이 사건 쟁점 세금계산서는 재화의 공급 없이 가공으로 또는 공급금액을 과다하게 기재하여 발급하거나 발급된 것으로 봄이 상당함

이 사건 쟁점 세금계산서는 재화의 공급 없이 가공으로 또는 공급금액을 과다하게 기재하여 발급하거나 발급된 것으로 봄이 상당하고, 원고는 이 사건 쟁점 세금계산서가 재화의 공급 없이 가공으로 이루어진 점을 알고 있었다고 봄이 상당하다.

사 건

2022구합4714 부가가치세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAAA

피 고

ㅇㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 13.

판 결 선 고

2026. 6. 17.

주 문

1. 피고가 2021. 11. 3. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 당초 과세처분 세액란 기재 부과처분 중 각 정당세액란 기재 부분을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2021. 11. 3. 원고에게 한 2016년 2기 부가가치세 55,389,590원, 2017년 1기 부가가치세 60,372,870원, 2017년 2기 부가가치세 86,966,680원, 2018년 1기 부가가치세 121,068,220원, 2018년 2기 부가가치세 248,160,460원, 2019년 1기 부가가치세 227,673,750원, 2019년 2기 부가가치세 190,278,740원, 2020년 1기 부가가치세 129,021,290원, 2020년 2기 부가가치세 141,772,340원, 2021년 1기 부가가치세 109,486,970원의 부과처분 총계 1,370,190,910원은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 관련자들의 지위

1) 원고는 1998. 10. 16. ‘금속 도소매 및 수출입업’을 목적 사업으로 하여 설립된 회사로, BBB은 2003. 7. 18. 원고의 이사로 취임한 이래, 대표이사, 사내이사, 이사 등의 지위를 맡아 오고 있다.

2) 주식회사 CC엔지니어링(종전 상호는 ‘주식회사 DDD코리아’였으나 2019. 2.경 ‘주식회사 CC엔지니어링’으로 변경되었다, 이하 ‘CC’이라고 한다)은 2009. 10. 12. ‘철구조물 제조, 용융아연도금 제조’ 등을 목적 사업으로 하여 설립된 회사이다. CC은 2019. 2. 7.경 그 사업장을 PP시 SS읍(이하 ‘QQ리 사업장’이라 한다)에서 PP시 TT면 (이하 ‘RR리 사업장’이라 한다)으로 이전하였다.

3) 주식회사 EE금속(종전 상호는 ‘주식회사 FF글로벌’이었으나, 2017. 5.경 ‘주식회사 EE금속’으로 변경되었다, 이하 ‘EE’이라 한다)은 2015. 11. 3. ‘철구조물 제조 및 도소매’, ‘비철금속 도․소매’ 등을 목적 사업으로 하여 설립된 회사이고, 설립 이래 그 사업장을 위 QQ리 사업장에 두고 있었다.

4) 주식회사 GG케미칼(종전 상호는 ‘주식회사 HHHH’이었으나, 2020. 1.경 ‘주식회사 GG금속’으로, 2021. 3.경 ‘주식회사 GG케미칼’로 각 변경되었다, 이하 ‘GG’라 한다)은 2019. 2. 21. ‘비철금속 판매’ 등을 목적 사업으로 하여 설립된 회사이고, 설립이래 그 사업장을 위 QQ리 사업장에 두고 있다가 2020. 1. 8.경 그 사업장을 RR리 사업장으로 변경하였다.

5) III는 2010. 4.경부터 CC의 사내이사, 대표이사 등을 역임하였고, 2015. 11. 경 EE의 설립 시부터 2017. 5. 15.경까지 EE의 사내이사, 대표이사 등을 역임하는 한편, CC, EE 및 GG(이하 위 세 회사를 ‘CC 등’이라 한다) 모두를 실질적으로 운영해 온 사람이다.

나. 원고 및 CC 등 사이의 아연괴 거래관계

1) 원고는 1998년부터 서울 OO구를 사무실로 사용하며 CC으로부터 아연괴를 매입할 때 이를 CC 사업장 내에 보관하다가 매출처로 바로 배송해 왔다.

