지자체 산업단지 토지조성 대행사업을 수행하고 받은 공사비가 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부

쟁점공사비는 원고가 각 지방자치단체에 공급한 이 사건 사업의 수행과정에서 원고의 책임과 계산으로 지출한 것에 해당하여 이 사건 사업 용역의 대가에 해당한다고 봄이 상당하다.

사 건

2025구합30415 부가가치세등부과처분취소

원 고

AAAAAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 31.

판 결 선 고

2026. 4. 21.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 15. 및 2024. 8. 9. 원고에 대하여 한 부가가치세 과세처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 지방공기업법과 AAAAAA설치 및 관리․운영조례가 정하는 바에 따라 지방자치단체가 시행하는 산업단지 조성사업을 수행하고 있는 지방공기업이다.

나. 원고는 아래와 같이 □□□□□□도, ◇◇군, △△시(이하 ‘각 지방자치단체’라 한다)에서 시행하는 산업단지 조성사업(이하 통틀어 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 관하여 위 각 지방자치단체와 대행용역 협약을 체결하고 관련 업무를 수행하였다.

사업명

지방자치단체

협약체결일

☆☆☆☆☆☆☆☆ 산업지구개발

□□□□□□도

2014. 9. 5.

◇◇ 산업단지 조성사업

◇◇ 군

2019. 12. 18.

△△ ○○○ ○○○○○ 특화단지 조성사업

△△시

2019. 12.경

다. ◎◎지방국세청은 2024. 4. 2.부터 2024. 7. 11.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하였고, 원고가 이 사건 사업과 관련하여 각 지방자치단체로부터 지급받은 대행사업비 중 공사비(이하 ‘이 사건 공사비’라 한다)를 부가가치세 과세대상으로 판단하였다.

라. 피고는 아래와 같이 2024. 7. 15. 2019년 1기 부가가치세 259,979,375원, 2024. 8. 9. 2019년 2기부터 2023년 2기까지 부가가치세 2,587,057,389원, 총 2,847,036,764원을 부과하는 과세처분(이하 ‘이 사건 과세처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 2024. 10. 16. 조세심판원에 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2025. 9. 18. 이 사건 과세처분 중 2020년 2기부터 2021년 2기까지, 2022년 2기 및 2023년 2기 과세기간에 대한 청구를 각하하고, 나머지 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 공사비가 과세 대상이 아니라는 주장

(1) 부가가치세법상 용역의 범위는 당사자 간의 계약 내용에 따라 결정되는데, 이 사건 사업 협약에 따르면, 원고의 업무는 사업 관련 발주, 계약, 인허가 지원 등 제반 행정 및 관리 업무에 국한되어 있을 뿐, 일반적인 공사도급계약의 핵심 요소인 지체상금, 하자담보책임 등에 관한 규정이 존재하지 않는다. 또한 이 사건 사업 협약상 원고가 공사에 따른 책임을 진다는 취지의 규정은 원고와 각 지방자치단체의 공법상 상하관계로 인하여 정해진 것일 뿐, 이를 공사 용역 제공의 근거로 삼을 수 없다.

(2) 원고는 각 지방자치단체로부터 공사비를 교부받아 이에 어떠한 이윤이나 수수료도 가산하지 않고 전액을 그대로 시공사에 전달하는 역할만 수행하였다. 즉, 이 사건 공사비에 대하여 원고가 창출한 부가가치가 없으므로 이를 용역의 대가로 볼 수 없다.

나. 조세평등주의 위반 주장

피고는 이 사건 사업의 대행사업비 중 보상비에 대해서는 용역의 대가가 아니라고 보아 과세 대상에서 제외하였다. 그러나, 공사비와 보상비는 모두 동일한 법령과 계약 조항에 근거하여 교부되며, 원고가 이를 받아 각각 시공사와 피보상자에게 그대로 전달하고 잔액이나 이자가 남으면 지방자치단체에 반환한다는 점에서 그 법적․경제적 실질이 완전히 동일하다. 즉, 보상비와 실질이 같은 이 사건 공사비만을 용역 대가로 보아 과세하는 것은 조세평등주의에 반한다.

