이 사건 거래는 투자금의 반환으로 봄이 상당한 정도로 증명되었고, 장기부과제척기간 적용은 적법함

(1심 판결과 같음)이 사건 거래의 실질은 영업권의 거래가 아닌 투자금의 반환으로 봄이 상당한 정도로 증명되었고,원고는 이 사건 거래의 실질은 용역비가 아님이 명백함에도 이 사건 거래를 용역비인 것처럼 허위로 기재한 1,2차 합의서 및 이 사건 세금계산서를 수취한 점, 이후 1부가세 확정신고 시 관련 자료로 위와 같이 허위의 내용이 기재된 합의서와 출금 내역을 제출한 점 등을 비추어 보면 장기부과제척기간 적용은 달리 잘못이 없음

사 건

2026누10008 부가가치세등부과처분취소

원고, 항소인

㈜A

피고, 피항소인

○○세무서장

제1심 판 결

대구지방법원 2025. 12. 18. 선고 2025구합20585판결

변 론 종 결

2026. 4. 24.

판 결 선 고

2026. 5. 29.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2024. ○. ○. 원고에게 한 2016년 제2기분 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함), 2017년 제1기분 부가가치세 000,000,000원(가산세 포함), 2017 사업연도분 법인세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 B(이하 ‘B’라 한다)로부터 2016. ○○. ○. 품목 용역비, 공급가액 380,000,000원, 세액 38,000,000원인 세금계산서를, 2017. ○. ○○. 품목 용역비, 공급가액 1,780,000,000원, 세액 178,000,000원인 세금계산서(이하 순서대로 ‘이 사건 제1세금계산서’, ‘이 사건 제2세금계산서’라 하고, 통틀어 ‘이 사건 각 세금계산서’라 하며, 관련 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다)를 각 발급받았다.

나. 원고는 이 사건 각 세금계산서의 내용대로 2016년 제2기분 및 2017년 제1기분 각 부가가치세 신고·납부 당시 위 각 세액에 대한 매입세액 공제를 받고, 2016 사업연도분 및 2017년 사업연도분 각 법인세 신고·납부 당시 위 각 공급가액을 손금에 산입하였다.

다. 피고는 이 사건 각 세금계산서의 품목 기재(용역비)와 달리 이 사건 거래를 투자금의 반환 거래로 보아 이 사건 각 세금계산서의 각 매입세액 공제를 배제하고 각 공급가액을 손금에 불산입하여 2024. ○. ○. 원고에게 2016년 제2기분 부가가치세 00,000,000원(부당과소신고가산세, 납부불성실가산세 포함), 2017년 제1기분 부가가치세 000,000,000원(부당과소신고가산세, 납부불성실가산세 포함), 2017 사업연도분 법인세 000,000,000원(일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세 포함)을 부과(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)하였다.1)

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 처분사유 부존재 주장: 이 사건 거래는 B와 원고 사이의 영화관위탁운영계약에 따른 용역의 공급 거래 내지 영화관 영업권의 양도 거래로서 부가가치세 과세대상이므로 이 사건 각 세금계산서의 각 세액은 매입세액 공제대상이고, 각 공급가액은 용역비 내지 영업권의 양도대가로서 손금에 산입되어야 한다.

2) 부과제척기간 도과 주장: 원고는 이 사건 거래에 관하여 사기나 그 밖의 부정한 행위를 하지 않았고, 조세부과 및 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하지도 않았다. 이에 2016년 제2기 및 2017년 제1기 각 부가가치세, 2017 사업연도분 법인세에 관하여 10년이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용됨에도, 이 사건 각 처분은 그 5년의 부과제척기간 도과 후에 이루어졌다.

나. 인정사실

이 법원이 여기에 적을 이유는 제1심판결 제4면 아래에서 제4행부터 제9면 아래에서 제6행까지 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

다. 처분사유 부존재 주장에 대한 판단

1) 관련 법리

납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 또한 필요경비나 손금에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 부가가치세법 제4조 제1호 는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 부가가치세 과세대상으로 정하고 있다. 그리고 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19조는 제1항에서 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고 규정하면서, 제2항에서 ‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 규정하고 있다.

