특정법인 주식비율 판단시 간접보유비율이 포함되는지 여부

상증세법 제45조의5 제1항의 특정법인의 주식보유비율을 산정함에 있어서 간접보유비율도 포함되는 것임

사 건

2025구합55163 증여세부과처분취소

원 고

최AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2026. 6. 17.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 12. 6. 원고에 대하여 한 2021년 9월 귀속 증여세 2xx,xxx,xxx원의 부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 에AA(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 주주로, 2021년 중 이 사건 법인에 대한 직접 주식보유비율은 39.61%(자기주식 수 제외 전 30.01%)였다.

나. 원고의 모친인 정AA은 2021. 9. 14. 자신이 보유하고 있던 이 사건 법인 발행주식 21,338주를 이 사건 법인에 증여하였고(이하 ‘이 사건 증여’라 한다), 이 사건 법인은 위 증여에 따른 자산수증이익 2,xxx,xxx,xxx원(21,338주 × 주당 1xx,xxx원)을 익금에 산입하여 2021 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

다. ○○세무서장은 2024. 9. 5.부터 2024. 9. 21.경까지 원고 및 이 사건 법인에 대한 증여세 세무조사를 실시하여, 이 사건 법인이 구 상속세 및 증여세법(2023. 12. 31. 법률 제19932호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제45조의5(이하 ‘이 사건 쟁점 규정’이라 한다)에서 정한 특정법인에 해당하고, 이 사건 법인의 지배주주인 원고가 특수관계인인 정AA으로부터 이 사건 법인 주식을 무상제공받은 이익에 이 사건 법인의 지배주주인 원고가 직·간접으로 보유하는 주식보유비율인 63.53%을 적용하여 계산한 1,xxx,xxx,xxx원을 원고가 증여받았다고 보아, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 피고는 이에 따라 2024. 12. 6. 원고에 대하여 증여세 2xx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2025. 3. 7. 국세청장에 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2025. 5. 14. 원고의 심사청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 쟁점 규정 중 ‘지배주주등이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 특정법인’ 부분에 있어서는 간접보유비율이 포함됨을 명확히 규정하고 있는 반면(이하 ‘이 사건 전단 규정’이라 한다), 증여의제이익을 규정하는 ‘특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액’ 부분에서는 간접보유비율이 포함됨을 명시하고 있지 않다(이하 ‘이 사건 후단 규정’이라 한다). 따라서 이 사건 쟁점 규정의 해석상 원고가 이 사건 법인에 대하여 직접 주식을 보유한 비율에 따라서만 증여의제이익이 산정되어야 하는바, 이 사건 처분 중 원고의 직접보유비율을 초과하여 원고의 간접보유비율까지 포함하여 증여의제이익을 산정하여 부과한 부분(본세 및 가산세 부분)은 위법하다.

2) 이 사건 쟁점 규정의 문언이 명확하지 않고, 위 쟁점 규정에 대한 변경된 유권해석이 나오기 전 이 사건 증여가 이루어진 점 등에 비추어 보면, 원고에게 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과할 수 없는 경우에 해당한다.

나. 판단

1) 주식의 간접보유비율 포함 여부

가) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2025. 2. 27. 선고 2023두37544 판결 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제5호증, 을 제2 내지 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 쟁점 규정 중 ‘특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액’ 부분의 주식보유비율에는 ‘간접으로 보유하는 주식보유비율’도 포함된다고 보아 증여의제이익을 산정함이 상당하다.

(1) 이 사건 쟁점 규정은 ‘지배주주등이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 특정법인이 지배주주의 특수관계인과 다음 각호에 따른 거래를 하는 경우’ 그 특정법인의 이익에 ‘특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액’을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 의제하여 과세하는 규정으로, 특정법인과 특수관계인 사이의 거래를 통해 특정법인의 주주에게 무상으로 이전되는 이익을 증여세 과세대상으로 삼고 있다.

(2) 동일한 법률조항에서 납세의무자, 과세대상, 과세표준 등을 함께 규정하면서 사용된 특정 용어는 특별한 사정이 없는 한 동일하게 해석하여야 한다. 이 사건 쟁점 규정의 적용 대상인 특정법인을 판단함에 있어 이 사건 전단 규정이 그 기준인 ‘주식보유비율’에 간접으로 보유하는 주식보유비율을 포함시키고 있음은 문언상 분명하고, 이 사건 쟁점 규정의 입법목적도 지배주주등이 직접보유는 물론 간접보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 특정법인의 일정한 거래와 관련하여 특정법인의 주주에게 무상으로 이전된다고 볼 수 있는 이익에 대해 증여세를 과세하는 데 있다. 그렇다면 이 사건 쟁점 규정이 과세대상으로 삼고 있는 ‘증여의제이익’을 산정함에 있어서 이 사건 후단 규정이 규정하고 있는 ‘주식보유비율’ 또한 이 사건 전단 규정이 정한 ‘지배주주등이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율’과 같은 의미로 해석함이 타당하다. 설령 이 사건 후단 규정이 과세표준이 되는 증여의제이익의 규정함에 있어 ‘주식보유비율’라고만 할 뿐 직접·간접보유비율 여부를 명시하고 있지 아니하더라도 달리 보기 어렵다.