다. 가산세 부과 처분의 위법성 주장

설령 이 사건 공사비에 대한 부가가치세 본세 부과가 적법하다고 하더라도, 원고에게는 가산세를 면제받을 '정당한 사유'가 존재한다. 원고는 과거 대법원 판례와 이 사건과 사실관계가 동일한 사안에서 비과세로 판단한 국세청의 유권해석을 신뢰하여 이 사건 공사비가 과세 대상이 아니라고 판단하였다. 세법 해석상 견해 대립이나 과세당국의 유권해석을 따른 경우에는 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되므로, 적어도 이 사건 과세처분 중 가산세 부과 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건 공사비가 과세 대상이 아니라는 주장에 관한 판단

(1) 인정사실

갑 제2 내지 4호증, 을 제1 내지 3, 5 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(가) 원고는 2014. 9. 5. □□□□□□도와 ☆☆☆☆☆☆☆☆ 산업지구(이하 ‘ ☆☆☆☆ ’이라 한다) 개발 대행사업 협약을 체결한 후 2018. 11. 1. 변경 협약을 체결하였는데, 그 주요 내용은 아래와 같다(또한 원고는 2019. 12. 18. ◇◇군과 ◇◇ 진부산업단지 조성사업 협약을, 2019. 12.경 △△ 시와 △△ ○○○ ○○○○○ 특화단지 조성사업 및 진입도로 확․포장 대행 협약을 각 체결하였는데, 그 주요 내용도 아래와 대체로 유사하다).

☆☆☆☆☆☆☆☆ 산업지구개발(이하 ‘사업’)을 시행함에 있어 □□□지사 (이하 ‘갑’)와 원고(이하 ‘을’)는 다음과 같이 대행사업 협약을 체결한다.

제2조(용어의 정의)

이 협약서에 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

① "사업"이라 함은 " ☆☆☆☆☆☆☆☆ 산업지구개발"을 말한다.

② "총사업비"라 함은 사업과 관련된 보상비, 용역비, 시설공사비, 대행 사업 수수료 및 기타 사업에 소요되는 모든 비용을 말한다.

③ "대행사업 수수료"라 함은 사업위탁에 따라 갑이 을에게 지급하여야 할 수수료를 말한다.

제4조(대행사업비 확보 및 사업기간 등)

① 갑은 사업의 원활한 수행이 가능하도록 사업비를 적기에 확보하여 을에게 교부하여야 한다

(단, 예산확보 어려움이 있을 경우에는 최소 3개월 전에 통보하여 협의하여 결정한다).

③ 을은 갑의 사유로 적기에 대행사업비를 지급받지 못하여 공사에 차질을 발생하였을 경우, 해당 기간을 산정하여 갑과 을이 협의하여 사업 기간을 연장 받을 수 있다.

④ 을은 을의 귀책사유(공사 지연 및 중지 등)로 기한 내 사업 준공에 차질이 발생될 경우, 모든 제반피해에 대하여 책임을 져야 하고, 위 사유로 사업 기간이 연장되는 경우에 갑은 대행사업 수수료를 지급 하지 아니한다.

제5조(업무의 범위)

① 사업시행에 따른 갑의 업무범위는 다음 각 호와 같다.

1. 사업비 조달 및 비용부담

2. 사업에 따른 인‧허가 제반 업무지원

3. 기공식‧준공식 행사 주관

4. 토지매입에 관한 업무지원

② 사업시행에 따른 을의 업무범위는 다음 각 호와 같다.

1. 토지매입에 관한 업무

2. 사업과 관련된 발주 및 계약 업무

3. 용역 및 공사관리 업무

단, 부득이할 경우 일부에 한하여 외주처리를 할 수 있다

4. 사업관련 인‧허가 업무

5. 대행사업비 집행 및 정산

6. 기공식‧준공식 행사 지원

7. 기타 갑과 을의 협의에 의거 정한 사항

③ 을은 사업추진 중 설계변경 사유 발생 시 갑에게 사전 협의한 후 추진하여야 한다.

④ 갑은 지급자재, 용역사 및 시공사 선정, 기성 및 준공검사 등 대행사업과 관련 업무 일체에 대한 권한 책임을 을에게 부여하며, 준공검사시 입회할 수 있다.

제6조(대행사업비)

① 대행사업비는 다음 각 호의 항목으로 구성하며, 대행 사업비의 증액이 필요한 경우 을은 갑과 협의하여야 하고 증액된 사업비는 갑의 부담으로 한다.

1. 설계 등 용역비

2. 부지보상비

3. 시설공사비(☆☆☆☆☆☆☆☆ 산업지구개발 일체의 공사)

4. 사업수행에 수반되는 대행사업 수수료

5. 설계변경, 물가변동, 공사기간, 기타 법령의 제‧개정 등의 여건변동에 따른 추가 사업비 일체

6. 기타 사업관련 비용(각종 부담금 등)

② 본 사업과 관련하여 갑의 추가 요청사항이 있을 경우 을은 이를 반영하고 추가비용 발생 시 갑은 이에 대한 비용을 지급한다.