2) 원고는 2013. 9. 3. CC으로부터 아연괴를 약 50~75MT를 매입하되 그 중 25M는 CC이 재매입할 수 있다는 것을 주요 내용으로 하는 아래와 같은 물품거래계약서를 체결하였고, 2013. 12. 27.에는 그 매입물량을 100~125MT로 늘리는 외에는 위와 동일한 내용의 물품거래계약을 체결하였다.

물품거래계약서 （I）

체 결 일: 2013년 9월 3일

계약자: “갑” 주식회사 DDD코리아 （사업자둥룩번호 : xxx- ）

계약자: “을” 주식회사 AAAA(원고) （사업자등록번호 : xxx- ）

-다 음-

제1조 품명 및 거래물량

1）품명 : SHG Zn Ingot （Origin : Korea ）

2）거래물량 : 약 50~75 MT

단, 약 25MT은 “갑” 이 “을” 에게 판매한 후 다시 재매입 할 수 있다.

제2조 단가

LLLL 매월 고시 내수가격 50% 및 Local 가격 50%외 가중평균가격 Plus

32,000/MT （현금가, VAT 별도）

제3조 대금결제

출고전 “을” 은 “갑” 에게 현금으로 대금결제 하여야 한다.

제4조 물품인도

1) 물품의 인도는 “갑”의 공장（경기도 화성） 상차도로 하며 “갑”은 “을”의 물품운송에 차량배차 협조를 하기로 하고 그 비용은 “을” 이 부담한다.

2) 인도수량은 “갑”의 물품출하명세서 또는 계근중량 기준으로 결정한다.

제5조 계약기간

본 계약은 2013년 10월부터 2013년 12월까지로 하며, 그 연장은 쌍방합의로 결정한다.

3) 이후 원고와 CC 등 사이에는 2017. 5. 15.경부터 2018. 12. 24.경까지 EE이, 2019. 3. 15.경부터 2021. 6. 15.경까지는 GG가 원고로부터 아연괴를 공급받고 CC에게 이를 다시 공급하는 내용의 거래관계가 조성되었다[위 2)항 거래관계와 아울러 이하 ‘이 사건 아연괴 공급거래’라 한다].

4) 원고는 CC 등과의 위와 같은 거래관계에 기하여, 2016년 2기부터 2021년 1기까지, ① CC으로부터 아연괴를 공급받았음을 원인으로 세금계산서를 발급받았고, ② CC 등에 아연괴를 공급하였음을 원인으로 세금계산서를 발급하였다.

다. 세무조사 및 과세처분 등

1) JJ지방국세청은 원고에 대해 2021. 6. 15.부터 2021. 9. 29.까지 2017년 내지 2020년 사업년도 법인통합조사, 2016년 2기부터 2021년 1기까지 부가가치세 조사를 실시한 후, 원고가 CC 등과 사이에 위와 같이 수수한 세금계산서 중 일부가 아래와 같은 이유에서 실제 재화나 용역의 공급 없이 가공으로 이루어진 것이라 보고, 별지2 기재와 같은 조사결과를 피고에게 통보하였다(이하 위와 같이 가공으로 조사된 세금계산서 부분을 ‘이 사건 쟁점 세금계산서’라 한다).

<표 생략>

2) 피고는 이에 따라 2021. 11. 3. 원고에 대하여 별지1 목록 각 당초 과세처분 세액란 기재와 같이 2016년 2기부터 2021년 1기까지 부가가치세 합계 1,370,190,910원(2018년 1기분을 제외한 나머지 과세기간의 경우 본세 경정액을 차감한 후의 가산세액)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3) 원고는 2021. 12. 8. 조세심판원에 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 9. 26. 이를 기각하였다.