(3) 만약 이 사건 전단 규정을 적용함에 있어 그 문언에 따라 간접보유비율은 포함하면서 이 사건 후단 규정을 적용하여 증여의제이익을 산정함에 있어서는 간접보유비율은 제외할 경우, ‘지배주주등이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율이 100분의 30 이상인 특정법인이 지배주주의 특수관계인과 다음 각호에 따른 거래를 하는 경우’로서 과세대상이 되는 것이 분명함에도 ‘지배주주등이 간접으로 보유하는 주식보유비율’을 통해 계산되는 금액 부분은 증여의제이익에서 제외된다고 보게 되고, 나아가 지배주주등이 특정법인의 주식을 간접으로만 100분의 30 이상을 보유하는 경우 이 사건 전단 규정에 따라 과세대상이 존재하나 과세표준인 증여의제이익은 산정할 수 없어 과세대상이 아니라는 모순된 결과에까지 이르게 되는바, 이 사건 쟁점 규정의 입법취지가 이러한 결과를 염두에 두고 있다고 보이지 아니한다.

(4) 구 상속세 및 증여세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것) 제45조의5 제1항 본문과 같은 항 제3호의 ‘주식보유비율’은 모두 ‘특정법인의 지배주주와 그 친족의 주식보유비율’을 의미하는 것으로, 여기에는 간접보유비율도 포함되는 것으로 해석되어 왔다(상고를 심리불속행으로 기각한 대법원 2025. 3. 13.자 2024두63953 판결의 원심인 서울고등법원 2024. 10. 30. 선고 2024누33282 판결 참조). 2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정된 구 상속세 및 증여세법 제45조의5 는 특정법인의 결손 여부 등에 따라 과세대상 법인과 과세대상 주주를 구분하여 과세하던 방식에서 결손ㆍ흑자법인 구분을 폐지하고 과세대상 법인과 주주를 일원화하는 것으로 개정 되었을 뿐, 그 개정 과정에서 종전과 달리 지배주주등이 간접으로 보유하는 주식보유비율을 증여의제이익의 계산에 반영하지 않을 것인지를 검토하거나 고려하였다고 볼 사정은 찾을 수 없다. 나아가 이 사건 후단 규정의 ‘주식보유비율을 곱하여 계산한 금액’라는 문언은 구 상속세 및 증여세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것) 제45조의5 제1항 본문의 해당 부분과 동일하게 유지되고 있는바, 2019. 12. 31. 법률 제16846호로 본 조항이 개정되면서 이 사건 전단 규정에 ‘직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율’이라는 문언이 추가되었다는 사정만으로 아무 변경이 없었던 이 사건 후단 규정 해당 부분 문언의 의미내용이 변경된다는 것은 통상의 법해석상 받아들이기 어렵다.

(5) 2023. 12. 31. 법률 제19932호로 개정된 상속세 및 증여세법 제45조의5 제1항 은 종전의 이 사건 후단 규정인 “…거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다”는 규정을 “…거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등이 직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다”로 개정하였는데, 위 개정에 대한 입법자료에는 ‘위 법률 개정을 통해 비로소 증여의제이익을 계산할 때 간접으로 보유하는 주식비율까지 고려할 수 있게 된다’는 취지의 내용은 없다. 오히려 위 법률 개정은 이 사건 전·후단 규정 모두에 걸쳐 주식의 직ㆍ간접보유 여부를 불문하고 주식보유비율을 판단한다는 종전의 해석론을 명확히 한 것으로 보는 것이 타당하다. 나아가 2025. 12. 23. 법률 제21219호로 개정된 현행 상증세법 제45조의5 제1항은 ‘지배주주등의 주식보유비율이 100분의 30 이상인 법인(이하 이 조 및 제68조에서 “특정법인”이라 한다)이 지배주주 및 그 특수관계인과 다음 각 호에 따른 거래를 하는 경우에는 거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다’고 정하여 직·간접보유비율 여부에 대한 문언을 전부 삭제하면서, 상증세법 제45조의3 제1항에서 제45조의4 및 제45조의5 전부에 적용될 용어로서 ‘주식보유비율’을 ‘직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율’이라고 일괄하여 정의하고 있기도 하다. 이 같은 법 개정 전체 경과를 살펴보면, 이 사건 쟁점 규정상 ‘주식보유비율’과 관련하여 실체적 의미 내용이 수시로 변경되어 왔다고 보기는 어렵고, 오히려 법령의 용어와 체제를 정비해 오는 과정의 일환이라고 봄이 상당하다.

