협의매수로 취득된 토지의 양도소득세액 관련하여 보상액에서 공제할 취득가액으로 구할 환산 취득가액 산식에 적용할 양도 당시의 기준시가의 산정시점

협의매수로 취득된 토지의 양도에 따른 양도소득세 산출에 필요한 환산취득가액을 정할 때 그 산식에 정해진 ‘양도당시의 기준시가’는 보상액 산정의 근거가 된 표준지공시지가가 된다

사 건

2025구단10592 양도소득세경정거부처분취소

원 고

원AA, 김BB, 원CC, 이DD, 최EE, 이FF

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 21.

판 결 선 고

2026. 5. 12.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 24. 원고들에 대하여 한 각 경정청구거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 ○○시 소재 ◇◇동, □□동, △△동 일대에 있는 토지(이하 통틀어 ‘이 사건 토지’라 한다)를 아래 바.항 표 기재(이하 ‘표 기재’라 한다)와 같이 각 취득하였다.

나. 원고들은 ○○***** 일반산업단지 조성사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 편입된 이 사건 토지에 관하여 아래 표 기재와 같이 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 각 소유권이전등기를 *****프로젝트금융투자주식회사 또는 ○○도시공사앞으로 마쳐주었다(이하 통틀어 ‘이 사건 양도’라 한다).

다. 원고들은 이 사건 양도에 관하여, 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세 산출에 필요한 환산취득가액을 산정하면서 소득세법 시행령 제176조의2 에 따른 환산 취득가액을 구하기 위한 산식(환산취득가액= 양도시 실질거래가액×취득당시의 기준시가/ 양도당시의 기준시가) 중 ‘양도 당시의 기준시가’에 대하여 이 사건 토지에 관한 보상액 산정의 기초가 된 2016년 기준 공시지가를 적용하여 2018년 또는 2019년 귀속 양도소득세를 각 신고ㆍ납부하였다.

라. 이후 원고들은 위 양도 당시의 기준시가로 ｢공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률｣(이하 ‘토지보상법’이라 한다) 제70조 제5항에 따른 2009년 기준 공시지가의 적용을 주장하면서 2024. 5. 28.부터 2024. 7. 18.까지 피고를 상대로 아래 표 기재와 같은 양도소득세의 경정(환급)을 청구하였다.

바. 피고는 2024. 7. 24. 아래 표 기재 신고, 납부 양도세액(최EE에 대한 농특세 1,707,851원 제외)에 대한 원고들의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

원고

○○시

수용 토지

취득일자

(등기원인)

양도일자

(등기원인:

협의취득)

신고, 납부

양도세액(원,

농특세 제외)

경정청구

양도세액(원)

환급을

구하는 세액

원AA

◇◇동 713-1,

713-2

2006.10.24.

(증여)

2019.1.30.

4,346,079

김BB

◇◇동 963-1

2005.5.12.

(매매)

2018.9.11.

30,354,435

원CC

◇◇동 605

2001.1.8.

2018.12.6.

20,484,062

이DD

□□동 211-1,

211-6

1992.9.21.

(상속)

2019.1.16.

40,237,386

4,996,160

35,241,226

최EE

△△동 131

1988.3.16.

2018.6.20.

132,015,918

106,916,150

25,099,768

이FF

□□동 178

1996.4.27.

2018.6.15.

11,584,120

합계

127,109,690

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

이 사건 사업인정 후 공익사업 토지수용으로 취득된 이 사건 토지의 경우 보상액 산정의 기준이 되는 공시지가는 이 사건 사업의 계획 또는 시행이 공고되거나 고시됨으로 인하여 이 사건 토지의 가격이 변동되었다고 인정되는 경우에 해당하여 해당 공고일 또는 고시일 전의 시점을 공시기준일로 하는 공시지가로서 이 사건 사업의 공고일 또는 고시일과 가장 가까운 시점에 공시된 공시지가인 2009년 표준지공시지가임에도, 피고가 이 사건 양도의 환산 취득가액을 구하기 위한 산식 중 양도 당시의 기준시가로 이 사건 토지의 각 수용가액의 근거가 된 2016년 표준지공시지가를 적용한 이 사건 처분은 토지보상법 제70조 제5항 에 위반되어 위법하므로 전부 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 사업에 관하여, ○○시장은 2009. 2. 4. ○○시 고시 제2009-23호로 ○○개발행위허가 제한지역(***** 산업단지 예정지)(이하 이 사건 사업계획이라 한다)을 고시하였고, ☆☆☆지사는 2010. 3. 15. 계획승인 고시를 하였다가(산업단지 개발기간: 2009년 8월부터 2013. 12. 31.까지), 2014. 4. 11. 위 산업단지 지정을 해제하는 고시를 하였고, 이후 2016. 6. 27. 위 해제를 철회하는 고시를 하고 2016. 8. 26. 이 사건 사업의 개발기간과 방법을 변경하는 내용의 사업계획 변경승인 고시를 하였다.

