이 사건 주택의 양도는 1세대 3주택 이상 소유한 자의 양도로서 장기보유특별공제가 적용되지 않음

원고는 1세대 3주택 이상 소유한 자로, 이 사건 주택의 양도는 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 투기목적이 없고 대체주택 취득후 이 사건 주택 양도하기까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 없으므로 3주택 이상 양도에 해당하여 장기보유별공제가 적용되지 않고, 2021. 2. 17. 개정 신설된 소득세법 시행령 제167조의 제1항 제13호(일시적 2주택)는 이 사건 주택 양도에 소급적용될 수 없음

사 건

2025누8962 양도소득세경정거부처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

제1심 판 결

서울행정법원 2025. 11. 7. 선고 2024구단76563 판결

변 론 종 결

2026. 3. 18.

판 결 선 고

2026. 5. 27.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 202x. 10. 26. 원고에게 대하여 한 20xx년 귀속 양도소득세 1xx,xxx,xxx원(가산세 포함) 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심 및 당심에 제출된 증거를 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는, 아래와 같이 추가하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 4쪽 9행 아래에 다음과 같은 내용(원고 주장의 요지)을 추가한다.

【3) 2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되어 신설된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 1) (이하 ‘신설 규정’이라 한다)는 임대주택사업자의 일반주택 양도가 ‘일시적 2주택’에 해당하는 경우까지 중과세가 적용될 경우 발생할 불이익을 제거하고 입법의 공백을 명확하게 해소하기 위한 반성적 고려에서 제정된 것으로, 이 사건 주택의 양도에도 신설 규정이 소급적용 되어야 한다.】

○ 제1심판결문 10쪽 15행 아래에 다음과 같은 내용을 추가하고, 16행의 “4)”를 “5)”로 고쳐 쓴다.

【4) 이 사건 주택의 양도에 신설 규정이 소급적용 될 수 있는지 여부

법령이 개정된 경우 개정 법령의 소급적용 여부와 소급적용의 범위는 입법자의 형성 재량에 맡겨진 사항이므로, 개정 법령의 입법자가 개정 법령을 소급적용하도록 특별한 규정을 두지 않은 이상 법원은 그 개정 전에 발생한 사항에 대하여는 개정 법령이 아니라 개정 전의 구 법령을 적용하는 것이 원칙이다(대법원 2021. 3. 11. 선고 2020두49850 판결 참조).

납세의무의 범위 등에 관하여 적용될 법령은 조세부과처분시의 법령이 아니라 납세의무가 성립할 당시의 법령이고, 납세의무의 성립일 이후에 법령이 납세의무자에게 유리하게 개정된 경우에 개정법령이 소급적용에 관한 별도의 경과규정을 두지 않았다면 납세의무자에게 유리하게 개정되었다는 이유만으로 개정법령을 소급하여 적용할 수는 없다(대법원 2006. 10. 27. 선고 2005두2414 판결 등 참조).

2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 소득세법 시행령 부칙 제1조는 “이 영은 공포한 날부터 시행한다.”고 규정하고 있고, 부칙 제2조 제2항은 “이 영 중 양도소득세에 관한 개정 규정은 이 영 시행 이후에 양도하는 분부터 적용한다.”고 규정하고 있다. 따라서 신설 규정은 그 부칙 제2조 제2항에 따라 위 개정 소득세법 시행령의 시행일인 2021. 2. 17. 이후의 양도분에 적용되는데, 이 사건 주택의 양도일은 2020. 10. 30.이므로 위 신설 규정이 적용되지 않음이 명백하다.

나아가, 위 개정 소득세법 시행령은 이를 소급적용하는 별도의 규정을 마련하지 않았다. 국가의 조세정책은 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 신설 규정은 개정 전 규정이 위법하다는 인식하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세 감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법형성의 재량권을 행사함에 따른 것으로 보인다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다. 2) 】

2. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

13. 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택

2) 원고가 2026. 4. 7.자 참고서면에서 주장하는, ‘2020. 7. 10.경 부동산 투기 근절 관련 정부의 부동산대책 및 법령개정 혼선과 이 사건 주택 매수인의 요청에 따른 잔금지급일 변동’ 등 사정을, 대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13788 판결에서의 ‘선의에서 잔금을 미리 지급한’ 경우와 같은 의미나 내용으로 평가할 수는 없다.