양도차익 발생여부 및 과세특례적용신청서 제출 여부가 적격물적분할과 비적격물적분할을 구분하는 기준이 될 수 없고, 적격분할의 요건을 갖추어 사업의 실질적 동일성이 유지되는 경우 원칙대로 순손익을 반영하여 비상장주식의 객관적 가치를 평가하여야 함

비상장주식의 평가방법은 사업의 연속성 또는 실질적 동일성 여부에 따라 달라지는 것이지, 양도차익 또는 양도차손의 발생 여부와는 무관하고 물적분할과세특례신청서 제출은 과세특례를 적용받기 위한 절차적 요건일 뿐 적격물적분할로 인정되기 위한 요건이 아님

사 건

2024구합80521 법인세부과처분취소

원 고

○○○○○ 주식회사, ○○○○ 주식회사,

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 16.

판 결 선 고

2026. 6. 11.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고들에게 한 별지1 과세처분 목록 기재 각 부과처분 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자들의 지위

1) 원고 aaa 주식회사(이하 주식회사 기재를 생략한다)는 1988. 7. 의류제조 사업을 목적으로 설립된 법인이다(2015. 11. 3. 상호를 ‘bb’에서 ‘aaa’로 변경하였다).

2) 원고 bb 원고 aaa의 의류제조 사업부문을 물적분할하여 설립된 법인으로, 2015. 11. 3. 분할등기를 마쳤다.

3) ccc는 2004. 12. 의류제조 사업을 목적으로 설립된 법인으로, 원고 aaa의 지배주주 김##의 자녀들인 김@@, 김$$, 김%% 지분 100%)를 보유하고 있었다.

나. 원고 aaa의 물적분할 및 원고 bb 설립

1) 원고 aaa는 2015. 11. 1. 의류제조 사업부문을 물적분할하여 분할신설법인인 원고 bb을 설립하고(이하 ‘이 사건 물적분할’이라 한다), 원고 bb의 지분 100%를 취득하였으며, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사로 전환되었다.

2) 원고 aaa는 4개의 국내 자회사 및 21개의 해외 자회사의 비상장주식을 보유하고 있었는데, 이 사건 물적분할로 16개의 해외 자회사 주식이 원고 bb에게 승계되었다. 그중에는 니카라과에 소재한 cc(이하 ‘이 사건 니카라과 자회사’라 한다) 주식, 인도네시아에 소재한 dd(이하 ‘이 사건 인도네시아 자회사’라 한다) 주식이 포함되어 있다.

3) 원고 aaa는 서울 oo구 oo로 oo소재 건물(이하 ‘**빌딩’이라한다)을 소유하고 있는데, 이 사건 물적분할 과정에서 **빌딩은 원고 bb에게 승계되지 않았다. 이후 원고 bb은 원고 aaa로부터 **빌딩 일부를 임차하여 의류제조 사업을 영위하였다.

4) 원고 aaa는 이 사건 물적분할이 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의 요건을 갖추지 못한 비적격물적분할에 해당한다고 보아, 이 사건 물적분할로 발생한 약 76억 원의 양도차손 전액을 당기의 손금에 산입하여 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

다. ccc와 원고 aaa 간의 주식양도

1) ccc는 2017. 4. 3. 보유하던 원고 aaa 발행주식 505,129주를 원고 aaa에게 1주당 15,***5원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 주식양도’라 한다).

2) 이 사건 주식양도 당시 원고 aaa 주식의 1주당 가액은 이 사건 물적분할이 비적격물적분할이라는 전제에서 원고 aaa가 지분 100%를 보유하는 원고 bb의 주식을 구 상속세 및 증여세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29533호로 개정되기 전의 것, 이하 3.항까지 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제4항 제2호 전문, 제2항에 따른 순자산가치법에 의해 1주당 9,##2 원으로 평가함으로써 산정되었다.

라. 원고 bb과 ccc 간의 포괄적 주식교환

1) 원고 bb은 2018. 6. 1. ccc와 포괄적 주식교환을 하여 ccc의 지분 100%를 취득하였다(이하 ‘이 사건 주식교환’이라 한다).

2) 이 사건 주식교환에 따라 ccc의 주주 김@@, 김$$, 김%%는 보유 주식 전부(200,000주, 1주당 평가액 68#,##0원)를 원고 bb에게 이전하고, 그 대가로 원고 bb의 신주(18,436,757주, 1주당 평가액 7,#0원)를 교부받았다. 위 주식 교환비율은 이 사건 물적분할이 비적격물적분할이라는 전제에서 원고 bb의 주식을 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 전문, 제2항에 따라 순자산가치로 평가함으로써 산정되었다.