라. 관련 형사재판 등

1) 서울북부지방법원은 2026. 1. 20. BBB 및 원고에 대하여 CC 등과의 아연괴 거래관계가 재화의 공급없이 세금계산서가 수수되거나 공급가액이 부풀려서 거짓 기재되었다는 내용의 아래 요지와 같은 범죄사실을 인정하여, BBB에 대하여 징역 1년 6개월 및 벌금 45억 원, 원고에 대하여 벌금 2억 원을 각 선고하였다. BBB 및 원고는 이에 대하여 항소하였으나 서울고등법원은 2026. 4. 16. 위 항소를 기각하였고, BBB 및 원고의 상고로 위 사건은 현재 대법원에 계속 중이다(대법원 20xx도xxxx, 이하 ‘관련 형사재판’이라 한다).

범죄사실의 요지

1. 피고인 BBB

가. CC으로부터의 매입

(1) 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)

피고인은 2016. 8. 11.경부터 2021. 6. 15.경까지 CC으로부터 금융기관으로부터 대출을 받을 수 있는 허위의 거래실적을 만드는 등의 영리를 목적으로 재화나 용역의 공급받음 없이 공급가액 합계 14,499,782,934원 상당의 세금계산서 119장을 발급받았다.

(2) 조세범처벌법위반

피고인은 2016. 7. 1.경 2021. 5. 20.경까지 CC과의 통정에 의하여 CC으로부터 공급가액 합계 10,142,789,233원을 부풀린 거짓으로 기재한 세금계산서 102장을 발급받았다.

나. CC 등에 대한 매출: 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)

피고인은 2016. 7. 11.경부터 2021. 7. 5.경까지 금융기관으로부터 대출을 받을 수 있는 허위의 거래실적을 만드는 등의 영리를 목적으로 CC 등에게 재화나 용역의 공급 없이 공급가액 합계 29,939,447,847원 상당의 세금계산서 297장을 발급하였다.

결국 피고인은 공급가액 총 합계 44,439,230,781원 상당의 허위세금계산서를 수수하였다[위 가의 (1)항과 포괄하여 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄].

다. 조세범처벌법위반

피고인은 2017. 6. 8.경부터 2021. 7. 5.경까지 사실은 원고가 CC에 재화나 용역을 공급하였음에도 38회에 걸쳐 공급가액 합계 4,248,132,242원 상당의 매출 세금계산서를 발급하지 아니하였다.

2. 피고인 AAAA(이 사건 원고)

피고인은 피고인의 대표이사인 BBB이 피고인의 업무에 관하여 위 1항 기재와 같은 위반행위를 하였다.

2) 한편 경기화성서부경찰서는 원고의 거래상대방인 CC의 대표 III와 CC, EE 및 GG 등의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 등에 대하여 2022. 6.경 및 2022. 8.경 각 송치결정을 하였고, 수원지방검찰청 검사는 2023. 7. 5. 위 III 및 CC, EE 및 GG를 기소하여 현재 수원지방법원에서 재판이 계속중이다(수원지방법원 20xx고합xxx호).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 깁 제5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지3 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고와 CC 등의 거래관계와 그 경위, 목적, EE 및 GG의 실체, 아연괴 거래에 있어 보관·인도 방식에 관한 관행, 상거래에 있어 거래상대방의 실체나 거래 목적에 대하여 조사할 의무의 존부 등 제반 사정에 비추어 볼 때, 이 사건 쟁점 세금계산서는 실제 재화의 공급에 따라 수수된 것이고, 설령 위 쟁점 세금계산서가 재화의 공급이 없거나 실제 공급가액에 비하여 공급가액을 부풀려 기재한 것이라 하더라도 원고로서는 이에 관하여 선의·무과실이다.

2) 피고는 2015년경부터 세무조사 등을 통해 이미 원고와 CC 간의 이 사건 쟁점 세금계산서 수수와 같은 거래 방식을 인지하였으면서도 아무런 문제를 제기하지 않았는바, 추후 새로운 세무조사결과를 이유로 이 사건 처분을 부과한 것은 신의성실 원칙에 위배된다.

