신고내용에 탈루가 있다고 보아 비정기조사 대상자로 선정한 것과 사전통지 절차를 생략한 것은 위법하다고 보기 어려우며, 가공거래에 따른 부가가치세 경정 및 가공인건비에 따른 법인세 경정은 적법함

신고 내용에 탈루의 혐의가 있는 이상 비정기조사 대상자 선정 및 세무조사 사전통지 절차를 생각한 것은 위법하다고 보기 어려우며, 가공 매입 및 매출 거래에 따른 부가가치세 경정 및 가공 인건비에 따른 법인세 경정은 실체적으로도 적법함

조심-2024-인-5141(조심2024구5136,구5137, 2024인5141(병합))

사 건

인천지방법원 2025구합50710 부가가치세등부과처분취소

원 고

주식회사 더○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 23.

판 결 선 고

2026. 6. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 11. 16. 원고에게 한 별지1 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산매매업, 부동산신축 및 미분양 대행업, 부동산 개발 사업시행 및 대행업 등을 목적으로 설립된 법인이고, AAA은 원고 법인을 실제로 운영한 사람으로 2023. 7. 13. 원고 법인의 유일한 사내이사로 등기되었다.

나. 피고는 2023. 4. 24.부터 2023. 11. 16.까지 원고 법인에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라고 한다)를 실시하여, ① 원고가 2022년 제2기 부가가치세 과세기간에 실물 용역거래 없이 주식회사 BB주택관리(이하 ‘BB주택관리’라 한다), 주식회사 CCCC컨설팅(이하 ‘CCCC컨설팅’이라 한다)으로부터 합계 290,000,000원의 가공 매입세금계산서를 수취하고(이하, 위 매입세금계산서를 ‘이 사건 매입세금계산서’, 원인이 된 용역공급 거래를 ‘이 사건 매입거래’라고 한다), 2020년 제2기 부가가치세 과세기간에 실물 용역거래 없이 주식회사 DDDD(이하 ‘DDDD’이라 한다)에 공급가액 700,000,000원의 가공 매출세금계산서를 발급하였으며(이하, 위 매출세금계산서를 ‘이 사건 매출세금계산서’, 원인이 된 용역공급 거래를 ‘이 사건 매출거래’라고 한다), ② 2020년부터 2022년까지 인건비(이하 ‘이 사건 인건비’라고 한다) 합계 576,625,960원을 가공으로 지급했다고 판단하고, 이 사건 매입거래와 인건비에 대하여 손금불산입 및 매입세액 불공제를 통해 2023. 11. 16. 원고에게 2022년 제2기 부가가치세 51,156,580원, 법인세 2021년 귀속 984,190원 및 2022년 귀속 153,040원을 각 경정.고지하였으며, 같은 날 대표자 AAA의 상여로 소득처분하여 2020년 내지 2022년 귀속 합계 995,625,960원의 소득금액변동통지를 하였다(위 부가가치세 및 법인세 경정.고지, 소득금액변동통지를 통틀어 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 이 사건 매입거래 및 매출거래, 이 사건 인건비의 구체적인 내역은 아래 표와 같다

다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 2. 26. ○○지방국세청에 이의신청을 제기하였으나 2024. 5. 22. 감액경정처분에 대한 신청을 각하하고 나머지 신청은 기각하는 결정이 내려졌고, 2024. 8. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2025. 3. 10. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제7, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 세무조사에서의 절차상 하자

피고의 원고에 대한 이 사건 세무조사는 원고의 조세탈루 혐의 유무, 구체적인 근거 등이 희박함에도 세무조사가 실시되고 납세자가 구속으로 실질적으로 조사를 받기 어려운 상황에서 조사가 진행되는 등 납세자권리헌장에 의한 권리가 훼손된 점, 사전통지절차의 예외사유가 존재하지 않음에도 사전통지가 이루어지지 않은 점, 원고 법인의 사업 관련자료 대부분이 압수되고, 주요의사결정권자인 대표자가 구속된 상황에서 세무조사가 재개되어 방어권 행사에 실질적 장애가 있었으며, 의견진술 및 자료제출을 통한 소명기회를 충분히 제공받지 못한 점, 검찰의 압수수색 자료는 압수수색의 정해진 사유 외에는 어떠한 사유로도 사용할 수 없음에도 AAA에 대한 조사 없이 검찰의 압수수색 자료만으로 세무조사가 이루어진 점 등 절차상 중대한 위법사유가 존재한다.

