토지를 8년간 경작하였다고 볼만한 증거가 없어 양도소득세 감경사유가 없음

제3자가 토지 위에 지장물을 소유하고 있었고, 이에 대하여 손실보상을 받는 등 토지를 8년간 경작하였다고 볼만한 증거가 없어 양도소득세 감경사유가 없음

사 건

2025구합20749 양도소득세경정거부처분취소

원 고

피 고

B세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 7.

판 결 선 고

2026. 6. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2025. ○. ○. 원고에게 한 2023년 귀속 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. ○. ○○. C으로부터, ○○시 D 전 1,465㎡(이하 ‘이 사건 토지’)와 같은 동 E 도로 565㎡(이하 ‘이 사건 도로’라 하고, 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 중 565분의 188지분을 합계 5억 원 1) 에 취득하였다. 그 후 2023. ○. ○. 이 사건 토지 및 도로는 ○○주택도시공사에 수용되었다.

나. 원고는 2023. ○. ○○. 공익사업용토지 등에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 이 사건 토지 및 도로 지분에 대한 양도소득세 0억 0,000만 원을 신고․납부하였다.

다. 원고는 2024. ○○. ○. 피고에게 이 사건 토지는 8년 이상 자경한 농지라서 자경농지에 따른 양도소득세 감면규정을 적용하면 00,000,000원이 감면세액에 해당한다며 이를 환급해달라는 내용으로 경정청구를 하였으나, 피고는 2025. ○. ○. 이 사건 토지는 조세특례제한법 제69조 의 규정에 의한 자경농지에 대한 양도소득세의 감면요건을 충족하지 못한다는 이유로 원고의 청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 국세청장에 심사청구를 하였으나, 2025. ○. ○○. 기각되었고, 위 기각결정은 2025. ○. ○○. 원고에게 통지되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 본안전 항변에 관한 판단

피고는 이 사건 소는 제소기간을 도과하여 각하되어야 한다고 주장한다. 그러나 국세청장에 심사청구를 한 경우에는 그 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 취소소송을 제기하여야 하는데( 국세기본법 제56조 제3항 ), 이 사건 소는 원고가 국세청장의 기각결정을 통지받은 날(2025. 6. 17.)부터 90일 이내인 2025. 9. 15. 제기되었으므로, 제소기간을 준수하였다. 피고의 본안전 항변은 받아들이지 않는다.

4. 본안에 관한 판단

가. 원고 주장의 요지

원고는 이 사건 토지를 취득한 이후 수용되기 전까지 약 14년간 직접 경작하였다. 그럼에도 이 사건 토지에 관하여 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하지 아니한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

1) 원고는 2003년부터 아래와 같이 임대사업자로 등록하여 부동산임대업을 영위하고 있고, 부동산임대소득 외의 다른 사업소득은 신고한 사실이 없다.

2) 이 사건 토지에 관한 위성사진에 의하면 2010년경 이 사건 토지에 대추나무가 식재되어 재배되어 왔다.

3) 원고는 2004. ○. ○○.부터 2020. ○. ○.까지 이 사건 토지와 약 14㎞ 거리에 있는 ○○ ○○구 F에 거주하였다.

4) 원고는 2025. ○. ○○. ○○주택공사에게 이 사건 토지 수용에 따른 농업손실 보상금을 신청하여 2025. ○. ○○. ○○주택공사로부터 농업손실 보상금 명목으로 0,000,000원을 수령하였다.

5) 원고는 국세청장에 심사청구 당시 아래와 같이 자경의 증거로 이 사건 토지에 사용하기 위한 농자재구입 등 신용카드거래내역을 제출하였다.

[표 : 생략]

6) 이 사건 토지의 수용 전 그 지상물(주택, 비닐하우스, 창고, 계사, 보일러 등) 수용에 따른 보상금은 00,000,000원으로 책정되었고, 위 보상금은 2023. ○. ○○. 원고가 아닌 G(원고의 처남)이 수령하였다.

7) 이 사건 토지에 관한 농지원부에는 원고가 과수를 경작한 것으로 기재되어 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나. 관련 법리

구 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다)은 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다(제69조 제1항 본문). ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자‘란 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역에 8년 이상 거주하면서 경작한 자 등을 가리킨다[구 조세특례제한법 시행령(2024. 3. 26. 대통령령 제34356호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 조세특례제한법 시행령‘이라 한다) 제66조 제1항 제3호]. ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 1) 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것 또는 2) 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 가리킨다(위 시행령 제66조 제13항).

농업에 상시 종사하는 사람에 대하여는 자기 노동력 비율에 관계없이 직접 경작한 것으로 인정하되, 농업에 상시 종사하는 것이 아니라 다른 직업을 가지는 등의 이유로 부분적으로 종사하는 사람은 전체 농작업 중 가족이나 제3자를 제외한 ‘자기’의 노동력 투입 비율이 2분의 1 이상인 경우에 한하여 직접 경작한 것으로 인정함이 타당하다(대법원2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결, 대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조).

