수령하지 못한 양도대금에 대한 상여처분 적정 여부

매매계약이 실제로 성립하여 이 사건 법인에 매매대금 채권이 귀속된다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 법인에 1,520,000,000원 상당의 익금이 발생하였다고 보기 어려움

사 건

2024구합59329 종합소득세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

aaa세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 10.

판 결 선 고

2026. 6. 19.

주 문

1. 피고가 2023. 5. 5. 원고에 대하여 한 종합소득세 702,634,459원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2014년경부터 2018년경까지 주식회사 bbbbbb 농업회사법인(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 대표자로 재직한 사람이다.

나. 천안시 동남구 ○○면 ○○○리 410, 410-15, 410-16, 410-17 각 토지(이하 ‘이 사건 각 토지’라 한다)는 BBB의 소유였는데, 2018. 2. 20. 이 사건 법인 앞으로 2018. 2. 14. 증여를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다. 이 사건 각 토지 지상 건물 4개동(이하 ‘이 사건 각 건물’이라 하고, 이 사건 각 토지와 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다)에 관하여도 2018. 2. 28. 이 사건 법인 앞으로 소유권보존등기가 마쳐졌다.

다. 이 사건 각 부동산에 관하여 2018. 2. 28. CCC 앞으로 2018. 2. 28. 매매예약 을 원인으로 한 소유권이전청구권가등기가 마쳐졌다가, 2018. 10. 31. 농업회사법인 주식회사 cccccc(이하 ‘cccccc’이라고만 한다) 앞으로 위 가등기에 대한 소유권이전청구권이전등기와 2018. 9. 10. 매매(이하 ‘이 사건 매매’라 한다)를 원인으로 한 소유권이전등기가 각각 마쳐졌다.

라. 이 사건 법인은 2018 사업연도 법인세 신고를 하지 않았고, 이에 피고는 이 사건 법인의 2018 사업연도 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정하면서, 이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권 중 채권최고액을 576,000,000원으로, 채무자를 BBB으로, 근저당권자를 000000축산업협동조합으로 하는 근저당권(이하 ‘이 사건 근저당권’이라 한다)의 피담보채무(480,000,000원)를 이 사건 법인이 인수하였다고 보고, 이 사건 매매대금으로 신고된 2,000,000,000원에서 위 피담보채무액 480,000,000원을 공제한 1,520,000,000원을 익금산입한 후 그 귀속이 불분명하다고 보아 원고에게 상여처분하고 2021. 12. 9. 소득금액변동통지를 하였다.

마. 피고는 2023. 5. 5. 위 소득금액변동통지 내용에 따라 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 702,634,459원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 8 3. 심판청구를 하였으나, 위 심판청구는 2023. 12. 19. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 9, 10, 11호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 법인에 이 사건 매매대금 2,000,000,000원이 귀속되지 않았으므로, 사외유출이 존재할 수 없다. 그럼에도 위 대금 상당액의 수익 귀속 및 사외유출을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2) 설령 그렇지 않더라도, 위 대금 2,000,000,000원 중, 이 사건 근저당권의 피담보 채무액뿐만 아니라, 이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권 중 채권최고액을 720,000,000원으로, 채무자를 BBB으로, 근저당권자를 ee건설 주식회사로 하는 근저당권의 피담보채무액 720,000,000원도 수익에서 공제되어야 한다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

나. 판단

1) 관련 규정 등

법인세법 제67조 , 같은 법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는, 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여․배당․기타 사외유출 등으로 소득처분하고, 다만 이때 사외유출된 것은 분명하나 그 귀속자가 누구인지 불분명한 경우에는 대표자에 대한 인정상여로 소득처분을 하도록 규정하고 있다.

위 각 규정에 따른 대표자에의 인정상여 제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이나(대법원 1992. 7. 14 선고 92누3120 판결 참조), 대표자에 대한 인정상여를 인정하기 위해서는 ‘익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 경우’여야 한다.

따라서 이 사건에 있어서도 피고가 이 사건 법인의 2018 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액을 결정하면서 이 사건 각 부동산에 관한 이 사건 매매대금 중 1,520,000,000원을 이 사건 법인의 익금으로 산입하고 이를 사외유출로 본 것이 적법한지가 우선 문제된다.

2) 구체적 판단

가) 앞서 든 증거들, 갑 제3 내지 8, 12 내지 14호증, 을 제3 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음 각 사실이 인정된다.

(1) 이 사건 법인의 실질적 운영자는 원고의 배우자인 DDD이고, 이 사건 매매의 매수자로 되어 있는 cccccc의 실질적 운영자는 EEE이며, CCC은 EEE의 배우자이다.

