조세특례제한법 제100조의32 제2항 제1호 나목 적용시 직전 사업연도 상시근로자수에 퇴직자를 포함하는지 여부

조세특례제한법 제100조의32 제2항 제1호 나목을 적용함에 있어 직전 사업연도의 상시근로자 수에 직전 사업연도의 퇴직자가 포함된다고 봄이 타당함

사 건

2025구합20156 법인세경정거부처분취소

원 고

피 고

B세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 16.

판 결 선 고

2026. 6. 183

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 22. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 0원, 2019 사업연도 법인세 000,000,000원, 2020 사업연도 법인세 000,000,000원의 각 경정청구에 대한 거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1992. ○. ○○. ‘주식회사 A’라는 상호로 설립되어 2019. ○○. ○○. 위 상호를 현재와 같이 변경하였고, 냉·난방기구 판매, 제조 및 임대업을 목적으로 하는자회사의 지분 소유를 통해 자회사의 사업내용을 지배하는 지주사업 및 용역업 수행을 목적으로 하는 회사이고, 2019 내지 2021 사업연도의 각 종료일 현재 재무상태표상 자산의 합계액에서 부채의 합계액을 공제한 자기자본의 금액이 000억 원을 초과하는 법인이다.

나. 원고는 당초 2019 내지 2021 사업연도의 각 미환류소득금액에 대한 법인세 신고를 하면서「구 조세특례제한법1)」제100조의32(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다) 제2항 제1호 나목을 적용함에 있어 직전 사업연도의 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에포함하는 것을 전제로 상시근로자 임금증가금액을 계산하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고하고 이를 납부하였으나, 2024. 5. 27. 기획재정부의 2022. 8. 31.자 유권해석(기획재정부 법인세제과-349, 2022. 8. 31., 이하 ’제1차 유권해석‘이라 한다)을 근거로직전 사업연도 상시근로자 수에서 직전 사업연도 퇴직자를 제외하는 방식으로 해당 사업연도의 상시근로자 임금증가액을 재계산2)하여 별지 ‘미환류소득 법인세 경정청구 내역3)’과 같이 피고에게 2019 내지 2021 사업연도 법인세 합계 581,871,562원의 환급을구하는 각 경정청구를 하였다. 기획재정부의 제1차 유권해석의 내용은 아래와 같다.

○ 기획재정부 법인세제과-349, 2022. 8. 31.(제1차 유권해석)

- 이 사건 규정 제1호 나목에 따른 ‘상시 근로자의 해당 사업연도 임금증가금액’ 계산 시

직전 사업연도 퇴직자에 대한 임금총액 반영 방법

(1안) 직전 사업연도 임금 총액에 포함

(2안) 직전 사업연도 임금 총액에 포함하지 않음

귀 질의의 경우 2안이 타당합니다.

다. 피고는 2024. 7. 22. 기획재정부의 2023. 9. 5.자 유권해석(기획재정부 법인세제과-488, 2023. 9. 5., 이하 ‘제2차 유권해석’이라 한다)을 근거로, 이 사건 규정 제2항제1호 나목을 적용함에 있어 직전 사업연도의 상시근로자 수에 직전 사업연도의 퇴직자가 포함된다고 보아 위 각 경정청구4)를 거부하였다(이하 ‘이 사건 각 거부처분’이라한다).

기획재정부의 제2차 유권해석의 내용은 아래와 같다.

(1안) 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함

(2안) 직전 사업연도 상시근로자 수에서 제외

귀 질의의 경우 1안이 타당합니다.

라. 원고는 이에 불복하여 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 2. 11. 이를기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

아래와 같은 이유로 해당 사업연도의 상시근로자 임금증가금액은 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에 포함하지 않고 계산하는 것이 타당하다.

가. 기획재정부의 제1차 유권해석은 ‘상시근로자의 해당 사업연도 임금증가액’을 계산함에 있어서 직전 사업연도 퇴직자의 경우 해당 사업연도와 직전 사업연도의 임금총액에서 모두 제외한다는 것이고, 임금지급대상(인원)과 임금지급액(근로소득)은 불가분관계에 있고 상시근로자 임금증가금액 계산에 있어 ‘직전 사업연도 상시근로자 수’와‘직전 사업연도 상시근로자 임금지금액’이 하나의 계산식을 구성하고 있으므로, 논리적일관성을 위해 직전 사업연도의 상시근로자 수에 직전 사업연도의 퇴직자는 포함되지 않는다고 보아야 한다.

