이 사건 토지의 분할양도는 경제적 실질이 하나로 보아야 함

이 사건 토지에 관한 양도거래는 경제적으로 하나의 거래라고 평가함이 상당하고 원고가 이 사건 토지를 과세기간을 달리하여 양도한 것은 자경농지에 대한 양도소득세 감면 한도를 회피하여 부당하게 조세를 감면받기 위한 목적에서 하나의 거래를 형식상 2개의 거래로 나눈 것에 해당한다고 봄이 타당하므로 이 사건 처분은 적법함

사 건

2024구단80210 양도소득세등부과처분취소

원 고

AAA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2026. 01. 16.

판 결 선 고

2026. 02. 13.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. x. x. 원고에 대하여 한 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 아래와 같은 토지(이하 “이 사건 토지”)를 19xx. x. xx. 상속에 따른 협의분할을 원인으로 취득하고 소유하고 있었는바, 위 각 토지에 대하여 양수인 BBB에게 다음과 같은 양도가 이루어졌다(이하 “이 사건 양도”).

연번

부동산의 표시

양도일자

양도금액

등기원인

xx시 xx읍 xx리 xxx-x 전 xxx㎡

2017.

xx. xx.

xxx,000,000

xx. xx. 자 매매

xx시 xx읍 xx리 xxx-xx 전 xxx㎡

1144/2143 지분

999/2143 지분

2018.

※ 부동산의 표시 등 현황은 2017. xx. xx.을 기준으로 하여 기재함

나. 원고는 2017. xx. xx.자 양도에 대하여 20xx. x. xx. 피고에게 양도가액xxx,000,000원에 대한 양도소득세를 xx,xxx,xxx원으로 산정한 다음 조세특례제한법 69조 제1항 에 따른 양도소득세 감면대상에 해당함을 이유로 해당 세액 전액을 감면신청하였고, 2018. x. x.자 양도에 대하여 20xx. x. xx. 피고에게 양도가액 xxx,000,000원에 대한 양도소득세를 xx,xxx,xxx원으로 산정한 다음 역시 같은 조항을 근거로 해당세액 전액을 감면신청하였다.

다. 피고는 원고의 위 2017. xx. xx.자 양도와 2018. x. x.자 양도가 경제적으로 하나의 거래인 것으로 본 다음 양도가액 xxx,000,000원에 대한 양도소득세를 xxx,xxx,xxx원으로 산정한 다음 조세특례제한법 제69조 제1항 , 제133조 제1항 제1호에 따라 세액xxx,000,000원을 감면한 다음, 20xx. x. x. 원고에 대하여 양도소득세 xxx,xxx,xxx원, 가산세 xx,xxx,xxx원 합계 xxx,xxx,xxx원을 부과하였다(이하 이를 “이 사건 부과처분”이라고 한다)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의취지

2. 판단

가. 원고의 주장

과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하는바, 이 사건 토지는 원고의 조세회피 목적이 아니라 양수인의 요청에 따라 두 차례에 걸쳐 양도가 이루어진 것이므로 실질적으로 하나의 거래에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 2017. xx. xx.자 양도와 2018. x. x.자 양도가 실질적으로 하나의 거래임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

원고는 이 사건 토지를 실제로 취득한 사실이 없고 실제 소유자인 부친 CCC에게 명의만 빌려주었다. 원고가 이 사건 토지의 실제 소유자라는 전제에 선 이 사건 처분은 실질과세 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 판단

1) 관련 법리

국세기본법 제14조 (실질과세) 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.”고 정하고 있다. 위 규정의 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 이러한 실질과세원칙은 사법상 효력이 인정되지 않는 가장행위에 해당하는 경우에만 적용될 수 있는 것은 아니고 그러한 정도에는 이르지 못하지만 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 만한 조세회피행위의 경우에도 적용될 수 있다. 위 규정을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 여러 사정을 종합하여 판단해야 한다(대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37896 판결 등 참조).

2) 판단

위의 증거들, 갑 제7 내지 9호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재, BBB에 대한 증인신문결과, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하면, 원고와 BBB 사이에 이루어진 이 사건 토지에 관한 양도거래는 경제적으로 하나의 거래라고 평가함이 상당하고 원고가 이 사건 토지를 과세기간을 달리하여 양도한 것은 자경농지에 대한 양도소득세 감면 한도를 회피하여 부당하게 조세를 감면받기 위한 목적에서 하나의 거래를 형식상 2개의 거래로 나눈 것에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 토지의 양도를 2018. x. x. 완료된 하나의 거래로 보고 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도 초과분에 대한 감면을 부인하여 과세한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 이유 없다.