마. 원고들에 대한 법인세 부과처분

1) oo지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2020. 11. 25.부터 2021. 1. 12.까지 원고 aaa 및 ccc에 대한 2015 내지 2019 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고, ‘➀이 사건 물적분할은 적격물적분할이므로 이 사건 주식양도 및 주식교환 당시 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후문을 적용하여 원고 bb의 주식을 같은 조 제1항에 따라 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균하여1주당 12,130원으로 평가하였어야 한다. ➁ 이 사건 물적분할 당시 이 사건 인도네시아 자회사 주식을 평가할 때 이 사건 인도네시아 자회사가 보유한 부동산의 시가를 현지 재산세 과세표준으로 산정하였어야 한다’는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

2) 피고는 위 ➀에 따라, 이 사건 주식양도 당시 원고 bb의 주식을 순자산가치만으로 과소평가하여 원고 aaa의 주식이 저가양도되었고 이는 부당행위계산부인 대상이 된다는 등의 이유로, 2021. 9. 10. ccc에게 2017 사업연도 법인세 1,258,0**,***원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다. 이후 원고 bb이 2022. 4. 1. ccc를 흡수합병함으로써 그 권리ㆍ의무를 포괄승계하였다.

3) 또한 피고는 위 ➀에 따라, 이 사건 주식교환 당시 원고 bb의 주식을 순자산가치만으로 과소평가하여 김@@, 김$$, 김%%가 원고 bb의 지분을 과다하게 취득하였고 그 결과 원고 bb의 다른 주주인 원고 aaa의 지분이 줄어든 만큼 이익을 분여하였으며 이는 부당행위계산 부인 대상이 된다는 이유로, 2021.9. 10. 원고 aaa에게 2018 사업연도 법인세 12,579,***,***원(가산세 포함), 2019 사업연도 법인세 2,150,6**,***원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다.

4) 한편 피고는 위 ➁에 따라, 원고 aaa가 이 사건 물적분할 당시 이 사건 인도네시아 자회사가 보유한 부동산의 시가를 장부가액으로 산정하여 이 사건 인도네시아 주식의 가액을 과소평가하였고 그 결과 양도차익 5,083,***,***원을 누락하였다는 등의 이유로, 2021. 2. 9. 원고 aaa에게 2015 사업연도 법인세 2,279,7**,***원(가산세 포함), 2016 사업연도 법인세 130,4**,***원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다4)(이하 위 각 과세처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 하고, 구체적인내용은 별지1 과세처분 목록 기재와 같다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 물적분할의 성격 및 원고 bb 주식 평가의 위법 여부에 관한 판단

가. 원고들의 주장

이 사건 물적분할의 경우, 원고 aaa에게 양도차손이 발생하였고, 원고 bb이 유일한 사업용 부동산인 **빌딩을 승계하지 않고 의료제조 사업과 무관한 이 사건 니카라과 자회사 주식을 승계하였으며, 원고 aaa가 물적분할과세특례신청서도 제출하지 않았다. 따라서 이 사건 물적분할은 구 법인세법 제47조 의 요건을 갖추지 못한 비적격물적분할에 해당한다. 조사청이 2015년경 원고 aaa에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고 aaa가 출자전환으로 취득한 해외 자회사의 취득가액이 적정한 것으로 평가되었다. 국세청은 ‘양도차손이 발생한 물적분할은 비적격물적분할이다’라는 유권해석도 하였다. 원고 aaa는 위와 같은 공적 견해표명을 신뢰하여 이 사건 물적분할을 비적격물적분할로 세무처리하였다.

결국 이 사건 주식양도 및 주식교환 당시 원고 bb은 비적격물적분할로 신설된 사업개시 후 3년 미만의 법인에 해당하므로, 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 전문, 제2항에 따라 원고 bb의 주식을 순자산가치로 평가하여야 한다.

나. 관련 규정 및 법리

1) 비상장주식의 보충적 평가방법을 규정한 구 상속세 및 증여세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제63조 제1항 제1호 나목은 ‘비상장주식은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 본문은 법인의 수익력과 자산력을 균형있게 반영하고자 비상장주식의 1주당가액은 원칙적으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균한 가액에 의하도록 규정하는 한편, 제54조 제4항 제2호 전문은 ‘사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인’의 비상장주식의 1주당 가액은 순자산가치로 평가하도록 규정하면서 같은 호 후문에서 ‘ 법인세법 제46조의3 , 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다’고 정하고 있다.

위 규정의 취지는, 사업개시 후 3년 미만의 법인과 같이 과거의 실적을 기초로 미래수익을 예측하여 현재의 주식가치를 파악하는 것이 적절하지 않은 경우에는 해당 법인의 순자산가치로 비상장주식을 평가하되, 적격분할의 요건을 갖추어 분할 전후 사업의 실질적 동일성이 유지되는 경우에는 구 상증세법 시행령 제54조 제1항 본문에서 정한 원칙으로 돌아가 순손익가치를 반영하여 비상장주식의 객관적 가치를 평가하도록하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다.

