조), 채무자가 사업을 폐지하였다 할지라도 그 재산의 잔존 여부 등을 확정하지 않고는 그 채권의 전부가 회수불능의 채권으로서 대손금에 해당한다고 할 수도 없다(대법원 2005. 3. 10. 선고 2004두13158 판결 등 참조).

40 ③ 이 사건 사채에 관한 원고들의 주장이 문단 38 기재 2가지 유형의 대손금 중 후자의 경우에 관한 것임은 원고들의 주장 자체에 의하여 명백한데 , 원고들이 20**, 20** 사업연도에 이 사건 사채를 대손금으로 회계상 처리를 하였음을 인정할 증거가 없고, 원고들이 당시 CCCC 재산의 잔존 여부 등을 확정하였음을 인정할 만한 자료도 찾을 수 없다(원고들이 제출한 CCCC에 대한 20**년도 감사보고서만으로는 CCCC의 20**, 20** 사업연도의 잔존 재산 등을 확정할 수 없다). 더욱이 원고 법인이 20**. *. **. 20** 사업연도에는 **억 원, 20** 사업연도에는 **억 원 합계 **억 원을 손금 불산입하는 것으로 수정신고를 하였음은 문단 11에서 살펴본 바와 같고, 을 제11호증의 기재에 의하면 원고 법인은 20** 사업연도까지도 이 사건 사채를 만기보유증권(비유동)으로 분류하여 미실현손익인 손상차손으로 계상하였던 것으로 보인다.

41 ④ 원고들은 실질과세의 원칙 등을 근거로 원고 법인이 이 사건 사채의 회수불능을 인식하고 이를 손상차손으로 회계상 처리한 것이 실질적으로 대손으로 회계상 처리를 한 것이라는 취지라고도 주장하나, 이 사건 사채를 손상차손으로 회계상 처리하였다는 사정만으로 이를 실질적으로 대손으로 계상한 것이라고 평가할 수 없고, 아래 문단 42 이하에서 인정하는 사실 및 사정들에 비추어 보더라도 이 사건 사채가 20**, 20** 사업연도에서 ‘대손으로 회계처리를 하지 않았을 뿐이나 사실상 대손임이 객관적으로 확인되는 금액’에 해당한다고 보기도 어렵다.

다. 문단 24 기재 주장에 대하여

42 관련 법령 및 판례의 법리와 앞서 든 증거들에 의하여 인정할 수 있는 사실 및 사정들에 비추어 보면, 피고들이 상증세법이 정한 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식의 가치를 산정함에 있어 원고 법인이 20**, 20** 사업연도에 계상한 이 사건 사채의 손상차손 **억 원을 20**, 20** 사업연도 또는 20** 사업연도 손금에 산입하지 않은 것이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고들의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

43 ① 구 상증세법 시행령 제56조 제4항은 그 전문에서 1주당 순손익가치 산정의 기초가 되는 순손익액은 ‘ 법인세법 제14조 규정에 의한 각 사업연도 소득에 그 제1호의 규정에 의한 금액을 가산한 금액에서 그 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액’에의하도록 규정하고 있는데, 이는 당해 법인의 순자산을 증가시키는 수익의 성질을 가졌지만 조세정책상의 이유 등으로 각 사업연도 소득금액 계산 시 익금불산입된 금액 등(제1호)을 가산하고, 그와 반대로 당해 법인의 순자산을 감소시키는 손비의 성질을 가졌지만 역시 조세정책상의 이유 등으로 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금에 손금불산입된 금액 등(제2호)을 차감하여 ‘순손익액’을 산정함으로써 평가기준일 현재의 주식가치를 보다 정확히 파악하기 위한 것이다(대법원 2013. 11. 14. 선고 2011두22280 판결).

이에 관하여 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호는 “가. 당해 사업연도의 법인세액, 법인세액의 감면액 또는 과세표준에 부과되는 농어촌특별세액 및 지방소득세액. 나. 법인세법 제21조 제3호 및 제4호 및 동법 제27조에 규정하는 금액과 각 세법에서 규정하는 징수불이행 으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액, 다. 법인세법 제24조 부터 제26조까지, 같은 법 제28조의 금액 및 조세특례제한법 제73조 제3항 에 따라 기부금 손금산입 한도를 넘어 손금에 산입하지 아니한 금액, 같은 법 제136조의 금액, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 금액. 라. 법인세법 시행령 제32조 제1항 에 따른 시인부족액에서 같은 조에 따른 상각부인액을 손금으로 추인한 금액을 뺀 금액”을 차감해야 할 금액들로 규정하고 있는바, 자산의 평가손실( 법인세법 제22조 )은 위 ‘손비’의 성질을 가지는 금액들에서 제외되어 있다. 그렇다면 설령 원고 법인이 20**, 20** 사업연도에 계상한 이 사건 사채의 손상차손 합계 **억 원이 회계원칙에 따라 적정하게 계상된 것이라고 하더라도, 위 손상차손은 원칙적으로 손금산입 대상에서 제외된다고 보아야 한다.

