법인세경정거부처분취소

[1] 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의3 제1항, 제3항, 제29조 제1항, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조의3 제4항의 문언 및 체계와 입법 취지 등을 종합적으로 고려하면, 고유목적사업준비금을 실제로 손금에 산입하지 않은 비영리내국법인에 해당하는 경우 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 있다. 즉, 구 법인세법 제29조에 따른 손금산입 특례 대상인 비영리내국법인이라 하더라도 고유목적사업 등에 지출된 금액을 실제로 고유목적사업준비금으로 손금계상하지 않았다면, 이때는 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항이 정하는 수입배당금액 익금불산입 특례 제외 대상인 '구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인'이 아니라고 봄이 타당하다. 반면 비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액에 대하여 일부라도 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금에 산입하였다면, 수입배당금액 가운데 그와 같이 손금산입되지 아니한 부분이 남아 있더라도, 이에 대해서는 구 법인세법 제18조의3 제1항의 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 없다고 보아야 한다.

[2] 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항에 따른 고유목적사업준비금은, 비영리내국법인이 결산에 반영하여 손금으로 계상하였을 때에는 이를 손금으로 보고, 결산에 반영하지 아니하여 손금으로 계상하지 않은 경우에는 손금으로 보지 않는 이른바 '결산조정사항'에 해당한다. 그리고 어느 비영리내국법인이 구 법인세법 제29조 제1항의 고유목적사업준비금을 설정하여 손금에 산입할지, 같은 법 제18조의3에 따라 수입배당금액의 익금불산입을 할지는, 해당 비영리내국법인의 선택에 달려 있다. 그러므로 비영리내국법인이 고유목적사업준비금의 손금산입 적용을 선택하여 이를 이미 결산에 반영하여 손금으로 계상한 이상, 수입배당금액의 익금불산입을 적용받겠다고 나중에 번의하여 고유목적사업준비금의 손금산입을 소급적으로 철회하는 것은, 구 법인세법 제29조 제1항에서 고유목적사업준비금을 결산조정사항으로 정한 취지에 반하여 법령상 다른 정함이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 허용될 수 없다. 이는 구 법인세법 제29조 제2항에 따라 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보게 되는 경우에도 마찬가지이다. 나아가 납세자인 비영리내국법인이 이러한 소급적 철회를 내세워 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 소정의 경정청구를 하는 것도 다른 특별한 사정이 없는 한 불가능하다고 보아야 한다.