2) 구 법인세법 제47조 제1항 본문은 ‘분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식등을 취득한 경우로서 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 경우(이하 ‘적격물적분할’이라 한다) 그 주식등의 가액 중 물적분할로 인하여 발생한 자산의 양도차익에 상당하는 금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다‘고 규정하고 있고, 제46조 제2항은 적격분할의 요건으로 제1호에서 ‘분리하여 사업이 가능한 독립한 사업부문을 분할하는 것일 것(가목)’, ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것. 다만, 공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다(나목)’, ‘분할법인등만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것(다목)’을 들고 있다.

분할법인이 물적분할에 의하여 분할신설법인의 주식을 취득하는 경우 원칙적으로 위 주식의 시가와 물적분할한 순자산의 장부가액의 차액을 양도차익으로 과세하여야 하나, 적격분할의 요건을 충족한 때에는 분할법인의 자산 양도차익 상당액을 위 주식의 압축기장충당금으로 계상하여 손금산입하고 해당 주식의 처분 시까지 법인세 과세를 이연한다[구 법인세법 제47조 제1항 , 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조 제1항, 제2항]. 위와 같은 물적분할에 대한 과세이연 규정은 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 완전 자회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에 변동이 없는 때에는 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위한 취지로서, 구 법인세법 제46조 제2항 각 호의 개별 요건들은 이러한 실질적 동일성 기준을 구체화한 것이다(대법원 2018. 6. 28. 선고 2016두40986 판결 참조).

다. 양도차손이 발생하거나 과세특례신청서를 제출하지 않은 경우 적격물적분할로 인정할 수 없는지 여부

관련 규정의 문언, 체계 및 입법취지 등을 종합하여 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 물적분할로 인하여 양도차손이 발생하였다거나 분할법인이 과세특례신청서를 제출하지 않았다고 하더라도 구 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 경우에는 적격물적분할로 인정된다고 봄이 타당하다. 이에 반하는 원고들의 주장은 받아들이지 않는다.

1) 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호는, 전문에서 사업개시 후 3년 미만의 법인의 비상장주식은 순자산가치로만 평가하고, 후문에서 구 법인세법 제47조 의 요건을 갖춘 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다고 규정하고 있다. 위 후문 규정은 사업의 연속성 또는 실질적 동일성이 인정되는 분할신설법인의 사업기간 산정방식에 관한 규정으로, 그와 같이 산정된 사업기간에 따라 비상장주식의 평가방법이 달라진다. 이처럼 비상장주식의 평가방법은 사업의 연속성 또는 실질적 동일성 여부에 따라 달라지는 것이지, 양도차익 또는 양도차손의 발생 여부와는 무관하다.

2) 구 법인세법 제47조 제1항 은 물적분할 시 분할법인에 대한 과세특례에 관한규정으로, 구 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 적격물적분할을 한 분할법인에 대하여 양도차익 상당액을 손금에 산입하여 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공한다. 위 과세특례를 적용받기 위해서는 ‘구 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 적격물적분할일 것’을 요건으로 하고, 그 효과는 ‘양도차익 상당액의 손금산입’이다. ‘양도차익의 발생’은 위 과세특례의 적용요건이 아니고, 적격물적분할과 비적격물적분할을 구분하는 기준도 아니다.

3) 구 상증법 시행령 제54조 제4항 제2호 후문은 적격물적분할로 신설된 법인의 비상장주식의 가치를 정확히 파악하려는 취지이고, 구 법인세법 제47조 제1항 은 적격물적분할을 과세의 계기로 삼지 않음으로써 기업구조조정을 지원하기 위한 취지이다. 양도차손의 발생 여부는 위 각 규정의 입법 취지 및 목적과 직접적인 관련이 없다.

4) 구 법인세법 제47조 제5항 및 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제84조 제15항 은 ‘법 제47조 제1항을 적용받으려는 분할법인은 법인세 신고를 할 때 분할신설법인과 함께 물적분할과세특례신청서 및 자산의 양도차익에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있다. 위 규정에 의하면, ‘물적분할과세특례신청서 제출’은 구 법인세법 제47조 제1항 의 과세특례를 적용받기 위한 절차적 요건일 뿐, 적격물적분할로 인정되기 위한 요건이 아니다. 나아가 물적분할과세특례신청서를 제출한 경우에만 적격물적분할에 해당한다고 본다면, 납세자의 선택에 따라 적격물적분할 또는 비적격물적분할 여부 및 그에 따른 비상장주식의 평가방법이 달라지게 된다는 점에서도 불합리하다.