나. 관련 규정 및 법리

1) 부가가치세법 제9조 제1항 은 과세대상 거래로서 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제9조 제1항 에 규정된 ‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고(대법원 1985. 9. 24. 선고 85누286 판결, 대법원 2001. 3. 13. 선고 99두9247 판결 등 참조), 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 한다. 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결, 대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조), 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조). 또한 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급 받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 입증하여야 할 것이다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조, 대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 등 참조).

2) 구 부가가치세법(2025. 12. 23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항 제1, 2호는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 교부한 경우나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 발급받은 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 3에 상당하는 금액을 가산세로 부과하도록 규정하고 있는바, 이는 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서를 교부하거나 교부받지 않도록 할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 사유 없이 이를 위반하여 재화 또는 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서불성실가산세를 부과하도록 한 것이다(대법원 2016. 9. 23. 선고 2014두11892 판결 참조). 이와 같은 세금계산서불성실가산세는 사업자가 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한다는 점에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니하고, 세금계산서불성실가산세를 면할 정당한 사유가 있는지가 문제 될 때에는 이러한 규정 취지를 충분히 고려하면서 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 할 것이어서 납세의무자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 볼 수 있는지 여부를 판단하여야 하고, 단지 재화나 용역의 공급 없이 수수되는 세금계산서라는 점을 알지 못하였다는 사정만으로 쉽게 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 단정하여서는 안 된다(대법원 2016. 11. 10. 선고 2016두31920 판결 참조). 한편 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항 제5호는 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트를 가산세로 부과하도록 규정하였고, 구 부가가치세법(2025.12. 23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항 제5, 6호는 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재하여 세금계산서등을 발급하거나 발급받은 경우 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트의 가산세를 부과하도록 규정하고 있는바, 이와 같은 공급금액이 과다하게 기재되거나 사실과 다른 공급금액이 기재된 세금계산서등과 관련하여서도 앞서 본 세금계산서불성실가산세에 관한 법리는 동일하게 적용된다고 볼 것이다.

다. 구체적 판단

1) 이 사건 쟁점 세금계산서의 가공 및 거짓 기재 여부

앞서 본 증거, 갑 제4 내지 9호증, 제11 내지 18호증, 제21 내지 26호증(가지번호가 있는 경우 가지번호를 포함하여, 이하 같다), 을 제3 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 쟁점 세금계산서는 재화의 공급 없이 가공으로 또는 공급금액을 과다하게 기재하여 발급하거나 발급된 것으로 봄이 상당하다.

가) 이 사건 제1유형(상호거래)의 경우

(1) 국내 아연 독점공급업체인 KK그룹(주식회사 KK, LLLL 주식회사, 이하 ‘KK’이라고 한다)은 제조업체로 등록한 업체에 한하여 아연괴를 공급하고 일반 도소매상에는 아연괴 공급을 하지 않으며, 아연괴 공급시에도 현금에 의한 선수금 판매만을 하고 있다. 그런데, 당시 KK의 등록 제조업체인 CC은 공장건립 등으로 자금사정이 어려웠고 다른 제조업체등도 자금력이 영세하여 KK으로부터 아연괴를 매수하기 어려운 상황이었던 바, 자금사정에 여유가 있는 원고가 위 여타의 제조업체들이 필요로 하는 물량에 CC이 필요로 하는 물량을 합하여 그에 대한 선수금을 CC에게 현금으로 지급하고, CC이 그 현금으로 KK으로부터 아연괴를 매수하게 되었던 것으로 보인다. 즉, 이 사건 아연괴 공급거래 와중 이 사건 쟁점 세금계산서 수수가 이루어지게 된 경위와 실태에 비추어 볼 때, 원고는 CC에게 KK으로부터의 아연괴 매수를 요청하여 CC으로부터 아연괴를 공급받을 당시부터 이미 그 중 특정 물량은 CC에게 재판매되어 CC이 사용할 아연괴라는 점, 즉 상호거래에 해당한다는 점을 이미 잘 알고서 이와 같은 거래에 임하였다고 보인다.