나) 앞서 본 인정사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 각 사정을 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 세금계산서 기재와 달리 이 사건 거래가 용역의 공급 거래가 아니라는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수 있다. 원고가 제출한 증거만으로는 이 사건 거래가 용역의 공급 거래 내지 영업권의 양도 거래에 해당한다거나 이 사건 거래에 따라 원고가 B에 지급한 돈이 용역비 내지 영업권의 양도대가에 해당한다고 보기 어렵다. 오히려 이 사건 거래는 투자금의 반환 거래로 인정할 수 있으므로, 이 사건 거래가 부가가치세 과세대상인 재화 또는 용역의 공급 내지 재화의 수입에 해당한다거나 관련하여 지출된 돈이 손실 또는 비용으로서 손금에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

(1) 1차 합의서와 2차 합의서, 이와 관련된 B의 2016. ○. ○. 자, 2016. ○○. ○. 자 각 주주총회 의사록 등에 이 사건 각 세금계산서의 각 공급가액 상당의 돈이 원고의 B에 대한 이 사건 영화관 위탁운영에 대한 용역비라는 취지의 기재가 있고, 위 각 세금계산서의 품목란에 ‘용역비’라는 기재가 있기는 하다. 그런데 B가 2012. ○. ○○. C와 이 사건 영화관 위탁경영계약을 체결하였다가 이후 위 위탁경영계약이 해지되고, 원고가 2012. ○○. ○○. C와 이 사건 영화관 위탁경영계약을 체결하였다. 원고가 종전에 B에 이 사건 영화관을 운영할 수 있는 권리를 부여하였다고 하더라도 그 법률관계의 형태가 다양할 수 있는데(예컨대 원고가 B에 이 사건 영화관의 운영을 위탁하고 용역비를 지급하는 방식 외에도 원고가 B에 이 사건 영화관의 운영권을 부여하고 그 운영권 부여의 대가를 지급받는 방식도 가능하다), 종전의 법률관계가 원고가 B로부터 어떠한 용역을 공급받고 B에 용역비를 지급하는 형태였다고 볼 만한 자료가 부족하다. 위 각 합의서나 위 각 주주총회 의사록 등과 이 사건 각 세금계산서는 B의 원고에 대한 용역 제공 여부가 문제되는 시기가 아니라 사후적으로 작성된 것에 불과하며, 실제로 원고가 B로부터 용역을 공급받았다고 볼 만한 자료가 없다. 원고 스스로도 제1심에서 이 사건 거래가 용역의 공급 거래가 아니라 영업권의 양도 거래라고 주장하였다. 이 사건 거래가 용역의 공급 거래가 아니라는 점이 상당한 정도로 증명되었다.

(2) 원고와 B는 2012년경 이 사건 영화관의 영업권에 관한 양도계약을 체결한 바 없고, B는 사업기간 동안 이 사건 각 세금계산서 외에 다른 세금계산서를 발행하거나 수취한 사실이 없으며, B가 이 사건 영화관을 운영한 것으로 볼 만한 인건비 및 경비 지급내역이나 신고 내역도 존재하지 않는다. 또한 B가 2012. ○. ○○. C와 이 사건 영화관의 위탁경영계약을 체결한 사실은 있으나 이후 위 위탁경영계약이 해지되고, 원고가 2012. ○○. ○○. C와 이 사건 영화관 위탁경영계약을 직접 체결하였으며, 2013. ○. ○.경부터는 C가 이 사건 영화관을 직영으로 운영하였으므로 이 사건 각 세금계산서 발급 무렵에는 B가 이 사건 영화관에 대한 영업권을 가지고 있지 않았다. 결국 원고와 B 사이에 2012년경 내지 이 사건 각 세금계산서 발급 무렵 이 사건 영화관의 영업권에 대한 양도 거래가 존재한다고 보기 어렵다.

(3) 원고의 주장은 B가 원고와의 관계에서 이 사건 영화관을 운영할 수 있는 권리를 가지고 있었는데 원고가 관련 계약을 이행하지 않음으로써 B가 원고로부터 받을 수 있었던 용역비 내지 B가 상실하게 된 이 사건 영화관의 영업권 상당의 금액을 원고가 이 사건 각 세금계산서 발급 무렵에 B에 손해배상으로 지급한 것이라는 취지로 읽히기도 한다. 그런데 원고의 주장을 이와 같이 보는 경우에는 주장 자체로 재화 또는 용역의 공급이 있다고 보기 어려우므로, 이 사건 각 세금계산서에 관한 매입세액 공제가 허용되지 않는다. 또한 B가 원고로부터 받을 수 있었던 용역비 내지 B가 상실하게 된 이 사건 영화관의 영업권 상당의 금액이 1차 합의서 기재 금액인 00억 0,000만 원이나 2차 합의서 기재 금액 내지 이 사건 각 세금계산서의 각 공급가액 합계액인 00억 0,000만 원에 달하였다고 볼 만한 자료를 찾아볼 수 없다. 만일 B가 원고에 대하여 영업권 상실로 인한 손해배상채권을 가지는 것이었다면, 일반적으로 B와 원고 사이의 그 구체적인 금액 산정을 위한 협의 등이 이루어졌을 것으로 보이는데 그러한 협의 등이 이루어졌다고 볼 만한 자료도 존재하지 않는다. 따라서 원고가 B에 지급한 이 사건 각 세금계산서의 각 공급가액 상당의 돈을 손해배상금으로 볼 수 없으므로, 위 돈을 손비로 보아 손금에 산입할 수도 없다.