5) 원고들은 구 법인세법 제18조의2 제3항 의 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제17조의2 제6항 에서 “법 제47조 제1항에 따라 양도차익을 손금에 산입한 경우(이하‘적격물적분할’이라 한다)”라고 규정하고 있음을 들어 양도차손이 발생한 물적분할은 적격물적분할에 해당하지 않는다는 취지로 주장한다. 그러나 위 조항은 지주회사의 수입배당금액 익금불산입과 관련하여 분할지주회사가 물적분할로 신설지주회사를 설립하고 양도차익을 손금에 산입한 경우 신설지주회사가 승계한 자회사 주식의 장부가액을 분할지주회사의 장부가액으로 본다는 내용으로, 구 법인세법 시행령을 넘어 비상장주식의 평가방법에 관한 구 상증세법 시행령까지 포함하여 ‘적격물적분할’의 의미를 일반적으로 정의하는 규정이라고 볼 수 없다. 구 법인세법 시행령 제26조의2 , 제80조의2, 제84조 등에서 ‘적격물적분할’이라는 문구를 사용한 것은 물적분할로 인하여 발생한 양도차익 상당액을 손금에 산입한 경우를 약칭하는 표현으로 보일 뿐이다.

라. 의류제조 사업부문의 자산이 포괄적으로 승계되었는지 여부

1) 관련 규정 및 법리

구 법인세법 제46조 제2항 제1호 나목 본문은 적격분할의 요건 중 하나로 ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’을 들고 있다. 위 요건은 독립된 사업부문 요건(구 법인세법 제46조 제2항 제1호 가목)을 보완하는 것으로서, 해당 사업활동에 필요한 자산ㆍ부채가 분할신설법인에 한꺼번에 이전되어야 함을 뜻한다. 다른 사업부문에 공동으로 사용되는 자산ㆍ부채 등과 같이 분할하기 어려운 것은 승계되지 않더라도 기업의 실질적 동일성을 해치지 않는다(대법원 2018. 6. 28. 선고 2016두40986 판결 참조).

한편, 구 법인세법 제46조 제2항 제1호 나목 단서는 ‘공동으로 사용하던 자산, 채무자의 변경이 불가능한 부채 등 분할하기 어려운 자산과 부채 등으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제82조의2 제4항 제1호 는 ‘자산’으로서 ‘사무실ㆍ창고ㆍ식당ㆍ연수원ㆍ사택ㆍ사내교육시설(나목)’,‘물리적으로 분할이 불가능한 공동의 생산시설, 사업지원시설과 그 부속토지 및 자산(다목)’을 열거하고 있다.

또한 구 법인세법 시행령 제82조의2 제5항 은 ‘분할하는 사업부문이 주식등을 승계하는 경우에는 법 제46조 제2항 제1호 나목에 따라 분할하는 사업부문의 자산ㆍ부채가 포괄적으로 승계된 것으로 보지 아니한다. 다만, 제3항 각 호에 따라 주식등을 승계하는 경우 또는 이와 유사한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행규칙(2016. 3. 7. 기획재정부령 제544호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제41조 제6항은 제1호에서 ‘분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 법령상 의무로 보유하거나 인허가를 받기 위하여 보유한 주식등’, 제2호에서 ‘분할하는 사업부문이 100분의 50 이상을 매출하거나 매입하는 법인의 주식등과 분할하는 사업부문에 100분의 50 이상을 매출 또는 매입하는 법인의 주식등’, 제3호 가목에서 ‘분할존속법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 및 금융지주회사법에 따른 지주회사로 전환하는 경우로서 분할하는 사업부문이 분할등기일 전일 현재 사업과 관련하여 지배주주등으로서 보유하는 주식등’을 들고 있다.

2) 인정사실

가) 원고 aaa가 2015. 10. 16. 작성하여 이사회 결의를 받은 이 사건 물적분할에 관한 분할계획서 및 2015. 10. 23. 이 사건 물적분할에 관하여 거래처 등 이해관계자에게 보낸 안내문, 원고 bb의 제1기 감사보고서 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다.

< 원고 aaa의 분할계획서>

1. 분할의 목적

(1) 분할되는 회사가 영위하는 사업 중 투자 사업부문, 의류제조 사업부문을 분리하고 향후 투자 사업 부문은 자회사 관리 및 신규투자사업에, 의류제조 사업부문은 관련 사업에 집중함으로써 사업특성에 맞는 신속하고 전문적인 의사결정이 가능한 지배구조 체제를 확립하고, 경영위험의 분산을 추구한다.

3. 분할신설회사에 관한 사항

(7) 분할신설회사에 이전될 분할되는 회사의 재산과 그 가액

① 물적분할에 의하여 분할되는 회사는 분할계획서가 정하는 바에 따라 분할대상부문에 속하는 일체의 적극, 소극적 재산 및 기타의 권리의무와 재산적 가치 있는 사실관계(인허가, 근로관계, 계약관계, 소송 등을 모두 포함한다)(이하 “이전대상재산”이라 함)를 분할신설회사에 이전한다. 다만, 분할 대상부문에 속하는 권리나 의무 중 법률상 또는 성질상 분할에 의하여 이전이 금지되는 것은 분할되는 회사에 잔류하는 것으로 보고, 분할신설회사에 이전이 필요한 경우에는 분할되는 회사와 분할신설회사의 협의에 따라 처리한다.