① 2017. xx. xx.자 양도와 관련하여, 원고는 위의 표 연번 1번 토지(xx시 xx읍 xx리 xxx번지, 이하는 지번 번호만으로 특정함), 그리고 연번 2번 토지(xxx-xx번지) 중 1,144㎡를 BBB에게 매매대금 xxx,000,000원에 매도하되, 계약금 xx,000,000원은 당일 수령하고, 잔금 xxx,000,000원은 2017. xx. xx. 지급받기로 하는 내용의 2017. xx. xx.자 매매계약서를 작성하였다. 2018. x. x.자 양도와 관련하여 원고는 위의 연번 2번 토지(xxx-xx번지) 중 999㎡, 그리고 연번 3번 토지(xxx-xx번지)를 BBB에게 매매대금 xxx,000,000원에 매도하되, 계약금 xx,000,000원은 당일 수령하고, 잔금 xxx,000,000원은 2018. x. xx. 지급받기로 하는 내용의 2017. xx. xx.자 매매계약서를 작성하였다.

② 원고는 본래 2017. x.경 이 사건 토지를 ㈜CCC에 매도하기로 하고 그 무렵 계약금 xx,000,000원을 수령하였으나, ㈜CCC의 사정에 의하여 ㈜CCC는 매수를 포기하기로 하고 BBB이 매수인 지위를 이어받아 이 사건 토지를 매수하게 되었다{㈜CCC는 BBB으로부터 자신이 이미 지급하였던 계약금 xx,000,000원을 회수하였던 것으로 보인다}. 또한 원고가 ㈜CCC에 작성해 주었던 토지 및 배수사용승락서의 기재에 의하면, 2017. xx. xx.경 위의 연번 2번 토지(xxx-xx번지)에서 연번 3번 토지(xxx-xx번지)가 분할된 것은 ㈜CCC의 건축 등 토지활용계획상 필요에 따른 것으로 보인다. 이러한 사정에 비추어 보면 원고로서는 이 사건 토지 전체를 함께 처분하고자 하였던 것으로 볼 수 있고, 달리 이 사건 토지 중 연번 1번 토지, 그리고 연번 2번 토지 중 1,144㎡ 부분만을 분리하여 따로 처분해야 할 경제적 필요성은 없었던 것으로 볼 수 있고, 앞선 거래 이후에 새롭게 동일한 양수인인 BBB에게 연번 2번 토지 중 나머지 999㎡와 연번 3번 토지를 처분하게 된거래관계상 합리적인 사유가 새로 발생하였다고 보기도 어렵다. 더욱이 연번 2번 토지에 관하여 두 차례에 걸쳐 양도행위를 하는 과정에서 원고나 BBB이 해당 1,144㎡의 위치 또는 토지분할방법에 대하여 제대로 된 교섭이나 경계의 확정을 하였다고 볼 근거도 없다. 원고 역시 ‘양수인인 BBB이 거래를 둘로 나눠서 할 것을 요구하였다’고 주장하는 것 외에, 두 차례에 걸쳐 매매계약을 진행하게 된 원고의 경제거래상 필요성 등을 제시하지 못하고 있다.