44 ② 다만 판례는, 상증세법이 정한 보충적 평가방법에 의하여 증여재산인 비상장주식의 가액을 평가함에 있어 그 산정요소의 하나인 증여일 당시 당해 법인의 ‘순자산가액’에는 증여일 당시 회수불능인 채권은 포함시킬 수 없을 것이나, 채권의 회수불능은 증여세과세가액 결정에 있어 예외적인 사유에 속하는 것이므로 이러한 특별한 사유에 대한 증명책임은 이를 다투는 납세의무자에게 있고, 채권이 ‘총자산가액’에 포함시킬 수 없는 회수불능의 채권인지의 여부는 채무자의 재산상태, 자금조달능력, 사회적 신분, 직업 등 채무자의 변제능력과 회사의 경영상태, 채권의 발생원인, 액수, 시기 등 회사의 채권행사에 관련된 사정을 참작하여 결정하여야 한다고 판시하고 있는바(대법원 1990. 10. 26. 선고 90누2338 판결, 대법원 2007. 8. 23. 선고 2005두5574 판결 등 참조), 손금에 산입하는 사업연도에 채무자의 사업폐지 등으로 인하여 그 채권 전부의 회수불능 사실이 객관적으로 확정되었으나, 적시에 회계상 처리를 하지 않았다는 사정만으로 이를 순손익에서 차감할 수 없다고 한다면 주식가치가 과다하게 평가될 수 있으므로, 위 법리는 ‘순손익액’의 산정에도 적용될 수 있다고 봄이 상당하다.

45 이러한 법리에 비추어 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 인정한 증거들에 의하여 인정되는 다음 사실 내지 사정들, 즉 ⓐ CCCC는 관련 사건에서 20**. **. **. 반소를 제기하여 CCCC공사에 ***억 원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 구하였고, 비록 CCCC 패소 취지의 관련 사건 제1심판결이 20**. **. **. 선고되기는 하였으나, 이에 대하여 CCCC는 항소를 제기한 후 국내 최대의 법률사무소를 소송대리인으로 선임하여 적극적으로 응소하였고, 항소심에서 *회 이상의 변론, 감정 및 사실조회 그리고 수차례의 선고기일 연기를 거쳐 20**. *. **.에야 항소심 판결이 선고되었던 점, ⓑ 사업의 폐지 등으로 회수불능인 채권에 해당하기 위해서는 채무자의 재산이 존재하지 아니함이 객관적으로 확정되어야 할 것인데, 20**. **. **.경 CCCC 보유 재산의 잔존 여부가 객관적으로 확정되었다고 볼 자료가 없는 점, ⓒ 원고 법인은 이 사건 사채에 대하여 세무 조정을 통해 손금으로 일부 산입하였다가 20**. *. **. 수정신고를 통해 이 사건 사채 가액 전부를 손금 불산입(유보) 처리하여 최종적으로 각 사업연도 소득금액에 이를 반영한 사실이 없는데, 20**. **. **.경 이 사건 사채의 회수불능이 확정되었다면 원고 법인이 위와 같이 수정신고를 할 이유가 없었을 것인 점, ⓓ 원고법인은 이 사건 사채를 20** 사업연도에 이르러서야 제각한 것으로 보이는바, 20**. **. **.경 이 사건 사채의 회수불능이 확정되었다면 원고 법인이 장기간 동안 이를 대손처리하지 않다가 뒤늦게 제각할 이유가 없는 점, ⓔ 만연히 채권의 손상차손을 각 사업연도 손익에 반영하여 순손익액을 산정할 경우, 납세자가 손상차손 제도를 통하여 임의로 주식평가액을 조정하여 주식 가치를 왜곡시킬 위험성이 있고, 이러한 이유에서 세법이 대손에 관한 규정들을 별도로 두고 있으므로, 대손이 아닌 회수불능 채권의 인정 여부는 사업연도별로 엄격하게 판단함이 합당한 점 등을 종합하면, 원고들이 제출한 증거들만으로는 20**. **. **. 관련 사건 제1심판결의 선고로 이 사건 사채의 회수불능이 확정되었다고 보기는 어렵다.

