상장법인간 분할합병으로 인한 의제배당액은 합병등기일의 최종시세가액과 자기자본비율을 이용하여 산정하는 것으로 이 사건 처분은 적법함

상장법인간 분할합병시 의제배당액은 분할합병대가에서 취득가액을 차감하여 계산하는데, 분할합병대가로 받은 주식의 가액은 분할합병등기일의 시장에서의 최종시세가액이고, 취득가액 계산 시 분할된 부분에 대한 산정은 분할합병등기일의 세무상 자기자본비율로 계산하는 것임

사 건

2024구합68409 종합소득세경정거부처분취소

원 고

강AA 외 1

피 고

○○세무서장 외 1

변 론 종 결

2026. 4. 22.

판 결 선 고

2026. 6. 17.

주 문

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고 ○○세무서장이 2023. x. x. 원고 강AA에게 한 2021년 귀속 종합소득세 xxx,883,080원 경정청구 거부처분을, 피고 ▲▲세무서장이 2023. 11. 13. 원고 송BB에게 한 2021년 귀속 종합소득세 xx,633,341원 경정청구 거부처분을 각 취소한다

이 유

1. 처분의 경위

가. cc 주식회사(변경 후 상호 CC 주식회사, 이하 ‘CC’라 한다), dd 주식회사(변경 후 상호 DD 주식회사, 이하 ‘DD’라 한다)는 2021. 3. 19. 아래와 같은 분할합병 계약(이하 ‘이 사건 분할합병 계약’이라 하고, 분할합병을 ‘이 사건 분할합병’이라 한다)을 체결하였다.

나. CC, DD는 2021. 4.경 이 사건 분할합병 계약에서 정한 분할합병비율 등을 아래와 같이 변경하였다(이하 변경된 분할비율을 ‘이 사건 분할비율’이라 한다).

다. 아래와 같이 분할 전 CC(A)의 주식을 취득한 원고들은 이 사건 분할합병에 따라 2021. x. x. 이 사건 분할합병의 대가로 DD(B2) 주식을 받았다.

라. DD은 2021. x. x. 한국예탁결제원에 분할합병등기일(2021. x. x.) 기준 세무상 자기자본비율2)을 0.60878(이하 ‘이 사건 자기자본비율’이라 한다)이라 통지하였다.

마. 이 사건 분할합병의 주관사는 2021. x.경 소득세법 제17조 제2항 제6호 , 같은 법 시행령 제27조 제1항 제1호 라목에 따라 원고들이 이 사건 분할합병의 대가로 받은 DD(B2) 주식의 가치 등에서 교환․소멸된 원고들의 CC 투자사업부문(A2) 주식의 취득가액을 뺀 의제배당소득(이하 ‘이 사건 의제배당소득’이라 한다)을 아래와 같이 계산하여 배당소득세를 원천징수하고 이를 신고․납부하였다.

바. 원고 강AA은 2022. 5. 24., 원고 송BB은 2022. 5. 31. 이 사건 의제배당소득을 다른 소득과 합산하여 2021년 귀속 종합소득세를 각 신고․납부하였다.

사. 이 사건 의제배당소득 계산에 잘못이 있다는 이유로 원고 강AA은 2022. 11. 9. xxx,883,080원의 환급을 구하는, 원고 송BB은 2023. 9. 12. xx,633,341원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

아. 피고 ○○세무서장은 2023. 3. 9. 원고 강AA의 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 제1 처분’이라 한다)하였고, 피고 ▲▲세무서장은 2023. 11. 13. 원고 송BB의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 제2 처분’이라 한다).

자. 원고 강AA은 이 사건 제1 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 5. 9. 기각되었고, 원고 송BB은 이 사건 제2 처분에 불복하여 국세청장에 심사청구를 하였으나 2024. 3. 20. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2. 원고들 주장의 요지

이 사건 의제배당소득은, 원고들이 DD(B2)으로부터 이 사건 분할합병의 대가로 취득하는 ‘DD(B2) 주식의 가액’ 등에서 CC 투자사업 부문(A2)에 해당하는 주식을 취득하기 위하여 사용한 금액, 즉 ‘CC 투자사업부문(A2) 주식의 취득가액‘을 공제하여 산정된다( 소득세법 제17조 제2항 제6호 ).

