시가 산정의 기준이 되는 매매계약일이 언제인지

원고가 원고의 특수관계법인에게 쟁점 토지를 양도한 것은 소득세법 제101조 부당행위계산에 해당하고, 그 시가 산정의 기준이 되는 매매계약일은 원고가 당초 신고와는 다르게 주장하는 매매계약서가 진정문서라는 입증을 하지 못하는 이상 검인계약의 매매계약일을 따라야 함

사 건

2024구합24981 양도소득세부과처분취소

원 고

피 고

B세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 15.

판 결 선 고

2026. 5. 27.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. ○. ○. 원고에 대하여 한 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 부과처

분을 취소한다.

이 유

1. 인정사실

가. 원고와 K축산 사이의 토지 거래

1) 원고는 2021. ○. ○. 원고의 아버지인 C가 1인 주주이자 대표이사로 있는 농업회사법인 K축산 주식회사(이하 ‘K축산’이라 한다)에게 D-1, 답 같은 리 D-2, 같은 리 D-3 답 및 같은 리 D-4 전 총 4필지의 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 합계 000,000,000원에 일괄 양도하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매’라 한다)을 체결하였다.

2) K축산은 2021. ○. ○○. 이 사건 토지에 관하여 2021. ○. ○. 매매를 등기원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.

3) 원고와 K축산은 2024. ○. ○. 위 소유권이전등기의 등기원인 일자를 2020. ○. ○○.로 정정하는 소유권경정등기를 마쳤다.

나. K축산과 Y, Y-2 사이의 토지 거래

1) K축산은 2021. ○. ○. Y, Y-2(이하 ‘Y 등’이라 한다)에게 이 사건토지 중 D-4㎡을 제외한 3필지 합계 9,950㎡(이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다)를 0,000,000,000원에 일괄 양도하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

2) Y 등은 2021. ○. ○○. 이 사건 쟁점토지에 관하여 자신들 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

다. 원고와 S 사이의 토지 거래

원고는 2020. ○. ○○. S으로부터 F-1 과수원, 같은 리 F-2 답, 같은 리 F-3 답, 같은 리 F-4 답(이하 위 각 부동산을 ‘대토농지’라 한다)를 매수한 후 2021. 3. 3. 대토농지에 관하여 2021. ○. ○. 자 매매를 등기원인으로 하여 소유권이전등기를 경료하였다.

라. 이 사건 매매에 관한 양도소득세 신고 및 이후의 경과

1) 원고는 2021. ○. ○○. 이 사건 토지 중 D-1에 대하여만 양도가액을000,000,000원으로, 납부할 세액을 00,000,000원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 예정신고를 하였다가, 2021. ○. ○○. 이 사건 토지 전부에 대하여 양도가액을 000,000,000원으로 하고 농지대토에 대한 감면을 적용하여 양도소득세 수정신고를 하였다.

2) ○○지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 원고가 특수관계인인 K축산에게 이 사건 쟁점토지를 시가보다 현저히 낮은 가격으로 양도하여 그 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 보아, 소득세법 제101조 , 같은 법 시행령제167조 제4항에 따라 이 사건 토지의 양도가액을 000,000,000원이 아니라0,000,000,000원(이 사건 쟁점토지 가액 0,000,000,000원 포함)이라고 보고 이 사건 토지는 양도당시 축사 부지로 공사 중이었기 때문에 경작에 사용되는 농지로 볼 수 없어 농지대토에 대한 감면을 부인하여, 2023. ○. ○○. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세000,000,000원을 부과할 것이라는 내용의 세무조사결과 통지를 하였다.

3) 원고는 이에 불복하여 2023. ○. ○○. 과세전적부심사청구를 제기하였으나, 2023. ○. ○○. 불채택 결정됨에 따라 ○○지방국세청장은 2023. ○. ○. 피고에게 비사업용토지에 대한 중과세율 적용 등에 대한 부분을 직권 시정하여 2021 귀속 양도소득세 경정결의서(안)(양도세액 000,000,000원)를 통보하였다. 피고는 위 통보에 따라 2023. ○. ○.원고에게 2021년 귀속 양도소득세 000,000,000원을 결정고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

4) 다시 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. ○. ○. 이의신청을 거쳐 2023. ○○. ○○. 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. ○. ○○. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 8 내지 10호증, 을 제1 내지 5, 8, 10호증의 각

기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지 및 이 사건의 핵심 쟁점

가. 원고 주장의 요지

이 사건 매매는 최초 등기 당시 매매일인 2021. ○. ○.이 아니라, 2024. ○. ○. 경정등기에 기재된 2020. ○. ○○.에 이루어졌기 때문에 2020. ○. ○○.을 기준으로 보아야 한다.