2) 가산세 부과처분의 위법 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결, 대법원 2007. 4. 26. 선고 2005두10545 판결 등 참조).

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고에게 이 사건 증여와 관련하여 신고·납부의무의 해태를 탓할 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

(1) 이 사건 쟁점 규정 문언 자체를 보더라도 이 사건 후단 규정의 ‘주식보유비율’을 해석함에 있어 이 사건 전단 규정의 ‘직접 또는 간접으로 보유하는 주식보유비율’은 유력한 준거가 될 수밖에 없다. 이 사건 후단 규정의 ‘주식보유비율’에 ‘간접으로 보유하는’이라는 문언이 없다는 이유만으로 만연히 이를 ‘직접 보유하는 주식보유비율’만을 의미하는 것으로 해석하고 신고·납부의무를 이행하지 않은 것에 그 잘못을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다. 나아가 원고는 과세관청에 위 규정의 해석을 요청하거나 자신의 증여세 신고·납부의무 존부를 문의하였다는 사정도 찾아볼 수 없다.

(2) 원고가 들고 있는 기획재정부 또는 과세관청의 유권해석 대부분은 구 상속세 및 증여세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것) 제45조의5 제1항 제1호가 정하는 ‘결손법인인 특정법인’에 관한 것들로, 2019. 12. 31. 법률 제16846호로 구 상속세 및 증여세법 제45조의5 제1항 이 개정되어 결손ㆍ흑자법인 구분을 폐지하고 과세대상 법인과 주주를 일원화된 이후로 이 사건 증여에 적용될 이 사건 쟁점 규정과 관련하여서는 더 이상 의미를 가지지 못하는 것으로 보인다. 나아가 다음과 같은 사정, 즉 ① 구 상속세 및 증여세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30391호로 개정되기 전의 것) 제34조의4 제5항 제1호는 결손법인인 특정법인과 관련하여는 ‘지배주주등의 주식보유비율’이 아닌 ‘최대주주등의 주식등의 비율’에 따라 증여의제이익을 산정함을 명시하고 있는 점, ② 기획재정부의 유권해석상으로도 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정된 것) 제45조의5 제1항의 ‘주식보유비율’은 특정법인의 유형에 따라 각각 판단하는 것으로, 당시 적용되던 위 시행령 제34조의4 제5항 제1호의 ‘최대주주등의 주식등의 비율’과 관련하여서 ‘직접 보유한 주식’을 기준으로 한다는 취지임을 명시하고 있는 점, ③ 원고가 원용하는 2021. 7. 20.경 국세청 예규는 현재 그 전체 내용과 취지가 확인되지 않고 있을 뿐만 아니라, 원고가 이에만 의존하여 신고·납부의무를 만연히 불이행한 것을 정당화하기도 어려운 점 등을 고려할 때, 원고가 이 사건 증여에 관하여 신뢰가치가 있었던 일관된 유권해석이 존재했다고 보기는 부족하다.

(3) 이 사건 법인에 대한 원고의 주식 직접보유비율은 30%의 비율을 초과하고 있어, 이 사건 증여로 원고는 이 사건 법인에 대한 주식의 간접보유비율 여하와 무관하게 증여세 납세의무를 지게 되는바, 원고는 이에 관한 아무런 신고·납부의무를 이행하지 않았고 이로써 간접보유비율을 포함한 정당한 신고·납부의무 전부를 이행할 계기를 스스로 방기하였다는 점에서 정당한 사유를 인정하기 어렵다. 나아가 특정법인에 대한 간접으로만 주식을 보유하는 사람과 달리 원고와 같은 특정법인의 직접 주주의 경우 특수관계인의 재산 등 무상 제공으로 인한 사실상의 증여를 보다 용이하게 파악할 수 있는 지위에 있는 점, 특히 원고는 이 사건 증여 당시 이 사건 법인의 대표이사 지위에 있으면서 이 사건 증여에 따른 법인세 신고·납부를 이행하기도 하였던 점 등까지 고려하면, 가산세를 부과하지 않을 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.