그런데 아래와 같은 이유로 ‘DD(B2) 주식의 가액’, ‘CC 투자사업부문(A2) 주식의 취득가액’은 모두 잘못 산정되었고, 이에 기초한 이 사건 의제배당소득 역시 잘못 산정되었다. 따라서 이 사건 제1, 2 처분은 위법하다.

가. ‘DD(B2) 주식의 가액’ 산정 잘못 주장

피고들은 구 법인세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33265호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제89조 제1항 본문에 따라 분할합병등기일인 2023. x. x. DD(B2) 주식의 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의2 제2항 에 따른 거래소(이하 ‘거래소’라 한다) 최종시세가액으로 원고들이 받은 ‘DD (B2) 주식의 가액’을 산정하였다.

구 법인세법 시행령 제89조 제1항 본문은, ‘해̇당̇거̇래̇와̇유̇사̇한̇상̇황̇에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격이 있는 경우’에 적용될 수 있다. 그런데 단체법적인 행위인 분할합병계약에 따라 주식을 받는 거래는 자본거래로 인한 것이어서 단순한 주식거래와 유사한 상황이 아니다. 따라서 단순한 주식거래에서의 가격인 거래소의 최종시세가액을 원고들이 이 사건 분할합병의 대가로 받은 ‘DD(B2) 주식의 가액’으로 산정할 수는 없다.

그 결과 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 따라서는 ‘DD(B2) 주식의 가액’을 산정할 수 없고, 시가가 불분명한 경우에 해당하므로 구 법인세법 시행령 제89조제2항 에 따라 ‘DD(B2) 주식의 가액’을 산정하여야 한다.

나. ‘CC 투자사업 부문(A2) 주식 취득가액’ 산정 잘못 주장

‘CC 투자사업 부문(A2) 주식 취득가액’은, 원고들이 취득한 분할 전 CC(A)의 취득가액을 이 사건 분할비율, 즉 0.6895026로 안분하여 산정한 돈으로 보아야 한다. 피고들은 이와 달리 이 사건 자기자본비율, 즉 0.60878로 안분하여 이를 산정하였다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판 단

가. ‘DD(B2) 주식의 가액’ 산정 잘못 주장에 관한 판단

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정 등에 비추어 볼 때, 피고들이 ‘DD(B2) 주식의 가액’을 거래소의 최종시세가액으로 산정한 것이 위법하다고 보기 어렵다. 원고들의 주장을 받아들이지 않는다.

① 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 는 분할합병 등에 있어 의제배당 계산 시 주식등의 취득가액 계산방법을 정하고 있다. 그중 법인세법 제46조 제2항 의 요건을 갖춘 소위 적격분할합병 등에 대하여는 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 나목을 적용하여 소멸한 분할합병의 상대방법인의 주식등의 취득가액을 분할합병의 대가로 계산하도록 정하고 있고, 법인세법 제46조 제2항 의 요건을 갖추지 못한 소위 비적격분할합병 등에 대해서는 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 라목을 적용하여 취득한 주식 등의 취득 당시의 시가를 분할합병의 대가로 계산하도록 정하고 있다.

소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 라목에서 정한 ‘시가’는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하고, 상장주식의 경우에는 특별한 사정이 없는 한 평가기준일 당일의 거래소 최종시세가액에 의하여 정해진다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결의 취지 등 참조).

이 사건 분할합병은 비적격분할합병이므로, 원고들이 이 사건 분할합병의 대가로 취득한 상장주식인 ‘DD(B2) 주식의 가액’은, 분할합병등기일인 2021. X. X. 거래소 최종시세가액으로 산정하여야 하고 이와 달리 볼 특별한 사정은 보이지 않는다.

② 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 라목은 ‘취득 당시의 시가’를 어떻게 산정할 것인지는 구체적으로 정하고 있지는 아니하다. 다만 개인이 아닌 법인에 대한 의제배당에 관한 사항 등을 규율하고 있는 구 법인세법 시행령 제14조 제1항 라목은 ‘취득 당시 법인세법 제52조 에 따른 시가’라 규정하고 있어 위 소득세법 시행령 규정과 달리 ‘취득 당시의 시가’를 산정하는 방법을 구체적으로 정하고 있다.