또한 원고가 S으로부터 대토농지를 매수한 시기도 등기사항전부증명서에 기재된 2021. ○. ○.이 아니라 2020. ○. ○○.인데, K축산은 이 사건 매매를 2021. ○. ○○.체결한 후에 매수대금을 원고에게 직접 지급하지 않고, 대토농지의 매도인인 S에게 단축급부로 바로 지급하였고, K축산은 S에게 추가로 돈을 이체하거나 원고명의의 근저당권 설정 채무를 대신 변제하는 방법 등으로 대토농지 대금을 지급함으로써 이 사건 매매대금을 지급하였다. (원고는 이 사건 매매의 등기원인일을 2021. ○. ○.로 한 이유는 이 사건 매매신고를 위하여 찾아간 법무사 사무실에서 부동산매매계약은 결일로부터 30일 이내에 신고를 하지 않으면 과태료가 부과되니, 2021. ○. ○. 자 매매계약서를 허위로 작성할 것을 권유받아 그와 같이 작성한 것이라고 주장한다).

따라서 이 사건 매매가 실제로 이루어졌던 2020. ○. ○○.을 기준으로 하면, K축산과 Y 등 사이의 2021. ○. ○. 자 이 사건 쟁점토지 거래는 그로부터 3개월을 초과하므로, 0,000,000,000원은 이 사건 처분의 근거가 되는 시가라고 볼 수 없다. 따라서 위 금액을 시가로 보아 이 사건 매매가 특수관계인 사이의 저가양도임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 이 사건의 핵심 쟁점

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이되지 못하는 사정을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 참조).

앞서 본 사실관계에 의하면, 피고는 이 사건 쟁점토지 등기사항전부증명서상 이 사건 매매일이 2021. ○. ○.인 것을 보고 이 사건 처분에 이른 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 처분은 일응 적법하고, 이에 반대되는 사정은 원고가 증명하여야 한다.

결국 이 사건의 핵심 쟁점은 원고가 2024. ○. ○.에 이르러 이 사건 매매의 매매일을 2020. ○. ○○.로 경정등기를 하였으나 그 근거가 되는 매매계약서(갑 제1호증, 이하‘이 사건 매매계약서’라 한다)가 사실에 부합하는지 여부이다.

4. 판단

가. 이 사건 매매계약서가 사실에 부합하는지 여부

앞서 든 증거, 증인 G의 진술, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들, 즉 ① 이 사건 매매계약서는 진정성립 자체에 의문이 있는 점, ② 원고가 대토농지를 취득한 것이 사실인지 의문인 점, ③ 매매대금이 이 사건 매매계약 및 대토농지에 관한 계약에서 정한 일정에 따라 지급되지 않은 점 등을 종합하면,이 사건 매매계약서는 사실에 부합한다고 보기 어렵고, 달리 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 매매의 실제 매매일이 2020. ○. ○○.임을 인정하기 어렵다. 위 ①~③항의 사정에 대하여 아래와 같이 상술한다.

① 이 사건 매매계약서는 그 진정성립 자체가 의문인 서류이다.

원고는 세무조사과정에서는 실제 매매계약 체결일이 2020. ○. ○○.이라고 주장하거나 이 사건 매매계약서를 제출하지 아니하다가, 2023. ○. ○○. 과세전적부심사청구를 제기하면서부터 그와 같이 주장하기 시작하였다. 이 사건 매매계약서상 매도인란과 매수인란의 필적이 동일한 사람에 의하여 작성된 것으로 보이는 점, 원고와 K축산 대표 C와의 관계 등에 비추어 볼 때, 이 사건 매매계약서는 원고가 K축산에게 이 사건 토지를 매도하고 S으로부터 대토농지를 취득함에 있어서 대토농지 감면을 신청하기 위하여 C가 작출한 계약서가 아닌지 의심이 든다.

이에 대하여 원고는 이 사건 매매를 등기할 당시에 법무사 사무실에서 거래신고기간을 도과하였으니 2021. ○. ○. 자 매매계약서를 허위로 소급하여 작성하여 신고할 것을 제안하여 이에 응한 것이라고 주장하면서 이 사건 매매계약서는 진정한 계약서라고 주장한다.

우선 당시 등기를 담당한 법무사 G는 이 법정에 증인으로 출석하여 이 사건 매매가 실제로 2020. ○. ○○.에 이루어졌음에도 과태료 부과를 피하기 위하여 2021. ○. ○.로 계약서를 다시 쓰자고 권유하였다거나, 원고가 그와 같이 요청하였는지 여부에 대하여 정확하게 증언하지 못하였고, 사후에 직원으로부터 그러한 이야기를 전해 들었을 뿐이라고 진술하였다.