46 ③ 조사청은 이 사건 세무조사를 하면서 원고 법인이 20**. *. **.(평가기준일)의 순자산가액 산정에서 이 사건 사채를 제외한 것을 수긍한 것으로 보인다(문단 14 참조, 피고들은 문단 5 기재 사정들에 비추어 이 사건 사채의 회수불능이 20**년경 확정되었다고 보았고, 따라서 20**. *. **.자 순자산가액 산정에서 이를 제외하였다고 주장한다). 그런데 상증세법이 정한 보충적 평가방법에 따라 이 사건 주식의 가액을 산정함에 있어서 순자산가치의 산정기준인 사업연도는 평가기준일이 속한 20** 사업연도가 되지만, 순손익가치의 산정기준인 사업연도는 20**, 20**, 20** 사업연도(평가기준일기준 최근 3년간)가 되므로, 20** 사업연도를 기준으로 이 사건 사채가 회수불능이라는 사정이 당연히 20**, 20**, 20** 사업연도의 순손익액의 차감으로 이어지는 것은 아니어서, 피고들이 원고 법인의 20**. *. **.자 순자산가액을 산정할 때 이 사건 사채를 제외한 것이 필연적으로 원고 법인의 20**, 20** 사업연도 순손익액 산정의 차감항목으로 반영되어야 하는 것은 아니다. 그렇다면 조사청이 이 사건 세무조사 당시 이 사건 사채액을 순자산가액의 산정에서 제외하면서도 20**, 20** 사업연도의 순손익액산정에서 차감하지 않았기에 이 사건 처분이 위법하다는 취지의 원고들 주장도 받아들 일 수 없다[이 사건 세무조사가 이루어진 20**년을 기준으로 볼 때, 수년 전에 관련사건에서 CCCC가 패소 확정되었고, CCCC의 재무상태에 관한 20** 사업연도 감사보고서(의견거절)가 이미 나와 있었으며, 피고들이 이 사건 사채액을 순자산가액의 산정에서 제외한 것은 원고들에게 유리한 사정이므로, 조사청이 이 사건 세무조사를 하면서 20**. *. **.(평가기준일) 당시 순자산가액의 산정에서 이 사건 사채를 제외하고, 피고들이 이를 수용한 것이 원고들에 대하여 부당하거나 위법하다고 평가할 수도 없다].

라. 문단 25 기재 주장에 대하여

47 소득세법 제101조 제1항 은 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고, 소득세법 시행령 제167조 제3항 제1호 는 소득세법 제101조 제1항 에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우” 중 하나로 “특수관계인에게 시가보다 낮은가격으로 자산을 양도한 때”를 정하면서, 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다고 규정하고 있다.

48 소득세법 제101조 제1항 에 정한 부당행위계산의 부인이란 거주자가 특수관계인과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 소득세법 시행령 제167조 제3항 각 호에 열거된 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적으로 타당해 보이는 양도소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 처지에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용된다. 그리고 경제적 합리성의 유무를 판단할 때에는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래형태에서는 통상 행하여지지 아니하는 것이라 하여 바로 경제적 합리성이 없다고 보아서는 아니 되며, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2017. 1. 25. 선고 2016두50686 판결 등 참조). 또한 부당행위계산은 일정한 특수관계자 사이의 일정한 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되면 족한 것이지 당사자에게 조세회피의 목적이 있거나 경제적 손실이 있어야 하는 것은 아니다(대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두1799 판결 등 참조).

49 위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거들의 기재 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음 사실 및 사정들, 즉 ① 원고 법인이 이 사건 사채의 손상차손을 대손금으로 회계처리하지 않았던 점, ② 원고 법인이 이 사건 사채의 손상차손을 20**, 20** 사업연도에 손금으로 산입하였다가 조사청의 해명 요구 이후 이 사건 사채의 손상차손이 20**, 20** 사업연도의 손금에 해당하지 않는다는 전제하에 20**. *. **. 위 손상차손을 손금불산입 유보로 조정하여 수정신고를 하였던 점, ③ 그럼에도 원고 AAA과 원고 법인은 보충적 평가방법에 의해 이 사건 주식의 가액을 산정함에 있어 재차 이 사건 사채의 손상차손을 20**, 20** 사업연도의 손금에 산입하여 순손익가치를 계산하였던 점, ④ 이 사건 거래 전후 원고 AAA의 자녀인 DDD과 원고 BBB의 원고 법인에 대한 지분율은 형식적으로는 각 **%로 변동이 없으나, 자기주식을 제외한 지분율은 각 **%에서 **%로 증가한 점, ⑤ 이 사건 사채의 손상차손의 순손익액 차감 여부에 따라 이 사건 주식의 총 거래가액이 **억 원 이상 차이 나는 점, ⑥ 원고 AAA이 이 사건 사채의 손상차손을 순손익가치에 반영할지 여부에 관하여 전문가에게 조언을 구하였다거나 회사 내부의 회의를 거치는 등 합리적인 정보를 토대로 이 사건 거래의 매매대금을 결정하였다고 볼 만한 자료도 없는 점 등을 종합하면, 원고 법인과 원고 AAA이 이 사건 주식의 시가보다 낮은 금액을 매매가액으로 하여 한 이 사건 거래는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것에 해당한다고 봄이 상당하다.