나. 실체상 하자

원고와 BB주택관리, CCCC컨설팅, DDDD은 모두 독립된 별개의 법인으로 각자 목적한 사업활동을 영위하였는바 이 사건 매입거래 및 매출거래 모두 실질거래이고, 이 사건 인건비 또한 대부분은 실질 용역거래에 해당한다. 따라서 이를 가공거래 내지 가공인건비로 보아 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 절차적 위법 여부에 관한 판단

가. 인정사실

당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 각 증거, 을 제1 내지 6, 8, 9, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음 각 사실이 인정된다.

1) 피고는 국세기본법 제81조의6 제3항 에 따라 원고 법인을 정기선정 외 조사대상자로 선정하여 2020년~2022년 사업연도 법인통합조사를 실시하기로 하고, 2023. 4. 24. 이 사건 세무조사에 착수하였다(조사기간: 2023. 4. 24. ~ 2023. 6. 10.).

피고는 세무조사 착수 당일 원고의 대표자 EEE에게 납세자권리헌장을 교부.낭독하였고, EEE은 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서’에 서명하였다. 그리고 EEE은 다음날인 2023. 4. 25. 이 사건 세무조사를 위해 세무대리인을 선임하였다.

2) 한편 ○○지방검찰청 검사는 ○○○○주택공사(이하 ‘○H’라 한다) 직원의 뇌물 수수 혐의를 수사하면서 AAA의 뇌물공여 혐의를 인지하고 AAA이 운영하는 원고 및 DDDD, 주식회사 FFF 등의 조세포탈 혐의를 포착하여 세무관서에 고발요청을 하였다. DDDD, 주식회사 FFF에 대한 세무조사가 ●●세무서에서 실시되었고 원고 법인에 대한 이 사건 세무조사 또한 위와 같은 고발요청에 의하여 실시되었다. AAA은 뇌물공여 혐의 등으로 수사를 받다가 2023. 4. 26. 구속되었다.

3) 이 사건 세무조사는 다음과 같이 2차례의 중지, 범칙조사전환 및 기간연장을 거쳐 진행되었다.

가) EEE은 2023. 5. 9. 피고에게 ‘법인과 대표자의 압수수색으로 인한 관련 자료 미비’를 사유로 세무조사를 중지하여 줄 것을 요청하는 세무조사 중지 신청서를 제출하였고. 피고는 이를 받아들여 2023. 5. 10.부터 2023. 8. 9.까지(92일간) 세무조사를 중지하였다(변경된 조사기간: 2023. 4. 24.~ 2023. 9. 10.).

나) 원고 법인에 대하여 2023. 7. 13. AAA의 사내이사 취임등기가 이루어졌고, 원고는 2023. 8. 31. 피고에게 ‘중요 의사결정권자이며 대표자인 AAA의 구속으로 세무조사가 진행될 수 없음’을 이유로 ‘대표자의 구속수감 종료 후’까지를 신청기간으로 하여 세무조사 중지를 다시 신청하였다. 피고는 위 신청에 따라 2023. 9. 4.부터 2023. 10. 9.까지(36일간) 세무조사를 중지하였다(변경된 조사기간: 2023. 4. 24. ~ 2023. 10. 16.).

다) 이후 피고는 중지된 세무조사를 재개하고 조세범칙조사로 전환하면서 조사 기간을 2023. 11. 16.까지로 연장하였다.

4) 피고는 이 사건 세무조사 기간 중 2023. 4. 25., 2023. 8. 16., 및 2023. 8. 30. 3회에 걸쳐 원고에게 법인세법 제122조 에 근거하여 세무조사와 관련된 장부.서류 등 자료의 제출을 요구하였다. 그리고 조세범칙조사 관련 AAA이 수감 중인 ○○구치소에 방문조사를 실시하기로 하여 ○○구치소장에 ‘세무조사 관련 심문조서 작성 안내’ 공문을 발송하고 접견신청을 하였는데, 2023. 10. 25. 예약된 접견일자에 AAA의 병원 이송을 이유로 접견이 취소되었고, 2023. 10. 26. AAA을 접견하였으나 AAA은 변호인 접견을 이유로 조사연기를 요청하였으며, 이에 피고가 2023. 11. 2. 다시 접견 예약을 하였으나 AAA의 거부로 접견이 취소되었다.