제8조(감리·감독 업무의 수행)

① 을은 건설기술진흥법 시행령 제60조 및 동법 시행규칙 제33조, 제35조 규정에 의한 건설사업관리기술자 배치기준에 따라 업무를 수행하여야 하며, 동법 시행규칙 제36조(건설사업관리 보고서의 작성‧제출)에 의한 건설사업관리 보고서를 제출하여야 한다.

② 갑은 위탁대행사업에 대하여 이행여부를 지도‧감독할 수 있으며, 을에게 업무상 필요한 사항을 명령할 수 있다.

③ 갑은 대행사업에 대하여 이행여부를 지도‧감독할 수 있다.

제11조(위험부담)

① 사업수행 중 을이 관리상 주의와 의무를 소홀히 하여 사업지연, 시설물의 하자 등으로 갑 또는 제3자에게 재산상 손해를 끼쳤을 경우 을이 이를 배상하여야 하고, 그 배상을 담보하기 위하여 을은 공사 계약시 관련 보험가입을 의무화하여야 한다.

② 을은 공사 시공시 각 공정별로 안전계획을 수립 추진하여야 하며, 이 과정에서 일어나는 모든 사고 등 제반피해에 대해서는 을의 책임 하에 보상 또는 원상복구하고, 이로 인한, 민‧형사상 책임을 져야 한다.

③ 을은 갑이 받은 각종 인‧허가의 허가조건 및 부관에 충실히 임하여야 하고, 이와 관련하여 제반피해가 발생된 경우 원상복구 또는 민‧형사상의 책임을 져야한다.

제13조(하자에 대한 책임)

지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 제68조 의 규정에 의한 하자담보 책임기간 중 2년간의 하자보수에 대한 관리업무는 을이 조치하여 시행하고, 그 이후의 하자 보수 관련 제반업무는 갑이 시행한다.

(나) 원고는 수요기관으로서 2018. 6. 19.경 조달청 나라장터를 통해 ☆☆☆☆ 조성 사업 중 토목공사에 관하여 입찰공고를 게시하였고, 2018. 7. 11. 주식회사 BBBBBB과 계약을 체결하였는데, 위 계약 중 특기사항 등의 내용은 아래와 같다.

2. 특기사항: 설계도서의 심의, 공사의 착공, 감독, 하도급관리, 대가의 지급, 검사 재해방지조치, 인수, 하자관리 등 공사현장에서 계약이행과 관련된 사항에 대하여는 달리 규정한 경우를 제외하고는 수요기간의 장(그 위임을 받은 공무원을 포함한다. 이하 같다)을 계약담당공무원으로 보며, 공사대금 지급에 대한 책임은 수요기관에게 있습니다.

3. 공사대급 지급 등 상기 2번 관련 소송의 경우 조달청이 아닌 발주기관(수요기간)을 소송 당사자로 합니다.

(다) 나아가 원고는 2019. 1. 10. ☆☆☆☆ 조성사업 중 성토재 물품구매에 관하여 주식회사 CCCCC와, 2019. 7. 23. ☆☆☆☆ 조성사업 중 연계처리관로 설계용역에 관하여 주식회사 DDDDDDD건축사사무소와 계약을 체결하였다.

(라) 한편 원고는 ☆☆☆☆ 개발 사업과 관련하여 시공사 등으로부터 기성금 청구를 받으면, 원고 소속 직원이 공사 현장에서 기성검사를 실시하여 조서를 작성하고, 원고의 재무관리팀을 거쳐 □□□지사에게 대행사업비 교부금을 신청하여 이를 교부받은 후 시공사 등에게 지급하였다.

(2) 관련 규정 및 법리

부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 참조).

(3) 구체적 판단

위 인정사실에 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 공사비는 원고가 각 지방자치단체에 공급한 이 사건 사업의 수행과정에서 원고의 책임과 계산으로 지출한 것에 해당하여 이 사건 사업 용역의 대가에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서, 원고의 주장은 이유 없다.