(2) 이 사건 제1유형 거래의 결과 CC이 동일 물량의 아연괴를 계속하여 보유하는 것임에도, 원고 입장에서는 스스로 현금유동성만을 소비하는 한편, 거래상대방인 CC의 입장에서는 원고에 귀속되는 마진 상당의 금전을 지출하기만 하는 것이어서, 아연괴를 대상으로 한 재화의 공급으로서는 위 거래가 갖는 경제적 합리성은 찾기 힘들다. 실질적으로 위 거래는 원고가 일정 금액의 현금을 CC에 지급하고 일정 기간 경과 후 이를 상회하는 금액의 회수를 기대하는 거래(반대로, CC에서는 일정한 금전적 비용을 부담하면서 현재 현금을 조달하고 일정 기간 경과 후 상환하는 거래), 즉 금융․신용적 거래로 봄이 타당하다.

(3) 이 사건 제1유형 거래의 결과 아연괴가 실제 원고의 배타적 지배․관리하로 이전되거나 상업적 보관 약정에 따라 제3자에게 보관을 맡긴 장소로 이전됨이 없이 CC이 전적으로 지배․관리하는 보관 장소에만 계속하여 소재하였던 것으로 보이는 점을 감안하면, 원고로서는 위 아연괴를 법률상 인도받았다고 보기 어렵고 그 소유권의 법적 귀속 의사 또한 당초부터 없었다고 보일 뿐만 아니라, 아연괴와 같은 비철금속의 가격 변동에 따른 시장위험, 보관과 운반의 부담 및 위험 등도 일체 지지 않을 의사였다고 보인다. 원고가 제출하는 CC 내 창고 설비 촬영 사진이나 파손에 관한 증빙 등 만으로 달리 보기는 어렵다.

나) 이 사건 제2유형(순환거래), 이 사건 제3유형(실물 없는 순환거래)의 경우

(1) 이 사건 제1유형(상호거래)은 그 세금계산서에 상응하는 재화의 공급이 실제 이루어졌다고 볼 수 없는 가공거래라는 점은 앞서 살펴본 바와 같다. 이 사건 제1유형(상호거래) 이후 2015. 11. 3. 설립된 EE이 2017. 5. 15.경부터 2018. 12. 24.경까지 원고와 CC의 공급경로 사이에 끼어 들어갔고, 그 이후 이 사건 제1유형(상호거래)이 다시 계속되다가 2019. 2. 21. 설립된 GG가 그 설립 직후인 2019. 3. 15.경부터 2021. 6. 15.경까지 원고와 CC의 공급경로 사이에 끼어 들어갔다. 즉, 가공거래인 위 제1유형(상호거래)은 EE 및 GG가 설립되어 원고와 CC 사이의 공급경로에 개재됨으로써 이 사건 제2유형(순환거래), 제3유형(실물 없는 순환거래)으로 확장되어 온 것으로 보인다.

(2) EE 및 GG의 사업실태, 인력 현황 등에 비추어 볼 때 위 두 회사가 그 설립 시부터 사실상 영업이 종료한 시점까지의 전 기간에 걸쳐 아무런 영업적 실체가 없었던 이른바 ‘페이퍼 컴퍼니’에 해당한다고 단정하기는 어려우나, 다음과 같은 사정, 즉 ① EE 및 GG 모두 CC의 실질적 운영자인 III가 사실상 설립하여 운영하는 회사로, 특히 EE 및 GG 명의로 이루어지는 이 사건 아연괴 공급거래와 관련하여서도 III가 원고의 직원인 MMM와 직접 협의하여 그 내용을 정하였고, 이에 관한 세금계산서 수수 등 거래실무도 EE 및 GG 측의 별도 담당자 없이 CC 소속 직원인 NNN가 직접 수행한 점, ② 이 사건 아연괴 공급거래와 관련하여 사용된 팩스, 세금계산서 발급 IP의 MAC 주소는 모두 CC의 것이고, EE 및 GG의 원고로부터 매입세금계산서와 CC으로의 매출세금계산서 발급 시차도 거의 없는 점, ③ 원고가 제출하는 EE 및 GG 등의 태양광발전시스템 사업, 플랜트 사업 추진 자료, 인력 고용 및 급여 지급에 관한 자료를 보더라도 그 내용은 이 사건 아연괴 공급거래와 무관하다고 보이는 점 등에 비추어 볼 때, EE 및 GG는 이 사건 아연괴 공급거래를 협의, 체결, 실행하거나 이를 통해 아연괴의 소유권을 이전받아 이를 다시 CC에게 이전할 영업적 실체가 극히 미약한 경우에 해당한다고 판단된다.