위 양 규정은 이익상황이 유사한 경우를 다루고 있고, 개인과 법인을 달리 취급할 특별한 사정도 보이지 않기에 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 라목에서 ‘취득 당시의 시가’를 산정함에 있어서도 구 법인세법 시행령 제14조 제1항 라목의 유추적용을 고려해볼 수는 있다.

법인세법 제52조 제2항 은 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 ‘시가’로 규정하면서 시가의 산정 등에 필요한 사항을 대통령령에 위임하고 있다.

원고들이 취득한 DD(B2) 주식은 상장주식이므로 이에 대한 ‘건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’은 당일 거래소 최종시세가액이라 할 것이고 이와 다른 가격을 상정하기는 어렵다.

③ 법인세법 제52조 제2항 , 제4항의 위임에 따라 시가의 산정 등에 필요한 사항을 규정하고 있는 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 은, ‘해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다’고 규정하고 있다. 위 시행령 규정에서 ‘해당 거래와 유사한 상황’이라는 제한조건을 두고 있는 이유는, (부당행위계산 등을 부인하면서) 가격형성의 조건을 달리하는 거래를 배제하고 시가를 산출해 내기 위한 것으로, 법인세법 제52조 제2항 에서 정한 시가의 개념을 벗어나서 위 시행령 규정을 해석할 수는 없다. 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 에서 말하는 ‘해당 거래와 유사한 상황’이라 함은, 해당 거래의 유형이 유사한 상황을 의미하는 것이 아니라 해당 거래와 가격형성의 조건이 유사한 상황을 의미한다고 보아야 한다.

원고들이 DD(B2) 주식을 이 사건 분할합병의 과정에서 자본거래의 방법으로 취득한 것이라 하더라도, 원고들은 증권시장 내에서 자유롭게 거래되는 상장주식인 DD(B2) 주식을 받은 것이어서 증권시장 내에서 거래하는 방법과 그 주식의 가격형성 조건이 달라진다고 볼 수는 없고, 실제 그 시장가치가 다르지도 않다. 이와 다른 전제에서 ‘해당 거래와 유사한 상황’이 아니라는 취지의 원고들의 주장을 받아들이지 않는다.

④ 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 의 개정 연혁을 살펴보면, 입법자는 거래소 최종시세가액을 주권상장법인이 발행한 주식에 대한 시가로 정하려는 의사가 있었다고 해석된다.

구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항은, ‘주권상장법인이 발행한 주식을 거̇래̇소̇에̇서̇거̇래̇한̇경̇우̇해당 주식의 시가는 그 거래일의 거래소 최종시세가액을 시가로 본다’고 규정하고 있었다. 그런데 주권상장법인이 발행한 주식의 거래가 거래소가 아닌 다른 곳에서 이루어진 경우, 즉 장외거래나 시간 외 대량매매 등의 경우도 위 규정을 적용할 수 있는지 해석상 논란이 있었고, 이에 주권상장법인이 발행한 주식의 시가를 일괄적으로 그 거래일의 거래소 최종시세가액을 시가로 정하려는 의사로 위 규정을 개정하였던 것이다.

위와 같은 개정 연혁을 살펴보더라도 원고들이 이 사건 분할합병의 대가로 취득한 DD(B2) 주식의 시가를 거래소의 최종시세가액으로 산정한 것은 정당하다.

⑤ 소득세법 제17조 제1항 제3호 의 의제배당은 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등 형식으로 사내에 유보된 이익이 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우에 이러한 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 이를 배당으로 의제하여 과세하는 데 취지가 있다(대법원 2003. 11. 28. 선고 2002두4587 판결 등 참조).즉, 주주가 분할합병 등의 과정에서 얻게 된 경제적 이익을 세법상 배당으로 간주하여 과세를 하는 것이다. 주주가 분할합병볍인의 상장주식을 교부받았다면 그 주주가 얻은 경제적 이익의 크기는 해당 주식의 분할합병등기일 기준 시장가치로 측정하는 것이 객관적이다.