5) 한편 원고는 앞서 본 바와 같이 이 사건 세무조사가 시작된 후 바로 세무대리인을 선임하였는데, 2023. 8. 31. 대표자 AAA의 구속을 이유로 세무조사 정지신청을 한 그날 세무대리인을 해임하였고, 이후 대리인을 새로 선임하지 않았으며, 추가로 조사 중지신청을 하지도 않았다.

6) 피고는 2차례의 세무조사 중지신청에 대한 결정, 조사 재개, 범칙조사 및 세무 조사기간연장 시 각 통지를 모두 원고 법인의 대표자 EEE, AAA이 수감 중인 구치소장에게 교부 또는 송달하였다.

7) 이 사건 세무조사는 2023. 11. 9. 종결되었으며, 세무조사결과통지서 또한 2023. 11. 13. 구치소장에게 송달되었다.

나. 판단

1) 비정기 세무조사대상 선정 관련

가) 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의6 제3항은 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다’고 규정하면서, 제4호에서 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 세무조사대상자 선정 사유로 들고 있는바, 구 국세기본법 제81조의6 제3항 에서 정한 세무조사대상자 선정 사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 위 규정을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다고 할 것이다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 참조).

이때 위 규정 제4호의 ‘신고내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’란 신고내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 인정되는 경우를 말한다.

나) 앞서 본 바와 같이 검찰에서 커네티켓, 주식회사 FFF 등 AAA이 운영하는 법인의 조세포탈 혐의에 관하여 고발 요청을 하여, ●●세무서에서는 DDDD 및 주식회사 FFF의 2019년~2022년 사업연도에 대한 법인통합조사가 2023. 9. 18.부터 2023. 11. 25.까지 실시되었고, 피고가 실시한 이 사건 세무조사 결과 원고가 이 사건 매입거래를 원인으로 가공 매입세금계산서를 수취하고 이 사건 인건비를 가공으로 계상한 혐의가 확인되었다.

다) 피고는 위와 같은 고발요청 및 수사통보에 따라 확보한 수사자료, 즉 원고의 사무실 등에 대한 압수수색 및 디지털포렌식 자료, 금융조회내역, 관련자들의 진술 등과 원고의 법인세신고서, 부가가치세신고서, 근로소득 및 사업소득 지급명세서 제출내역 등 객관성과 합리성이 충분히 뒷받침되는 자료에 의해 원고의 법인세 및 부가가치세 신고내용에 탈루나 오류가 있다고 보아 원고를 비정기조사 대상자로 선정하였으므로, 피고의 이 사건 세무조사대상자 선정이 위법하다고 보기 어렵다. 원고의 주장은 이유 없다.

2) 사전통지 절차 위반 여부

가) 구 국세기본법 제81조의7 제1항 은 ‘세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 하고, 다만 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.

나) 앞서 본 세무조사의 착수, 진행 경위 등을 종합한 아래와 같은 사정에 비추어, 원고의 신고 내용에 탈루의 혐의가 있었고 원고의 증거인멸이 우려되는 상황에서 사전통지 절차를 생략한 피고의 조치가 현저히 합리성을 잃어 위법하거나 이 사건 처분을 위법하게 할 정도의 중대한 절차위반에 해당한다고 볼 수 없다.

○ 가공거래 여부가 다투어지는 이 사건에서 사전통지가 이루어지는 경우 관련자들로부터 객관적인 진술을 확보하기가 용이하지 않을 수 있고 거래관련 자료가 은닉 또는 조작될 가능성이 있으며, 수사기관에서 해당 혐의를 기준으로 실시한 압수수색을 통해 자료가 확보되어 과세관청에 그 수사자료가 제공되었다는 사정만으로 과세처분을 위한 충분한 자료가 확보되었다고 볼 수는 없는 점에 비추어 보면, 이 사건 세무조사 또한 위 단서에서 규정한 ‘사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사의 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우’에 해당한다고 볼 여지가 크다.