<원고 aaa의 의류제조 사업부문 분할에 관한 안내>

2. 당사는, 자회사 관리 및 신규투자사업에 집중할 ‘투자 사업부문’과 ‘의류제조 사업부문’으로 구성되어 있는바, 각 사업부문의 특성에 맞는 신속하고 전문적인 의사결정이 가능한 지배구조 체제를 확립하고 각 사업부문의 전문화를 통하여 기업가치를 제고하기 위하여, 2015. 11. 1.을 기준으로 당사의 ‘의류제조 사업부문’을 물적분할(이하 “본건 물적분할”)하고자 합니다.

4. 법률상 분할의 포괄승계 효과에 따라, 당사와 귀사와의 계약관계는 본건 물적분할에 의하여 자동적으로 분할신설회사로 이전되며, 이를 위하여 당사 및/또는 귀사의 특별한 조치가 필요한 것은 아닙니다. 이러한 점을 고려하여 본건 물적분할 이후 귀사가 분할신설회사와의 계약관련 업무를 수행함에 있어 착오가 없도록 미리 알려 드립니다.

<원고 bb의 제1기 감사보고서 주석>

19. 물적분할로 인한 회사설립 :

가. 회사는 의류제조사업의 전문성을 제고하고 경영의 효율성을 강화하기 위하여 지주회사인 원고 aaa부터 물적분할하여 의류제조사업을 독립적으로 운영하는 신설회사로 설립되었습니다. 물적분할의 주요 일정 및 분할신설회사의 개요는 다음과 같습니다. (생략)

회사에서 분할된 의류제조 사업관련 자산ㆍ부채, 기타의 권리의무, 임직원의 고용 및 법률관계 등은 분할기준일부터 분할신설회사로 승계되었으며, 분할 전 발생한 채무에 대하여 회사와 분할신설회사는 각각 연대하여 변제할 책임이 있습니다.

나) 이 사건 물적분할 전후 원고 aaa, 원고 bb의 매출액 및 당기순이익은 아래와 같다.

(단위 : 억 원)

구분

원고 aaa

원고 bb

2013

2014

2015

2016

2017

2018

매출액

13,257

14,249

13,204

16,217

17,223

17,658

당기순이익

176

208

395

433

284

505

다) **빌딩은 지상 16층, 지하 4층, 연면적 16,520.6㎡ 규모의 건물로, 이 사건 물적분할 당시 아래와 같이 원고 aaa의 사업에 사용되고 있었다.5)

라) 원고 aaa는 이 사건 물적분할 전부터 **빌딩 일부층을 eee, ff, ggg에게 임대하는 등 부동산임대업을 영위하여 왔다. 원고 aaa는 이 사건 물적분할 이후 **빌딩 1층부터 17층을 원고 bb에게 임대하였다.

마) 이 사건 물적분할로 원고 aaa에서 원고 bb으로 승계된 16개의 해외 자회사는 아래와 같다.

바) 이 사건 니카라과 자회사는 니카라과에 581,505㎡ 규모의 토지를 소유하고 있고, 위 토지 지상에는 hh가 공장(23,396㎡), 식당(2,500㎡), 사무실(980㎡), 창고(4,228㎡)로 사용하는 건물이 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 구체적 판단

앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 사정을 종합하면, 원고 aaa의 의류제조 사업부문의 자산이 원고 bb에게 포괄적으로 승계되었다고 봄이 타당하다. 이에 반하는 원고들의 주장은 받아들이지 않는다.

가) 원고 aaa는 의류제조 사업의 전문성을 제고하고 경영의 효율성을 강화하기 위해 의류제조 사업부문을 물적분할하여 원고 bb을 설립하였다. 이 사건 물적분할에 관한 분할계획서는 의류제조 사업부문에 속하는 일체의 적극, 소극적 재산 및 기타의 권리의무와 재산적 가치 있는 사실관계를 원고 bb에게 승계한다고 정하였다( 상법 제530조의10 , 제530조의12 참조).

이 사건 물적분할 직후부터 원고 bb은 상당한 규모의 매출을 올리면서 의류제조 사업을 영위하였다. 원고 bb의 의류제조 사업은 원고 aaa가 영위하던 의류제조 사업부문과 사업의 연속성 및 실질적 동일성이 인정된다.