원고들은 DD(B2) 주식을 받은 당일 위 주식을 매도하여 거래소 최종시세가액을 취득할 수 있었고, 이는 곧 원고들의 경제적 이익, 즉 소득이 되며, 이와 같은 주식 취득일 당일 거래소 최종시세가액을 소득 기준으로 파악하여 과세하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다

⑥ 원고들은, 합병을 포함한 자본거래와 관련한 구체적인 계산방법에 대한 규정을 상속세 및 증여세법에 두고 있고, 법인세법은 상속세 및 증여세법을 준용하도록 한 전체 규정 형식을 볼 때, 합병에 따른 의제배당에서 주식의 시가 역시 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 이 아닌 같은 조 제2항을 통하여 상속세 및 증여세법의 규정을 유추적용하는 것이 합리적이라고 주장한다.

그러나 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 은 시가가 불분명한 경우에 한하여 상속세 및 증여세법을 준용하도록 하는 규정체계를 마련하고 있는 것이고, 이 사건과 같이 일반적이고 통상적인 시가를 알 수 있는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 이 (유추)적용된다고 보아야 한다. 원고들의 이 부분 주장을 받아들이지 않는다.

⑦ 원고들이 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 을 통하여 (유추)적용을 주장하는 상속세 및 증여세법 제38조 , 같은 법 시행령 제28조의 규정12)은, 불공정한 합병비율 등으로 인하여 주주 사이에 분여되는 이익이 있는 경우에 적용되는 규정이다. 이 사건 분할합병은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제165조의4 , 같은 법 시행령 제176조의5 등에 따라 공정하게 이루어졌고, 불공정한 분할합병비율 등으로 이루어졌다고 볼 만한 사정은 보이지 않으므로 상속세 및 증여세법 제38조 를 이 사건에 적용하기는 어렵다.

상속세 및 증여세법 제38조 는, 분할합병 등이 불공정하게 이루어짐에 따라 발생하게 된 불공정한 가액 차이를 증여재산으로 보아 이에 대하여 증여세를 부과하는 국면에서 적용되는 규정이다. 이와 달리 소득세법 제17조 제2항 제6호 등은, 공정하게 이루어진 분할합병 등의 경우라도 통상 주주가 취득하는 분할합병신주의 가치가 교환,소멸되는 구주의 과거 취득가액에 비하여 높기 마련이기에 그 차액을 의제배당소득이라는 과세대상으로 포착하고 이에 대한 과세를 하는 국면에서 적용되는 규정이다.

⑧ 원고들은 ‘구 법인세법 시행령 제14조 제1항 제1호 라목 단서는, 의제배당에 사용되는 합병대가와 불공정합병에 사용되는 분여이익이 동일한 방식에 의해 계산됨을 전제로, 의제배당에 따른 시가를 계산할 때, 불공정합병에 따라 분여받은 이익이 있는 경우 그 금액을 차감한 금액으로 규정하고 있다’고 주장한다.

그러나 위 단서 규정은, 불공정합병에 따라 분여받은 이익이 있는 경우 그 이익 역시 부당행위계산 부인 규정 등에 따라 법인의 익금에 산입되어 법인세 등으로 과세됨에 따라 의제배당에 따른 이익에서 위 이익을 제외함으로써 이중과세를 탈피하기 위한 규정이다. 오히려 위 규정은 위와 같이 불공정합병에 따라 분여받은 이익이 있는 경우에도 시가의 산출 기준은 동일하게 유지하고 있는 것을 보여주고 있다

나. ‘CC 투자사업 부문(A2) 주식 취득가액’ 산정 잘못 주장에 관한 판단

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정에 비추어 볼 때, 분할 전 CC(A)의 취득가액을 이 사건 자기자본비율 0.60878로 안분함으로써 ‘CC 투자사업 부문(A2) 주식 취득가액’을 산정한 것이 위법하다고 보기 어렵다. 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이유 없다.

① 소득세법은 분할․합병에 따른 의제배당액을 산정할 때 ‘주식 취득가액이 불분명한 경우 그 주식의 액면가액을 취득가액으로 본다’고 규정하고 있을 뿐이고(제17조 제4항), 분할법인 주식의 취득가액 산정기준에 대해서는 달리 규정하고 있지 않다. 따라서 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 산정할 수밖에 없다.