○ 세무조사에서 사전통지를 하도록 규정한 것은, 납세자의 자발적인 협력을 받아 세무조사를 원활하게 수행함으로써 세무조사의 효율성을 도모하는 한편, 납세자가 충분한 시간을 갖고 준비함으로써 세무조사 과정에서 방어권을 적절하게 행사할 수 있도록 보장하는 데에 그 취지가 있다. 피고가 원고의 증거인멸이 우려되는 상황에서 사전에 원고에게 소명자료 제출기회를 부여할 의무가 있다고 보기 어렵고, 피고는 세무조사 기간 중 소명자료 제출을 위한 원고의 세무조사 중지신청을 받아들여 세무조사를 중지하였으며, 세금탈루 사실의 확인과 함께 소명자료 제출 기회를 부여하기 위해 자료 제출을 요구하고 구치소 방문조사를 시도하는 등 소명의 기회 또한 부여한 것으로 판단된다.

○ 또한 과세자료의 수집에 절차상 위법이 있다고 하더라도, 아래에서 보는 바와 같이 과세처분은 과세표준의 존재를 근거로 하는 것이어서 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의하여 결정되어야 하는 것이므로, 그로 인한 과세처분의 효력을 판단함에 있어서는 그 절차위배의 내용, 정도, 대상 등의 중대성을 고려하지 않을 수 없다.

3) 방어권 행사의 장애 존재 내지 충분한 소명기회가 부여되지 않았다는 주장

가) 과세처분은 과세요건의 존재를 근거로 하여 되는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의해 결정되어야 하는 것이고, 세무조사절차에 어떠한 하자가 있다고 하더라도 그것이 세무조사권을 남용한 것이라든지 전혀 조사를 결한 경우나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한, 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다고 할 것이다(서울고등법원 2018. 6. 14. 선고 2017누66338 판결 취지 참조).

나) 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사정을 고려하면, 원고 법인에 대한 압수.수색과 대표자인 AAA의 구속으로 인해 원고가 세무조사에 사실상 대응하기 어려웠다고 하더라도 납세자의 기본적인 권리가 침해되었다거나 이 사건 처분이 위법하다고 볼 정도로 중대한 절차적 하자를 인정하기 어렵다. 원고의 주장은 이유 없다.

○ 원고는 ‘압수수색으로 인한 관련 자료 미비’, ‘중요 의사결정권자인 대표자의 구속’ 등을 이유로 2차례에 걸쳐 세무조사 중지 신청을 하였고, 피고는 그 신청을 받아들여 일정 기간 세무조사를 중지하였으며, 세금탈루 사실 확인과 함께 소명자료 제출 기회를 부여하기 위해 자료 제출을 요구하고 구치소 방문조사를 실시하고자 한 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 그리고 이 사건 세무조사 과정에서 절차의 중지, 재개, 기간연장, 세무조사결과 등 관련 통지가 적법하게 이루어진 점 등 피고가 세무조사와 관련된 절차적인 요건은 모두 준수한 것으로 보인다.

○ 세무조사 중지 기간에 관하여 보건대, 세무조사 중지에 관하여 규정하고 있는 구 국세기본법 제81조의8 제4항 의 문언과 그 제도의 취지에 비추어 볼 때, 이를 과세관청의 재량을 배제하는 강행규정으로 해석하기 어려울 뿐만 아니라, 2회에 걸쳐 중지된 총 기간이 128일에 이른 반면, 피고의 자료 제출 요구에 실질적 소명자료는 제출하지 않은 것으로 보이고 세무대리인 해임 후 추가 중지신청은 하지 않은 점 등 원고가 세무조사에 임한 태도에 비추어, 대표자가 여전히 구속된 상태임에도 세무조사가 재개됨으로써 원고의 방어권 행사에 실질적으로 장애가 있었다는 취지의 원고 주장은 받아들이기 어렵다.

○ 나아가 소명자료 제출과 관련하여 원고는 수사기관에 사업 관련자료가 압수되었고 AAA이 구속되어 자료를 수집하여 제출하기 어려웠다는 취지로 주장하나, 구체적으로 과세쟁점 소명을 위해 필요한 어떤 자료가 압수되어 있는지조차 명시하지 못하였고, 형사소송법에 마련된 가환부 등의 절차를 통해 자료 확보를 위한 적극적인 조치를 취하거나 시도하였다고 볼 사정도 없다. 또한 피고는 구치소 접견을 통해 AAA의 연기 요청을 받아들여 다시 접견신청을 하였는데도 AAA의 사정으로 접견 예약이 취소되었으며(원고가 주장하는 변호인 접견에 따른 접견신청 중복으로 인한 취소라는 사정을 증명할 자료가 제출된 바도 없다), 세무조사를 위해 선임한 세무대리인을 조사 도중 해임한 후 새로 선임하지 않는 등 오히려 방어권 행사에 소극적이었던 사정이 인정될 뿐이다.