(가) 원고와 이 사건 각 지방자치단체 사이에 체결된 협약에 의하면, 원고의 업무범위는 ‘토지매입에 관한 (보상)업무, 사업과 관련된 발주 및 계약 업무, 용역 및 공사관리 업무, 대행사업비 집행 및 정산 등’으로 정하고, ‘원고는 자금집행 계획을 수립하여 각 지방자치단체에게 제출하여야 한다’고 정하며, ‘원고는 공사 시공시 각 공정별로 안전계획을 수립 추진하여야 하며, 이 과정에서 일어나는 모든 사고 등 제반피해에 대해서는 원고의 책임 하에 보상 또는 원상복구하고, 이로 인한 민․형사상 책임을 져야 한다’고 정하고 있다. 위와 같은 이 사건 사업 협약 내용과 그 취지에 비추어 보면, 원고의 위 협약상 의무는 이 사건 사업에 관한 발주 및 계약, 용역 및 공사관리, 하자 보수 수행 등 이 사건 사업의 포괄적인 관리 업무를 담당하는 것으로 봄이 타당하다.

(나) 원고는 이 사건 사업의 각종 공사에 관하여 지방자치단체를 대리한 것이 아니라 자신의 명의로 직접 조달청 나라장터에 입찰공고를 게시하였고, 민간 시공사뿐만 아니라 건축사사무소(설계용역), 물품공급업체 등과 수요기관 내지 발주처의 지위에서 계약을 체결하였다. 나아가 원고 소속 직원이 직접 공사 현장의 기성감사를 실시하여 조서를 작성하고, 최종적으로 지방자치단체에 교부금을 청구하여 대금을 집행하는 방식으로 실무적인 공사 관리 업무를 수행하였다. 이와 같이 원고는 이 사건 사업 관련 공사에 관하여 계약 상대방의 선정, 계약 체결, 공정 관리, 대금 지급에 이르는 공사의 전 과정을 직접 수행하였는바, 이는 원고가 이 사건 사업의 각종 공사에 관하여 지방자치단체의 의사를 전달하는 보조적 역할을 넘어, 사업의 구체적 내용과 방향을 스스로 결정하는 실질적 주체로서 기능하였음을 보여준다. 발주나 계약, 기성 확인 및 대금 집행 등은 공사도급관계에서 도급인이 행사하는 주된 권한에 해당하는바, 이 사건 사업 협약서에 지체상금, 하자담보책임 등에 관한 규정이 없다는 사정만으로 원고가 이 사건 사업의 각종 공사의 실질적 주체였음을 부정할 수는 없다.

(다) 또한 원고가 시공사와 체결한 공사계약서에는 원고가 수요기관(발주처)으로 명시되어 있을 뿐만 아니라, 특기사항으로 "공사대금 지급에 대한 책임은 수요기관에게 있습니다", "공사대금 지급 등 관련 소송의 경우 수요기관을 소송 당사자로 합니다“라고 기재되어 있고, 앞서 본대로 이 사건 사업 협약의 위험부담 조항에 따르면, 원고가 사업 수행 중 발생하는 제반 피해에 대하여 원고의 책임 하에 보상 또는 원상복구하고, 이로 인한 민․형사상 책임을 져야 한다고 규정하고 있다. 즉 원고는 이 사건 사업 수행에 따른 법적 위험을 실질적으로 부담하는 지위에 있었다.

이에 대하여 원고는 지방자치단체와 원고 사이의 공법상 상하관계로 인하여 위와 같은 책임을 부담하게 된 것일 뿐이라고 주장하나, 원고는 지방자치단체와 구별되는 독립된 법인격을 가진 지방공기업으로서 민간 시공사 등 제3자와의 관계에서는 독자적으로 법적 권리․의무의 주체가 되고, 원고가 계약상대방을 선정하고 공사 전반을 관리한 이상 그 이행 과정에서 발생하는 민․형사상 책임이 원고에게 귀속되는 것은 원고가 행사한 권한에 대응하는 당연한 결과일 뿐이지 공법상 상하관계에서 비롯된 것이라고 볼 수는 없다. 따라서, 원고의 주장은 이유 없다.

(라) 앞서 본대로 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 것으로, 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속은 과세 요건이 아닐 뿐만 아니라, 위에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 사업의 각종 공사의 실질적 주체로서 업무를 수행하였으므로, 원고가 이 사건 공사비를 지방자치단체로부터 교부받아 이를 그대로 시공사 등에게 지급하였다고 하더라도, 위와 같은 용역의 제공에 대하여 지방자치단체로부터 그 비용 전액인 이 사건 공사비를 교부받은 것은 곧 용역 제공에 대한 대가를 수령한 것에 해당한다.

나. 조세평등주의 위반 주장에 관한 판단

(1) 관련 규정 및 법리 등

(가) 국세기본법 제18조 제1항 은 “세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.”라고 규정하여 세법 해석의 기준을 정하여 두고 있다.