원고는 법무사 사무실의 직원인 H의 진술서(갑 제7호증)와 통화녹취록(갑 제24호증)을 제출하였으나, H의 진술이 맞다고 하더라도, H는 원고의 부 C가 가지고 온 이 사건 매매계약서를 이 사건 등기 무렵인 2021. ○. ○.경 처음 본 사람으로 이 사건 매매계약서의 작성을 실제로 목격하지 않았다. 따라서 H의 진술만으로는 이 사건 매매계약서가 2020. ○. ○○. 작성되었고, 그 내용이 진실함을 인정하기에 부족하다.

② 원고가 대토농지의 실제 소유자인지도 의문이다.

원고는 자신이 S으로부터 대토농지를 매수하였다고 주장하고 있으나, 대토농지에 관한 부동산 매매계약서(갑 제4호증)를 보면, 특약사항에 소유권이전등기 명의를 원고로 한다고 기재되어 있을 뿐, 매수인 란에는 C의 이름과 주민등록번호, 주소, 전화번호가 기재되어 있고, C의 도장이 날인되어 있는 점에 비추어 볼 때, 계약당사자는 C로 보인다.

C는 대토농지에 대하여 2020. ○○. ○○.경 S에 대한 2020. ○. ○○.자 매매에 기한 소유권이전등기청구권을 보전하기 위한 가처분등기를 경료하였는데(갑 제5호증), 이러한 점에 비추어 보아도 대토농지를 원고가 매수하였고, K축산(C)이 원고의 매매대금을 대신 지급한 것이라는 주장을 쉽게 믿기 어렵다. 오히려 C가 원고의 명의를 이용하여 대토농지를 취득한 것이 아닌지 의구심이 든다.

게다가 원고는 S과의 대토농지에 관한 계약에서 자신이 어떠한 역할을 하였는지에 관하여 전혀 밝히지 않고 있고, 특히 S에게 잔금을 제대로 지급하지 아니한 이유에 대하여 아무런 언급이 없다. 만일 원고의 단축급부 주장이 사실이라면, 원고가 C에게 지급독촉을 하거나 직접 S에게 대금을 지급할 수 있었음에도 그렇게 하지 않은 이유나 배경에 관하여 납득할만한 설명이 있어야 하는데, 원고는 이에대하여 아무런 설명을 하지 않고 있다.

③ C는 이 사건 매매계약서의 대금지급 일정에 따라 대금을 지급하지도 않았는바, 이 사건 매매계약서의 내용을 그대로 믿기 어렵다.이 사건 매매계약서에 따르면, K축산은 원고에게 ○ 2020. ○. ○○. 계약금 00,000,000원을, ○ 2020. ○. ○○.에 중도금 00,000,000원을, ○ 2021. ○. ○○.에 잔금 000,000,000원을 각 지급하기로 약정하였다. 그러나 K축산이 S에게 대토농지에 대한 매매대금을 직접 지급한다는 내용은 존재하지 않고, 대토농지에 관한 계약서(갑 제4호증)에도 그러한 내용은 없다.

게다가 아래와 같은 사정들에 의하면, C는 이 사건 매매계약서에서 정한 일정에 따라 매매대금을 지급한 것이 아니라, C의 사정에 따라 원고 명의의 채무를임의로 변제하여 준 것으로 보인다.

원고가 밝힌 ‘C가 2021. ○. ○.까지 이 사건 매매와 관련하여 지급한 매매대금내역’은 아래 표와 같은데(최종적으로 원고의 2026. 4. 10. 자 준비서면에 따라 정리), C는 계약금만 이 사건 매매계약서에 정한 대로 2020. ○. ○○.경 지급하였을 뿐, 중도금과 잔금은 이 사건 매매계약서상 일정대로 지급하지 아니하였다.

원고는 2020. ○. ○○. 계약금 0,000만 원 중 0,000만 원을 S의 요구에 따라 수표로 지급하였다고 주장하고 있다. 그런데 이를 원고와 S 간의 대토농지 계약서(갑 제4호증)에는 ○ 2020. ○. ○○. 계약금 00,000,000원을, ○ 2020. ○. ○○.에 중도금 00,000,000원을, ○ 2020. ○○. ○○.에 잔금 000,000,000원을 각 지급하기로 약정한 점과대조하여 보면, C는 2020. ○. ○○.에 0,000만 원을 S에게 지급한 것이 되고, C는 이 사건 매매가 성립하기도 전에 S에게 돈을 단축급부로 지급하는 모순이 발생한다.