4) 형사소송법상 영장주의 위반 여부

끝으로 피고가 검찰로부터 받은 수사자료에 근거해 한 세무조사는 압수수색의 범위를 넘은 것으로서 위법하다는 취지의 주장에 관하여 본다.

원고의 위 주장은 검찰의 수사자료가 그 일부나 어떤 특정한 사유로 인해 위법하다는 주장이 아니라 압수.수색 자료는 압수.수색의 정해진 사유 외에 세무조사에는 사용할 수 없다는 취지의 주장으로 보이는데, 원고가 근거로 드는 서울고등법원 2013. 8. 30. 선고 2012노803 판결은 영장의 객관적 범위와 관련한 영장주의에 관한 판결로서 세무조사 및 행정처분에 적용할 사안이 아니며, 일반적으로 위법수집증거배제법칙 등 엄격한 증명을 요하는 형사소송에서의 증거능력에 관한 판단기준이 과세처분의 적법성을 다투는 행정소송에서 그대로 적용된다고 볼 수 없다. 또한 피고는 이 사건 세무조사 과정에서 검찰로부터 통보받은 수사자료 외에도 금융거래 조사, 거래처 심문 등 자체 조사를 거쳐 이 사건 처분을 하였다. 따라서 원고의 주장은 이유 없어 받아들이지 않는다.

5. 이 사건 처분의 실체적 위법 여부에 관한 판단

앞서 든 각 증거, 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음 각 사실이 인정된다.

1) AAA은 부동산매매업, 부동산 개발 사업시행 및 대행업 등을 목적으로 설립된 원고 법인의 실제 운영자이고, 원고 법인 내지 이 사건 매입.매출거래처인 BB주택관리(건물위생관리업, 주택관리업 등), CCCC컨설팅(경영컨설팅업, 홍보마케팅업 등), DDDD(경영컨설팅업, 홍보마케팅업)과 동일.유사 업종으로 등록된 주식회사 FFF, 개인사업체 DDDD, GG 주택관리, HH 컨설팅, II컨설팅 등 다수의 사업체를 운영하였다.

2) 원고의 법인등기 상 유일한 사내이사 및 사업자등록 대표자가 EEE으로 되어 있다가 각 2023. 7. 13. 및 2023. 10. 18. AAA로 변경되었는데, 각 같은 날 BB주택관리의 대표자가 JJJ에서 AAA로 변경되었다. 위 JJJ과 CCCC컨설팅의 대표자인 KKK의 근로소득 및 사업소득 신고내역2)에 의하면 두 사람 모두 원고 또는 위 관련 사업체들에서 직원으로 근무한 것으로 보이고, DDDD의 대표자인 LLL은 AAA의 모친이다.

3) 원고 법인은 인적용역 등을 제공한 다수의 사업소득자 등에 대하여 인건비 상당액을 신고하고 필요경비로 공제하였다. 그런데 위 사업소득자들 다수는 부산 지역의 유흥주점 직원들로서, AAA과 MMM(AAA의 누나로서 위 사업체들의 경리 업무를 담당하였다) 사이의 카카오톡 대화내역, MMM에 대한 참고인진술조서, 금융조회내역 디지털포렌식자료 등 검찰에서 통보된 수사자료에서, 원고 법인의 위 인건비 관련 위 유흥주점 직원들을 허위 사업소득자 등으로 신고하고 AAA이 운영하는 위 사업체들의 내부 거래를 통해 해당 거래대금을 위 허위 사업소득자 등에게 송금한 후 AAA의 차입금 상환에 사용하거나 현금으로 출금함으로써, 비자금을 조성하고 세금을 탈루한 정황이 확인되었다.