(나) 조세평등주의는 헌법 제11조 제1항에 의한 평등의 원칙 또는 차별금지의 원칙의 조세법적 표현이라고 할 수 있다. 그리하여 조세평등주의는 정의의 이념에 따라 ‘평등한 것은 평등하게’, 그리고 ‘불평등한 것은 불평등하게’ 취급함으로써 조세법의 입법과정이나 집행과정에서 조세정의를 실현하려는 원칙이라고 할 수 있다. 다만, 조세평등주의는 국민에 대하여 절대적인 평등을 보장하는 것이 아니라 합리적인 이유 없이 차별하는 것을 금지하는 취지이므로, 규율하고자 하는 대상의 본질적 차이에 상응하여 법적으로 차별하는 것은 그 차별이 합리성을 가지는 한 조세평등주의에 위반된다고 볼수 없다[헌법재판소 2007. 1. 17. 선고 2005헌바75, 2006헌바7, 8(병합) 결정 등 참조].

(2) 구체적 판단

을 제11호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 사업의 보상 관련 업무의 경우 보상계획의 공고자, 손실보상협의 계약서상의 매수인, 공공용지취득협의서상의 취득자 및 보상 관련 이의신청과 행정소송의 당사자가 모두 지방자치단체이고, 원고는 보상 관련 감정평가를 의뢰하는 업무와 손실보상계약체결 대행 및 보상금 지급 업무를 대행한 사실을 인정할 수 있는바, 원고는 보상 관련 업무에서 독립적인 계약 당사자나 법적 책임의 주체가 아니라 지방자치단체의 업무를 대행하는 역할을 하였다고 봄이 타당하다.

반면 이 사건 사업의 각종 공사의 경우 위 가항에서 살펴본 바와 같이, 원고 스스로 수요기관으로서 계약을 체결하였으며, 공사대금 지급 의무와 관련 소송의 당사자 지위에서 법률적․경제적 위험 일체를 자신의 책임과 계산 하에 부담하였다.

결국 원고가 수행하는 이 사건 사업 중 공사 관련 업무와 보상 관련 업무는 계약 명의의 귀속, 법적 책임의 귀속 주체, 용역 수행의 실질적 내용에 비추어 본질적으로 다르다. 이처럼 보상비와 공사비는 부가가치세 과세의 핵심 요건인 용역 공급의 실질에 있어 서로 다른 성격을 가지므로, 이 사건 과세처분에 국세기본법 제18조 제1항 을 위반한 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서, 원고의 주장은 이유 없다.

다. 가산세 부과 처분의 위법성 주장에 관한 판단

(1) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서, 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 등 참조). 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결, 대법원 2013. 10. 31. 선고 2012두18080 판결 등 참조).

앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 제시한 판결(대법원 2007. 9. 6. 선고 2007두9778 판결)은 단순히 재화 또는 용역의 공급자가 거래상대방을 위하여 그가 부담하는 공공요금을 재화 또는 용역 공급에 따른 대가와 구분하여 편의상 함께 수령하여 납부를 대행한 사안이고, 국세청 유권해석1)은 EEEEEEE가 산업단지 공사의 시행, 설계, 공정과 품질 관리 업무를 직접 수행하고 질의자인 사업자가 위 업무를 공동으로 수행하는 과정에서 EEEEEEE로부터 공사비를 교부 받아 시공사에 지급한 사안으로, 원고 스스로 수요기관으로서 계약을 체결하고 공사대금 지급 의무와 관련 소송의 당사자 지위에서 법률적․경제적 위험 일체를 자신의 책임과 계산 하에 부담하는 이 사건과는 사안을 달리하는 점, ② 피고를 비롯한 과세관청이 이 사건과 같은 사안에서 부가가치세 대상에 해당하지 않는다는 확고한 입장을 표명하였다거나 그와 관련된 유권해석이나 지침을 변경하여 이 사건 과세처분에 이르렀다고 볼 만한 자료가 없는 점, ③ 원고가 이 사건 공사비가 부가가치세 부과 대상인지 여부에 대하여 신중한 자문과 검토를 받기 위해 노력을 하였다거나 조세전문가 등으로부터 이 사건 공사비가 부가가치세 부과 대상이 아니라는 등의 의견을 제시받아 이를 신뢰하였다고 볼 만한 자료는 찾아볼 수 없는 점 등을 종합하면, 원고가 이 사건 공사비를 제외하고 부가가치세를 신고한 데에는 그 의무해태를 탓하기 어려운 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 따라서, 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.