출자자의 제2차납세의무

원고는 제2차 납세의무자인 과점주주에 해당하여 법인이 체납한 부가가치세 등에 대하여 제2차 납세의무를 부담한다고 봄이 상당함

사 건

2025구합61009 제2차납세의무자지정처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 22.

판 결 선 고

2026. 7. 8.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. XX. XX., 2023. XX. XX. 원고를 주식회사 BBBB의 제2차 납세의무자로 지정하여 한 별지 목록 기재 각 부과 처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 BBBB(이하 ‘이 사건 법인’라 한다)는 데이터센터 운영 및 위탁 운영 사업 등을 목적으로 2022. XX. XX. 설립된 회사이다.

나. 원고는 이 사건 법인의 설립 당시 이 사건 법인의 사내이사이자 대표이사로 취임한 것으로 등기되어 있고, 2023. XX. XX. 공동대표규정설정에 따라 공동대표이사가 된 것으로 등기되어 있다.

다. 이 사건 법인이 사업자등록 시 제출한 주주명부에는 원고가 이 사건 법인의 보통주 10,000주를 전부 보유한 것으로 등재되어 있고, 2022 사업연도 법인세 신고 시 제출한 주식변동상황명세서에도 원고가 단독 주주로 등재되어 있었다.

라. 이 사건 법인은 별지 목록 기재와 같이 국세 합계 XXX,XXX,XXX원을 납부하지 아니하였고, 이에 피고는 이 사건 법인이 납부하지 아니한 세액의 납세의무 성립일 기준으로 원고가 과점주주라고 판단하여, 2023. XX. XX. 및 2023. XX. XX. 원고를 제2차납세의무자로 지정하고 원고에게 별지 목록 기재와 같이 위 체납세액 전액을 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. XX. XX. 이의신청을 거쳐 2024. XX. XX. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. XX. XX. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

원고와 CCC, DDD, EEE, FFF은 주식회사 GGGG(이하 ‘기존 법인’이라 한다)의 경영 위기를 타개하고자 이 사건 법인을 공동으로 설립하여 운영하기로 합의하였는데, 이 과정에서 CCC은 개인사정으로 주주나 투자자로서의 지위는 갖지 않기로 하였고, 이 사건 법인의 지분 중 원고가 40%를, DDD, EEE, FFF이 각 20%를 갖는 것으로 최종 합의하였다. 따라서 원고는 실질 지분율이 40%로서 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당하지 않으므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 관계 규정 및 관련 법리

국세기본법 제39조 본문은 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고, 제2호에서 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 ‘과점주주’라 한다)을 규정하고 있다.

과점주주에 해당하는지 여부를 판단함에 있어, 과세관청은 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 주식의 소유사실을 증명할 수 있으나, 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없다. 다만, 위와 같이 주주명의와 실질이 일치하지 않는다는 사정은 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 등 참조).

한편, 국세기본법 제39조 제2호 가 정하는 과점주주의 요건 중 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사‘한다는 것은 주주가 해당 법인의 경영에 관하여 사실상 구속력 있는 결정이나 지시를 할 수 있는 지배의 근거를 갖추고 그에 따른 지배적인 영향력을 계속적으로 행사하는 것을 의미한다(대법원 2021. 3. 25. 선고 2016도14165 판결의 취지 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거들 및 갑 제5 내지 7, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 및 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 법인이 납부하지 아니한 별지 목록 기재 각 세액의 납세의무 성립일 기준으로 이 사건 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하는 주식을 소유하면서 그 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주에 해당한다고 봄이 타당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 법인이 사업자등록 시 제출한 주주명부 및 2022 사업연도 법인세 신고시 제출한 주식변동상황명세서에는 원고가 이 사건 법인의 지분 100%를 보유한 단독 주주로 등재되어 있다. 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 특별한 사정이 없는 한 회사에 대한 관계에서 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있고(대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 판결 등 참조). 이러한 지위에 있는 원고는 이 사건 처분의 전 과세기간 동안 그가 소유한 주식에 기초하여 실질적으로 권리를 행사할 수 있었다고 보인다. 이에 더하여, 법인등기부등본에 원고가 이 사건 법인의 설립 당시부터 계속하여 이 사건 회사의 사내이사이자 대표이사 또는 공동대표이사로 등재되어 있고, 제출된 증거들 중 이 사건 법인의 명의로 된 서면에는 전부 원고가 대표이사 또는 공동대표이사로 기명날인한 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 법인의 경영에 관하여 사실상 구속력 있는 결정이나 지시를 할 수 있는 지배의 근거를 갖추고 그 의사결정에 관여하여 왔다고 볼 수 있다.