(4) B는 2012. ○. ○○. 원고에게 필요한 자금을 보충하거나 원고를 운영하기 위하여 설립된 회사이다. 여기에 B가 2012. ○. ○○. C와 이 사건 영화관의 위탁경영 계약을 체결한 점 등을 고려하여 보면, B는 자신이 이 사건 영화관을 운영하는 것을 전제로 원고에게 필요한 자금(투자금)을 보충하기로 하였던 것으로 보이므로, 원고와 B 사이에 이 사건 영화관 운영에 관한 계약이 해지된 상황에서 원고가 B에 그 투자금을 반환하는 것이 이례적이지는 않다. 또한 B의 2016. ○. ○. 자 주주총회 의사록에 따르면, 원고와 B는 B가 이 사건 각 세금계산서 발급 무렵 대표이사이던 D에게 변제하여야 할 가수금 채무가 00억 0,000만 원이라는 이유로 1차 합의 당시 원고가 B에 지급해야 할 돈을 00억 0,000만 원으로 산정하였던 것으로 보이는바, 원고와 B는 B의 D에 대한 위 가수금 채무를 정리하기 위하여 구체적 금액 산정 없이 B가 원고에게 투자하였던 돈 중 00억 0,000만 원을 반환하기로 한 것으로 보인다.

라. 부과제척기간 도과 주장에 대한 판단

가) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호에서 상속세·증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 국세의 부과제척기간을 ‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하고, 제47조 제2항 본문은 ‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목(稅目)으로 한다’고 규정하고 있다. 위 규정들의 문언과 체계, 입법 취지 및 본세와 가산세의 관계 등에 비추어 보면, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용되는 ‘국세’에는, 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등도 포함된다고 보아야 한다(대법원 2025. 3. 13. 선고 2024두54935 판결 등 참조).

나) 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항은 ‘사기나 그 밖의 부정행위란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다’고 정하고 있으며, 조세범 처벌법 제3조 제6항 은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다’고 규정하면서 제1호에서 ‘이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장’, 제2호에서 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’, 제3호에서 ‘장부와 기록의 파기’, 제4호에서 ‘재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐’, 제7호에서 ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위’ 등을 들고 있다. 구 국세기본법 제26조 의 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결, 대법원 2021. 12. 30. 선고 2021두33371 판결 등 참조).

가) 앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 원고가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 말하는 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 것으로 볼 수 있다. ① 원고와 B는 이 사건 거래가 용역의 공급이 아님에도 이 사건 거래가 용역의 공급 거래인 것처럼 1차 합의서나 2차 합의서를 작성하였다. ② 원고는 B로부터 품목이 용역비로 되어 있는 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다. ③ 이를 근거로 원고는 2016년 제2기분, 2017년 제1기분 각 부가가치세, 2017 사업연도분 법인세를 과소신고하였다. ④ 위와 같은 원고의 행위들은 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만드는 적극적 행위로 평가할 수 있다.

나) 나아가 원고가 위와 같이 허위로 이 사건 각 세금계산서의 각 공급가액 상당액을 손금산입하여 2017 사업연도분 법인세를 과소신고하여 납부하였던 이상, 원고는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 법인세를 포탈하였고 원고에게는 위 법인세에 관해 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었던 것으로 볼 수 있다.

또한 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정, 즉 ① B는 2012. ○. ○○. 원고에게 필요한 자금을 보충하거나 원고를 운영하기 위하여 설립된 회사로 별다른 수입이 없었던 회사인 점, ② B는 2014. ○. ○○. 폐업신고를 하였다가 이 사건 각 세금계산서 발급을 앞 둔 2016. ○. ○○.에서야 다시 사업자등록을 신청하여 개업하였으며 2017. 12. 31. 대표자의 연락두절 등으로 직권폐업처리되었는데 그 기간 중 이 사건 각 세금계산서 외의 세금계산서를 발급하거나 수취하지 않은 점, ③ B가 이 사건 제1세금계산서에 관한 부가가치세를 납부하기는 하였으나 피고가 이와 관련된 B의 부가가치세를 감액경정하였고, B는 이 사건 제2세금계산서에 관한 부가가치세를 납부하지 않았던 점 등에 비추어 보면, 원고는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세인 부가가치세를 환급·공제받았고 원고에게는 위 부가가치세에 관해 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었던 것으로 볼 수 있다. 따라서 이 사건 각 처분에 관하여는 구 국세기본법 제26조 의 제1항 제1호가 정하고 있는 10년의 부과제척기간이 적용되고, 과세기간이 2016년 제2기, 2017년 제1기, 2017 사업연도인 이 사건 각 처분은 2024. ○. ○.에 내려졌으므로 그 부과제척기간이 도과하지 않았음이 역수상 명백하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없어 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.