2) 이 사건 토지 보상가액 산정을 위해 감정인들이 2018. 5. 9. 작성한 감정평가서에 따르면, 감정인들이 사업시행자인 ○○도시공사가 토지보상법에 따른 사업인정 및 사업인정고시가 의제되는 시점이 최초 지정·고시 시점(2010. 3. 16.)인지, 변경 지정·고시 시점(2016. 8. 26.)인지 여부를 국토부를 거쳐 법제처에 질의하였으며 이에 대해 법제처는 위 산업단지 지정 해제, 그 해제 철회 및 변경승인 고시 등이 이루어진 내용을 검토하여 “산업단지 변경 지정·고시가 법령상의 요건과 절차에 따라 이루어져 적법하게 효력을 발생한 것이라 한다면 그 산업단지의 변경 지정·고시가 있는 경우에 다시 토지보상법에 따른 사업인정의 효력이 발생한 것으로 판단된다.”고 회신하였다.

감정인들은 법제처 회신에 따라 협의감정평가서를 작성함에 있어서 감정평가를 위한 이 사건 사업인정의 의제시점을 변경 지정·고시 시점인 2016. 8. 26.로 보고 토지보상법에 따라 사업인정고시 이전에 고시된 표준지공시지가 중 가장 가까운 시점에 고시된 2016. 1. 1. 자 기준 표준지공시지가를 산정하여 적용하였다.

[인정 근거] 갑 제4 내지 11호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

4. 판단

앞서 살펴 본 증거와 사실관계에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 원고들이 ○○도시공사에 2016년 표준지공시지가를 기초로 산정된 협의감정평가서상의 보상액을 기준으로 이 사건 토지를 협의매수로 하여 양도한 다음 소득세법 시행령 제164조 제9항 에 따라 각 양도소득세를 자진신고·납부한 것은 적법하므로 피고의 이 사건 처분에 잘못이 있다고 볼 수 없다.

1) 이 사건 사업계획은 2016. 8. 26. “사업계획 변경 지정·고시’로써 새로운 개발계획(실시계획)에 대한 승인을 얻게 되었다.

2) 소득세법 시행령 제176조의2 에서 토지의 양도에 따른 양도소득세 산출에 필요한 환산취득가액을 ‘양도시 실질거래가액 × 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가’로 산정하도록 규정하고 있다. 이 사건 토지의 수용 원인은 ‘협의매수’로서 협의감정평가서상 보상액은 2016. 1. 1. 표준지공시지가를 적용한 감정평가 결과에 따라 산정되었고, 원고들은 ○○도시공사와 사이에 이러한 각 보상액에 터 잡아 원고들 소유 토지를 양도하였다. 따라서 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세 산출에 필요한 환산취득가액을 정할 때 그 산식에 정해진 ‘양도당시의 기준시가’는 보상액 산정의 근거가 된 2016. 1. 1. 표준지공시지가가 된다.

3) 원고들로서도, 이 사건 토지의 환산 취득가액을 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 제2호 산식에 의하여 정하면서 ‘양도 당시의 기준시가’를 이 사건 양도 시기인 2018년 또는 2019년 기준시가가 아니라 금액이 더 적은 소득세법 시행령 제164조 제9항 에 따라 보상액 산정의 기초가 된 변경승인 고시일과 가장 가까운 2016년 기준시가를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다.

4) 이 사건은 소득세 협의매수로 취득된 이 사건 토지에 대한 양도소득세액 관련하여 소득세법 제114조 제7항 같은 법 시행령 제176조의2이 적용되는 ‘양도가액인 보상액에서 공제할 취득가액으로 구할 환산 취득가액 산식에 적용할 양도 당시의 기준시가의 산정시점’이 쟁점인데 원고들이 들고 있는 사례들은 모두 ‘수용재결 절차를 통하여 취득하는 토지에 대한 적정가격의 보상액 산정을 위한 시점’이 쟁점으로 토지보상법 제70조 제5항 이 적용된 사안이거나 이 사건과는 사안이 달라 그대로 원용하기 적절하지 않다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.