③ BBB은 이 법정에서 ‘자신으로서는 이 사건 토지 전체 그리고 원고의 동생이 소유하였던 xxx-xx번지, xxx-xx번지, xxx-x번지 토지를 모두 함께 xx억 정도에 취득하여 공장을 건설하는 데에만 관심이 있었을 뿐이고, 원고와의 거래를 두 차례에 나눠서 진행해야 할 이유는 전혀 없었다. 단지 양도인인 원고와 원고의 동생인 DDD이 세무처리상 필요하다고 하였기에 각각의 매매계약을 둘로 나눠 총 4건으로 거래가 진행되었다’고 진술하였다. i) BBB이 원고로부터 이 사건 토지를 취득함과 동시에 원고의 동생인 DDD으로부터는 xxx-xx번지, xxx-xx번지, xxx-x번지 토지를 취득하였고, 그 직후 위 토지 지상에서 공장건물의 신축공사를 시작하여 2020. x.경 해당 토지 전체 지상에 공장건물이 준공되었고 그 무렵 xxx-x1번지를 제외한 나머지 토지 전체가 xx-x번지 토지로 합병되었던 점, ii) BBB은 이 사건 토지 등에 대한 담보대출을 실행함이 없이 2018. x. x.경까지 원고에게 매매대금 xxx,000,000원을, DDD에게 매매대금 xxx,000,000원을 전액 지급 완료하였는바(EEE이 운영하는 ㈜FFF는 위 잔금지급과 소유권이전등기가 마쳐진 이후인 2018. x. xx.에서야 이를 담보로 대출을 받은 것으로 확인된다) BBB이 일부 토지에 대한 소유권이전등기를 먼저 마친 다음 이를 담보로 대출을 실행하여 후속 토지에 대한 매매대금을 지급해야 하는 등의 사정이 있었다고 보기 어려운 점, iii) BBB의 진술에 의하더라도 첫 번째 매매거래를 하는 과정에서 연번 2번 토지(xxx-xx번지) 중 1,114㎡의 위치 또는 토지분할방법에 대한 협의가 이루어진 바가 없고, 두 차례의 매매계약에서 ㎡당 매매대금(2017. xx. xx.자 매매계약에서는 ㎡당 xxx,xxx원인 반면 2017. xx. xx.자 매매계약에서는 ㎡당 xxx,xxx원임)에 차이가 생긴 것과 관련하여 구체적으로 협의된 바가 없다는 점 등에 비추어 보면, 매수자인 BBB은 이 사건 토지 전체를 모두 동일한 용도로 같이 개발하고자 한꺼번에 매수한 것으로 볼 수 있고, 먼저 연번 1번 토지(xxx-x번지)와 연번 2번 토지(xxx-xx번지) 중 일부만 매수할 경제적 이유가 있었다고 보기 어렵고, 그 후에 연번 2번 토지 중 나머지 999㎡와 연번 3번 토지를 매수하게 된 거래관계상 합리적인 사유가 새롭게 발생하였다고 보기도 어렵다.

④ 원고로서는 이 사건 토지를 두 과세연도에 분리하여 처분함으로써 양도소득세 감면한도를 늘릴 수 있다는 명백한 조세감면상 이익이 존재하는 반면에, 해당 토지 전체에 함께 공장건물을 신축하여 2020년경 이를 준공처리하고 토지의 지목을 대지로 변경한BBB으로서는 이를 둘로 나눠서 취득할 만한 세무처리상(또는 개발부담금 납부상) 경제적 유인이 있었다고 보기 어렵고, 달리 BBB에게 이렇게 둘로 나눠서 매매거래를 진행할 만한 사정이 있었음을 인정할 자료가 없다.

⑤ 설령 원고의 주장대로 양수인인 BBB의 요구에 의하여 해당 매매계약을 두 차례로 나누어 진행하게 되었다고 가정하더라도, i) 원고와 BBB 사이에서는 처음부터 이 사건 토지 전체를 매매함을 전제로 이 사건 토지 전체의 매매대금에 대해서만 교섭이 이루어졌던 점, ii) 첫 번째 매매계약과 두 번째 매매계약은 계약서상으로도 7일 정도밖에 차이가 없는 점, iii) 원고는 처음부터 이 사건 토지 전체를 처분하려고 하였고 BBB은 이 사건 토지 전체를 취득하여 공장건물을 신축하고자 하였으며, 최초에 이 사건 토지 중 연번 1번 토지(xxx-x번지), 그리고 연번 2번 토지(xxx-xx번지) 중 일부에 대하여만 매매거래를 진행할 경제적 필요성이나 합리적인 사유는 양도인인 원고에게나 양수인인 BBB에게나 모두 없었다고 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 원고와 BBB 사이에 이 사건 토지에 대한 양도는 경제적 실질상 하나의 거래라고 판단하는 데에 지장이 없다.

⑥ BBB은 이 사건 토지에 대한 매매계약의 체결경위, 매매대금의 지급방식(특히 매매계약이 둘로 나뉘어지면서 구체적으로 어떤 방식으로 매매대금이 지급되었고 등기이전이 처리되었는지 여부 등)에 대하여 구체적으로 진술하지 못하거나, 객관적인 자료를 통해 확인되는 내용과 배치되는 진술을 하기도 하였는바, 이는 일부 기억력의 한계 때문이라고 볼 여지도 있고, BBB이 기억 내용대로 제대로 진술하지 않았을 가능성도 배제하기 어렵다. 그렇지만 BBB의 진술내용 중 ‘원고로부터 이 사건 토지를 취득하는 과정에서 자신으로서는 매매거래를 둘로 나누어 할 이유나 필요성은 없었다. 그리고 전체 토지에 대한 매매대금이 한꺼번에 교섭되어 결정되었으며 첫 번째 매매계약을 위한 거래조건을 별도로 교섭하지 않았다’는 부분은 다른 객관적인 제반사정에도 잘 부합하므로 충분히 그 신뢰성을 인정할 수 있다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.