(2) 이 사건 법인은 2021. 2. 15. 서울북부지방법원에 cccccc을 상대로 ‘이 사건 매매대금 2,000,000,000원에서 이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권들의 피담보채무 합계 1,296,000,000원을 공제한 704,000,000원 매매대금 채권 중 일부청구로서 576,253,481원 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 것’을 청구하는 소송을 제기하였다(2021가합20891). 위 법원은 2025. 8. 21. [① DDD은 EEE을 사기혐의로 고소한 사건(대전지방검찰청 천안지청 20xx형제xxxxx호) 조사 당시 ’EEE으로부터 이 사건 각 토지에 건물을 건축하면 이득이 생기니 같이 해보자는 제안을 받고, 자신과 EEE이 함께 이 사건 각 토지를 개발하여 수익금을 절반씩 나누기로 하였고, 이 사건 각 토지를 이 사건 법인 명의로 매입하였다‘, ’이 사건 각 토지에 대한 소유권이 이 사건 법인 명의로 되어 있어야 은행에서 대출 받기가 수월하여 이 사건 법인 명의로 매입한 것이다‘라는 등의 진술을 하였고, 이 사건 각 토지 개발에 관한 각종 허가권 및 이 사건 각 건물에 관한 건축허가 명의 변경 내지 사용승인 등에 관한 경위가 위 진술에 부합하는 점, ② 2018. 2. 28. 이 사건 각 건물에 관하여 원고 명의의 소유권보존등기가 경료됨과 동시에 이 사건 각 부동산에 관하여 CCC을 가등기권자로 한 소유권이전청구권가등기가 마쳐지고, 위 가등기에 터잡아 cccccc 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌는데, 이는 DDD과 EEE이 공동으로 이 사건 각 토지 개발 사업을 진행하는 과정에서 이 사건 법인 명의로 대출을 받기 위해 이 사건 각 부동산의 소유 명의만 이 사건 법인으로 하였음을 뒷받침하는 점, ③ 이 사건 법인이 BBB으로부터 이 사건 각 토지를 증여받은 경위나 이 사건 각 건물에 대하여 소유권보존등기를 마치게 된 경위에 대해 합리적인 설명이 없고, ’EEE이 DDD에 대한 약 550,000,000원 상당의 채무 변제를 담보하기 위해 이 사건 각 부동산의 소유 명의를 이 사건 법인 앞으로 한 것이다‘라는 취지의 이 사건 법인 주장은 이를 뒷받침하는 증거가 없으며, 만약 그 주장이 사실이라고 한다면 cccccc(실질적으로는 EEE)이 이 사건 각 부동산을 2,000,000,000원에 다시 매수한다는 것이 납득될 수 없는 점, ④ 이 사건 매매계약의 계약서에 의하면 매수인은 매매대금 2,000,000,000원 전액을 계약 당일 매도인에게 지급하고, 같은 날 소유권이전등기를 마치도록 되어 있는데, 이 사건 각 토지와 매매대금의 규모를 거래 관행에 비추어 볼 때 위 계약 내용은 이례적인 점, ⑤ 또한 위 계약서에는 ’이 사건 각 부동산에 설정된 근저당권 내지 지상권설정등기 중 매수인이 승계하기로 합의한 것은 매수인이 승계한다‘고 규정하면서도 그 승계 대상 등에 관한 구체적인 합의 사항은 언급하고 있지 않은 점, ⑥ 이 사건 각 부동산에 관하여 cccccc으로 소유권이전등기가 마쳐진 2018. 10. 31.부터 약 2년이 넘는 기간 동안 매매대금 청구 등의 조치가 이루어지지 않은 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 법인과 cccccc 사이에 이 사건 각 부동산에 관하여 매매대금을 2,000,000,000원으로 하는 이 사건 매매계약이 실제로 체결되었다고 인정할 수 없다]는 이유로 청구기각판결을 선고하였다. 이 사건 법인이 위 판결에 대하여 항소를 제기하지 않아 위 판결은 2025. 9. 12.경 그대로 확정되었다(이하 ‘관련 민사사건’이라 한다).

(3) DDD은 ‘EEE이 관련 민사사건에서 이 사건 법인 명의의 계약서 등을 위조하고 관련 민사사건 법원에 제출하는 등으로 사문서위조, 위조사문서행사, 사기미수 등의 범행을 하였다’는 내용으로 EEE을 고소하였다. 이에 따라 제기된 공소에 대하여 대전지방법원 천안지원은 2025. 4. 8. [① 공소사실 기재 각 사문서위조 시점에 EEE은 구속 상태였던 점, ② EEE과 DDD은 적어도 2016. 11.경부터 공동으로 이 사건 각 토지를 개발하는 사업을 하면서, EEE은 인허가 및 공사를 진행하고, DDD은 토지 개발 자금을 조달하기로 각자 역할을 분담한 것으로 보이는 점, ③ DDD은 증인으로 출석하여 ‘자신이 2016년경 이 사건 각 토지 개발 사업을 시작할 무렵 EEE에게 관련 인․허가에 사용할 목적으로 이 사건 법인의 법인인감을 교부하였고, 2016. 9. 1. 이를 이용하여 BBB과의 매매계약서를 작성하였다’는 취지로 진술한 점,