나) **빌딩은 분할하기 어려운 자산으로서 구 법인세법 제46조 제2항 제1호 나목 단서에서 정한 포괄승계의 예외에 해당한다. 이 사건 물적분할로 **빌딩이 원고 bb에게 승계되지 않았다는 사실은 ‘자산ㆍ부채의 포괄승계’라는 적격분할요건을 인정하는 데 방해가 되지 않는다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 이 사건 물적분할 당시 원고 aaa는 투자 사업과 의류제조 사업을 영위하고 있었다. 원고 aaa는 **빌딩 1층 내지 17층에서 위 각 사업을 수행하였는데, 전략기획실이 위치한 9층에서는 투자 사업을, 재경본부, HR본부, 회장실,사장실 등이 위치한 8층에서는 회사 전반의 경영 업무를, 나머지 층에서는 의류제조사업을 주로 수행한 것으로 보인다.

(2) 위와 같이 **빌딩은 원고 aaa의 투자 사업부문과 의류제조 사업부문이 ‘공동으로 사용하던 사무실’에 해당한다. **빌딩의 건축물대장에도 용도가‘업무시설(사무소)’로 등재되어 있다[카페로 이용된 2층은 ‘제2종근린생활시설(휴게음식점)’으로 되어 있다]. 이 사건 물적분할 이후에도 원고 bb은 **빌딩에서 해외바이어와의 계약, 해외 생산법인에 대한 생산 지시 및 대가 지급 등의 업무를 수행함으로써 의류제조 사업을 영위하고 있다.

(3) 원고 aaa는 이 사건 물적분할 전부터 **빌딩 일부층을 관계 회사에게 임대하였고, 이 사건 물적분할 이후 지주회사로 전환되어 **빌딩에서 자회사 관리, 부동산 임대업 등의 사업을 영위하였다. **빌딩은 원고 aaa의 사업활동에 필요한 자산이라는 점에서도 ‘분할하기 어려운 자산’의 성격을 갖는다.

(4) 원고들은 **빌딩에 대하여 구분등기를 마칠 수 있었으므로 분할하기 어려운 자산으로 볼 수 없다는 취지로 주장하나, 구조상ㆍ이용상 독립성을 갖추어 구분소유권의 객체가 될 수 있다는 객관적ㆍ물리적인 측면과 분할하는 사업부문과 다른 사업부문이 공동으로 사용한다는 실제 사용 현황은 서로 별개이다. 구 법인세법 시행령 제82조의2 제4항 제1호 나목도 이를 반영하여 ‘사무실’ 등을 열거하고 있는 것으로 보인다.

다) 이 사건 니카라과 자회사 주식은 ‘의류제조 사업과 관련하여 지배주주로서 보유하는 주식’으로서 구 법인세법 시행령 제82조의2 제5항 단서에 따라 포괄승계로 인정되는 예외에 해당한다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 원고 aaa는 이 사건 물적분할로 지주회사로 전환되었다. 원고 bb이 승계한 이 사건 니카라과 자회사 주식은 지분율이 100%이므로 지배주주로서 보유하는 주식에 해당한다.

(2) 이 사건 니카라과 자회사가 소유한 토지는 원고 bb의 해외의류 제조공장을 운영하는 hh의 공장, 사무실, 창고 등의 부지로 사용되고 있다. 이 사건 니카라과 자회사가 영위하는 부동산 임대업은 의류제조 사업을 지원하는 성격을 지닌다.

(3) 원고들은 이 사건 니카라과 자회사 소유 토지 중 약 5.3%에 불과한 부분만 hh에게 임대되고 있어 사업관련성을 인정할 수 없다는 취지로 주장하나, 이 사건 니카라과 자회사의 역할은 해외 의류 제조공장 기반을 지원하는 데 있고, 위와 같은 일부 토지라도 제공되지 않으면 해외 의류 제조공장의 운영자체가 불가능하므로, 단지 토지 면적만을 기준으로 이 사건 니카라과 자회사 주식과 의류제조 사업과의 관련성을 부인할 수는 없다.

마. 신의성실의 원칙 위배 여부

1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 위 요건의 하나인 과세관청의 공적 견해표명이 있었는지 여부는 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 납세자의 신뢰가능성에비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 2019. 1. 17. 선고 2018두42559 판결 등 참조).

2) 갑 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 사실 또는 사정을 종합하면, 과세관청이 원고들에게 신뢰의 대상이 되는 공적 견해표명을 하였다고 보기 어려우므로 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

가) 원고 aaa는 2014. 5.경부터 6.경까지 5개의 해외 자회사에 대한 선급금 및 대여금 채권을 출자전환하고, 출자전환에 따라 취득한 신주(이하 ‘이 사건 출자전환주식’이라 한다)의 취득가액을 선금급 및 대여금 채권의 장부가액으로 대체하였다. 조사청은 2015. 5.경부터 8.경까지 원고 aaa에 대한 2011 내지 2014 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고(이하 ‘2015년 세무조사’라 한다), ‘원고 aaa가 해외 자회사에 대한 선급금 및 대여금 채권에 대하여 적정이자를 수취하지 않았으므로 정상이자를 익금산입해야 한다’는 세무조사 결과를 통지하였다. 2015년 세무조사와 관련하여 조사청은 이 사건 출자전환주식의 취득가액이 적정한지 여부에 대한 명시적 또는 묵시적으로 견해를 표명하지 않았다. 원고들이 이 사건 출자전환주식의 취득가액이 적정한 것을 전제로 이 사건 물적분할에서 양도차손이 발생한 것으로 세무처리를 하였다고 하더라도, 이 사건 주식양도 및 주식교환 당시 원고 bb의 비상장주식 평가와 직접적인 관련이 없다.