(3) 이 사건 제2유형(순환거래)과 관련하여, 원고는 EE 및 GG로부터 CC이 발행하고 EE 및 GG가 배서한 어음을 아연괴 대금조로 지급받기도 하였으나, 다음과 같은 사정, 즉 ① 논리적으로 선행되어야 할 원고와 EE 및 GG 사이의 대금의 지급(어음의 배서 및 교부)보다도 EE 및 GG와 CC 간의 대금 지급(어음의 발행)이 먼저 이루어진 점, ② 기존의 거래상대방인 EE이 2018. 12.경 이면교 등에게 매각되고 일시 CC으로의 이 사건 제1유형(상호거래)이 재개된 기간을 거쳐(2019. 1. 2.경부터 2019. 3. 7.경까지), 2019. 3. 15.경 신설된 GG를 끼워 넣은 세금계산서 수수가 시작되고 얼마 지나지 않은 무렵인 2019. 5. 14.경 원고의 GG에 대한 아연괴 대금지급채권을 담보하기 위하여 GG와는 별개 법인인 CC이 용융된 아연괴를 물적 담보로 제공하고, CC과 GG가 공동으로 12억 원의 약속어음 공정증서를 발행하기도 한 점, ③ 원고는 CC으로부터 아연괴를 매입하여 그 즉시 CC의 관계사인 GG 등에 매각한 후 결국 CC이 이를 재매입하게 하는 등 아연괴 보유 주체의 변동이 사실상 없음에도, 그 매입은 현금으로, 그 매출은 어음으로 결제가 이루어지도록 하는 이례적인 결제 방식을 받아들이고 있는 점, ④ EE 및 GG는 은행 당좌계좌 개설조차 이루어지지 않는 회사들로서 그 지급능력이 매우 의문시되는 회사인데, 이러한 회사를 CC 발행의 어음에 배서인으로 추가하고 CC과 GG가 공동으로 약속어음 공정증서를 작성케 하는 것의 경제적 효용은 크지 않아 보이고, 오히려 이는 원고와 CC 사이에 순환거래의 외관이 조성되는 것을 회피하기 위한 방책으로밖에 여겨지지 않는 점에 비추어 보면, 실질적 매수인은 EE 및 GG가 아닌 CC으로 보일 뿐이고, 위 대금 지급 방식 역시 CC을 실질적 차주로 하는 금융적 거래의 성격을 가진다고 보인다.

(4) 이 사건 제3유형(실물 없는 순환거래)과 관련하여, 원고는 EE 및 GG로부터 아연괴 대금을 어음으로 지급받은 것이 아니라 현금으로 지급받았고, 원고의 CC에 대한 현금 입금, CC의 EE 및 GG에 대한 현금 입금, EE 및 GG의 원고에 대한 현금 입금이 동일한 시간대에 이루어지고 있으며, EE 및 GG가 원고로부터 아연괴를 매수하고 그 대금을 지급한 시점이 그에 후행하여야 하는 거래인 CC이 EE 및 GG로부터 아연괴를 매수하고 그 대금을 지급한 시점보다 오히려 늦기도 하는 등 이례적인 사정이 다수 보임에도, 원고는 이와 같은 이례적인 거래의 경위를 납득할 수 있게 소명하고 있지 못하고 있는바, 위 유형의 거래도 전형적으로 자금만 순환하는 거래로 봄이 타당하다.