한편 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데, 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

다. 구체적인 판단

앞서 인정한 사실에다가 앞서 본 각 증거들 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제3, 4호증은 믿기 어렵고, 원고가 제출한 나머지 증거들만으로는 원고가 이 사건 토지를 양도할 때까지 이 사건 토지를 8년 이상 직접 경작하였음을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 앞서 본 것과 같이 이 사건 토지가 수용되기 전 이 사건 토지 지상의 지장물 수용에 대한 보상금은 원고가 아닌 G이 수령하였다. 즉 이 사건 지장물에 대한 보상금 산정 및 지급 과정에서 이 사건 토지 지상의 지장물에 대한 소유자는 G로 특정되었던 것으로 보이고, 위와 같은 이 사건 토지 지상의 지장물 수용에 대한 보상금의 책정이나 지급 과정에서 원고가 소유권을 주장하거나 이의를 제기하는 등의 절차를 거친 사실이 없다. 이와 같은 지장물 수용보상금 지급 과정에 비추어 보면, G이 위와 같은 지장물을 설치․소유하면서 이 사건 토지를 관리하였을 것으로 추단할 수 있다.

② 원고는 이 사건 토지의 농지원부에 원고가 경작자로 기재되어 있는 점, 농업손실보상금을 원고가 수령한 점, 이 사건 토지에 관한 전기요금을 원고가 납부한 점 등을 근거로 이 사건 토지의 경작자는 원고라는 취지로 주장한다.

그러나 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적인 추진을 위해 작성․비치하는 행정내부자료로 행정관청의 실질적 심사에 의해 계속 관리되었다고 단정하기 어렵고, 농업손실보상금은 원고가 임의로 작성한 경작사실확인서 등을 제출받은 다음 형식적인 심사에 따라 지급된 것으로 보이므로, 위 사정만으로 원고를 이 사건 토지의 경작자라고 볼 수는 없다. 또한 피고는 이 사건 토지에 관한 전기요금의 납부자는 G인데 전기사용신청인이 원고이므로, 전기요금납부실적에 원고로 표시된다고 주장하는바, 갑 제9호증 기재만으로 원고가 이 사건 토지에 관한 전기요금을 납부하였다고 곧바로 인정하기 어려우며, 설령 원고가 이 사건 토지에 전기요금을 납부하였다고 하더라도 그것만으로 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하였다는 사실이 인정된다고 할 수는 없다.

③ 원고는 G은 다른 직장에 근무하는 사람이고, 이 사건 토지를 경작하는데 필요한 설비나 지장물, 경운기, 보일러 등은 그 비용도 상당하여 G이 취득할 수도 없고, 이 사건 토지 소유자가 아닌 경작자가 임의로 설치할 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지의 지장물의 소유자는 G이 아니라 원고이고, 이 사건 토지의 경작자도 원고라는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 본 것과 같이 이 사건 토지의 지장물 소유자는 G인 사실이 인정되는 점, 원고가 주장하는 바와 같이 위와 같은 지장물을 이 사건 토지의 소유자가 아닌 G이 임의로 설치하여 수년 동안 점유한다는 것은 납득하기 어려운바, G은 원고의 동의하에 위와 같은 지장물을 설치하는 등 이 사건 토지를 점유하며 경작하였다고 봄이 경험칙에 부합하는 점, G이 다른 직업이 있다고 하더라도 이 사건 토지에서 농사를 짓는 것을 병행하는 것이 불가능하다고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

④ 원고는 경작사실확인서(갑 제3호증), 인우보증서(갑 제4호증), 농자재구입내역 등에 의해 이 사건 토지의 경작자가 원고라는 사실이 인정된다고 주장한다.

그러나 경작사실확인서는 원고가 작성한 것이거나 이 사건 토지 인근 주민으로 추정되는 사람이 확인자로서의 서명만 한 서류로, 이것만으로 원고의 주장을 받아들일 수는 없다. 또한 H 작성의 인우보증서(갑 제4호증의1)는 원고로부터 대추를 얻었다는 취지에 불과하여 원고가 이 사건 토지를 직접 경작했는지 여부를 확인할 수 없고, I 작성의 인우보증서(갑 제4호증의2)에 의하면, I이 가학동에 전입할 당시(2007년경)부터 원고가 대추농장을 경영하였다는 취지로 기재되어 있으나, 원고는 이 사건 토지를 2009. ○. ○○. 취득하였는바, 위 인우보증서는 객관적 사실에 배치되어 그대로 믿기 어렵다.

또한 원고의 농자재구입내역에 의하면, 이 사건 토지 양도 전 거래금액은 00만 원에 불과하고, 그 구입처도 이 사건 토지와 약 280㎞ 이상 떨어진 곳으로, 위와 같은 비용을 이 사건 토지의 경작을 위하여 지출한 것이라고 인정하기 어렵다.

⑤ 그 외 원고가 이 사건 토지에 대추나무를 식재하는데 비용을 지출했다거나 대추나무를 수확하여 수입이나 매출을 올렸음을 증명할 만한 아무런 증거도 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) = 이 사건 토지가액 0억 0,000만 원 + 이 사건 도로 지분 가액 0,000만 원