나. 고용 및 임금증가를 통해 기업소득을 가계소득 등으로 환류하기 위한 제도의 입법취지를 고려하면, 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에서 제외하는 것이 입법취지에 부합하는 것으로 볼 수 있고, 만약 이 사건 거부처분의 과세논리와 같이 직전 사업연도 퇴직자에 관하여 직전 사업연도의 임금지급액에서만 제외하고상시근로자 수에는 포함하여 계산한다면, 예를 들어 어느 기업에 근로자 A, B가 근무하던 중 1사업연도 퇴직자 B로 인해 곧바로 다른 직원 C를 고용하고 2사업연도에 D를추가로 고용한 경우 직전 사업연도(1사업연도)의 상시근로자 수는 총 3명(A, B, C)이고해당 사업연도(2사업연도)의 상시근로자 수도 총 3명(A, C, D)이 되어 신규 고용의 효과가 반영되지 않는 왜곡이 발생하는 문제가 있다.

다. 동일한 용어가 사용된 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의4 규정5)에서 상시근로자 수와 평균임금을계산할 때 퇴사한 근로자를 제외하여 계산하도록 규정하고 있는데, 법률의 체계적 해석상 이 사건 규정 및 그 하위법령을 해석할 때에도 퇴사한 근로자는 상시근로자 수에서 제외되는 것으로 해석함이 타당하다.

3. 관계 법령

별지 ‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 각 거부처분의 위법 여부

가. 관련 법리 및 투자 · 상생협력 촉진을 위한 조세특례제도의 연혁, 내용

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다(대법원 2022. 12. 15. 선고 2018두63143 판결 등 참조).

2) 미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 법인이 해당 사업연도의 소득 중 일정한 금액을 투자, 임금 등으로 사용하지 않는 경우 그 미환류소득에 대하여 10%의 법인세를 추가 과세하는 제도로서 2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정된 법인세법 제56조 에 근거를 두고 2015. 1. 1.부터 일몰기한을 2017. 12. 31.까지로 하여 한시적으로 도입되었고, 위 미환류소득에 대한 법인세의 일몰기한이 도래함에 따라 2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 규정의 신설을 통해 투자 · 상생협력촉진을 위한 조세특례제도를 시행하게 되었다.

3) 이 사건 규정 제2항 제1호 나목은 대통령령으로 정하는 상시근로자의 해당 사업연도 임금증가금액의 산정방법에 관하여, (ⅰ) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가하였는지 여부를 판단 후, (ⅱ) 상시근로자의 해당 사업연도 임금이 증가한 경우라면, 해당 사업연도의 상시근로자 수와 직전 사업연도의 상시근로자 수를 비교하여, (ⅱ-1) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가하지 아니한 경우에는 상시근로자의 임금증가금액이 그대로 미환류소득 공제항목으로 반영하고, (ⅱ-2) 해당 사업연도의 상시근로자 수가 직전 사업연도의 상시근로자 수보다 증가한 경우에는 기존 상시근로자 임금증가금액에 100분의 150의, 신규 상시근로자 임금증가금액에 100분의 200의 각 가중치를 부여하여 조정된 임금증가금액이 미환류소득공제항목으로 반영하도록 규정하고 있다.6) 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제8항 은 대통령령으로 정하는 상시근로자란 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 근로자를 말한다7)고 규정하면서, 제11항에서 ‘제8항 및 제10항에 따른 상시근로자 수의 계산은 제26조의4 제3항을 준용한다’고 규정하고 있고, 제26조의4 제3항은 상시근로자수는 ‘해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합에서 해당 과세연도의 개월수를 나누는 방식’에 따라 계산하고 이 경우 100분의 1 미만의 부분은 없는 것으로 한다고 규정하고 있다.