4) 피고가 이 사건 세무조사 과정에서 실시한 원고 법인에 대한 금융거래 조사 결과에 의하면 이 사건 매출세금계산서의 공급가액에 해당하는 700,000,000원이 원고 법인에 송금된 즉시 허위 사업소득자들과 AAA에게 이체되며, 이후 위 사업소득자들의 계좌에서 AAA의 채권자로 보이는 제3자에게 다시 이체되거나 현금 출금된 내역이 확인된다. 또한 ●●세무서의 세무조사 결과 DDDD, 주식회사 FFF의 경우에도 AAA이 운영한 위 사업체들과의 내부 거래를 통해 허위 사업소득자들에게 이체(출금)된 후 현금으로 인출되거나, AAA의 계좌로 이체(출금)되는 유사한 금융거래 흐름이 확인되었다.

5) 한편 이 사건과 관련하여 AAA이 가공 인건비 지급 등으로 조세를 포탈하고, 용역의 공급 없이 가공 매입.매출세금계산서를 수취.발급하였다는 피의사실에 대한 수사 결과 혐의없음(증거불충분)의 불송치 결정이 내려졌다.

나. 관련 법리

1) 부가가치세법상 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 의미는, 과세 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받은 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 않는 경우를 가리키는 것이고, 부가가치세 납세의무자가 매입세액공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세 관청에 의하여 상당한 정도로 증명되어, 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재 내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 참조).

2) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험의 법칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험의 법칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험의 법칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한 해당 과세 처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두2027 판결 참조). 또한 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 참조).

다. 구체적인 판단

1) 이 사건 매입거래 및 매출거래가 가공거래에 해당하는지 여부

위 법리에 비추어 앞서 인정한 사실, 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사정을 종합해 보면, 이 사건 매입세금계산서 및 매출세금계산서는 허위 거래에 의하여 수취.발급된 가공 세금계산서로 봄이 상당하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 매입거래처인 BB주택관리와 CCCC컨설팅, 이 사건 매출거래처 DDDD에 대하여, 원고 스스로도 AAA의 사업체였으나 가족(모친)이나 직원 명의로 사업자등록을 한 것이라거나 AAA이 각 사업체의 업무에 깊이 관여한 바 있다고 하였고, JJJ과 KKK이 원고를 비롯한 AAA이 운영한 사업체의 직원이었으며 DDDD의 대표자 LLL이 AAA의 모친인 점 등 각 특수관계인에 해당하는 점에서, 이 사건 매입.매출거래처를 실제 운영한 사람 또한 AAA로서, 원고 법인과 위 업체들은 독립된 사업체가 아니라 AAA의 지배 하에 있는 하나의 경제적 실체로 봄이 상당하다.

나) 원고, 이 사건 매입.매출거래처를 비롯하여 AAA의 다수 관련업체들이 동일한 랜카드(MAC 주소)를 이용하여 전자세금계산서를 발행한 것으로 확인된다. 그리고 원고가 용역대금 명목으로 이 사건 매출거래처로부터 자금을 이체받거나 이 사건 매입 거래처에 자금을 이체하면 그 자금이 허위 인건비 지급에 사용된 후 현금으로 인출되거나 제3자에게 이체되는데, 아래에서 보는 바와 같이 AAA의 누나이자 원고 등 관련업체의 자금 관리업무를 담당했던 MMM가 그 과정을 ‘현금 세탁’이라는 취지로 진술한 점 등에 비추어 AAA의 비자금 조성 등의 목적 하에 일련의 자금거래가 있었던 것으로 추정되며, 이처럼 거래대금이 지급된 후 인출되거나 거래 상대방이 아닌 자에게 귀속되는 등의 사정은 경험칙상 실물거래의 존재를 의심할 만한 유력한 자료가 된다.

다) 원고는 이 사건 매입거래처 중 CCCC컨설팅과는 ○H의 민간신축매입약정 에 적합한 부지 선정, 수지 분석, 건축물 가도면 제공 등에 관한 컨설팅 용역계약, BB주택관리와는 ○H에 매각한 건물에 관한 건물관리용역계약에 따라 실제 용역을 제공받았다고 주장한다. 그러나 피고가 세무조사 과정에서부터 CCCC컨설팅으로부터 컨설팅 용역을 제공받은 사실을 증명할 컨설팅 결과물 등 구체적인 자료를 요구하였음에도 원고는 컨설팅 보고서, 업무 보고문서 등 용역의 결과물이나 통상의 경우 작성됨이 상당한 업무상 자료를 제출하지 못하였다. 또한 원고가 BB주택관리로부터 건물관리 용역비에 대한 이 사건 매입세금계산서를 수취한 시기에 원고는 관리 대상이 될 만한 건물을 소유하고 있지 않았고, △△시 △△동 건물에 관하여, 원고가 2022. 7. 29. ○H에게 위 건물을 매각한 이후 ○H에 대한 매출내역은 존재하지 않으며, ○H와 작성한 위 건물 매매계약서에도 매도 이후의 건물관리에 관한 사항은 기재되어 있지 않다.