④ DDD은 2020. 2.경 대전지방검찰청 천안지청에서 조사 받을 당시, ‘이 사건 각 토지에 관하여 이 사건 법인 앞으로 소유권이전등기를 마친 경위’를 묻는 수사관의 질문에 대하여 ‘이 사건 각 토지에 대한 소유권이 이 사건 법인 앞으로 되어 있어야 은행에서 대출받기가 수월하다’고 답변한 점 등을 종합하여 보면, 제출된 증거만으로는 이 사건 매매계약에 따른 매매대금 채권의 존재 내지 공소사실을 인정할 수 없고, 달리 증거가 없다]는 취지로 EEE에 대하여 무죄를 선고하였다[20xx고단xxxx, 20xx고단xxxx(병합)]. 이에 대하여 검사가 항소하였으나, 그 항소심 법원은 항소기각판결을 선고하였다(대전지방법원 20xx노xxxx). 위 항소심 판결에 대하여 상고가 제기되지 않아위 제1심 판결은 2026. 2. 13.경 그대로 확정되었다(이하 ’관련 형사사건‘이라 한다).

나) 위 사실관계에다가 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 각 사정을 더하여 보면, 이 사건 법인과 cccccc 사이에 실제로 이 사건 매매계약이 체결되었다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없는바, 이 사건 법인에 2018 사업연도에 이 사건 매매와 관련된 수익이 귀속되었다고 볼 수 없어 익금으로 산입할 금액을 인정할 수 없는 이상 그 금액의 사외유출 역시 인정될 수 없으므로, 익금 산입 금액의 존재 및 그 금액의 사외유출을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 따라서 원고의 제1주장은 이유 있다(원고의 제2주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 아니 한다).

(1) 법인세법 제15조 , 같은 법 시행령 제11조 제2호에 따르면, 자산의 양도금액은 법인의 익금으로 산입되는바, 소유 명의가 이 사건 법인 앞으로 되어 있던 이 사건 각 부동산에 관하여 2018. 10. 31. cccccc 앞으로 이 사건 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌고, 이에 피고는 위 등기 당시 매매대금으로 신고된 2,000,000,000원에서 이 사건 근저당권의 피담보채무액을 공제한 1,520,000,000원을 익금으로 산입한 후 그 귀속이 불분명하다고 보아 원고에게 상여처분을 하고 그에 근거하여 이 사건 처분을 하였다.

(2) 그러나 ① 행정사건의 재판에 있어서는 다른 민사사건, 형사사건 및 행정 사건의 판결에서 인정된 사실에 구속을 받는 것은 아니라 할지라도 이미 확정된 관련 사건의 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 된다고 할 것이므로 합리적인 이유설시 없이 이를 배척할 수는 없는 점(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두14771 판결 등 참조), ② 관련 민사사건 및 관련 형사사건의 각 확정판결의 내용 및 관련 민사사건 및 관련 형사사건에 이르기까지 전체 과정에서 DDD 등이 한 진술의 내용 등에 비추어 보면, DDD과 EEE이 이 사건 각 토지에 건물을 신축하는 내용의 개발 사업을 함께 진행하는 과정에서 대출 편의를 도모하기 위하여 이 사건 각 부동산에 관하여 이 사건 법인 앞으로 소유권이전등기 또는 소유권보존등기를 마치게 된 것으로 보이는바, 이후 이루어진 이 사건 매매계약이 실제로 이 사건 법인과 cccccc 사이의 매매계약 체결의사에 따라 체결된 것이라고 보기 어려운 점, ③ 관련 민사사건 및 관련 형사사건의 판결에서 인정된 사실 또는 사정을 합리적으로 배척할 만한 자료가 제출되지 않은 점, ④ 그 밖에 피고가 주장하는 사정들 및 제출하는 증거들만으로는 이 사건 매매계약이 실제로 성립하여 이 사건 법인에 매매대금 채권이 귀속된다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 바와 같은 소유권 이전 현황이나 사정들만으로 이 사건 법인에 1,520,000,000원 상당의 익금이 발생하였다고 보기는 어렵다.

(3) 피고는 ’관련 형사판결 및 민사판결은 이 사건 처분 이후에 선고 및 확정 되었으므로 이 사건 처분에 영향을 미칠 수 없다‘고 주장한다. 그러나 ’항고소송에서 행정처분의 위법 여부는 행정처분이 있을 때의 법령과 사실 상태를 기준으로 판단하여야 한다‘는 것은 처분 후에 생긴 법령의 개폐나 사실 상태의 변동에 영향을 받지 않는다는 뜻이지, 처분 당시 존재하였던 자료나 행정청에 제출되었던 자료만으로 위법 여부를 판단한다는 의미는 아니므로, 법원은 행정처분 당시 행정청이 알고 있었던 자료 뿐만 아니라 사실심 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료를 종합하여 처분 당시 존재하였던 객관적 사실을 확정하고 그 사실에 기초하여 처분의 위법 여부를 판단할 수 있다고 할 것인데(대법원 2018. 6. 28. 선고 2015두58195 판결 등 참조), 관련 형사사건 및 관련 민사사건의 각 확정판결문 및 관련 자료는 이 사건 변론종결 시까지 제출된 자료로서 이 사건 처분 당시 존재하였던 객관적 사실을 확정하기 위한 자료에 해당하므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.