2) 이 사건 법인의 자본금 XX,XXX,XXX원은 전액 원고 명의로 지급되었다. 이에 대하여 원고는 이 사건 법인의 자본금의 실질적 출처는 공동 투자금으로서 기존 법인이 2022. XX. XX. 원고의 계좌로 반환한 XX,XXX,XXX원 중 일부가 이 사건 법인의 자본금으로 납입된 것이라 주장하나, 기존 법인에서 2022. XX. XX. 원고의 계좌로 이체된 금액과 이 사건 법인의 자본금이 차이나는 이유, 기존 법인의 계좌에 이체한 금액이 원고 X,XXX,XXX원, DDD XX,XXX,XXX원, EEE XX,XXX,XXX원, FFF XX,XXX,XXX원으로서 원고가 주장하는 이 사건 법인의 각 지분율과 동일하지 않은 이유, CCC이 원고나 FFF보다 많은 XX,XXX,XXX원을 기존 법인의 계좌에 이체하였으면서도 공동투자에 참여하지 않은 이유 등에 관하여 원고가 납득할 만한 설명이나 증거 제출을 하지 못하고 있는 점에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 그대로 믿기 어렵다.

3) 원고는 조세심판원의 심판 과정 및 이 사건 소장에서는 자신이 실질적으로 보유한 이 사건 법인 지분이 20%라고 주장하면서 CCC, DDD, EEE, FFF과의 2022. XX. XX.자 공동투자계약서(갑 제5호증, 제2조에 의하면 원고, CCC, DDD, EEE, FFF 5인이 각각 20%의 지분으로 이 사건 법인의 자본금을 X천만 원으로 하여 설립하되, 신속한 법인 설립을 위하여 우선 공동투자자 대표인 원고에게 보통주 10,000주를 전부 배정하고, 법인설립 후 원고에게 배정된 주식을 CCC, DDD, EEE, FFF에게 각각 2,000주씩 이전하기로 되어 있다)를 제출하였다. 그러나 위 공동투자계약서에는 CCC의 서명 또는 날인이 되어 있지 않았고, 피고가 이를 지적하자 원고는 CCC을 제외한 나머지 4인이 위 계약서에 서명한 이상 이들 4인이 각 20% 지분씩 갖기로 합의한 사실이 증명된다는 취지로 주장을 변경하였다. 이에 피고가 나머지 지분 20%의 행방을 알 수 없고 기존 법인의 자금 반환을 통한 공동투자에 참여하지 않았다는 CCC이 기존 법인의 계좌에 XX,XXX,XXX원을 이체하였다고 지적하자, 원고는 CCC이 개인적인 사정으로 주주나 투자자로서의 지위는 갖지 않기로 하고 원고가 지분 40%를 갖기로 합의하였다는 취지로 주장을 재차 변경하였다. 원고 주장과 같이 공동투자계약의 핵심적 사항인 당사자와 지분율에 변경이 있었다면 변경된 내용으로 처분문서를 다시 작성하는 것이 통상적이라 할 것임에도 원고는 변경된 합의가 구두로 이루어졌다고 주장하면서 그 처분문서를 제출하지 못하고 있다. 이러한 사정들을 고려할 때 위 공동투자계약서나 원고의 위 구두 변경 합의 주장은 모두 믿기 어렵다.

4) 원고는 DDD, FFF, EEE에게 이 사건 법인의 주식 각 2,000주씩 양도하는 형식으로 명의개서 절차를 이행하였다고 주장하면서 2023. XX. XX.자 주식매매계약서를 제출하였으나, 원고가 2022 사업연도 법인세 신고 시 제출한 주식변동상황명세서에 원고가 단독 주주로 등재되어 있었던 점, 원고가 위 주식매매계약서에 첨부한 원고의 인감증명서 발급일자(2023. XX. XX.) 및 국세청에 증권거래세 신고를 한 시점(2023. XX. XX.)은 모두 이 사건 처분이 이루어진 이후인 점을 앞서 본 사정들과 함께 고려할 때, 위 주식매매계약서나 원고의 위 명의개서 관련 주장도 믿기 어렵다.

5) 원고는 조세심판 과정에서 이 사건 법인이 여러 사람의 투자를 받아 2023. XX. XX. 유상증자(증가주식주 X,XXX주, 증가자본금 XX,XXX,XXX원)를 하였는데 그때도 원고 단독 명의로 주주신고가 된 사정이 있다고 주장하면서 증자대금 납입내역 등을 제출하였으나, 원고가 주장하는 증자대금의 납입 시기가 유상증자 2~3개월 전이고 그 납입액수 합계가 X,XXX,XXX,XXX원으로 위 증가자본금과 상당한 차이가 있는 점을 앞서 본 사정들과 함께 고려할 때, 원고의 위 주장 역시 그대로 믿기 어렵다 설령 위 유상증자에 따라 증가된 주식수 X,XXX주가 원고 소유가 아니라고 보고 이를 더하여 보더라도 원고의 지분율은 XX.X%(= 10,0000주 ÷ XX,XXX주)로서 50%를 초과한다.

다. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.