나. 판단

관계 법령의 내용과 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 이 사건 규정 제2항 제1호 나목을 적용함에 있어 직전사업연도의 상시근로자 수에 직전 사업연도의 퇴직자가 포함된다고 봄이 타당하므로,이 사건 각 거부처분에 원고의 주장과 같은 위법이 있다고 볼 수 없다.

1) 이 사건 규정 제2항 제1호 나목, 제10항 및 그 위임에 따른 구 조세특례제한법시행령 제100조의32 제8항 , 제11항, 제26조의4 제3항은 상시근로자의 범위와 상시근로자 수의 계산방법을 규정하고 있고, 이에 의하면 직전 사업연도의 상시근로자 수는 ‘직전 사업연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합을 직전 과세연도의 개월 수로 나눈값’을 의미한다고 보는 것이 문언상 분명하다. 그렇다면 직전 사업연도 중도 퇴직자는월 단위로 실제 근무한 기간에 비례(‘월할계산’ 방식)하여 직전 사업연도의 상시근로자수에 포함되고, 원고의 주장과 같이 직전 사업연도의 상시근로자 수에서 직전 사업연도 퇴직자를 제외하는 계산방식은 앞서 본 규정과 배치되는 해석으로 조세법규의 엄격해석 원칙에 반한다고 할 것이다.

2) ‘직전 사업연도 상시근로자 임금지급액’을 계산함에 있어 직전 사업연도 퇴직자의 임금을 제외하는 것은 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제9항 에 따라 상시근로자의 임금증가금액을 계산함에 있어 해당 사업연도에도 계속 근무한 상시근로자라는 동일한 비교집단을 기준으로 직전 사업연도 대비 임금증가분을 계산하기 위한 것으로 볼 수 있고, ‘직전 사업연도 상시근로자 수’를 계산함에 있어 직전 사업연도 퇴직자를 월할계산 방식으로 반영하는 것은 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제8항 ,제11항, 제26조의4 제3항에 따라 상시근로자의 수를 계산함에 있어 해당 사업연도 및직전 사업연도에 실제 존재하였던 고용 규모를 비교하여 실질적인 고용증가 효과를 기준으로 임금증가금액 가중치 적용 여부를 판단하기 위한 것으로 볼 수 있다. 위와 같이 동일한 조문 내에 규정된 상시근로자의 수와 상시근로자의 임금지급액의 각 산정방식이 다른 것은 관계 법령의 구조 내지 문언상 차이 및 미환류소득에 대한 법인세신고와 관련한 세부항목별 기능이나 산정 목적의 차이에서 비롯된 것으로 볼 수 있는바, ‘임금총액 반영 방법’에 관한 기획재정부의 제1차 유권해석과 ‘상시근로자 수 반영방법’에 관한 제2차 유권해석이 서로 모순되어 양립이 불가능한 것으로 볼 수 없다.

3) 앞서 본 바와 같이 상시근로자 수에 관하여 이 사건 규정 제2항 제1호 나목, 제10항 및 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제8항 , 제11항, 제26조의4 제3항에서 규정하고 있고, 법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있어 달리 해석할 여지가 없다. 구 조세특례제한법 제26조의4 (근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제)에서 해당조의 ‘상시근로자’의 정의와 범위를 정하고 있고, 구 조세특례제한법 제100조의32 (투자․상생협력 촉진을 위한 과세특례) 제8항, 제10항에서 또한 해당조의적용을 받는 ‘상시근로자’의 정의와 ‘상시근로자의 수 계산’을 별도로 다시 정하고 있는점을 보면 구 조세특례제한법 시행령 제26조의4 제10항 을 명시적으로 준용하지 아니하고 있는 이 사건에서 이를 직접 적용하거나 유추 적용할 수는 없다.

4) 원고의 주장과 같이 직전 사업연도 퇴직자를 직전 사업연도 상시근로자 수에서 제외하게 되면, 실질적인 고용증가 효과가 없이 입사와 퇴사가 반복되는 법인의 임금증가금액에 가중치를 적용하여 세제혜택을 받게 되는 결과가 발생하여 오히려 고용을유지한 법인의 세부담이 상대적으로 커지게 되는 모순이 발생하고 이는 투자 · 상생협력 촉진을 위한 조세특례제도의 취지에 부합하는 것으로 보기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.