라) 원고는 DDDD에 대한 이 사건 매출거래 용역과 관련하여 세무조사 과정에서 컨설팅 용역계약서를 제출하였고, 피고는 계약서만으로는 실제 용역공급을 확인할 수 없어 업무수행 과정에서 작성된 메일이나 서류 등 추가 자료를 요구하였으나 제출된 바 없다. 또한 원고는 이 사건 변론을 통해서도 이 사건 매출거래 용역이 DDDD이 ○H와 체결한 민간신축매입약정 업무 컨설팅 계약 중 아래와 같은 일부 컨설팅 업무였다는 취지에서 DDDD과 ○H 사이에 작성된 컨설팅계약서(갑 제17호증)를 제출하면서, 약 2년에 걸쳐 DDDD이 요구하는 ‘건축물설계분석, 건축물 시공확인, 건축법 위반사항 점검, 사전.사후 건축실사 등 업무’를 이행하였다고 주장한다. 그러나 위와 같은 기간과 용역대금의 규모에 걸맞은 구체적인 용역제공 사항에 관한 아무런 증명이 없는데다가 특수관계인 간 내부 가공거래가 문제되는 이 사건에서, 위와 같은 DDDD이 ○H와 체결한 용역계약서가 원고가 이 사건 매출거래의 용역을 실제 공급하였다는 점에 관한 충분한 증명자료가 된다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 인건비가 가공인건비에 해당하는지 여부

앞서 본 바와 같이 AAA에 대한 수사 과정에서 드러난 비자금 조성 등의 정황, AAA이 운영한 각 사업체들의 내부 거래와 이를 통해 거래 상대방에게 거래자금 명목으로 이체된 돈이 허위 사업소득자들에게 이체된 후 제3자에게 출금되는 금융 흐름, 이에 대하여 원고 등 관련 업체들의 자금관리를 담당한 MMM의 ‘허위 사업소득자를 이용한 현금 세탁’임을 인정한 취지의 진술을 종합하면 이 사건 인건비는 허위 경비임이 상당한 정도로 인정된다(원고는 MMM의 위 진술이 수사 과정에서 강요와 협박에 의한 허위 자백이라고 주장하나 앞서 판단한 바와 같이 형사소송에서의 증거 법칙이 행정처분의 적법성을 다투는 행정소송에 그대로 적용된다고 볼 수 없고, 원고는 이를 뒷받침할 증거를 제출하지도 않았다). 원고는 이 사건 변론에서 이 사건 인건비 중 일부가 유흥주점 직원에게 지급된 것은 사실이나 대부분은 실제 용역대가로 지급되었다는 주장한 데 이어, 각 인건비가 지급된 소득자, 용역 등에 대하여 세부적인 내용을 주장하긴 하였으나, 일부는 그 주장 자체로 용역에 대한 인건비에 해당하지 않거나 사업관련 비용으로 인정받을 수 없는 것이고(NNN, OOO, PPP), 인건비임을 인정하기에 부족한 자료만을 제출하였거나(■■■), 여전히 대부분의 인건비에 대하여는 원고 스스로도 가공 인건비임을 인정하는 부분과 구분되지 않고 인적용역이 실제 제공되었음을 증명할 객관적인 증빙자료가 제출되어 있지 않다. 이러한 경우 위와 같은 인건비가 실제 경비에 해당한다는 점은 납세의무자에게 증명책임이 있게 되므로, 피고가 이를 가공 인건비로 보아 손금불산입한 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다.

[아울러 이 사건 매입.매출거래, 가공 인건비 지급과 관련하여 혐의없음(증거불충분)의 불송치 결정이 내려졌으나, 형사재판과 행정재판은 증명책임의 분배나 증명의 정도를 달리하므로 위와 같은 불송치 결정 사실만으로 위와 같은 가공 거래나 가공 인건비 인정에 장애가 된다고 볼 수 없다.]

6. 결론

이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.