원고가 조세특례제한법 제69조에서 정하는 자경요건을 충족하지 못하였다는 이유로 양도소득세를 감면하지 않은 이 사건 처분은 적법함

원고가 이 사건 토지에서 8년간 직접 경작하였거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 인정하기 부족하고 달리 원고 주장사실을 인정할 증거가 없으므로, 원고가 조세특례제한법 제69조에서 정하는 자경요건을 충족하지 못하였다는 이유로 양도소득세를 감면하지 않은 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없음

사 건

2025구단10849 양도소득세부과처분취소

원 고

정AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 5. 26.

판 결 선 고

2026. 6. 9.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 9. 9. 원고에 대하여 한 2020년 귀속 양도소득세 98,906,440원(가산세 포

함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2020. 4. 20. 소외 김○○에게 아래 표 기재 순번 1 내지 4 부동산을 일괄하여 대금 7억 5천만원에 양도한 다음, 피고에게 위 순번 1, 2 부동산에 대하여는 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 위 순번 3, 4 부동산에 대하여는 1세대 1주택 비과세 규정을 각 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

나. 피고는 항공사진 및 로드뷰 등을 검토한 결과 위 순번 1 부동산은 주차장으로, 위 순번 2 부동산은 부속토지(주차장)로 사용되고 있음을 확인한 후 자경농지 양도소득세 감면규정을 적용하지 않기로 하고 2024. 9. 9. 원고에게 위 순번 1, 2 부동산에 대하여 2020년 귀속 양도소득세 98,906,440원(산출세액 68,453,056원, 가산세 30,453,394원 포함)을 결정 및 고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였다.

다. 원고는 위 순번 1, 2 부동산은 자경농지였음을 주장하면서 2024. 11. 21. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나 2025. 7. 31. 청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9호증(각 가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재 또는 영상, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

피고는 원고가 용인시 OO구 OO면 OO리 OOO 답 585㎡ 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 경작하지 않았다고 판단하고 양도소득세 감면규정을 적용하지 아니하였으나, 원고는 이 사건 토지를 약 17년 6개월간 소유하면서 자경하였거나 적어도 2003년부터 2012년까지 및 2019. 8월부터 2020. 5월까지 자경하였으므로 이 사건 토지의 양도에 대하여 양도소득세 감면규정이 적용되어야 한다. 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011두20116 판결 등 참조).

나) 구 조세특례법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항 본문은 “농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 ”농업법인“이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.”라고 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행령(2024. 3. 26. 법률 제34356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제13항은 “법 제69조 제1항 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것, 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것”을 말한다고 규정하고 있다.

그리고 양도한 토지를 위 규정에 따라 직접 경작하였다는 사실은 이를 주장하는 양도자가 적극적으로 증명하여야 한다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두16531 판결 취지 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 증거, 갑 제7, 8호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래의 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 토지에서 8년간 직접 경작하였거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였다고 인정하기 부족하고 달리 원고 주장사실을 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 조세특례제한법 제69조 에서 정하는 자경요건을 충족하지 못하였다는 이유로 양도소득세를 감면하지 않은 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

가) 이 사건 토지에 대한 2010년 3월, 2013년 8월, 2014년 9월, 2015년 8월,2016년 11월, 2018년 5월, 2019년 7월경에 촬영된 로드뷰 영상 및 2010년, 2012년, 2016년, 2018년, 2020년에 촬영된 항공사진 등에 변론 전체의 취지를 종합하면 이 사건 토지는 위 기간 동안 컨테이너 야적장과 주차장으로 사용되고 있음이 확인된다.

나) 원고는 이 사건 토지를 소유하고 있으면 1990. 10. 18.부터 2008. 3. 24.까지 골배 식육점을 영위하고 있었는데 이러한 업종은 모두 고객 확보 등 상시적인 매장 관리가 필요한 업종이어서 이 사건 토지의 경작에 투입할 수 있는 시간은 제한적일 수밖에 없다.

다) 농지원부에는 이 사건 토지에 대한 농업인이 원고의 배우자인 최용식으로 등재되어 있고, 용인농업협동조합의 거래자별매출내역에도 용인농업협동조합에 대한 거래처 및 조합원이 최용식으로 기재되어 있다.

라) 이 사건 토지에 대한 2010년 3월의 로드뷰 영상 등에 의하면 2012년의 항공사진 및 2013년 8월의 로드뷰 영상에서 볼 수 있는 건축물 등이 이미 그 당시에 건축되어 있음을 알 수 있어 2012년까지 이 사건 토지를 자경하였다는 원고의 주장은 선뜻 믿기 어렵다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

별지

관계 법령

▣ 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 농업법인이 해당 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 그 토지를 양도하거나 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 그 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

▣ 조세특례제한법 시행령(2024. 3. 26. 법률 제34356호로 개정되기 전의 것)

제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 농지이양은퇴보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시 「지방자치법」 제3조제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다 에 있는 농지중「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 재정경제부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업(이하 이 호에서 "대규모개발사업"이라 한다)지역(사업인정고시일이 같은 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 대규모개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 재정경제부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 재정경제부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

다.「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역에 편입된 농지로서 편입된 후 3년 이내에 대규모개발사업이 시행되고, 대규모개발사업 시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우(대규모개발사업지역 안에 있는 경우로 한정한다)

2.「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」제162조에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.

1. 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우: 매매계약일 현재의 농지 기준

2. 환지처분 전에 해당 농지가 농지 외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우: 토지조성공사 착수일 현재의 농지 기준

3.「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」, 지방자치단체의 조례 및 지방자치단체의 예산에 따라 광산피해를 방지하기 위하여 휴경하고 있는 경우: 휴경계약일 현재의 농지 기준

⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

제67조(농지 대토에 대한 양도소득세 감면요건 등)

① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역. 끝.