다) 이 사건 제4유형(위장거래)의 경우

사건 제2유형(순환거래) 및 제3유형(실물 없는 순환거래)은 EE 및 GG가 원고와 CC 사이의 공급경로 사이에 끼어들어 간 것에 불과하고, 그 세금계산서에 상응하는 재화의 공급 등이 실제 이루어졌다고 볼 수 없는 가공거래라는 점은 앞서 살펴 본 바와 같다. 따라서 원고가 CC이 아닌 TNC 등으로부터 실제로 아연괴를 매입하였다는 점만 차이가 있는 이 사건 제4유형(위장거래)에 있어서도 원고가 실제로는 CC에 대하여 아연괴를 공급하면서도 EE 및 GG에 대하여 아연괴를 공급한 것처럼 매출 세금계산서를 발급한 이 부분 제4유형(위장거래)의 경우도 마찬가지로 가공거래 의한 세금계산서 수수가 인정된다.

2) 원고의 선의·무과실 여부

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 이 사건 쟁점 세금계산서가 재화의 공급 없이 가공으로 이루어진 점을 알고 있었다고 봄이 상당하다.

가) 앞서 본 바와 같이 EE 및 GG는 이 사건 아연괴 공급 거래와 관련하여 영업적 실체가 없는 법인인 점, 원고와 EE 및 GG 간 거래에 있어 CC의 팩스와 세금계산서 발급용 PC 등이 전적으로 사용되었고, 원고의 대표자 BBB이나 MMM 등 원고의 임직원들은 거래처 담당자로 오직 III나 CC 직원인 NNN와만 접촉하였으며, 계근대 사용이나 운송비 계산서 등 거래 실무도 전적으로 CC에 의하여 진행되는 등 EE 및 GG가 별도로 유지하고 운영하는 인력이나 물적 영업설비에 접촉한 바 없이 전적으로 CC의 인력과만 접촉하여 CC의 영업설비에 기하여 거래를 해왔다.

나) 원고의 대표자 BBB은 CC으로부터 매입하여 EE에 매출하는 일부 거래(동일자에 동일 물량의 아연괴가 CC에서 원고를 거쳐 EE으로 이동하는 거래이다)에 대하여 원고의 아연괴 매매일지에 ‘swap’이라고 표시한 바 있고, 조세범칙사건 조사 당시 스스로 위와 같은 표기의 의미를 나름 설명하기도 하였다.

다) 이 사건 거래의 전체 진행에 깊이 관여하여 왔고 이 사건 거래의 구체적 내용을 매번 III와 협의하기도 한 원고의 영업담당자 MMM는 BBB과 가까인 친척관계에 있다. BBB은 조세범칙사건 조사 당시 ‘자신이 2004년부터 원고의 대표이사를 맡으면서 세금계산서 발급 업무 등 회사 업무를 전반적으로 관리하였고, MMM는 영업을 담당하고 있으며, OOO은 사무실 내근직으로, PPP는 감사로 업무를 수행하였다’고 진술하고 있는바, 이러한 원고의 인적 구성 및 업무 분장을 보더라도 원고가 이 사건 아연괴 공급거래 경과 전반을 인식하고 있었다고 보인다.

라) 원고는 2015년 말 단기차입금 잔액이 273,699,899원에 불과하였으나(장기차입금 잔액 0원), 판시 범행기간이 개시된 2016년 말 그 잔액이 660,857,097원으로 증가하였고, 2017년 중에는 별도의 은행대출이 이루어져 500,000,000원의 장기차입금 채무가 발생하였다. 원고의 은행 등 금융기관의 대출로 보이는 장단기 차입금 잔액은 2016년 660,857,097원, 2017년 794,785,761원, 2018년 783,631,894원, 2019년 539,997,821, 2020년 769,601,805원의 수준을 유지하고 있는바(다만, 원고는 2021. 3.경 장기차입금에 해당하는 대출금 잔액 약 3억 5,000만 원을 상환한 것으로 보인다), 이 사건 쟁점 세금계산서 수수에 따른 매출 외형의 증대는 이 같은 대출의 발생 및 유지에 직간접적인 영향을 주었을 것으로 보인다.