원고는 2021. ○. ○. 이후에도 아래 표와 같이 C가 원고의 채무를 면제하여 주는 등의 방법으로 매매대금을 지급하였다고 주장하나, 이 사건 매매계약서의 중도금, 잔금 일정과 전혀 일치하지 않는다.

2021. ○. ○○. 000,000,000원 갑 3, 26, 27 (T사료 주식회사) 피담보채무 잔액인 원고는 C가 이 사건 매매상의 매매대금의 변제를 위하여 위와 같이 000,000,000원을 변제하여 원고에게 단축급부를 하였다고 주장한다. 그래도 000,000,000원의 잔금이 미지급되었는데, C가 아래 표와 같이 수시로 원고에게 물품대금 명목으로 돈을 지급하여 나머지 잔대금을 모두 지급한 것이라고 주장한다. 그러나 원고와 C의 관계, 원고가 S과의 대토농지 계약과 이 사건 매매에 어떠한 역할을 하였는지 아무런 설명이 없는 점, C의 송금 시기가 이 사건 매매계약서의 매매대금 지급 일정과 일치하지 아니하는 점(심지어 C는 K축산과Y 등 앞으로 소유권이전등기가 된 이후에도 원고에게 돈을 송금하였는데, 이는 부동산 거래관행에 비추어 매우 이례적이다) 등에 비추어 볼 때, 위 표에 기재된 금액의 지급이 이 사건 매매계약서에 기재된 매매대금의 지급이라고 보기 어렵다. 오히려 C는 이 사건 매매계약서의 지급 일정에 따라 매매대금을 지급한 것이 아니라, C의 형편대로 원고 명의로 된 채무를 변제하거나 C가 실제로 사용하는 원고 명의의 계좌에 현금을 입금한 것으로 보인다.

나. 이 사건 처분의 적법성

그렇다면 이 사건 매매가 2021. ○. ○. 이루어졌다는 전제 하에 이 사건 처분이 적법한지에 관하여 본다.

소득세법 제101조 는 양도소득의 부당행위계산이라는 표제 하에 “(주어 생략) 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.”라고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제167조 제3항은 법 제101조에서 ‘조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’를 각 호에서 정하고 있는데, 제1호는 “특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때”를 그 중 하나로 정하고 있다.

소득세법 시행령 제167조 제5항 은 위와 같이 양도소득의 부당행위계산을 적용할때 시가는 상속세 및 증여세법상 시가규정을 준용하여 평가한 가액으로 하되, 상속세및 증여세법상 “평가기준일 전후 6개월 이내의 기간”은 “양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간”으로 본다고 정하고 있다.

상속세 및 증여세법 제60조 제2항 은 시가에 대하여 “불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액“이라고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제49조 제1항은 ”평가기간 이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매 또는 공매가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액“이라고 정하고있으며, 그 중 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액(제1호)이 시가가 된다.

이 사건 매매의 경우 K축산이 원고로부터 이 사건 토지(총 4필지)를 000,000,000원에 매수한 양수일(2021. ○. ○.) 전후 3개월 이내인 2021. ○. ○.에 Y 등에게 이 사건 쟁점토지(총 3필지)를 0,000,000,000원에 양도하였으므로, 이 사건 매매는 원고가 특수관계인인 K축산에게 시가보다 낮은 가격에 양도한 것으로 소득세법 제101조 소정의 부당행위계산부인대상이 된다. 그리고 양도가액을 재계산함에 있어서, 2021. ○. ○. 자 K축산과 Y 등 사이의 거래가액(총 3필지 0,000,000,000원)은 시가가 된다.

따라서 총 3필지 0,000,000,000원을 시가로 보아, 이 사건 토지의 양도가액을0,000,000,000원으로 산정하여 양도소득세 000,000,000원을 고지한 이 사건 처분은 적법하고, 위 거래가액이 시가가 될 수 없다는 원고 주장은 받아들이지 아니한다.

한편 원고는 이 사건 쟁점토지의 시가가 0,000,000,000원이 아니라는 취지로 감정평가서(갑 제11, 12호증)을 제출하기는 하였으나, 을 제9, 10호증의 각 기재에 의하면,이 사건 토지는 축사 부지로 공사 중인 토지인데, 위 감정서는 단순히 농지로 평가하였으므로, 감정평가서 기재대로 이 사건 쟁점토지의 시가가 낮아져야 한다는 원고 주장도 받아들일 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.