나) 조사청은 앞서 본 바와 같이 2020. 11. 25.부터 2021. 1. 12.까지 원고 aaa에 대한 2015 내지 2019 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고(이하 ‘2020년 세무조사’라 한다), ‘이 사건 출자전환주식의 취득가액은 선급금 및 대여금 채권의 장부가액이 아니라 출자전환 당시 시가에 해당하므로 과다계상된 취득가액을 감액해야 한다’는 세무조사 결과를 통지하였다. 이후 원고 aaa의 심판청구에 따라 조세심판원은 이 사건 출자전환주식의 취득가액에 관한 2020년 세무조사가 중복세무조사로서 허용되지 않는다고 판단하였는데(조심 2021서3189), 달리 이 사건 출자전환주식의 취득가액의 적정성은 다루어지지 않았다.

다) 국세청은 “내국법인이 법인세법 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖춘 물적분할을 하였으나 분할법인이 취득한 분할신설법인 주식의 가액보다 분할신설법인에게 승계하는 순자산의 세무상 장부가액이 많아 양도차손이 발생한 경우에는 비적격물적분할에 해당하는 것으로(이하 생략)”라고 유권해석한 바 있다(법규법인2012-458, 2013.1. 28.). 그러나 위 유권해석은 구 법인세법 제47조 제4항 에 따라 분할신설법인에게 세무조정사항이 승계되는지 여부가 문제된 사안에서 위 조항에서 정한 바와 같이 양도차익 상당액을 손금산입하지 않은 경우 세무조정사항이 승계되지 않는다는 내용에 불과하므로, 이로써 과세관청이 비상장주식의 보충적 평가방법에 관하여도 양도차손이발생한 경우 비적격물적분할에 해당한다는 내용의 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수는 없다.

바. 소결론

이 사건 물적분할은 구 법인세법 제47조 의 요건을 갖춘 적격물적분할이다. 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호 후문에 따라 이 사건 물적분할로 신설된 원고 bb의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산하므로, 이 사건 주식양도 및 주식교환 당시 원고 bb의 주식은 구 상증세법 시행령 제54조 제1항에 따라 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하여 평가해야 한다. 이 사건 처분 중 원고 bb에 대한 2017 사업연도 법인세 부과처분, 원고 aaa에 대한 2018, 2019 사업연도 법인세 부과처분 부분은 적법하다.

4. 이 사건 인도네시아 자회사 주식 평가의 위법 여부에 관한 판단

피고는 이 사건 인도네시아 자회사 주식을 평가하면서 순자산가치와 순손익가치를 가중평균하는 보충적 평가방법을 적용하였으나, 해외 비상장주식을 순손익가치를 반영하는 보충적 평가방법으로 평가하는 것은 부적당하다. 또한 피고는 이 사건 인도네시아 자회사 주식의 순자산가치를 산정할 때 인도네시아 재산세 과세표준을 시가로 적용하였으나, 이는 구 상증세법 시행령 제58조의3 제1항에 위반되며, 인도네시아 재산세 과세표준은 시가보다 지나치게 높아 객관적이고 합리적인 가격으로 볼 수 없다.

구 상속세 및 증여세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것, 이하‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항은 비상장주식의 보충적 평가방법에 관하여‘1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액’으로 평가하고, 1주당 순손익가치는 ‘최근 3년간의 순손익액의 가중평균액’을‘금융회사등이 보증한 3년만기회사채의 유통수익률을 감안하여 기획재정부장관이 정하여 고시하는 이자율’로 나누어 산출한다고 규정하고 있다. 구 상증세법 시행령 제58조의3은 제1항에서 ‘외국에 있는 상속 또는 증여재산으로서 법 제60조 내지 법 제65조의 규정을 적용하는 것이 부적당한 경우에는 당해 재산이 소재하는 국가에서 양도소득세ㆍ상속세 또는 증여세등의 부과목적으로 평가한 가액을 평가액으로 한다’고 규정하고, 제2항에서 ‘제1항의 규정에 의한 평가액이 없는 경우에는 세무서장등이 2 이상의 국내 또는 외국의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액을 참작하여 평가한 가액에 의한다’고 규정하고 있다.