마) 원고가 가공 또는 공급금액 과다 기재 세금계산서라는 사실을 알지 못하였다는 원고의 이 부분 주장을 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다는 취지로 선해하여 보더라도, 세금계산서불성실가산세는 사업자가 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수한다는 점에 관한 인식이 있었을 것을 요건으로 하지 아니한바, 앞서 본 제반 사정에 비추어 볼 때 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 할 것이어서 납세의무자에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보기도 어렵다.

3) 신의성실 원칙 위반 여부

가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두9103 판결 참조), 이러한 신의성실의 원칙이나 국세기본법 제18조 제3항 에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다(대법원 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결, 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두12144 판결 등 참조).

나) 갑 제19, 20호증의 각 기재에 의하면, 원고와 CC 간의 이 사건 쟁점 세금계산서 수수와 동일한 형태의 거래가 2015년경에도 이루어졌고, 이에 대하여 CC이 화성세무서로부터 세무조사를 받고 원고도 피고에게 소명자료를 제출한 사실은 인정되나, 이 과정에서 설령 피고 등 과세관청이 당시 위와 같은 형태의 거래를 가공거래 등으로 문제시한 바 없었다고 하더라도, 이러한 사정만을 들어 피고가 이 사건 쟁점 세금계산서 수수를 정상적으로 받아들이고 향후에도 비과세하겠다는 공적 견해를 명시적이나 묵시적으로 표명하였다거나 원고가 그와 같은 내용의 보호가치 있는 신뢰를 갖게 되었다고 인정하기에 부족하다. 따라서 이 사건 처분이 신의성실 원칙에 위반된다고 보기 어렵다.

4) 정당세액의 산정

가) 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, 관련 형사재판에서는 이 사건 쟁점 세금계산서 중 일부에 대하여 ‘원고가 2016. 7. 1.경부터 2021. 5. 20.까지 공급가액 합계 10,142,789,233원을 부풀린 거짓으로 기재한 세금계산서 102장을 발급받았다’는 조세범처벌법위반죄3)만이 인정되었고(이하 ‘이 사건 과다기재 수취 부분’이라 한다), 이 사건 과다기재 수취 부분이 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우에 해당함을 전제로 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서 교부등)의 점으로 기소된 부분에 관하여 무죄로 판단된 사실이 인정된다. 한편, 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에 있는바(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조), 피고가 제출한 증거만으로는 관련 형사재판의 사실인정과 달리 이 사건 과다기재 수취 부분 각 세금계산서의 공급가액이 실제보다 과다하게 기재되었음을 넘어 그 공급가액 전부가 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 가공으로 기재된 금액이라 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

나) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되고 2025. 12. 23. 법률 제21218호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항 제5호는 재화 또는 용역을 공급받고 공급가액을 과다하게 기재한 세금계산서등을 발급받은 경우 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트의 가산세를 부과하도록 규정하고 있고, 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것) 제60조 제2항 제5호는 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트의 가산세를 부과하도록 규정하고 있는 바, 이 사건 과다기재 수취 부분 중 2016년 1기 내지 2017년 2기분에 대하여는 1퍼센트의 가산세가, 2018년 2기 내지 2021년 1기분에 대하여는 2퍼센트의 가산세가 부과됨이 타당하고, 이 사건 처분 중 이를 초과하여 이 사건 과다기재 수취 부분 모두가 재화 등을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우에 해당함을 전제로 이루어진 부분은 위법하다고 할 것이다.

다) 이에 따라 산정된 각 정당세액은 별지1 목록 각 정당세액란 기재와 같은바, 피고가 2021. 11. 3. 원고에 대하여 한 이 사건 처분 중 위 목록 기재 각 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위와 같이 인정된 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.