마. 문단 26 기재 주장에 대하여

50 구 상증세법 제45조의5 제1항은 “특정법인의 주주 등과 대통령령으로 정하는 특수관계에 있는 자가 그 특정법인과 제2항에 따른 거래를 하는 경우에는 거래를 한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 주주 등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 주주 등이 증여받은 것으로 본다”고 규정하고, 제2항은 제2호에서 ‘재산이나 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 현저히 낮은 대가로 양도·제공하는 것’을 규정하고 있다. 그리고 같은 조 제3항은 “제1항에 따른 증여일의 판단, 특정법인의 이익의 계산, 현저히 낮은 대가와 현저히 높은 대가의 범위 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다”고 규정하고 있다. 구 상증세법 시행령 제34조의5 제7항은 “법 제45조의5 제2항 제2호 및 제3호에서 ‘현저히 낮은 대가’ 및 ‘현저히 높은 대가’란 각각 해당 재산 및 용역의 시가와 대가(제6항 제2호에 해당하는 경우에는 출자한 재산에 대하여 교부받은 주식등의 액면가액의 합계액을 말한다)와의 차액이 시가의 100분의 30 이상이거나 그 차액이 3억 원 이상인 경우의 해당 가액을 말한다”고 규정하고 있다.

51 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음 사실 및 사정들, 즉 ① 원고 BBB의 이 부분 주장은 이 사건 주식의 시가를 산정함에 있어 이 사건 사채의 손상차손을 순손익가치에 차감 반영하여야 한다거나 이 사건 거래가 경제적 합리성이 있음을 전제로 하는 것인데 앞서 판단한 바와 같이 이를 인정할 수 없는 점, ② 보충적 평가방법에 따라 산정한 이 사건 주식의 시가는 주당 *****원인데, 원고 법인과 원고 AAA이 그 시가의 약 **% 수준인 주당 *****원을 이 사건 거래의 매매가액으로 삼은 점, ③ 이로 인해 원고 AAA이 시가보다 **억 원[(주당 *****원 – 주당 *****원) × *****주 = ********원] 이상 적은 금액을 이 사건 거래의 매매대금으로 삼은 점 등에 비추어 보면 원고 법인은 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 원고 AAA으로부터 이 사건 주식을 매수하였다고 봄이 타당하다.

바. 문단 27 기재 주장에 대하여

52 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두4689 판결 등 참조). 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).

53 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음 사실 및 사정들, 즉 ① 원고 법인이 조사청의 해명 요구에 이 사건 사채의 손상차손을 손금 불산입(유보)으로 수정신고 하였고, 달리 위와 같은 조사청의 해명 요구에 대하여 원고들이 이의를 제기하였다거나 이의를 유보한 채 수정신고하였다고 볼 자료가 없는 점, ② 원고들이 이 사건 주식의 교환가치를 산정함에 있어 전문기관에 의뢰를 하는 등 합리적인 정보를 토대로 이 사건 거래의 매매대금을 결정하였다고 볼 자료가 없는 점, ③ 이 사건 사채의 회수불능 여부를 판단하는 기준 및 이를 대손금 내지 비상장주식의 교환가치를 판단함에 있어 반영하여야 하는지 여부 등에 관하여 세법해석상 의의((疑意)로 인한 견해의 대립이 있다고 볼 자료가 없는 점, ④ 앞서 본 바와 같이 상증세법과 법인세법은 비상장주식의 보충적 평가방법에 관하여 상세하고 명확하게 규정하고 있는 점등을 종합하면, 원고들이 주장하는 사정들은 법령의 부지·착오 등에서 비롯된 것으로 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

4. 결론

54 그렇다면 원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하여야 한다.

제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 피고들에 대한 항소는 이유 없어 이를 모두 기각한다.