위 각 규정의 내용 및 입법취지, 구 상증세법 시행령 제54조 소정의 순손익가치는 미래의 기대수익을 우리나라의 3년 만기 회사채 유통수익율을 반영한 이자율에 의하여 현재가치로 할인한 것이므로 이는 원칙적으로 우리나라에 있는 비상장법인의 주식을 그 적용대상으로 한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 평가대상 주식이 외국에 있는 비상장법인의 주식인 경우 구 상증세법 시행령 제54조 소정의 보충적 평가방법을 그대로 적용하는 것이 부적당하지 아니한 때에 한하여 위 보충적 평가방법을 적용할 수 있고, 위 보충적 평가방법을 적용하는 것이 부적당하지 아니하다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두5646 판결 참조).

다. 구체적 판단

갑 제4, 12호증, 을 제11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음 사실 또는 사정을 종합하면, 이 사건 인도네시아 자회사 주식을 평가하면서구 상증세법 시행령 제54조 제1항에 따라 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하는 보충적 평가방법(이하 ‘가중평균법’이라 한다)을 적용할 수 있고, 인도네시아 재산세 과세표준으로 이 사건 인도네시아 자회사 보유 부동산의 시가를 산정할 수 있다고 봄이 타당하다. 이 사건 처분 중 원고 aaa에 대한 2015, 2016 사업연도 법인세 부과처분 부분은 적법하다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

1) 원고 aaa는 당초 이 사건 물적분할로 인한 이 사건 인도네시아 자회사 주식의 양도차익을 가중평균법에 의하여 계산 및 신고하였다(다만 피고와 달리 이 사건 인도네시아 자회사 보유 부동산의 시가를 장부가액으로 산정하였다). 이후 원고 aaa의 요청에 따라 삼정회계법인은 2017. 6. 30.을 기준으로 원고 aaa의 주식가치 평가업무를 수행하였는데, 원고 aaa의 주식을 가중평균법에 의하여 평가하면서, 원고 aaa가 보유한 원고 bb의 주식과 관련하여 이 사건 인도네시아 자회사 주식도 마찬가지로 가중평균법에 의하여 평가하였다.

2) 국내 비상장법인과 해외 비상장법인은 사업환경이 다르므로 순손익가치를 산정할 때 적용하는 할인율도 서로 달라야 하는 것이 원칙이기는 하다. 그러나 당초 원고 aaa 뿐만 아니라 전문적인 지식을 갖춘 삼정회계법인도 이 사건 인도네시아 자회사 주식의 순손익가치를 산정할 때 할인율 10%를 적용한 점, 이 사건 인도네시아 자회사는 원고 bb의 해외 생산법인으로서 원고 bb이 영위하는 의류제조 사업과 영업상 긴밀한 관계에 있는 점 등에 비추어 보면, 피고가 이 사건 인도네시아 자회사 주식을 평가하면서 가중평균법을 적용한 것 자체가 불합리하다고 보기는 어렵다.

3) 원고는 인도네시아 재산세 과세표준은 구 상증세법 시행령 제58조의3 제1항에 열거된 ‘양도소득세ㆍ상속세 또는 증여세등의 부과목적으로 평가한 가액’에 해당하지 않으므로 시가로 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 위 조항은 국외재산의 현황을 반영한 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시한 것으로 볼 수 있다. 인도네시아 재산세 과세표준은 주택과 건물의 면적과 구역을 기준으로 계산된 주택과 건물의 추정가격 형태의 법적 정보로, 공정하게 수행되는 매매거래에서 얻은 평균 가격으로 보인다. 이에 비추어 보면, 인도네시아에서 재산세 부과목적으로 평가한 가액은 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 것으로 볼 수 있다.

4) 원고는 이 사건 인도네시아 자회사 보유 부동산의 인도네시아 재산세 과세표준이 2곳의 인도네시아 현지 감정평가법인이 실시한 감정가액보다 훨씬 고액이어서 객관적이지 않고, 구 상증세법 시행령 제58조의3 제2항에 따라 위 감정가액의 평균액을 시가로 보아야 한다는 취지로도 주장한다. 그러나 위 감정가액은 세무서장이나 관할지방국세청장이 2 이상의 국내 또는 외국의 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액이 아니므로 구 상증세법 시행령 제58조의3 제2항을 그대로 적용할 수 없다. 또한 위 2곳의 인도네시아 현지 감정평가법인은 각각 2020. 9. 3.과 2020. 12. 3.에 평가기준일을 2015. 12. 31.로 하여 소급하여 감정평가를 실시하였는바, 위 각 감정평가의 경위, 시기 및 평가기준일 등에 비추어 보면, 위 감정가액이 이 사건 인도네시아 자회사 주식의 이사건 물적분할 당시의 시가를 적절히 반영하고 있다고 단정할 수 없다.

5. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.