② 분할 전 CC(A)의 취득가액을 이 사건 자기자본비율 0.60878로 안분함으로써 ‘CC 투자사업 부문(A2) 주식 취득가액’을 산정하는 방식(이하 ‘자기자본비율 방식’이라 한다)은, 재무제표 등에 기반하여 분할법인 주식의 취득가액을 객관적으로 산정할 수 있는 방식이다. 자기자본은 분할 직전의 단기적인 손익에 별다른 영향을 받지 않고 법인의 청산가치를 반영하는 지표이므로, 자기자본비율에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 안분하는 것이 불합리하다고 보이지 않는다.

나아가 회사의 분할합병은 분할합병의 등기를 함으로써 그 효력이 발생하여 실제 분할된 자산과 부채가 분할합병의 상대방 법인에 귀속되므로( 상법 제530조의11 , 제234조 등 참조), 분할합병등기일 기준의 자기자본비율에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 안분하는 것 역시 객관성과 합리성이 있다.

③ 원고들은 이 사건 분할비율에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 안분하는 방식(이하 ‘분할비율 방식’이라 한다)으로 ‘CC 투자사업 부문(A2) 주식 취득가액’을 산정하여야 한다고 주장한다.

그러나 분할비율은, 주주들에게 신주를 몇 주씩 배정할지 결정하기 위해 분할(합병)계획서 등에서 정하는 비율로, 이를 산정할 수 있는 법정 기준이 존재하지 않는다. 즉, 분할비율은 순자산 장부가액, 시가, 수익가치 등 어떤 요소를 어떻게 고려할지가 주식회사의 선택에 유보되어 있다. 분할비율에 주식회사의 시가, 미래수익가치 등이 종합적으로 반영되어 있다고 하더라도 그 분할비율이 분할되는 회사의 자산가치를 정확히 반영하고 있다고 볼 수는 없다.

④ 원고들은, ‘소득세법령은, 인적분할이 있었던 주식회사의 주식의 양도소득과 관련된 필요경비를 계산함에 있어서는 그 1주당 취득가액을 산정함에 있어 분할비율을 적용하고 있으므로, 체계정합적으로 CC 투자사업 부문(A2) 주식 취득가액을 산정함에 있어서도 동일한 기준, 즉 분할비율 방식이 적용되어야 한다’는 취지로 주장한다.

구 소득세법 시행령(2026. 2. 27. 대통령령 제36129호로 일부개정되기 전의 것) 제163조 제1항 제5호의 규정의 산식을 도식화하면 아래와 같다.

위 산식에서 ‘분할 전 종전 주식을 취득하는데 소요된 총 금액’을 ‘분할 받은 주식수’로 나누는 부분을 보면 일견 분할비율 방식이 적용되는 것처럼 오해할 여지가 있다. 그러나 위 규정은, 의제배당이 이미 법인세법 제16조 제1항 제6호 에 따른 방법으로 적법하게 계산되었음을 전제로, 이를 가산하여 총 취득원가를 계산한 다음, 개별 주식의 양도소득세를 계산함에 있어 1주당 취득원가를 산출하기 목적으로 분할 받은 주식 수로 나눈 것에 불과하다.

위 규정을 근거로 분할비율 방식이 적용되어야 한다는 원고들의 이 부분 주장은 법률적용의 선후관계를 오해한 것으로 받아들일 수 없다.

⑤ 원고들은 이 사건 제1, 2 처분의 근거가 된 이 사건 자기자본비율은 이른바 ‘세무상 자기자본비율’을 적용한 것인데, 이 사건 분할비율과 같은 더 합리적인 기준이 존재함에도 아무런 법적 근거 없이 이 사건 자기자본비율을 적용하는 것은 객관성과 합리성이 결여되었다고도 주장한다.

그러나 세법상 과세기준을 정함에 있어 기업의 세무상 유보 금액을 반영하는 세무상 자기자본비율을 적용하는 것이 불합리하다고 할 수 없다. 나아가 이 사건 분할비율 역시 그 계약 당시의 CC 투자사업 부문의 자기자본비율을 의미하는데, 의제배당소득이 분할합병등기일에 발생하는 이상 분할합병계약 이후 분할합병의 효력이 발생할 때까지 증감된 자기자본비율도 반영할 수 있는 분할합병등기일 기준 자기자본비율로 CC 주식의 취득가액을 안분하는 것이 의제배당 제도의 취지에 부합한다.

5. 결 론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.